More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smal_3591 on replicon NC_011071
Organism: Stenotrophomonas maltophilia R551-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009483  Gura_3689  DNA topoisomerase I  54.74 
 
 
756 aa  679    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000324271  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3508  DNA topoisomerase I  44.56 
 
 
909 aa  661    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.989959 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2549  DNA topoisomerase I  55.22 
 
 
757 aa  667    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0550694  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0932  DNA topoisomerase I  42.63 
 
 
914 aa  647    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.231933  normal  0.891499 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1756  DNA topoisomerase I  42.86 
 
 
904 aa  639    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2839  DNA topoisomerase I  61 
 
 
768 aa  779    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3417  DNA topoisomerase I  45.55 
 
 
961 aa  657    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0414891  normal  0.668216 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0569  DNA topoisomerase I  42.25 
 
 
877 aa  639    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04049  DNA topoisomerase I  87.28 
 
 
830 aa  1421    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1005  DNA topoisomerase I  44.44 
 
 
894 aa  643    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.387965  normal  0.975115 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0604  DNA topoisomerase I  42.59 
 
 
877 aa  644    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3847  DNA topoisomerase I  46.01 
 
 
977 aa  654    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0674028 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3266  DNA topoisomerase I  54.75 
 
 
758 aa  663    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000837338  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3591  DNA topoisomerase I  100 
 
 
824 aa  1675    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.405231  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2652  DNA topoisomerase I  60.03 
 
 
759 aa  749    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2522  DNA topoisomerase I  60.03 
 
 
759 aa  749    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0729  DNA topoisomerase I  44.91 
 
 
891 aa  647    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.074453  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0010  DNA topoisomerase I  49.76 
 
 
857 aa  738    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.301606 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1712  DNA topoisomerase I  44.8 
 
 
911 aa  636    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.583112  normal  0.397735 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3010  DNA topoisomerase I  59.32 
 
 
783 aa  959    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.846821  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1645  DNA topoisomerase I  43.9 
 
 
924 aa  651    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.247282 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1869  DNA topoisomerase I  79.43 
 
 
815 aa  1358    Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2100  DNA topoisomerase I  58.9 
 
 
765 aa  769    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.000378679  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0891  DNA topoisomerase I  55.68 
 
 
758 aa  687    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000570299  decreased coverage  1.1513e-16 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2711  DNA topoisomerase I  51.79 
 
 
779 aa  642    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000391579  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1505  DNA topoisomerase I  45.1 
 
 
896 aa  653    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.143439 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3202  DNA topoisomerase I  47.37 
 
 
915 aa  668    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2419  DNA topoisomerase I  45.13 
 
 
911 aa  646    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0527527  normal  0.116125 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0227  DNA topoisomerase I  51.79 
 
 
845 aa  788    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0428468  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3033  DNA topoisomerase I  45.37 
 
 
914 aa  647    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.298843  normal  0.412116 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2326  DNA topoisomerase I  60.69 
 
 
799 aa  944    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.240337  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3914  DNA topoisomerase I  44.06 
 
 
901 aa  657    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.445243  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3535  DNA topoisomerase I  45.66 
 
 
911 aa  646    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3631  DNA topoisomerase I  44.18 
 
 
910 aa  653    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.391987 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2831  DNA topoisomerase I  45.19 
 
 
894 aa  677    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.442826 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0016  DNA topoisomerase I  59.33 
 
 
851 aa  746    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.954343  normal  0.0614036 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2090  DNA topoisomerase I  62.65 
 
 
834 aa  961    Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.475207  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2632  DNA topoisomerase I  61.87 
 
 
797 aa  1003    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.080388  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1282  DNA topoisomerase I  44.75 
 
 
867 aa  667    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.390974  normal  0.233625 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1529  DNA topoisomerase I  52.11 
 
 
779 aa  643    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  6.23259e-34 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0015  DNA topoisomerase I  59.33 
 
 
851 aa  746    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3671  DNA topoisomerase I  42.25 
 
 
885 aa  642    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0086  DNA topoisomerase I  58.74 
 
 
765 aa  766    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.0000000043689  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1934  DNA topoisomerase I  79.43 
 
 
815 aa  1356    Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3660  DNA topoisomerase I  53.21 
 
 
783 aa  669    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.739108  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0528  DNA topoisomerase I  53.28 
 
 
776 aa  661    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000697651  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3308  DNA topoisomerase I  44.18 
 
 
910 aa  654    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.603325 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2277  DNA topoisomerase I  59.45 
 
 
854 aa  981    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0137658 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0191  DNA topoisomerase I  63.38 
 
 
823 aa  984    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2437  DNA topoisomerase I  45.16 
 
 
936 aa  635  1e-180  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0547767  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1354  DNA topoisomerase I  43.17 
 
 
849 aa  633  1e-180  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.75959  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0843  DNA topoisomerase I  41.19 
 
 
869 aa  632  1e-180  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.077347  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2316  DNA topoisomerase I  44.26 
 
 
880 aa  629  1e-179  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0406  DNA topoisomerase I  52.52 
 
