297 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smal_R0061 on replicon NC_011071
Organism: Stenotrophomonas maltophilia R551-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011071  Smal_R0061  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna25  tRNA-Ser  98.89 
 
 		 90 bp  170  4e-41  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.0000226123  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna26  tRNA-Ser  98.89 
 
 		 90 bp  170  4e-41  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.540451  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0063  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 88 bp  85.7  0.000000000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.874124  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0001  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  85.7  0.000000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0018  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0038  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0027  tRNA-Ser  97.83 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0035  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.181882  normal  0.666229 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0027  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 88 bp  81.8  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0027  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 88 bp  81.8  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0851644  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0045  tRNA-Ser  89.71 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.103835  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0064  tRNA-Ser  89.71 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0059  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.98639 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0061  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.388434  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt03  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.038347  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0042  tRNA-Ser  86.81 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0043  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0526  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  77.8  0.0000000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0021  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.846979  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0815  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0378889  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0051  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.7492  normal  0.229095 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0060  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.100748  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0414  tRNA-Ser  90.77 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000002  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.897542  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0008  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.109766  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0040  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 88 bp  73.8  0.000000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000505544  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0059  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 87 bp  73.8  0.000000000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00023  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 88 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.115823  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0052  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 88 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000218477  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4663  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000383735  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1150  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.14508  normal  0.321314 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0046  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.557666 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1162  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.520358 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1128  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  8.93394e-25 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1206  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0037  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.624734  normal  0.0421417 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0030  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.849468  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0042  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 88 bp  71.9  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.760649  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tSer03  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 93 bp  71.9  0.00000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000286931  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5026  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 88 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000747875  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1045  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.395551  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2775  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0559618  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1195  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0041  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 88 bp  71.9  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.985035  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0065  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 88 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0269499  hitchhiker  0.0000672663 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2147  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0226086  normal  0.478396 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA21  tRNA-Ser  97.44 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.213698  normal  0.11304 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0026    97.44 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0760613  normal  0.460066 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0022  tRNA-Ser  97.44 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  67.9  0.0000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000844947  hitchhiker  0.0000061408 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0051  tRNA-Ser  97.37 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0027  tRNA-Ser  88.24 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.896039  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0010  tRNA-Ser  88.24 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0026  tRNA-Ser  88.24 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.580647  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0038  tRNA-Ser  86.11 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0009  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0043  tRNA-Ser  95 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60250  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0038  tRNA-Ser  95 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.64209  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0056  tRNA-Ser  95 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000159077  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0165  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0038  tRNA-Ser  95 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0957945 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2605  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 92 bp  63.9  0.000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.164026  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0030  tRNA-Ser  86.11 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.993805 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0047  tRNA-Ser  95 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.047697  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0097  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  63.9  0.000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0107664  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0058  tRNA-Ser  95 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.345279  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30420  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0049  tRNA-Ser  95 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2548  tRNA-Ser  91.49 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.221952  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1628  tRNA-Ser  91.49 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000100437  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0016  tRNA-Ser  93.62 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0019  tRNA-Ser  93.62 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0016  tRNA-Ser  93.62 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0019  tRNA-Ser  93.62 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0013  tRNA-Ser  83.91 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0005  tRNA-Ser  100 
 
 		 95 bp  61.9  0.00000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000565734  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0045  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 93 bp  61.9  0.00000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.331692  normal  0.842415 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0048  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.813738  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0068  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.639898  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1445  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000299602  normal  0.74415 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0051    100 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0043  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.106219  normal  0.177899 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0041  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  60  0.00000009  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.368592 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0003  tRNA-Ser  100 
 
 		 96 bp  60  0.00000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000368524  hitchhiker  0.00000112362 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0015  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.530597 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA6  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0069  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.234081 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0023  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.928958  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0059  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00925485  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4245  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000123139  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0050  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  60  0.00000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000005871  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0073  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000673451  normal  0.952088 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  86.76 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3054  tRNA-Ser  86.76 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2643  tRNA-Ser  86.76 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3020  tRNA-Ser  86.76 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.419002  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1969  tRNA-Ser  86.76 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.156913  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>