More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smal_R0016 on replicon NC_011071
Organism: Stenotrophomonas maltophilia R551-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011071  Smal_R0016  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000070019  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna5  tRNA-Gly  98.65 
 
 		 74 bp  139  1e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.627053  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0053  tRNA-Gly  98.65 
 
 		 74 bp  139  1e-31  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0000000118359  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0053  tRNA-Gly  98.65 
 
 		 74 bp  139  1e-31  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.000000000571258  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0003  tRNA-Gly  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Gly-1  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00109047  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0036  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.048485  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0057  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0309  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  hitchhiker  0.00278593  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0043  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000110087  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0005  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000107449  hitchhiker  0.00000669742 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0062  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0049  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000210611  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0049  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.401783  normal  0.991667 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0004  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0059  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000205536  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0057  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.90337 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0056  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.661302  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0067  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.38974  normal  0.157236 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0009  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000197964  hitchhiker  0.00000895065 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0016  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.827613  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0050  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000235663  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0005  tRNA-Gly  92.65 
 
 		 74 bp  95.6  1e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000162881  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60030  tRNA-Gly  96.36 
 
 		 71 bp  93.7  5e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0007  tRNA-Gly  96.36 
 
 		 74 bp  93.7  5e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000010318  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0820  tRNA-Gly  96.36 
 
 		 74 bp  93.7  5e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0945604  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0068  tRNA-Gly  96.36 
 
 		 74 bp  93.7  5e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.911099  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09150  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0613367 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0030  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000137956  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt05  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt05  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0011  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000624107  normal  0.164759 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0054  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.809782  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0034  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000457466  normal  0.978086 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0026  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.594992  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0002  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0003  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0056  tRNA-Gly  90.41 
 
 		 74 bp  89.7  8e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0016  tRNA-Gly  90.41 
 
 		 74 bp  89.7  8e-17  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.511994  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t06  tRNA-Gly  97.87 
 
 		 71 bp  85.7  0.000000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.000883403  unclonable  0.000000195442 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t06  tRNA-Gly  97.87 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.490066  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA68  tRNA-Gly  97.87 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000000111768  normal  0.639487 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0036  tRNA-Gly  90.14 
 
 		 71 bp  85.7  0.000000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.828148  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0017  tRNA-Gly  90.14 
 
 		 71 bp  85.7  0.000000000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.162954  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R88  tRNA-Gly  97.87 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000223228  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAGlyVIMSS1309344  tRNA-Gly  90.14 
 
 		 71 bp  85.7  0.000000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08660  tRNA-Gly  94.55 
 
 		 71 bp  85.7  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000214078  hitchhiker  0.000527439 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0015  tRNA-Gly  97.87 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000649804  normal  0.0121052 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0085  tRNA-Gly  97.87 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000318176  normal  0.990431 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0041  tRNA-Gly  91.04 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.771709  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0018  tRNA-Gly  97.87 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0132435  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAGlyVIMSS1309190  tRNA-Gly  90.14 
 
 		 71 bp  85.7  0.000000000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.179054  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Gly-2  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Gly-5  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0019  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0034  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0057  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0032  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000000435638  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0032  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000507298  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0004  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.50659  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0004  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0263126  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0071  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000022788  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0026  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.768519  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0062  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0071  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000000447795  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0004  tRNA-Gly  89.04 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.017851 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0033  tRNA-Gly  91.8 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.170039 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25240  tRNA-Gly  89.04 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt10  tRNA-Gly  88.89 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt10  tRNA-Gly  88.89 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0060  tRNA-Gly  89.71 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0331  tRNA-Gly  89.71 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.222457  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35500  tRNA-Gly  89.71 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0024  tRNA-Gly  90.67 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.00000000390894  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0053  tRNA-Gly  89.33 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000611222  hitchhiker  0.00795761 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0067  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 71 bp  77.8  0.0000000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.294367 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09500  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0064  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0049  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.111127  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_09060  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.0250104 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0045  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.223661  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0047  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0122655  normal  0.0125348 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0025  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0052  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000802106  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0086  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.795168  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12430  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0011  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0318  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000203347  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1872  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0196085  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0092  tRNA-Gly  97.5 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000154336  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0035  tRNA-Gly  91.07 
 
 		 71 bp  71.9  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00235  tRNA-Gly  97.5 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4473  tRNA-Gly  97.5 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.0000778472  hitchhiker  0.000364054 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5034  tRNA-Gly  97.5 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.616369  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5030  tRNA-Gly  97.5 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.539673  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06159  tRNA-Gly  97.5 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5102  tRNA-Gly  97.5 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000061566  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02828  tRNA-Gly  97.5 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4476  tRNA-Gly  97.5 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.0000038079  hitchhiker  0.00000000000000785716 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4695  tRNA-Gly  97.5 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  5.29308e-16  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>