92 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smal_2033 on replicon NC_011071
Organism: Stenotrophomonas maltophilia R551-3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011071  Smal_2033  Carbohydrate-selective porin OprB  100 
 
 
417 aa  855    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00490  regulator of pathogenicity factors  71.57 
 
 
425 aa  602  1.0000000000000001e-171  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01615  regulator of pathogenicity factors  52.4 
 
 
440 aa  438  9.999999999999999e-123  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00130056  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1190  Carbohydrate-selective porin OprB  49.74 
 
 
501 aa  363  2e-99  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1331  carbohydrate-selective porin OprB  43.19 
 
 
510 aa  308  8e-83  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.901069  hitchhiker  0.00588319 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34960  glucose-sensitive porin  31.4 
 
 
452 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000209451  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4276  carbohydrate-selective porin OprB  31.07 
 
 
444 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.308576  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1943  outer membrane porin OprB precursor  32.5 
 
 
454 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2950  glucose-sensitive porin  31.4 
 
 
452 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.393124  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23030  glucose/carbohydrate outer membrane porin OprB precursor  32.5 
 
 
454 aa  174  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0211738 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4360  carbohydrate-selective porin OprB  32.49 
 
 
444 aa  173  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.081551  normal  0.195321 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1445  porin B  31.92 
 
 
444 aa  172  1e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.374886  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4912  Carbohydrate-selective porin OprB  32.71 
 
 
456 aa  171  2e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00363735  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3835  Carbohydrate-selective porin OprB  32.71 
 
 
456 aa  171  2e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.899229 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1082  carbohydrate-selective porin OprB  31.99 
 
 
448 aa  170  4e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0774059  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4576  carbohydrate-selective porin OprB  31.4 
 
 
453 aa  170  5e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1632  putative porin B precursor outer (glucose porin) transmembrane protein  30.71 
 
 
456 aa  166  9e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1019  porin B  31.49 
 
 
447 aa  164  3e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1017  carbohydrate-selective porin OprB  31.49 
 
 
447 aa  164  3e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.134295  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4205  carbohydrate-selective porin OprB  31.49 
 
 
447 aa  163  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1117  carbohydrate-selective porin OprB  31.09 
 
 
453 aa  162  8.000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00415727  normal  0.584211 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1057  carbohydrate-selective porin OprB  31.49 
 
 
447 aa  162  9e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177917  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1296  porin B  30.35 
 
 
453 aa  159  9e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.329329  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4366  carbohydrate-selective porin OprB  27.82 
 
 
448 aa  139  8.999999999999999e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00370105  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1115  Carbohydrate-selective porin OprB  28.91 
 
 
476 aa  132  7.999999999999999e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.967056  normal  0.588415 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2711  carbohydrate-selective porin OprB  28.06 
 
 
417 aa  117  3e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.695739  normal  0.810589 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5436  carbohydrate-selective porin, OprB family  28.11 
 
 
446 aa  116  6.9999999999999995e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.390026  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2957  carbohydrate-selective porin OprB  27.84 
 
 
422 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.107858  normal  0.40455 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1735  carbohydrate-selective porin OprB  29.06 
 
 
449 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0819299 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2771  carbohydrate-selective porin OprB  27.14 
 
 
534 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.654501  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2351  carbohydrate-selective porin OprB  27.32 
 
 
422 aa  113  7.000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.348926  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3570  carbohydrate-selective porin OprB  27.58 
 
 
396 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.481926  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2894  Carbohydrate-selective porin OprB  27.14 
 
 
509 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.292984 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2204  carbohydrate-selective porin OprB  27.32 
 
 
422 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.329498  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2998  Carbohydrate-selective porin OprB  27.14 
 
 
534 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0740005 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4227  carbohydrate-selective porin OprB  26.96 
 
 
498 aa  106  7e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.796044  normal  0.013612 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1247  Carbohydrate-selective porin OprB  27.93 
 
 
512 aa  106  8e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4737  Carbohydrate-selective porin OprB  26.11 
 
 
502 aa  100  5e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0100904  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2969  carbohydrate-selective porin OprB  26.12 
 
 
480 aa  95.9  1e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4004  carbohydrate-selective porin OprB  26.14 
 
 
483 aa  93.6  6e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.415789  normal  0.208066 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0997  hypothetical protein  25 
 
 
452 aa  91.3  3e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0267  carbohydrate porin  26.94 
 
 
514 aa  91.3  3e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2652  carbohydrate porin  26.21 
 
 
504 aa  90.5  5e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.486905  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0489  carbohydrate porin  26.21 
 
 
504 aa  90.5  5e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3354  carbohydrate porin  26.21 
 
 
504 aa  90.5  5e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3023  carbohydrate porin  26.21 
 
 
504 aa  90.5  5e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2070  carbohydrate porin  26.21 
 
 
504 aa  90.5  5e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0296  carbohydrate porin  26.21 
 
