279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smal_0954 on replicon NC_011071
Organism: Stenotrophomonas maltophilia R551-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011071  Smal_0954  RNA polymerase factor sigma-54  100 
 
 		 474 aa  939    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.550779 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02227  RNA polymerase factor sigma-54  73.72 
 
 		 465 aa  676    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.181012  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0756  RNA polymerase factor sigma-54  63.29 
 
 		 463 aa  580  1e-164  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0670  RNA polymerase factor sigma-54  63.7 
 
 		 446 aa  567  1e-160  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.702402  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0857  RNA polymerase factor sigma-54  42.69 
 
 		 497 aa  383  1e-105  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.718619  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2715  RNA polymerase factor sigma-54  43.14 
 
 		 511 aa  383  1e-105  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0952  RNA polymerase factor sigma-54  41.65 
 
 		 497 aa  379  1e-104  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4453  RNA polymerase sigma-54 factor  42.69 
 
 		 497 aa  380  1e-104  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.508978  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0870  RNA polymerase factor sigma-54  42.63 
 
 		 497 aa  380  1e-104  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.252205  normal  0.87298 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2793  sigma-54, RpoN  43.06 
 
 		 482 aa  379  1e-104  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.127883  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0991  RNA polymerase factor sigma-54  41.65 
 
 		 497 aa  379  1e-104  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03067  DNA-directed RNA polymerase subunit N  43.27 
 
 		 477 aa  377  1e-103  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0010606  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0505  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  43.06 
 
 		 477 aa  375  1e-103  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3568  RNA polymerase factor sigma-54  43.27 
 
 		 477 aa  377  1e-103  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.676639  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4147  RNA polymerase factor sigma-54  41.65 
 
 		 511 aa  377  1e-103  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4263  RNA polymerase factor sigma-54  41.65 
 
 		 497 aa  376  1e-103  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4524  RNA polymerase factor sigma-54  43.27 
 
 		 477 aa  377  1e-103  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03018  hypothetical protein  43.27 
 
 		 477 aa  377  1e-103  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0014618  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3395  RNA polymerase factor sigma-54  43.27 
 
 		 477 aa  377  1e-103  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0959  RNA polymerase factor sigma-54  41.72 
 
 		 489 aa  377  1e-103  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.742347  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3690  RNA polymerase factor sigma-54  43.27 
 
 		 477 aa  377  1e-103  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3498  RNA polymerase factor sigma-54  43.27 
 
 		 477 aa  377  1e-103  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0498  RNA polymerase factor sigma-54  43.27 
 
 		 477 aa  377  1e-103  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.128471  normal  0.323836 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3617  RNA polymerase factor sigma-54  42.32 
 
 		 477 aa  374  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.167296 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3581  RNA polymerase factor sigma-54  42.32 
 
 		 477 aa  374  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3512  RNA polymerase factor sigma-54  42.32 
 
 		 477 aa  374  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2230  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  44.27 
 
 		 505 aa  373  1e-102  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3679  RNA polymerase factor sigma-54  42.32 
 
 		 477 aa  374  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.246915 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57940  RNA polymerase factor sigma-54  41.97 
 
 		 497 aa  374  1e-102  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3510  RNA polymerase factor sigma-54  42.32 
 
 		 477 aa  374  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002403  RNA polymerase sigma-54 factor RpoN  41.92 
 
 		 489 aa  369  1e-101  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3638  RNA polymerase factor sigma-54  42.44 
 
 		 477 aa  370  1e-101  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  0.148775 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3179  RNA polymerase factor sigma-54  41.37 
 
 		 507 aa  369  1e-101  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0370  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  46.25 
 
 		 497 aa  369  1e-101  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.273387 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03664  RNA polymerase factor sigma-54  41.65 
 
 		 491 aa  366  1e-100  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0274  RNA polymerase factor sigma-54  42.68 
 
 		 477 aa  364  2e-99  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0721448  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2418  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  41.4 
 
 		 491 aa  363  3e-99  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.969925  normal  0.0433381 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0751  RNA polymerase, sigma54 subunit, RpoN  43.59 
 
 		 502 aa  360  2e-98  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0281  RNA polymerase factor sigma-54  42.47 
 
 		 477 aa  360  3e-98  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5035  RNA polymerase factor sigma-54  42.12 
 
 		 497 aa  360  4e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.111129  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0441  RNA polymerase factor sigma-54  41.74 
 
 		 477 aa  359  7e-98  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0505  RNA polymerase factor sigma-54  41.74 
 
 		 477 aa  359  7e-98  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1153  RNA polymerase factor sigma-54  41.53 
 
 		 477 aa  358  9e-98  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0741  RNA polymerase factor sigma-54  41.87 
 
 		 487 aa  358  9.999999999999999e-98  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.111429  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2109  RNA polymerase factor sigma-54  42.51 
 
 		 487 aa  358  1.9999999999999998e-97  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3657  RNA polymerase factor sigma-54  42.27 
 
 		 478 aa  355  7.999999999999999e-97  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0558274  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0726  RNA polymerase factor sigma-54  39.45 
 
 		 508 aa  354  2e-96  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3815  RNA polymerase factor sigma-54  42.56 
 
 		 477 aa  353  4e-96  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.51503  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2892  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  41.16 
 
 		 484 aa  352  5.9999999999999994e-96  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.68035  normal  0.0692611 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0498  RNA polymerase factor sigma-54  39.64 
 
 		 489 aa  352  1e-95  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0518  RNA polymerase factor sigma-54  41.79 
 
