More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smal_2691 on replicon NC_011071
Organism: Stenotrophomonas maltophilia R551-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011071  Smal_2691  RNA-binding S4 domain protein  100 
 
 		 549 aa  1070    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1556  RNA-binding S4 domain-containing protein  67.05 
 
 		 476 aa  643    Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0137817  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00871  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  77.91 
 
 		 546 aa  696    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.538678  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1613  pseudouridylate synthase  66.67 
 
 		 476 aa  641    Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.230616  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3394  RNA-binding S4 domain-containing protein  56.81 
 
 		 300 aa  271  2e-71  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000468714  normal  0.359184 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1951  hypothetical protein  52.45 
 
 		 386 aa  266  5.999999999999999e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0106658  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23110  hypothetical protein  52.1 
 
 		 386 aa  266  1e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000760883 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15730  Pseudouridine synthase  51.12 
 
 		 382 aa  265  2e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1162  RNA-binding S4 domain-containing protein  57.26 
 
 		 328 aa  261  2e-68  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2436  pseudouridine synthase, Rsu  56.03 
 
 		 290 aa  260  4e-68  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0851  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  57.14 
 
 		 286 aa  260  5.0000000000000005e-68  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000682568  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1228  pseudouridine synthase, Rsu  51.66 
 
 		 317 aa  259  7e-68  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000379641  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1492  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  54.84 
 
 		 405 aa  258  1e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0450106  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1437  pseudouridine synthase, Rsu  56.42 
 
 		 290 aa  258  1e-67  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.204063  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1648  pseudouridine synthase  54.86 
 
 		 290 aa  258  2e-67  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000180778  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1841  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  55.08 
 
 		 385 aa  258  2e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1416  RNA-binding S4 domain-containing protein  51.65 
 
 		 355 aa  258  3e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.504489  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1815  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  55.02 
 
 		 408 aa  257  3e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3581  pseudouridine synthase, Rsu  55.02 
 
 		 409 aa  257  3e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4002  RNA-binding S4 domain-containing protein  51.65 
 
 		 355 aa  258  3e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000006993 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3785  RNA-binding S4 domain-containing protein  51.65 
 
 		 354 aa  257  3e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000422758 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1691  pseudouridine synthase  54.51 
 
 		 288 aa  258  3e-67  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.58425  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2907  pseudouridine synthase  56.15 
 
 		 287 aa  257  3e-67  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.191084  normal  0.0790045 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2124  pseudouridine synthase, Rsu  56.97 
 
 		 295 aa  257  3e-67  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.380507  normal  0.682206 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2246  pseudouridine synthase  53.67 
 
 		 293 aa  257  3e-67  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041999 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1669  RNA-binding S4 domain protein  55.2 
 
 		 291 aa  257  5e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00289659  hitchhiker  0.000456402 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2796  RNA-binding S4 domain-containing protein  55.2 
 
 		 291 aa  257  5e-67  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.479983  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2696  pseudouridine synthase  55.2 
 
 		 291 aa  257  5e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.764496  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2717  pseudouridine synthase  55.2 
 
 		 291 aa  257  5e-67  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.374808  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2398  pseudouridine synthase  55.2 
 
 		 291 aa  256  7e-67  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0731299  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2201  23S rRNA pseudouridylate synthase B  52.54 
 
 		 291 aa  255  1.0000000000000001e-66  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000312166 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0743  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  55.98 
 
 		 325 aa  255  2.0000000000000002e-66  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.405122  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2824  pseudouridine synthase, Rsu  53.94 
 
 		 289 aa  254  3e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.564406  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3519  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  54.09 
 
 		 355 aa  254  4.0000000000000004e-66  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2309  23S rRNA pseudouridylate synthase B  49.83 
 
 		 344 aa  254  4.0000000000000004e-66  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1063  pseudouridine synthase  55.2 
 
 		 293 aa  253  7e-66  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1851  23S rRNA pseudouridylate synthase B  56.57 
 
 		 291 aa  252  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.269412 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1427  23S rRNA pseudouridylate synthase B  56.57 
 
 		 291 aa  252  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.535105  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2039  23S rRNA pseudouridylate synthase B  49.83 
 
 		 344 aa  252  1e-65  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1609  23S rRNA pseudouridylate synthase B  56.57 
 
 		 291 aa  252  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000305854 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1846  23S rRNA pseudouridylate synthase B  56.57 
 
 		 291 aa  252  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.539759  hitchhiker  0.0000324002 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1909  23S rRNA pseudouridylate synthase B  56.57 
 
 		 291 aa  252  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000521291 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01245  23S rRNA pseudouridylate synthase  56.57 
 
 		 291 aa  251  2e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2380  pseudouridine synthase  56.57 
 
 		 291 aa  251  2e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.227728  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2359  23S rRNA pseudouridylate synthase B  56.57 
 
 		 291 aa  251  2e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.666226  hitchhiker  0.000000402657 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01255  hypothetical protein  56.57 
 
 		 291 aa  251  2e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1928  23S rRNA pseudouridylate synthase B  49.83 
 
 		 318 aa  251  2e-65  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.521525  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1378  23S rRNA pseudouridylate synthase B  56.57 
 
 		 291 aa  251  2e-65  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1901  23S rRNA pseudouridylate synthase B  56.57 
 
