238 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0003 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_0003  DGPFAETKE family protein  100 
 
 		 124 aa  254  2e-67  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.398282  hitchhiker  0.0000769661 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4161  hypothetical protein  63.93 
 
 		 123 aa  164  4e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.78704  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4260  DGPF protein  64.17 
 
 		 123 aa  162  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.286045  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1747  YCII-related  65.29 
 
 		 126 aa  162  1.0000000000000001e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1298  DGPFAETKE family protein  63.33 
 
 		 123 aa  162  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.670188  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1364  YCII-related  61.67 
 
 		 123 aa  160  6e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.524126  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6898  hypothetical protein  61.67 
 
 		 122 aa  157  6e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.788351  normal  0.0941617 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1474  DGPFAETKE domain-containing protein  54.03 
 
 		 128 aa  152  2e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.847936  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2858  DGPFAETKE family protein  55.65 
 
 		 124 aa  150  4e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.208995  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3127  YCII-related  56.45 
 
 		 124 aa  151  4e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1110  DGPFAETKE family protein  58.68 
 
 		 126 aa  149  1e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.987937 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4188  DGPFAETKE family protein  58.68 
 
 		 124 aa  136  1e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.974254 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3965  DGPFAETKE family protein  54.17 
 
 		 121 aa  129  1.0000000000000001e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.34547  normal  0.855639 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0828  DGPFAETKE family protein  55.74 
 
 		 131 aa  129  2.0000000000000002e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1379  DGPFAETKE family protein  49.17 
 
 		 129 aa  122  1e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.606248  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2336  YCII-related  40.83 
 
 		 118 aa  79.7  0.00000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000398459  hitchhiker  0.000316604 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3536  YCII-related protein  38.46 
 
 		 112 aa  79  0.00000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3850  DGPFAETKE family protein  40 
 
 		 114 aa  75.1  0.0000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3319  hypothetical protein  39.47 
 
 		 122 aa  74.3  0.0000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.419553  hitchhiker  0.0000411841 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0409  DGPFAETKE family protein  41.07 
 
 		 135 aa  72  0.000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00347395  normal  0.0963285 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0824  DGPFAETKE family protein  33.33 
 
 		 115 aa  71.6  0.000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4062  DGPFAETKE family protein  39.52 
 
 		 114 aa  71.2  0.000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4555  DGPFAETKE family protein  36.97 
 
 		 114 aa  69.3  0.00000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2176  DGPFAETKE family protein  36.13 
 
 		 119 aa  69.3  0.00000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.66649  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1334  DGPFAETKE family protein  36.97 
 
 		 114 aa  69.3  0.00000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.277602 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6185  hypothetical protein  35.9 
 
 		 117 aa  68.9  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.353039  normal  0.674023 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1334  DGPFAETKE family protein  37.39 
 
 		 124 aa  67.4  0.00000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.177164  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4454  DGPFAETKE domain-containing protein  35.96 
 
 		 122 aa  67  0.00000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46830  hypothetical protein  35.96 
 
 		 116 aa  67.4  0.00000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000423585 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3416  YCII-related protein  37.17 
 
 		 119 aa  66.6  0.00000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.162675  hitchhiker  0.00509587 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4327  DGPFAETKE  40 
 
 		 114 aa  66.2  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.189764  normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3855  hypothetical protein  34.45 
 
 		 119 aa  65.9  0.0000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.936414 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1406  YCII-related protein  35.34 
 
 		 120 aa  65.1  0.0000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.48237  normal  0.318259 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4035  DGPF domain-containing protein  35.96 
 
 		 116 aa  63.9  0.0000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.110978  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0198  YCII-related protein  47.56 
 
 		 116 aa  63.5  0.000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.569189  normal  0.0536776 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0961  DGPFAETKE family protein  36.84 
 
 		 116 aa  63.2  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1112  YCII-related  36.84 
 
 		 118 aa  63.2  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0499919 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8876  YCII-related protein  32.17 
 
 		 117 aa  63.2  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6291  DGPFAETKE family protein  35.94 
 
 		 123 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5202  YCII-related protein  29.75 
 
 		 122 aa  62.4  0.000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.136953  normal  0.501323 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0021  hypothetical protein  35.29 
 
 		 137 aa  60.8  0.000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.512817 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6406  DGPFAETKE family protein  31.58 
 
 		 123 aa  60.5  0.000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.177622  normal  0.634634 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0814  YCII-related protein  34.19 
 
 		 125 aa  60.5  0.000000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.487046  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4927  DGPFAETKE family protein  36.84 
 
 		 140 aa  60.5  0.000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0785882 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0226  YCII-related protein  37.93 
 
 		 113 aa  59.7  0.00000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2284  hypothetical protein  39.47 
 
 		 139 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0918561 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1126  DGPF domain-containing protein  41.79 
 
 		 145 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0193856  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4551  hypothetical protein  39.47 
 
 		 139 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.626002  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5538  DGPFAETKE family protein  36.84 
 
