196 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_6018 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013730  Slin_6018  CRISPR-associated helicase Cas3  100 
 
 
762 aa  1582    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0478884  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2299  CRISPR-associated helicase Cas3  32.63 
 
 
750 aa  266  8.999999999999999e-70  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0901  CRISPR-associated helicase Cas3  30.24 
 
 
737 aa  218  5e-55  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.656814  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0444  CRISPR-associated helicase Cas3  28.67 
 
 
750 aa  214  2.9999999999999995e-54  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1868  CRISPR-associated helicase Cas3  28.49 
 
 
783 aa  209  2e-52  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1813  metal dependent phosphohydrolase  28.67 
 
 
729 aa  202  1.9999999999999998e-50  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.496732  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0309  hypothetical protein  28.21 
 
 
741 aa  195  2e-48  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0192284  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3301  CRISPR-associated helicase Cas3  30.42 
 
 
779 aa  191  2.9999999999999997e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.733843 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0569  metal dependent phosphohydrolase  29.71 
 
 
781 aa  187  7e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.495857 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0125  CRISPR-associated helicase Cas3  30.49 
 
 
775 aa  178  4e-43  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1290  CRISPR-associated helicase Cas3  29.93 
 
 
795 aa  172  3e-41  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5079  CRISPR-associated helicase Cas3  25.67 
 
 
804 aa  170  1e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2024  CRISPR-associated helicase Cas3  28.38 
 
 
741 aa  168  4e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2005  CRISPR-associated helicase Cas3  27.57 
 
 
726 aa  167  6.9999999999999995e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0917  CRISPR-associated helicase Cas3  27.21 
 
 
744 aa  163  1e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000123408 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0671  CRISPR-associated helicase Cas3  26.62 
 
 
729 aa  163  1e-38  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0935  metal dependent phosphohydrolase  27.12 
 
 
1027 aa  160  8e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1228  CRISPR-associated helicase Cas3  27.59 
 
 
764 aa  150  1.0000000000000001e-34  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1001  CRISPR-associated helicase Cas3  26.26 
 
 
801 aa  145  3e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1586  hypothetical protein  30.35 
 
 
823 aa  144  4e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.271584  normal  0.677902 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1639  CRISPR-associated helicase Cas3  33.25 
 
 
791 aa  144  9e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0922  CRISPR-associated helicase Cas3 domain-containing protein  26.18 
 
 
736 aa  143  9.999999999999999e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.013511  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1729  CRISPR-associated helicase Cas3  32.11 
 
 
917 aa  138  4e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1084  CRISPR-associated helicase Cas3  26.24 
 
 
763 aa  138  4e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3763  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  32.12 
 
 
885 aa  130  6e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0421659 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2480  CRISPR-associated helicase Cas3  26.44 
 
 
906 aa  125  3e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0593  CRISPR-associated helicase Cas3  26.94 
 
 
921 aa  125  4e-27  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.834864  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1390  CRISPR-associated helicase Cas3  28.38 
 
 
811 aa  123  9.999999999999999e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1608  CRISPR-associated helicase Cas3  28.18 
 
 
912 aa  123  1.9999999999999998e-26  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.152444  normal  0.436385 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17170  CRISPR-associated helicase Cas3, core  28.13 
 
 
901 aa  120  7.999999999999999e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.908442  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3020  CRISPR-associated helicase Cas3  29.05 
 
 
899 aa  116  2.0000000000000002e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00270264  normal  0.0711602 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2824  CRISPR-associated helicase Cas3  24.35 
 
 
854 aa  115  4.0000000000000004e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1228  CRISPR-associated helicase Cas3  29.53 
 
 
905 aa  115  4.0000000000000004e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000382234  normal  0.960844 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1384  hypothetical protein  27.66 
 
 
883 aa  114  6e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0865  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  25.37 
 
 
892 aa  113  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0912  CRISPR-associated helicase Cas3  29.89 
 
 
871 aa  111  6e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2629  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  25.81 
 
 
971 aa  110  7.000000000000001e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.174712  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0651  CRISPR-associated helicase Cas3  26.7 
 
 
927 aa  109  2e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.522649  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0927  CRISPR-associated helicase Cas3  24.71 
 
 
888 aa  108  3e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.732097  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0956  putative helicase  28 
 
 
904 aa  108  3e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.38721  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0759  CRISPR-associated helicase Cas3  27.78 
 
 
948 aa  108  4e-22  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0254151 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2901  hypothetical protein  26.42 
 
 
888 aa  106  1e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0175  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  25.39 
 
 
920 aa  106  2e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0397  CRISPR-associated helicase Cas3  29.86 
 
 
907 aa  105  3e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0215688  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2983  CRISPR-associated helicase Cas3  27.93 
 
 
899 aa  105  3e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1814  CRISPR-associated helicase Cas3  27.58 
 
 
701 aa  104  7e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0951  hypothetical protein  26.62 
 
 
888 aa  103  9e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.324 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17130  CRISPR-associated helicase Cas3  26.91 
 
 
919 aa  103  1e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.390014 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4095  CRISPR-associated helicase Cas3  25.87 
 
 
887 aa  102  2e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2679  CRISPR-associated helicase Cas3  26.9 
 
 
965 aa  102  3e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000878559  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1419  CRISPR-associated helicase Cas3  27.15 
 