 		 290 aa  251  2e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000316134 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1722  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  52.61 
 
 		 398 aa  251  2e-65  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.950771  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1864  23S rRNA pseudouridylate synthase B  56.57 
 
 		 291 aa  251  2e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000661811 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1467  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  55.2 
 
 		 291 aa  251  2e-65  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.807732  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1533  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  55.2 
 
 		 291 aa  251  2e-65  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000439021  normal  0.0168974 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1467  23S rRNA pseudouridylate synthase B  56.57 
 
 		 290 aa  251  2e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1525  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  55.2 
 
 		 291 aa  251  2e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00489615 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1493  23S rRNA pseudouridylate synthase B  56.57 
 
 		 290 aa  250  4e-65  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2662  23S rRNA pseudouridylate synthase B  51.84 
 
 		 299 aa  250  6e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.783064  hitchhiker  0.000000512691 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2010  23S rRNA pseudouridylate synthase B  52.57 
 
 		 294 aa  248  3e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.606088  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0800  pseudouridine synthase family 1 protein  51.84 
 
 		 321 aa  247  4e-64  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1929  23S rRNA pseudouridylate synthase B  51.47 
 
 		 289 aa  247  4e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2311  23S rRNA pseudouridylate synthase B  52.21 
 
 		 294 aa  246  6.999999999999999e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.909741  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2169  23S rRNA pseudouridylate synthase B  50.74 
 
 		 301 aa  245  9.999999999999999e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.310222  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1089  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  54.55 
 
 		 290 aa  245  1.9999999999999999e-63  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.164298  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1759  RNA pseudouridine synthase family protein  51.22 
 
 		 554 aa  243  6e-63  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.282053  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4638  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  49.4 
 
 		 588 aa  243  7e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.386925  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1379  pseudouridine synthase, Rsu  50.2 
 
 		 572 aa  243  7e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1419  RNA-binding S4 domain-containing protein  50.2 
 
 		 572 aa  243  7.999999999999999e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0617825 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0877  RNA pseudouridine synthase family protein  52.26 
 
 		 244 aa  243  7.999999999999999e-63  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0984  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  52.26 
 
 		 244 aa  243  7.999999999999999e-63  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1855  pseudouridine synthase, Rsu  50.63 
 
 		 315 aa  243  9e-63  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2455  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  52.36 
 
 		 340 aa  242  1e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.155456  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1689  pseudouridine synthase  51.25 
 
 		 379 aa  242  1e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0924391  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1912  RNA pseudouridylate synthase family protein  50.81 
 
 		 513 aa  242  1e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.402665  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2873  pseudouridine synthase  54.58 
 
 		 736 aa  242  1e-62  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1737  RNA pseudouridine synthase family protein  50.81 
 
 		 554 aa  242  1e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0207122  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2823  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  49.19 
 
 		 633 aa  242  1e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1473  RNA-binding S4 domain-containing protein  49.8 
 
 		 586 aa  242  1e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.780813  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1510  RNA pseudouridine synthase family protein  50.81 
 
 		 554 aa  242  2e-62  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0178  RNA pseudouridine synthase family protein  50.81 
 
 		 554 aa  242  2e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00491144  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0988  RNA pseudouridine synthase family protein  50.81 
 
 		 554 aa  242  2e-62  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1016  pseudouridine synthase, Rsu  49.8 
 
 		 586 aa  242  2e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.718536  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1497  pseudouridine synthase, Rsu  49.8 
 
 		 586 aa  242  2e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2567  RNA pseudouridylate synthase family protein  50.81 
 
 		 502 aa  241  2.9999999999999997e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00446007  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003093  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  51.72 
 
 		 312 aa  240  4e-62  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00130129  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1758  pseudouridine synthase  49.8 
 
 		 554 aa  240  5.999999999999999e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.324653  normal  0.0138956 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1629  pseudouridine synthase  49.19 
 
 		 626 aa  238  1e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621954 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1064  RNA pseudouridylate synthase family protein  50 
 
 		 380 aa  239  1e-61  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1159  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B (rRNA pseudouridylate synthase B)  47.65 
 
 		 354 aa  239  1e-61  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.374483  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02753  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase  51.92 
 
 		 312 aa  239  1e-61  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02283  pseudouridine synthase (makes pseudouridine2605 in 23 S RNA)  52.76 
 
 		 298 aa  238  2e-61  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.268189  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2010  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  54.1 
 
 		 268 aa  238  2e-61  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.154184  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0581  pseudouridine synthase  55.42 
 
 		 278 aa  238  2e-61  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.826332  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1732  pseudouridine synthase  49.19 
 
 		 597 aa  237  3e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2001  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  52.92 
 
 		 686 aa  238  3e-61  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.850732  normal  0.19762 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1867  pseudouridine synthase  50.4 
 
 		 527 aa  235  1.0000000000000001e-60  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.919575  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1041  pseudouridine synthase, Rsu  52.67 
 
 		 268 aa  235  2.0000000000000002e-60  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0593866  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5024  pseudouridine synthase  52.5 
 
 		 467 aa  235  2.0000000000000002e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.114157  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1872  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  47.49 
 
 		 383 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2613  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  52.08 
 
 		 544 aa  233  9e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0609714  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1165  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  52.08 
 
 		 447 aa  232  1e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>