 		 140 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3812  DGPFAETKE family protein  39.47 
 
 		 139 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.471527 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3712  DGPFAETKE family protein  39.47 
 
 		 139 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3123  DGPFAETKE family protein  35 
 
 		 141 aa  58.9  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.265819  normal  0.0263064 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3531  DGPFAETKE family protein  38.81 
 
 		 143 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0545  YCII-related protein  35.9 
 
 		 118 aa  58.5  0.00000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.150513  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3323  YCII-related protein  26.23 
 
 		 120 aa  58.5  0.00000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0170058  normal  0.190231 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3713  DGPFAETKE family protein  35.79 
 
 		 140 aa  58.2  0.00000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.794137  normal  0.315323 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4943  DGPFAETKE family protein  34.29 
 
 		 120 aa  57.8  0.00000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2634  DGPF domain-containing protein  37.5 
 
 		 137 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.821675  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0261  hypothetical protein  35.79 
 
 		 137 aa  57.4  0.00000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0929  DGPF domain-containing protein  37.5 
 
 		 137 aa  57.4  0.00000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2519  DGPFAETKE  33.33 
 
 		 141 aa  57.4  0.00000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.278396  normal  0.095455 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1442  DGPF domain-containing protein  35.79 
 
 		 137 aa  57.4  0.00000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1639  DGPF domain-containing protein  35.79 
 
 		 137 aa  57.4  0.00000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1555  YCII-related  32.99 
 
 		 118 aa  57.4  0.00000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00194658  normal  0.0318419 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5460  hypothetical protein  30.77 
 
 		 120 aa  57.4  0.00000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.382977  normal  0.0527528 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2496  DGPF domain-containing protein  37.5 
 
 		 137 aa  57.4  0.00000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0294  DGPF domain-containing protein  35.79 
 
 		 137 aa  57.4  0.00000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.360873  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4492  hypothetical protein  28.07 
 
 		 122 aa  57  0.00000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.891813  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5220  hypothetical protein  28.07 
 
 		 122 aa  57.4  0.00000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4396  hypothetical protein  52.17 
 
 		 116 aa  57  0.00000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0759442  normal  0.0566576 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3256  hypothetical protein  31.18 
 
 		 143 aa  57  0.00000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5112  DGPFAETKE family protein  31.18 
 
 		 143 aa  57  0.00000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0955  DGPFAETKE family protein  35.4 
 
 		 114 aa  56.6  0.0000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.410711  normal  0.159018 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0534  DGPF domain-containing protein  34.74 
 
 		 137 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.362719  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3500  DGPFAETKE  40 
 
 		 147 aa  56.2  0.0000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.161886  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3708  DGPFAETKE family protein  38.81 
 
 		 145 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.229966  normal  0.769344 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3588  DGPFAETKE family protein  40 
 
 		 147 aa  56.6  0.0000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2170  YCII-related protein  42.65 
 
 		 113 aa  56.2  0.0000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.87091  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5169  DGPFAETKE family protein  31.11 
 
 		 143 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0803026 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0988  DGPF domain-containing protein  40.3 
 
 		 145 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0310  DGPF domain-containing protein  40.3 
 
 		 246 aa  55.5  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.471649  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0528  hypothetical protein  28.18 
 
 		 143 aa  55.5  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.252797  normal  0.454149 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5048  DGPFAETKE family protein  34.33 
 
 		 143 aa  55.5  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.291625  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4212  DGPFAETKE family protein  34.33 
 
 		 144 aa  55.5  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.380376 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0232  hypothetical protein  34.78 
 
 		 137 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8665  YCII-related protein  28.69 
 
 		 123 aa  55.8  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3657  YCII-related  40 
 
 		 147 aa  56.2  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3461  hypothetical protein  28.95 
 
 		 122 aa  55.5  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.102255  hitchhiker  0.00155442 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4525  DGPFAETKE family protein  35.82 
 
 		 143 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2210  YCII-related protein  34 
 
 		 133 aa  55.8  0.0000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.822068  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0384  DGPF domain-containing protein  40.3 
 
 		 145 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.391971  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0256  DGPF domain-containing protein  40.3 
 
 		 243 aa  55.5  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.162797  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1835  DGPF domain-containing protein  40.3 
 
 		 145 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.565065  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2831  DGPFAETKE family protein  31.18 
 
 		 138 aa  55.5  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.618861  normal  0.707195 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1339  DGPF domain-containing protein  40.3 
 
 		 145 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.071027  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2256  YCII-related protein  45.59 
 
 		 115 aa  55.1  0.0000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2629  YCII-related protein  36.75 
 
 		 118 aa  55.5  0.0000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  hitchhiker  0.00535413  normal  0.414588 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3455  YCII-related protein  37.29 
 
 		 118 aa  55.1  0.0000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46770  hypothetical protein  37.31 
 
 		 141 aa  54.7  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0208952  decreased coverage  0.000000131045 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4029  hypothetical protein  37.31 
 
 		 141 aa  54.7  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>