 
504 aa  90.5  5e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0309  carbohydrate porin  26.21 
 
 
504 aa  90.5  5e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4200  Carbohydrate-selective porin OprB  26.17 
 
 
482 aa  89.7  9e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3070  carbohydrate-selective porin OprB  26.15 
 
 
455 aa  88.2  3e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.681986  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2838  carbohydrate-selective porin OprB  26.15 
 
 
455 aa  88.2  3e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.258028  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2869  Carbohydrate-selective porin OprB  24.21 
 
 
490 aa  87  6e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.206481 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2860  carbohydrate-selective porin OprB  25.88 
 
 
454 aa  86.3  8e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.00385913  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2528  Carbohydrate-selective porin OprB  23.89 
 
 
502 aa  85.9  0.000000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.310329 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10870  hypothetical protein  24.49 
 
 
434 aa  84.7  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00009778  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1762  Carbohydrate-selective porin OprB  26.96 
 
 
446 aa  84.3  0.000000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.259805  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3564  Carbohydrate-selective porin OprB  24.23 
 
 
486 aa  83.6  0.000000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0904  Carbohydrate-selective porin OprB  24.88 
 
 
481 aa  83.6  0.000000000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0673705 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1290  Carbohydrate-selective porin OprB  24.23 
 
 
492 aa  83.6  0.000000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0854  Carbohydrate-selective porin OprB  23.77 
 
 
485 aa  82.8  0.00000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.648225 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4831  Carbohydrate-selective porin OprB  23.21 
 
 
507 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0156749  normal  0.100608 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1832  carbohydrate porin  23.47 
 
 
474 aa  80.5  0.00000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.325541  normal  0.378247 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0870  carbohydrate-selective porin OprB  26.87 
 
 
481 aa  80.1  0.00000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.309638  hitchhiker  0.00100235 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1436  Carbohydrate-selective porin OprB  23.45 
 
 
481 aa  75.5  0.000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624825  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1274  carbohydrate-selective porin OprB  23.45 
 
 
494 aa  75.5  0.000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3682  Carbohydrate-selective porin OprB  23.45 
 
 
486 aa  75.5  0.000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3373  carbohydrate-selective porin OprB  23.45 
 
 
486 aa  75.1  0.000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.389462  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1659  Carbohydrate-selective porin OprB  25.49 
 
 
490 aa  73.9  0.000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.952267 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4759  carbohydrate-selective porin OprB  24.82 
 
 
494 aa  73.6  0.000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.15964  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5422  carbohydrate-selective porin OprB  25.42 
 
 
493 aa  73.6  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.585602  normal  0.389505 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1380  Carbohydrate-selective porin OprB  25.44 
 
 
522 aa  73.2  0.000000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.768391  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1384  carbohydrate-selective porin OprB  25.43 
 
 
490 aa  72.4  0.00000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00262831 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3503  carbohydrate-selective porin OprB  25.54 
 
 
514 aa  72  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.488626  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4863  carbohydrate-selective porin OprB  25.54 
 
 
514 aa  72  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1063  Carbohydrate-selective porin OprB  23.96 
 
 
473 aa  70.5  0.00000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.659002 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3953  carbohydrate-selective porin OprB  22.89 
 
 
488 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0268403  normal  0.112791 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4236  carbohydrate-selective porin OprB  24.64 
 
 
492 aa  68.9  0.0000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.269576 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1821  Carbohydrate-selective porin OprB  24.01 
 
 
486 aa  67.4  0.0000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0852  carbohydrate-selective porin OprB  24.4 
 
 
495 aa  66.6  0.0000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00942997 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3797  Carbohydrate-selective porin OprB  23.97 
 
 
484 aa  63.5  0.000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.577348 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3489  carbohydrate-selective porin OprB  23.73 
 
 
493 aa  62.8  0.00000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1597  carbohydrate-selective porin OprB  25.97 
 
 
480 aa  60.1  0.00000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0966255  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_19511  hypothetical protein  24.65 
 
 
452 aa  59.3  0.0000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3871  Carbohydrate-selective porin OprB  22.76 
 
 
484 aa  54.7  0.000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0231495 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2178  carbohydrate-selective porin OprB  25.81 
 
 
396 aa  52  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.278032  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3053  hypothetical protein  25.84 
 
 
253 aa  45.1  0.002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0310931  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1112  hypothetical protein  28.46 
 
 
490 aa  45.4  0.002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.503741  normal  0.220663 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5528  Carbohydrate-selective porin OprB  26.86 
 
 
459 aa  44.3  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0703948  hitchhiker  0.0000405618 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3558  carbohydrate-selective porin OprB  23.04 
 
 
534 aa  44.3  0.005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1366  Carbohydrate-selective porin OprB  24.13 
 
 
461 aa  43.1  0.008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5314  Carbohydrate-selective porin  24.46 
 
 
459 aa  43.1  0.009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.385247  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>