 
841 aa  627  1e-178  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.064646  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0659  DNA topoisomerase I  43.42 
 
 
851 aa  627  1e-178  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.579537  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0850  DNA topoisomerase I  44.5 
 
 
884 aa  625  1e-177  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.999873  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1387  DNA topoisomerase I  42.52 
 
 
884 aa  624  1e-177  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.903307  normal  0.17492 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2178  DNA topoisomerase I  44.5 
 
 
884 aa  625  1e-177  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4733  DNA topoisomerase I  44.96 
 
 
916 aa  619  1e-176  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.767724  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2239  DNA topoisomerase I  45.18 
 
 
922 aa  621  1e-176  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0515029  normal  0.0535493 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1295  DNA topoisomerase I  42.04 
 
 
884 aa  620  1e-176  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.722616  decreased coverage  0.00167989 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1210  DNA topoisomerase I  44.99 
 
 
792 aa  612  9.999999999999999e-175  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00167448  hitchhiker  0.000869825 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4350  DNA topoisomerase I  45.65 
 
 
913 aa  605  9.999999999999999e-173  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.350571  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1803  DNA topoisomerase I  43.76 
 
 
859 aa  605  9.999999999999999e-173  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.120095  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0750  DNA topoisomerase I  40.58 
 
 
820 aa  606  9.999999999999999e-173  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1955  DNA topoisomerase I  45.92 
 
 
784 aa  607  9.999999999999999e-173  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.3591  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3826  DNA topoisomerase I  43.48 
 
 
852 aa  602  1.0000000000000001e-171  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.801079  normal  0.0383535 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3309  DNA topoisomerase I  44.7 
 
 
888 aa  600  1e-170  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1211  DNA topoisomerase I  42.38 
 
 
849 aa  600  1e-170  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2339  DNA topoisomerase I  41.95 
 
 
893 aa  598  1e-169  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.786994  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD1133  DNA topoisomerase I  41.71 
 
 
816 aa  595  1e-168  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2343  DNA topoisomerase I  44.33 
 
 
841 aa  593  1e-168  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.767533 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2189  DNA topoisomerase I  43.41 
 
 
857 aa  595  1e-168  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.824425  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00715  DNA topoisomerase I  45.02 
 
 
841 aa  591  1e-167  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.446013  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1430  DNA topoisomerase I  48.33 
 
 
789 aa  586  1e-166  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.000308935  decreased coverage  0.00155997 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0334  DNA topoisomerase I  43.13 
 
 
825 aa  586  1e-166  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0196  DNA topoisomerase  41.88 
 
 
835 aa  585  1.0000000000000001e-165  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1150  hypothetical protein  42.11 
 
 
780 aa  579  1e-164  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0323  DNA topoisomerase I  39.83 
 
 
820 aa  579  1e-164  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0218677  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1690  DNA topoisomerase I  49.76 
 
 
836 aa  581  1e-164  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0132784  unclonable  0.00000000244427 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1851  DNA topoisomerase I  43.51 
 
 
839 aa  576  1.0000000000000001e-163  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0485  DNA topoisomerase I  47.16 
 
 
711 aa  575  1.0000000000000001e-162  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2030  DNA topoisomerase I  42.06 
 
 
894 aa  571  1e-161  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0825092  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1137  DNA topoisomerase I  42.47 
 
 
900 aa  570  1e-161  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3160  DNA topoisomerase I  39.82 
 
 
907 aa  569  1e-161  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.973259  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1347  DNA topoisomerase I  49.3 
 
 
780 aa  568  1e-160  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000873362  unclonable  0.0000000469192 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4545  DNA topoisomerase I  41.45 
 
 
926 aa  568  1e-160  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1984  DNA topoisomerase I  46.57 
 
 
710 aa  564  1.0000000000000001e-159  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.073944  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0754  DNA topoisomerase I  43.27 
 
 
788 aa  558  1e-157  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1223  DNA topoisomerase I  45.61 
 
 
697 aa  553  1e-156  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0213  DNA topoisomerase I  47.28 
 
 
767 aa  555  1e-156  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00304522  normal  0.312261 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2001  DNA topoisomerase I  39.65 
 
 
964 aa  550  1e-155  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4953  DNA topoisomerase I  39.5 
 
 
946 aa  551  1e-155  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.47647  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3340  DNA topoisomerase  43.1 
 
 
853 aa  546  1e-154  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.1537  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1972  DNA topoisomerase I  40.19 
 
 
898 aa  546  1e-154  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0600  DNA topoisomerase I  46.28 
 
 
711 aa  544  1e-153  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00101448  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2693  DNA topoisomerase I  48.74 
 
 
813 aa  544  1e-153  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.305019  normal  0.0402807 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0657  DNA topoisomerase I  38.91 
 
 
913 aa  543  1e-153  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4389  DNA topoisomerase I  47.1 
 
 
793 aa  542  9.999999999999999e-153  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00166014  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1704  DNA topoisomerase I  39.86 
 
 
858 aa  538  1e-151  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.11411  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>