More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smal_1867 on replicon NC_011071
Organism: Stenotrophomonas maltophilia R551-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_2190  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  56.17 
 
 
695 aa  696    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3581  GGDEF domain-containing protein  56.31 
 
 
695 aa  696    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3579  hypothetical protein  57.27 
 
 
685 aa  754    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0227937  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0510  hypothetical protein  56.6 
 
 
701 aa  720    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0522945 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3702  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  51.22 
 
 
692 aa  678    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.561666  normal  0.977889 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1867  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  100 
 
 
710 aa  1422    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.559225  normal  0.957058 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7110  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  56.69 
 
 
694 aa  731    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0633557 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6267  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  56.23 
 
 
693 aa  723    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.57074  normal  0.863761 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2757  GGDEF domain/EAL domain protein  51.96 
 
 
703 aa  648    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.203015  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49140  GGDEF domain protein  53.26 
 
 
689 aa  715    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2798  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  56.02 
 
 
695 aa  688    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0386  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  57.16 
 
 
685 aa  741    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2486  GGDEF  52.69 
 
 
703 aa  640    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.140313 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42220  membrane sensor domain-containing protein  56.98 
 
 
685 aa  756    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2427  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  55.56 
 
 
683 aa  710    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.587287 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0401  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  57.08 
 
 
687 aa  757    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.465852 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1144  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  61.63 
 
 
686 aa  781    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.871944  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2525  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  55.3 
 
 
693 aa  721    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6743  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  56.23 
 
 
693 aa  717    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2333  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  56.02 
 
 
695 aa  683    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4460  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  54.06 
 
 
709 aa  707    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0200253  normal  0.0648745 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3579  ggdef domain/eal domain protein  49.27 
 
 
691 aa  626  1e-178  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.189396  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3749  ggdef domain/eal domain-containing protein  49.05 
 
 
699 aa  624  1e-177  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.338574 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3652  ggdef domain/eal domain protein  49.27 
 
 
699 aa  625  1e-177  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.117514 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3580  ggdef domain/eal domain protein  48.98 
 
 
699 aa  622  1e-177  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3686  ggdef domain/eal domain-containing protein  48.98 
 
 
699 aa  621  1e-176  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0580402 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06202  Putative signal protein with GGDEF and EAL domains  51.59 
 
 
696 aa  600  1e-170  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.33406  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00964  Putative signal protein with GGDEF and EAL domains  51.59 
 
 
696 aa  600  1e-170  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0651645  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.43 
 
 
689 aa  567  1e-160  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.528175  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4735  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.15 
 
 
689 aa  550  1e-155  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0595206  normal  0.234911 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2102  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.99 
 
 
689 aa  549  1e-155  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.762889  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1106  diguanylate cyclase/cyclic diguanylate phosphodiesterase  45.19 
 
 
688 aa  533  1e-150  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.804569  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0664  EAL/GGDEF domain-containing protein  45.19 
 
 
688 aa  533  1e-150  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0241577  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2392  EAL/GGDEF domain-containing protein  45.19 
 
 
688 aa  533  1e-150  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.278752  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0802  EAL/GGDEF domain-containing protein  45.19 
 
 
688 aa  533  1e-150  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1766  EAL/GGDEF domain-containing protein  45.19 
 
 
688 aa  533  1e-150  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.356944  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1182  GGDEF domain/EAL domain-containing protein  45.19 
 
 
688 aa  535  1e-150  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1434  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.42 
 
 
716 aa  523  1e-147  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.486546  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3694  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  42.16 
 
 
678 aa  515  1e-144  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.323415  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2146  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.26 
 
 
709 aa  503  1e-141  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1490  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.77 
 
 
724 aa  494  9.999999999999999e-139  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.261971  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1252  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.97 
 
 
760 aa  468  9.999999999999999e-131  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.849617  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21190  hypothetical protein  40.41 
 
 
785 aa  465  1e-129  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.42827 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1808  hypothetical protein  40.41 
 
 
726 aa  464  1e-129  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.882104  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3194  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.87 
 
 
726 aa  439  1e-121  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.178802  normal  0.0329837 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4106  GGDEF domain/EAL domain protein  37.05 
 
 
756 aa  434  1e-120  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.624649  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3843  GGDEF  36.82 
 
