More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smal_1144 on replicon NC_011071
Organism: Stenotrophomonas maltophilia R551-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009436  Ent638_3702  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  56.78 
 
 
692 aa  778    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.561666  normal  0.977889 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42220  membrane sensor domain-containing protein  62.19 
 
 
685 aa  850    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00964  Putative signal protein with GGDEF and EAL domains  54.73 
 
 
696 aa  658    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0651645  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1144  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  100 
 
 
686 aa  1372    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.871944  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0401  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  61.44 
 
 
687 aa  828    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.465852 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3581  GGDEF domain-containing protein  59.21 
 
 
695 aa  790    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0510  hypothetical protein  61 
 
 
701 aa  814    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0522945 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6267  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  60.77 
 
 
693 aa  811    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.57074  normal  0.863761 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2757  GGDEF domain/EAL domain protein  54.53 
 
 
703 aa  699    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.203015  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3579  ggdef domain/eal domain protein  55.59 
 
 
691 aa  749    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.189396  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3652  ggdef domain/eal domain protein  55.44 
 
 
699 aa  746    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.117514 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06202  Putative signal protein with GGDEF and EAL domains  54.73 
 
 
696 aa  658    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.33406  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2486  GGDEF  54.39 
 
 
703 aa  703    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.140313 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7110  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  57.08 
 
 
694 aa  766    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0633557 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3749  ggdef domain/eal domain-containing protein  55.29 
 
 
699 aa  746    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.338574 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2333  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  58.63 
 
 
695 aa  770    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6743  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  60.12 
 
 
693 aa  801    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49140  GGDEF domain protein  61.95 
 
 
689 aa  836    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2525  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  58.83 
 
 
693 aa  807    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3579  hypothetical protein  62.92 
 
 
685 aa  859    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0227937  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4460  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  59.53 
 
 
709 aa  791    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0200253  normal  0.0648745 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2798  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  58.59 
 
 
695 aa  773    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1867  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  61.19 
 
 
710 aa  789    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.559225  normal  0.957058 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3686  ggdef domain/eal domain-containing protein  55.15 
 
 
699 aa  742    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0580402 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2427  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  60.15 
 
 
683 aa  799    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.587287 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0386  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  61.76 
 
 
685 aa  829    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3580  ggdef domain/eal domain protein  55.44 
 
 
699 aa  746    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2190  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  59.21 
 
 
695 aa  789    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  49.93 
 
 
689 aa  618  1e-175  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.528175  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4735  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  49.56 
 
 
689 aa  607  9.999999999999999e-173  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0595206  normal  0.234911 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2102  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  49.49 
 
 
689 aa  601  1e-170  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.762889  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3694  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  45.53 
 
 
678 aa  591  1e-167  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.323415  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0664  EAL/GGDEF domain-containing protein  49.19 
 
 
688 aa  569  1e-161  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0241577  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1766  EAL/GGDEF domain-containing protein  49.19 
 
 
688 aa  569  1e-161  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.356944  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2392  EAL/GGDEF domain-containing protein  49.19 
 
 
688 aa  570  1e-161  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.278752  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0802  EAL/GGDEF domain-containing protein  49.19 
 
 
688 aa  569  1e-161  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1182  GGDEF domain/EAL domain-containing protein  49.05 
 
 
688 aa  570  1e-161  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1106  diguanylate cyclase/cyclic diguanylate phosphodiesterase  49.19 
 
 
688 aa  570  1e-161  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.804569  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2146  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.33 
 
 
709 aa  553  1e-156  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1434  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.59 
 
 
716 aa  549  1e-155  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.486546  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1490  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.84 
 
 
724 aa  520  1e-146  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.261971  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21190  hypothetical protein  41.39 
 
 
785 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.42827 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1808  hypothetical protein  40.67 
 
 
726 aa  489  1e-137  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.882104  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1252  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.01 
 
 
760 aa  483  1e-135  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.849617  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3194  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.29 
 
 
726 aa  465  1e-129  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.178802  normal  0.0329837 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4985  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  39.42 
 
 
699 aa  451  1e-125  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.73967  normal  0.0333981 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3843  GGDEF  38.78 
 
