More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smal_R0083 on replicon NC_011071
Organism: Stenotrophomonas maltophilia R551-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011071  Smal_R0088  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000156507  normal  0.184684 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna50  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.000949027  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna57  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.000350129  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0004  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000767494  normal  0.0118778 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0083  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000277539  normal  0.33634 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0009  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.102248  normal  0.0119324 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0011  tRNA-Ile  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0000846583  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0005  tRNA-Ile  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.000000353567  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0005  tRNA-Ile  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000000168156  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0011  tRNA-Ile  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.0062166  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0007  tRNA-Ile  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.000593812  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0017  tRNA-Ile  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00000136136  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0058  tRNA-Ile  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00171421  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0104  tRNA-Ile  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000615074  normal  0.021037 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4845  tRNA-Ile  94.81 
 
 
79 bp  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0555625  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4265  tRNA-Ile  94.81 
 
 
79 bp  121  1.9999999999999998e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000229393  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0003  tRNA-Ile  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000253245  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4293  tRNA-Ile  94.81 
 
 
79 bp  121  1.9999999999999998e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000401395  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ile-1  tRNA-Ile  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0697106  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ile-2  tRNA-Ile  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0142737  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4204  tRNA-Ile  94.81 
 
 
79 bp  121  1.9999999999999998e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000054398  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0059  tRNA-Ile  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000373197  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t03  tRNA-Ile  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t09  tRNA-Ile  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0116209  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t15  tRNA-Ile  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.160114  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t42  tRNA-Ile  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.158841  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t63  tRNA-Ile  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.07883  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA14  tRNA-Ile  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0900551  normal  0.0100999 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA5  tRNA-Ile  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0174877  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA51  tRNA-Ile  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000929539  normal  0.303665 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA73  tRNA-Ile  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00020083  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA82  tRNA-Ile  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000191187  normal  0.0192687 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6152  tRNA-Ile  94.81 
 
 
79 bp  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0718757  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R13  tRNA-Ile  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000158888  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R2  tRNA-Ile  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00567165  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R42  tRNA-Ile  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000533032  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R59  tRNA-Ile  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000380652  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R80  tRNA-Ile  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000887019  hitchhiker  0.00768268 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R93  tRNA-Ile  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000022565  normal  0.756494 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0046  tRNA-Ile  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000007266  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0002  tRNA-Ile  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000811561  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0012  tRNA-Ile  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000226616  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0056  tRNA-Ile  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00138336  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0078  tRNA-Ile  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000000836991  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0086  tRNA-Ile  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00068353  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0626  tRNA-Ile  94.81 
 
 
79 bp  121  1.9999999999999998e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000339545  normal  0.0175706 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0127  tRNA-Ile  94.81 
 
 
79 bp  121  1.9999999999999998e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000449492  normal  0.0406776 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0043  tRNA-Ile  95.89 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0053  tRNA-Ile  95.89 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tIle01  tRNA-Ile  94.81 
 
 
80 bp  121  1.9999999999999998e-26  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tIle02  tRNA-Ile  94.81 
 
 
80 bp  121  1.9999999999999998e-26  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0812  tRNA-Ile  94.81 
 
 
79 bp  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.460941  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0468  tRNA-Ile  94.81 
 
 
79 bp  121  1.9999999999999998e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000056688  normal  0.0165845 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0002  tRNA-Ile  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.961834  normal  0.0827717 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0014  tRNA-Ile  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0031  tRNA-Ile  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5402  tRNA-Ile  94.81 
 
 
79 bp  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0831781  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60000  tRNA-Ile  94.59 
 
 
74 bp  115  2.0000000000000002e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0181661  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60550  tRNA-Ile  94.59 
 
 
74 bp  115  2.0000000000000002e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.000429447  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60160  tRNA-Ile  94.59 
 
 
74 bp  115  2.0000000000000002e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.000736838  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60090  tRNA-Ile  94.59 
 
 
74 bp  115  2.0000000000000002e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.270982  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60380  tRNA-Ile  94.59 
 
 
74 bp  115  2.0000000000000002e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0553441  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08580  tRNA-Ile  94.59 
 
 
74 bp  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000150356 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55635  tRNA-Ile  94.59 
 
 
74 bp  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.269622 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62080  tRNA-Ile  94.59 
 
 
74 bp  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0500428 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70900  tRNA-Ile  94.59 
 
 
74 bp  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.335626 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60340  tRNA-Ile  94.59 
 
 
74 bp  115  2.0000000000000002e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0530046  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0042  tRNA-Ile  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0171814  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0032  tRNA-Ile  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000441039  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0011  tRNA-Ile  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00277001  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0037  tRNA-Ile  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000489104  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0044  tRNA-Ile  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0477159  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0052  tRNA-Ile  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000626175  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0046  tRNA-Ile  94.52 
 
 
77 bp  113  6e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0008  tRNA-Ile  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.0000696824  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0005  tRNA-Ile  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00223739  hitchhiker  0.00317207 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0023  tRNA-Ile  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000132688  unclonable  0.00000666123 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0051  tRNA-Ile  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0295502  normal  0.790944 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0035  tRNA-Ile  93.42 
 
 
77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1610  tRNA-Ile  93.42 
 
 
77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0020  tRNA-Ile  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0504823  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0007  tRNA-Ile  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000911687  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0022  tRNA-Ile  93.15 
 
 
77 bp  105  1e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.368494 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0002  tRNA-Ile  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0365419  normal  0.118397 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t064  tRNA-Ile  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt40  tRNA-Ile  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt40  tRNA-Ile  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0117  tRNA-Ile  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000183962  hitchhiker  0.000210385 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0005  tRNA-Ile  93.15 
 
 
77 bp  105  1e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0019  tRNA-Ile  93.15 
 
 
77 bp  105  1e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0045  tRNA-Ile  93.15 
 
 
77 bp  105  1e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.165882  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0063  tRNA-Ile  93.15 
 
 
77 bp  105  1e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0081  tRNA-Ile  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000962065  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0008  tRNA-Ile  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0289136  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0118  tRNA-Ile  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000845195  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0175  tRNA-Ile  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0770081  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0036  tRNA-Ile  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0271306  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0070  tRNA-Ile  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000447214  normal  0.107395 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0135  tRNA-Ile  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000335927  normal  0.0144188 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0010  tRNA-Ile  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000891119  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>