 
763 aa  431  1e-119  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4273  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.01 
 
 
754 aa  425  1e-117  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1178  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.16 
 
 
754 aa  421  1e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.578414 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1144  GGDEF domain-containing protein  38.01 
 
 
754 aa  419  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.252885 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4985  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  37.86 
 
 
699 aa  414  1e-114  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.73967  normal  0.0333981 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1161  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.09 
 
 
754 aa  410  1e-113  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.268415  normal  0.0126902 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  44.68 
 
 
947 aa  383  1e-105  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4948  sensory box protein  43.82 
 
 
921 aa  384  1e-105  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7111  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.26 
 
 
713 aa  385  1e-105  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.430006  normal  0.473788 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0185  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.17 
 
 
713 aa  384  1e-105  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00871841 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5672  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.32 
 
 
685 aa  382  1e-104  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3018  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.14 
 
 
1147 aa  373  1e-102  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1579  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.95 
 
 
1093 aa  369  1e-101  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.260436  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3344  signal transduction protein  42.63 
 
 
1055 aa  369  1e-101  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0415  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.3 
 
 
1486 aa  366  1e-100  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3085  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.95 
 
 
905 aa  367  1e-100  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2682  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.22 
 
 
790 aa  365  1e-99  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0803  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.83 
 
 
694 aa  364  3e-99  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.268345 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.86 
 
 
585 aa  364  4e-99  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1062  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.18 
 
 
1027 aa  362  9e-99  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.782086  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1542  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.45 
 
 
1006 aa  362  1e-98  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.101137 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0409  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor  40.56 
 
 
925 aa  361  2e-98  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.231334  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3579  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.7 
 
 
1107 aa  361  2e-98  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.269581  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2972  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.49 
 
 
761 aa  362  2e-98  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.542463  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0094  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  41.65 
 
 
721 aa  361  3e-98  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000375041 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2048  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.03 
 
 
827 aa  360  7e-98  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589876  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3424  GGDEF domain-containing protein  43.82 
 
 
1502 aa  359  9.999999999999999e-98  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.35 
 
 
898 aa  357  5e-97  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1297  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.25 
 
 
891 aa  357  5.999999999999999e-97  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.112988  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5944  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.6 
 
 
745 aa  356  7.999999999999999e-97  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.120992 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0703  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.35 
 
 
703 aa  355  1e-96  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4642  PAS:GGDEF  44.8 
 
 
828 aa  355  2e-96  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0661  signal transduction protein  45.41 
 
 
1006 aa  355  2e-96  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1562  diguanylate phosphodiesterase  55.66 
 
 
326 aa  354  2e-96  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0957  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.93 
 
 
633 aa  354  2.9999999999999997e-96  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6173  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.11 
 
 
837 aa  354  2.9999999999999997e-96  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5146  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.53 
 
 
892 aa  354  4e-96  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2380  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.76 
 
 
756 aa  354  4e-96  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3734  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.78 
 
 
582 aa  353  5e-96  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.598305  normal  0.143234 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1752  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.3 
 
 
659 aa  353  5e-96  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0474  sensory box/GGDEF family protein  44.34 
 
 
792 aa  353  8e-96  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4871  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.7 
 
 
684 aa  353  8.999999999999999e-96  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0536  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  43.17 
 
 
829 aa  352  1e-95  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1478  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.76 
 
 
740 aa  352  1e-95  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.33 
 
 
721 aa  352  2e-95  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.881722  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2645  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with Chase sensor  44.89 
 
 
1093 aa  351  2e-95  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1617  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.13 
 
 
860 aa  351  2e-95  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5032  hypothetical protein  39.86 
 
 
892 aa  351  3e-95  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5048  sensory box/GGDEF family protein  39.86 
 
 
892 aa  350  3e-95  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  41.67 
 
 
1508 aa  351  3e-95  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  41.67 
 
 
1508 aa  350  4e-95  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5197  sensory box/GGDEF family protein  39.86 
 
 
892 aa  350  5e-95  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.619616  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5593  sensory box/GGDEF family protein  39.86 
 
 
892 aa  350  5e-95  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3370  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.06 
 
 
860 aa  350  5e-95  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.742202  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>