 		 464 aa  350  2e-95  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03193  RNA polymerase sigma-54 factor  38.68 
 
 		 493 aa  350  2e-95  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0542  RNA polymerase factor sigma-54  41.58 
 
 		 464 aa  350  3e-95  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4367  RNA polymerase factor sigma-54  41.46 
 
 		 477 aa  350  3e-95  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0828271  normal  0.598436 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12790  RNA polymerase factor sigma-54  42.83 
 
 		 488 aa  350  4e-95  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4543  RNA polymerase sigma-54 factor  39.17 
 
 		 505 aa  348  8e-95  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0142  sigma-54 (RpoN)  41.19 
 
 		 488 aa  342  7e-93  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.887492 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0533  RNA polymerase factor sigma-54  43.89 
 
 		 478 aa  341  1e-92  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1514  RNA polymerase factor sigma-54  43.51 
 
 		 513 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0596  RNA polymerase factor sigma-54  42.23 
 
 		 503 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0209881 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4122  RNA polymerase factor sigma-54  42.97 
 
 		 505 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0076  RNA polymerase factor sigma-54  43.51 
 
 		 513 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3108  RNA polymerase factor sigma-54  43.51 
 
 		 502 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.200113  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0597  RNA polymerase factor sigma-54  43.51 
 
 		 502 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.779758  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2942  RNA polymerase factor sigma-54  43.51 
 
 		 502 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0581  RNA polymerase factor sigma-54  43.51 
 
 		 502 aa  337  2.9999999999999997e-91  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0765  RNA polymerase factor sigma-54  43.51 
 
 		 513 aa  337  3.9999999999999995e-91  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.823391  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0486  RNA polymerase factor sigma-54  43.11 
 
 		 513 aa  334  3e-90  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2177  RNA polymerase factor sigma-54  43 
 
 		 498 aa  331  2e-89  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0568  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.25 
 
 		 497 aa  330  2e-89  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.380077  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2791  RNA polymerase factor sigma-54  43 
 
 		 498 aa  331  2e-89  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.148981  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2709  RNA polymerase factor sigma-54  42.6 
 
 		 501 aa  330  3e-89  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0191424 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2851  RNA polymerase factor sigma-54  42.23 
 
 		 501 aa  330  4e-89  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.795188  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2802  RNA polymerase factor sigma-54  42.86 
 
 		 501 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.402108 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0489  RNA polymerase factor sigma-54  40.76 
 
 		 493 aa  328  1.0000000000000001e-88  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.706481  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3311  RNA polymerase factor sigma-54  41.08 
 
 		 495 aa  328  1.0000000000000001e-88  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000123268  normal  0.857463 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3377  RNA polymerase factor sigma-54  40.73 
 
 		 494 aa  328  1.0000000000000001e-88  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.205873  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2126  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  42.48 
 
 		 508 aa  328  2.0000000000000001e-88  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.473632  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6121  RNA polymerase factor sigma-54  42.74 
 
 		 501 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.592385  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0524  RNA polymerase factor sigma-54  42.6 
 
 		 501 aa  328  2.0000000000000001e-88  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0726  RNA polymerase factor sigma-54  41.32 
 
 		 497 aa  327  3e-88  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.157671 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0355  RNA polymerase factor sigma-54  42.71 
 
 		 493 aa  326  6e-88  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0408  RNA polymerase factor sigma-54  41.95 
 
 		 499 aa  324  2e-87  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.236863 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0326  RNA polymerase factor sigma-54  41.67 
 
 		 505 aa  323  3e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.35647  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0715  RNA polymerase factor sigma-54  41.13 
 
 		 491 aa  323  4e-87  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000180568  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4149  RNA polymerase factor sigma-54  42.28 
 
 		 489 aa  322  8e-87  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0263  RNA polymerase factor sigma-54  41.67 
 
 		 503 aa  322  9.000000000000001e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0686  RNA polymerase factor sigma-54  40.52 
 
 		 492 aa  321  9.999999999999999e-87  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0296089  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0707  RNA polymerase factor sigma-54  40.52 
 
 		 492 aa  321  9.999999999999999e-87  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.649387  normal  0.0460401 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0084  sigma-54 (RpoN)  39.09 
 
 		 488 aa  322  9.999999999999999e-87  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0672  RNA polymerase factor sigma-54  41.53 
 
 		 491 aa  322  9.999999999999999e-87  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.151414  normal  0.0700122 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0716  RNA polymerase factor sigma-54  40.52 
 
 		 492 aa  321  1.9999999999999998e-86  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0421657  normal  0.335083 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3349  RNA polymerase factor sigma-54  41.33 
 
 		 491 aa  321  1.9999999999999998e-86  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0341737  normal  0.167062 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3668  RNA polymerase factor sigma-54  40.52 
 
 		 492 aa  320  3e-86  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000539977  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3961  RNA polymerase factor sigma-54  41.73 
 
 		 491 aa  320  3e-86  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1172  RNA polymerase factor sigma-54  39.31 
 
 		 497 aa  320  3.9999999999999996e-86  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.163827 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0673  RNA polymerase factor sigma-54  41.13 
 
 		 491 aa  320  5e-86  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0705505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3088  RNA polymerase factor sigma-54  40.64 
 
 		 493 aa  319  5e-86  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.104233  normal  0.152595 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0290  RNA polymerase factor sigma-54  41.27 
 
 		 503 aa  319  6e-86  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4240  RNA polymerase factor sigma-54  40.76 
 
 		 493 aa  319  7.999999999999999e-86  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026352 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>