More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smal_2649 on replicon NC_011071
Organism: Stenotrophomonas maltophilia R551-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011071  Smal_2649  cold-shock DNA-binding domain protein  100 
 
 
69 aa  140  8e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.139093  normal  0.222327 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0985  cold-shock domain-contain protein  75.36 
 
 
165 aa  114  5e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.693181  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1022  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75.36 
 
 
69 aa  112  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.908302 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11700  Cold shock domain family protein  77.61 
 
 
70 aa  109  1.0000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0476912  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1879  cold-shock DNA-binding domain protein  76.12 
 
 
70 aa  109  1.0000000000000001e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.753141 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4233  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  76.12 
 
 
70 aa  108  3e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04812  hypothetical protein  86.89 
 
 
61 aa  107  4.0000000000000004e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1625  cold-shock DNA-binding domain protein  71.01 
 
 
69 aa  105  2e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.778402  normal  0.204275 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0990  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.46 
 
 
70 aa  104  4e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0731178  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4519  cold-shock DNA-binding protein family protein  75.38 
 
 
66 aa  104  5e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3523  cold-shock DNA-binding protein family protein  73.13 
 
 
70 aa  103  6e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.32154 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1855  cold acclimation protein B  69.57 
 
 
69 aa  103  1e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0386681  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1094  cold-shock protein, DNA-binding  71.64 
 
 
70 aa  102  1e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00306206  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21760  cold acclimation protein B  69.57 
 
 
69 aa  103  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.342335  normal  0.456476 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1274  cold shock domain family protein  71.64 
 
 
70 aa  102  2e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49410  cold-shock protein  69.57 
 
 
69 aa  101  3e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000191939  normal  0.274128 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4220  cold-shock protein  69.57 
 
 
69 aa  101  3e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39180  Cold-shock-like protein  71.21 
 
 
69 aa  101  3e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197755  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17950  Cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 
69 aa  101  3e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.140008  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4145  cold shock protein CapB  66.67 
 
 
69 aa  101  4e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3884  cold-shock protein, DNA-binding  66.67 
 
 
69 aa  101  4e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.218294  normal  0.489383 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1201  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.67 
 
 
69 aa  101  4e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.227908 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2098  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.31 
 
 
73 aa  101  4e-21  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2186  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.31 
 
 
73 aa  101  4e-21  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.541208  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4356  cold-shock DNA-binding protein family protein  72.31 
 
 
66 aa  101  4e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.184389 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1407  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.22 
 
 
69 aa  100  5e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0231172  normal  0.970454 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2536  cold-shock DNA-binding protein family protein  71.01 
 
 
69 aa  100  5e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.532819  normal  0.0603654 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1894  cold-shock DNA-binding protein family protein  75.38 
 
 
66 aa  100  6e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00218073  hitchhiker  0.000840233 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0559  putative cold-shock protein  68.66 
 
 
69 aa  100  7e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05960  putative cold-shock protein  68.66 
 
 
69 aa  100  7e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.979044  normal  0.17642 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4395  cold-shock DNA-binding protein  69.7 
 
 
70 aa  99.8  1e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.314613 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3069  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.67 
 
 
69 aa  99.8  1e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0986156  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1960  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.65 
 
 
70 aa  99  2e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.507319  normal  0.106232 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1128  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.18 
 
 
69 aa  98.2  3e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4313  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.18 
 
 
69 aa  98.2  3e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1929  cold-shock DNA-binding protein family protein  69.57 
 
 
70 aa  98.6  3e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00237274  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0769  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.22 
 
 
71 aa  98.2  4e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000056179  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3483  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.12 
 
 
70 aa  97.4  6e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.207055  normal  0.0338515 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1085  cold-shock DNA-binding protein family protein  68.18 
 
 
69 aa  97.1  7e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0927739  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1475  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.77 
 
 
71 aa  97.1  8e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1099  cold-shock domain-contain protein  62.69 
 
 
69 aa  96.7  9e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0660556  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1139  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.69 
 
 
69 aa  96.7  9e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.159877  normal  0.955199 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0942  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.77 
 
 
71 aa  96.7  9e-20  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2376  cold shock domain family protein  67.65 
 
 
70 aa  95.9  1e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.85246  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1257  putative cold shock-like protein  68.57 
 
 
70 aa  96.3  1e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.143325 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4097  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 
69 aa  95.5  2e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0272616  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1110  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.22 
 
 
69 aa  95.5  2e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0603017  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2160  cold-shock protein, DNA-binding  66.18 
 
 
70 aa  95.1  3e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.233344  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1358  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.64 
 
 
70 aa  95.1  3e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000569017 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51840  cold-shock protein  68.75 
 
 
204 aa  94.7  3e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.192967  hitchhiker  0.0041484 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1522  cold shock protein CspA  65.15 
 