 
763 aa  450  1e-125  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4106  GGDEF domain/EAL domain protein  38.93 
 
 
756 aa  442  9.999999999999999e-123  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.624649  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4273  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.74 
 
 
754 aa  423  1e-117  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  48.34 
 
 
947 aa  425  1e-117  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2511  sensory box/GGDEF family protein  48.15 
 
 
873 aa  417  9.999999999999999e-116  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.064044  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2997  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  47.16 
 
 
876 aa  417  9.999999999999999e-116  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4029  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  45.9 
 
 
1244 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2048  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.59 
 
 
827 aa  410  1e-113  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589876  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3085  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.22 
 
 
905 aa  409  1e-113  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2016  sensory box/GGDEF family protein  49.19 
 
 
799 aa  406  1.0000000000000001e-112  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.334987  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1144  GGDEF domain-containing protein  37.3 
 
 
754 aa  409  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.252885 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2682  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  49.53 
 
 
790 aa  407  1.0000000000000001e-112  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1823  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  50.24 
 
 
1069 aa  408  1.0000000000000001e-112  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00515556 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1178  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37 
 
 
754 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.578414 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3344  signal transduction protein  46.19 
 
 
1055 aa  405  1e-111  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1562  diguanylate phosphodiesterase  61.41 
 
 
326 aa  402  1e-111  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2972  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.99 
 
 
761 aa  401  9.999999999999999e-111  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.542463  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1161  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.52 
 
 
754 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.268415  normal  0.0126902 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2645  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with Chase sensor  48.65 
 
 
1093 aa  399  9.999999999999999e-111  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3959  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.38 
 
 
855 aa  399  1e-109  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4631  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  46.4 
 
 
1278 aa  397  1e-109  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0661  signal transduction protein  49.88 
 
 
1006 aa  397  1e-109  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1456  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.98 
 
 
1212 aa  399  1e-109  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.4231 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4425  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with FHA and GAF sensor  48.82 
 
 
880 aa  399  1e-109  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0717  hypothetical protein  47.26 
 
 
1245 aa  399  1e-109  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5672  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.75 
 
 
685 aa  396  1e-109  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2044  sensory box/GGDEF family protein  46.51 
 
 
762 aa  392  1e-108  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07500  hypothetical protein  46.8 
 
 
1245 aa  395  1e-108  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.411522  normal  0.391796 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4948  sensory box protein  44.57 
 
 
921 aa  395  1e-108  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5242  motility regulator  44.15 
 
 
1410 aa  394  1e-108  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.435118  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60870  motility regulator  43.94 
 
 
1415 aa  394  1e-108  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.739569  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3275  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  49.76 
 
 
1094 aa  394  1e-108  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.393091 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2380  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.72 
 
 
756 aa  394  1e-108  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0957  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.98 
 
 
633 aa  393  1e-108  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0415  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.2 
 
 
1486 aa  394  1e-108  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0094  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  45 
 
 
721 aa  393  1e-108  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000375041 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1237  sensory box protein  45.22 
 
 
712 aa  391  1e-107  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.267434  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0311  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.44 
 
 
1504 aa  390  1e-107  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4026  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  48.2 
 
 
1508 aa  390  1e-107  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3633  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.44 
 
 
1504 aa  390  1e-107  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  48.2 
 
 
1508 aa  390  1e-107  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0341  sensory box protein  48.19 
 
 
1515 aa  392  1e-107  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2620  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.74 
 
 
743 aa  391  1e-107  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.116694  normal  0.658047 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3328  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.43 
 
 
965 aa  391  1e-107  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.928447  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.44 
 
 
1505 aa  391  1e-107  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1478  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.72 
 
 
740 aa  392  1e-107  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.46 
 
 
585 aa  391  1e-107  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3424  GGDEF domain-containing protein  48.92 
 
 
1502 aa  392  1e-107  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  48.2 
 
 
1508 aa  391  1e-107  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3950  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.96 
 
 
1508 aa  390  1e-107  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4871  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.94 
 
 
684 aa  392  1e-107  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0185  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.9 
 
 
713 aa  388  1e-106  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00871841 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3743  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.16 
 
 
722 aa  386  1e-106  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.265049 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  46.92 
 
 
1209 aa  389  1e-106  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>