182 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_R0012 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013730  Slin_R0012  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.331277  normal  0.288607 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0042  tRNA-Ser  95.95 
 
 		 90 bp  123  7e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.121503  normal  0.0171671 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27190  tRNA-Ser  95.83 
 
 		 87 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000521392  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2302  tRNA-Ser  95.83 
 
 		 92 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.0000177345  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60240  tRNA-Ser  95.71 
 
 		 87 bp  115  2.0000000000000002e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.268246  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0033  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 90 bp  99.6  1e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tSer03  tRNA-Ser  89.53 
 
 		 93 bp  99.6  1e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.666732 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0033  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 90 bp  99.6  1e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.56325  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0040  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 90 bp  99.6  1e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.140248 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0051  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  95.6  2e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00319398  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R29  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  95.6  2e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.274063  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0073  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 88 bp  95.6  2e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000286061  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0040  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  95.6  2e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0044  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  95.6  2e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0055  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  95.6  2e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0064  tRNA-Ser  94.37 
 
 		 88 bp  93.7  6e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.019452  normal  0.0125839 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1356  tRNA-Ser  94.37 
 
 		 88 bp  93.7  6e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00596474  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna125  tRNA-Ser  94.37 
 
 		 88 bp  93.7  6e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.714037  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01622  tRNA-Ser  94.37 
 
 		 85 bp  93.7  6e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt11  tRNA-Ser  90.54 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.644598  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0014  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.359735  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0067  tRNA-Ser  90.54 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0911  tRNA-Ser  90.54 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.531015  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1009  tRNA-Ser  90.54 
 
 		 92 bp  91.7  3e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0025  tRNA-Ser  90.54 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00148437  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0027  tRNA-Ser  90.54 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.5818  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0033  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  89.7  1e-16  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0032  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  89.7  1e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna37  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  89.7  1e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0034  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  89.7  1e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.355586  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0051  tRNA-Ser  88.75 
 
 		 90 bp  87.7  4e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.656743  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0043  tRNA-Ser  88.75 
 
 		 90 bp  87.7  4e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00175988  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0007  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 88 bp  87.7  4e-16  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0166763  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0057  tRNA-Ser  88.75 
 
 		 90 bp  87.7  4e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.159641  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0048  tRNA-Ser  88.75 
 
 		 90 bp  87.7  4e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  90.67 
 
 		 91 bp  85.7  0.000000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.179799  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0046  tRNA-Ser  91.55 
 
 		 91 bp  85.7  0.000000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0023  tRNA-Ser  90 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4314  tRNA-Ser  90 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.650713  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0025  tRNA-Ser  89.19 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.217878  normal  0.142788 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0008  tRNA-Ser  90 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2453  tRNA-Ser  90 
 
 		 92 bp  83.8  0.000000000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6042  tRNA-Ser  89.19 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.516287  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0034  tRNA-Ser  90 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0025  tRNA-Ser  90 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0043  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 88 bp  83.8  0.000000000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.027845  normal  0.0982553 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0044  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 88 bp  83.8  0.000000000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0279967  normal  0.0982553 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0022  tRNA-Ser  90 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.058085  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4233  tRNA-Ser  90 
 
 		 92 bp  83.8  0.000000000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4234  tRNA-Ser  90 
 
 		 92 bp  83.8  0.000000000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.460251  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0057  tRNA-Ser  89.19 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0016  tRNA-Ser  88.24 
 
 		 91 bp  81.8  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0017  tRNA-Ser  90.77 
 
 		 90 bp  81.8  0.00000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00284743  normal  0.30406 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00022  tRNA-Ser  97.73 
 
 		 88 bp  79.8  0.0000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.183053  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00024  tRNA-Ser  97.73 
 
 		 88 bp  79.8  0.0000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0051  tRNA-Ser  97.73 
 
 		 88 bp  79.8  0.0000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000257936  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0053  tRNA-Ser  97.73 
 
 		 88 bp  79.8  0.0000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000297179  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0955  tRNA-Ser  97.73 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.220816  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2774  tRNA-Ser  97.73 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.12292  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2240  tRNA-Ser  97.73 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.247872 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1045  tRNA-Ser  97.73 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00618881  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2057  tRNA-Ser  97.73 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.411321  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0064  tRNA-Ser  97.73 
 
 		 88 bp  79.8  0.0000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.138222 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1229  tRNA-Ser  97.73 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2776  tRNA-Ser  97.73 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00819778  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2101  tRNA-Ser  97.73 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.995337 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2238  tRNA-Ser  97.73 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0983  tRNA-Ser  97.73 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.55277  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1199  tRNA-Ser  97.73 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.754865 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07713  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 88 bp  79.8  0.0000000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tSer01  tRNA-Ser  89.71 
 
 		 93 bp  79.8  0.0000000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0568907  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1049  tRNA-Ser  97.73 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0942593  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1410  tRNA-Ser  97.73 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.183111 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0001  tRNA-Ser  97.73 
 
 		 91 bp  79.8  0.0000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1244  tRNA-Ser  97.73 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.423353 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1064  tRNA-Ser  97.73 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1015  tRNA-Ser  97.73 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4662  tRNA-Ser  97.73 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0024856  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4664  tRNA-Ser  97.73 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.016683  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5025  tRNA-Ser  97.73 
 
 		 88 bp  79.8  0.0000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000128113  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5027  tRNA-Ser  97.73 
 
 		 88 bp  79.8  0.0000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0066  tRNA-Ser  97.73 
 
 		 88 bp  79.8  0.0000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.355843  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0047  tRNA-Ser  86.21 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.519672  normal  0.91876 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0026  tRNA-Ser  86.21 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.215798  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3166t  tRNA-Ser  91.55 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.197881  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0008  tRNA-Ser  88.57 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.289156  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t30  tRNA-Ser  87.84 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.232606  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0022  tRNA-Ser  87.84 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0015  tRNA-Ser  88.57 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0060  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 88 bp  75.8  0.000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.472015 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0016  tRNA-Ser  88.57 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.266045  normal  0.745909 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0040  tRNA-Ser  87.84 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.851223  normal  0.588712 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0017  tRNA-Ser  88.57 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0287  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 88 bp  75.8  0.000000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000949487  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0064  tRNA-Ser  89.86 
 
 		 88 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00000000759704  normal  0.0478316 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0082  tRNA-Ser  87.84 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.338045  normal  0.030593 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0004  tRNA-Ser  88.57 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.888303  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0059  tRNA-Ser  88.57 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00206074  hitchhiker  0.00144451 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0060  tRNA-Ser  88.57 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000793536  hitchhiker  0.00142352 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t28  tRNA-Ser  95.45 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0189168  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>