 
69 aa  94.7  4e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.310546  normal  0.49084 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1127  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.15 
 
 
69 aa  94.7  4e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.53927  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4202  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.15 
 
 
69 aa  94.7  4e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.713161  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4547  cold-shock protein  68.75 
 
 
203 aa  94.4  5e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0792  cold shock protein  66.67 
 
 
69 aa  94  6e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.000000912185  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4019  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.69 
 
 
66 aa  93.6  8e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000020604  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3098  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 
69 aa  93.2  1e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.208356  normal  0.0206903 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3095  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.15 
 
 
69 aa  93.2  1e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0410712 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1388  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.69 
 
 
67 aa  92.8  1e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000202704  normal  0.239262 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1909  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.87 
 
 
69 aa  92.8  1e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00215125  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2463  cold shock protein CspA  63.77 
 
 
70 aa  92  2e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.222592  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3227  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.77 
 
 
70 aa  92  2e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.751558  normal  0.890411 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0855  cold-shock DNA-binding protein family protein  71.88 
 
 
68 aa  92.4  2e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.563444  normal  0.445485 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2609  cold-shock protein, DNA-binding  63.64 
 
 
69 aa  92  2e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000617346  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1965  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.77 
 
 
70 aa  92  2e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.000020659  normal  0.0130883 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1263  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.19 
 
 
205 aa  92  2e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.18948  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05396  hypothetical protein  60.87 
 
 
69 aa  92  2e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00399  major cold shock protein  70.49 
 
 
61 aa  91.7  3e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1266  cold-shock DNA-binding protein family protein  70.49 
 
 
66 aa  92  3e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  2.7573e-18  decreased coverage  0.00000000000100442 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3308  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.62 
 
 
66 aa  91.7  3e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000515158  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4415  cold-shock DNA-binding protein  62.12 
 
 
200 aa  91.3  4e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0245079  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3711  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.84 
 
 
66 aa  91.3  4e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000509741  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2222  cold-shock DNA-binding domain protein  67.74 
 
 
66 aa  90.9  5e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000977172  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2005  cold-shock DNA-binding domain protein  67.74 
 
 
66 aa  90.9  5e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.1727900000000003e-24 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1953  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.64 
 
 
69 aa  90.9  5e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0846226  normal  0.0196408 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0567  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.43 
 
 
68 aa  90.5  6e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  unclonable  0.0000000000101913  hitchhiker  0.000143899 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4276  cold-shock DNA-binding domain protein  70.31 
 
 
67 aa  90.5  6e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4386  cold-shock DNA-binding domain protein  70.31 
 
 
67 aa  90.5  6e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.490734 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1668  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.62 
 
 
67 aa  90.5  6e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.0000281076  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2543  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.64 
 
 
69 aa  90.5  6e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.754516  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2949  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.87 
 
 
69 aa  90.5  7e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000763354  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0581  cold-shock domain-contain protein  70 
 
 
66 aa  90.1  8e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1112  cold shock transcription regulator protein  71.43 
 
 
81 aa  90.1  8e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000000170415  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0761  cold-shock domain-contain protein  71.43 
 
 
81 aa  90.1  8e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  unclonable  0.00000000000025188  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3558  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.12 
 
 
69 aa  90.5  8e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.914458 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1369  hypothetical protein  68.75 
 
 
66 aa  90.5  8e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.309276 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2532  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.35 
 
 
65 aa  90.1  9e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.19716  normal  0.287944 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1053  cold shock-like transcription regulator protein  69.84 
 
 
67 aa  89.7  1e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.470883  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4380  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.75 
 
 
66 aa  89.7  1e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000149248  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2279  cold-shock domain-contain protein  71.43 
 
 
67 aa  89.7  1e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000000000750079  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2568  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.43 
 
 
67 aa  89.7  1e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000000063088  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0372  cold shock protein  73.33 
 
 
66 aa  89.7  1e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  2.69681e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0574  cold-shock domain-contain protein  71.43 
 
 
67 aa  89.7  1e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000358394  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3670  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.85 
 
 
66 aa  89.7  1e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000000000254143  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2698  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.67 
 
 
70 aa  90.1  1e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.089353  normal  0.418887 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0340  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.19 
 
 
66 aa  89.4  1e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  3.6796e-20  unclonable  6.2466300000000005e-24 
 
 
 
NC_010551  BamMC406_2438  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.43 
 
 
67 aa  89.7  1e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  unclonable  0.00000000000180609  unclonable  0.0000000000176576 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0958  cold shock protein  71.43 
 
 
67 aa  89.7  1e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  unclonable  0.000000000000117939  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0962  cold shock protein  71.43 
 
 
67 aa  89.7  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.000153995  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.62 
 
 
70 aa  89.7  1e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.44614  hitchhiker  0.00284754 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>