 
860 aa  102  3e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.144597 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0224  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  29.04 
 
 
897 aa  100  7e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.249114  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3314  CRISPR-associated helicase Cas3  27.18 
 
 
892 aa  99.8  2e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.036255  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1021  CRISPR-associated HD domain-containing protein  26.86 
 
 
721 aa  99.8  2e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1141  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  29.72 
 
 
492 aa  99  3e-19  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.607397  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3909  CRISPR-associated protein, Cse1 family  25.13 
 
 
1540 aa  97.4  8e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0587749  normal  0.0865606 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0955  CRISPR-associated helicase Cas3  25.93 
 
 
871 aa  96.3  2e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0826  CRISPR-associated helicase Cas3  24.5 
 
 
854 aa  96.3  2e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1971  CRISPR-associated helicase Cas3  24.2 
 
 
929 aa  96.3  2e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.685894  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3138  crispr-associated helicase Cas3  26.76 
 
 
887 aa  94.7  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13860  CRISPR-associated helicase Cas3  26.42 
 
 
832 aa  94.7  6e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.234704  normal  0.222328 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2158  CRISPR-associated helicase Cas3  27.68 
 
 
594 aa  94.7  6e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3072  crispr-associated helicase Cas3  25.16 
 
 
887 aa  94.4  7e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2438  CRISPR-associated helicase Cas3  23.81 
 
 
908 aa  94  9e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0922  CRISPR-associated helicase Cas3  25.39 
 
 
860 aa  92.8  2e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.226971  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3591  CRISPR-associated helicase Cas3  27.54 
 
 
912 aa  93.2  2e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.355005  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0428  CRISPR-associated helicase Cas3  26.32 
 
 
897 aa  92.4  3e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00752021  normal  0.154756 
 
 
-
 
NC_002950  PG2016  CRISPR-associated helicase Cas3  26.44 
 
 
778 aa  92  4e-17  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.580429 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1593  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  24.32 
 
 
944 aa  92  4e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0156673  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3509  hypothetical protein  25.36 
 
 
850 aa  92  4e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.30369 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4288  CRISPR-associated helicase Cas3  28.26 
 
 
836 aa  91.7  4e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2670  CRISPR-associated helicase Cas3 domain-containing protein  28.02 
 
 
837 aa  91.7  5e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1134  CRISPR-associated helicase Cas3  26.41 
 
 
566 aa  91.3  6e-17  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.0626867  hitchhiker  0.000000190446 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0940  CRISPR-associated helicase Cas3  24.38 
 
 
800 aa  90.9  8e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1010  CRISPR-associated helicase Cas3  25.73 
 
 
859 aa  90.5  1e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.445271  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0601  metal dependent phosphohydrolase  27.59 
 
 
745 aa  89.4  2e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.186068 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1290  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  29.44 
 
 
724 aa  89  3e-16  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00865  CRISPR-associated helicase Cas3  25.93 
 
 
915 aa  87.8  6e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.798987  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4014  CRISPR-associated helicase Cas3  26.54 
 
 
899 aa  87.8  8e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.317175  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1536  CRISPR-associated helicase Cas3  23.17 
 
 
968 aa  87  0.000000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2279  CRISPR-associated helicase Cas3  24.32 
 
 
548 aa  86.3  0.000000000000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.169007  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0936  CRISPR-associated helicase Cas3  25.85 
 
 
881 aa  86.7  0.000000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0975  CRISPR-associated helicase Cas3  24.3 
 
 
821 aa  85.5  0.000000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2343  CRISPR-associated helicase Cas3  24.93 
 
 
879 aa  85.5  0.000000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3970  metal dependent phosphohydrolase  26.2 
 
 
792 aa  85.5  0.000000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1436  CRISPR-associated helicase Cas3  24.66 
 
 
667 aa  85.1  0.000000000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1354  CRISPR-associated helicase Cas3  28.91 
 
 
566 aa  85.1  0.000000000000004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.245938  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1422  CRISPR-associated helicase Cas3 domain-containing protein  27.11 
 
 
733 aa  85.5  0.000000000000004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0408027  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2889  CRISPR-associated helicase Cas3  26.01 
 
 
899 aa  85.1  0.000000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0793506  normal 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5524  CRISPR-associated helicase Cas3  26.2 
 
 
827 aa  84.7  0.000000000000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.262681 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0989  CRISPR-associated helicase Cas3  23.91 
 
 
922 aa  84.3  0.000000000000007  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1064  metal dependent phosphohydrolase  27.09 
 
 
722 aa  84.3  0.000000000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.121674 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0340  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  25.06 
 
 
885 aa  84.3  0.000000000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3341  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  27.07 
 
 
751 aa  84  0.00000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.127091  normal  0.741402 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1971  CRISPR-associated helicase Cas3  26.17 
 
 
740 aa  84  0.00000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3214  cas3: CRISPR-associated helicase Cas3  27.25 
 
 
857 aa  84  0.00000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2661  CRISPR-associated helicase Cas3  27.25 
 
 
807 aa  83.6  0.00000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1601  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  21.76 
 
 
970 aa  83.2  0.00000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0436721  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0480  CRISPR-associated helicase Cas3  23.94 
 
 
868 aa  83.2  0.00000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.227979  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1002  metal dependent phosphohydrolase  27.73 
 
 
731 aa  82.8  0.00000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>