More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_5790 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013730  Slin_5790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
256 aa  521  1e-147  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0601767 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3338  tropinone reductase  52.99 
 
 
267 aa  280  2e-74  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0617958 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3595  tropinone reductase  50 
 
 
258 aa  258  6e-68  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.855153  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04045  tropinone reductase  46.51 
 
 
258 aa  249  2e-65  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1940  tropinone reductase  47.67 
 
 
258 aa  245  4e-64  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.803191  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1875  tropinone reductase  47.67 
 
 
258 aa  245  4.9999999999999997e-64  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_34089  predicted protein  46.43 
 
 
268 aa  240  2e-62  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011684  PHATRDRAFT_51114  predicted protein  45.28 
 
 
268 aa  211  7.999999999999999e-54  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011681  PHATRDRAFT_21608  predicted protein  41.86 
 
 
276 aa  182  4.0000000000000006e-45  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3756  gluconate 5-dehydrogenase  38.8 
 
 
257 aa  173  1.9999999999999998e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0097  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.25 
 
 
262 aa  161  8.000000000000001e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2160  Short-chain dehydrogenase/reductase  36.4 
 
 
254 aa  161  1e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.4 
 
 
254 aa  160  2e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.86 
 
 
255 aa  159  4e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000131904  normal  0.0140674 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6325  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.9 
 
 
254 aa  158  8e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.251484  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.71 
 
 
255 aa  158  9e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6198  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.4 
 
 
260 aa  157  1e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0563  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.74 
 
 
252 aa  157  2e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.3 
 
 
257 aa  157  2e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.39 
 
 
255 aa  157  2e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.24294  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3576  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.86 
 
 
257 aa  157  2e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000680094  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4436  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.98 
 
 
265 aa  156  3e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4589  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.9 
 
 
254 aa  155  4e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.496264  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6414  gluconate 5-dehydrogenase  34.14 
 
 
254 aa  155  4e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0118789  normal  0.389185 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1591  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
265 aa  155  5.0000000000000005e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.222007  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.83 
 
 
256 aa  155  5.0000000000000005e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4511  gluconate 5-dehydrogenase  34.14 
 
 
254 aa  155  6e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5032  gluconate 5-dehydrogenase  35.18 
 
 
252 aa  155  7e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.930013  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1253  short chain dehydrogenase  35.29 
 
 
263 aa  153  2e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0560735 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.29 
 
 
263 aa  153  2e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2712  short chain dehydrogenase  35.29 
 
 
263 aa  153  2e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2801  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.1 
 
 
249 aa  153  2e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2798  short chain dehydrogenase  35.29 
 
 
263 aa  153  2e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2759  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.17 
 
 
261 aa  153  2e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.59 
 
 
262 aa  153  2e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.55 
 
 
257 aa  154  2e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.313012  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2581  short chain dehydrogenase  35.29 
 
 
263 aa  153  2e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2562  short chain dehydrogenase  35.29 
 
 
263 aa  153  2e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.17 
 
 
262 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.526951  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  34.94 
 
 
249 aa  153  2.9999999999999998e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7068  SDR family dehydrogenase/reductase  34.13 
 
 
257 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.894165 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4233  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.13 
 
 
257 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.52 
 
 
257 aa  152  5e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1381  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  39.84 
 
 
248 aa  152  5e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.049098  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.02 
 
 
263 aa  152  5e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00404736  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02326  short chain dehydrogenase  34.9 
 
 
263 aa  152  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02287  hypothetical protein  34.9 
 
 
263 aa  152  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.78 
 
 
255 aa  152  5.9999999999999996e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3656  short chain dehydrogenase  34.9 
 
 
263 aa  152  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1273  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.99 
 
 
257 aa  151  8e-36  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.355177  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1573  3-oxoacyl-(acyl-carrier protein) reductase  37.88 
 
 
266 aa  151  8e-36  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.647658  normal  0.48808 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1326  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.15 
 
 
246 aa  151  1e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.64 
 
 
263 aa  150  2e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1138  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.15 
 
 
246 aa  150  2e-35  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.697899  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01007  short chain dehydrogenase  33.73 
 
 
253 aa  150  3e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.393478  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2742  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.39 
 
 
246 aa  150  3e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0908  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.61 
 
 
257 aa  149  4e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.117831  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2225  glucose 1-dehydrogenase, putative  34.52 
 
 
261 aa  149  4e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4257  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.42 
 
 
262 aa  149  4e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0797349  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1879  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.52 
 
 
261 aa  149  4e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.828765 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2459  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.1 
 
 
264 aa  149  4e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1554  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.29 
 
 
254 aa  149  5e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.203579  normal  0.799434 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2297  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38 
 
 
267 aa  149  5e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0843841 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0919  putative oxidoreductase  38.49 
 
 
257 aa  149  5e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.902502  normal  0.888241 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1313  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.6 
 
 
262 aa  149  5e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.133593  normal  0.554394 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1857  glucose 1-dehydrogenase, putative  35.6 
 
 
261 aa  149  6e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.637675  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1751  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.54 
 
 
257 aa  149  6e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0168825 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7642  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
263 aa  148  6e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.611313 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1535  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.6 
 
 
261 aa  149  6e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0579067  normal  0.028281 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2297  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.85 
 
 
248 aa  148  8e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.0078554  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10890  putative short-chain dehydrogenase  37.4 
 
 
241 aa  148  9e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0306888  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.39 
 
 
252 aa  147  1.0000000000000001e-34  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1399  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.6 
 
 
253 aa  147  1.0000000000000001e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00235361 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0273  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.86 
 
 
254 aa  147  1.0000000000000001e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1671  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.73 
 
 
246 aa  148  1.0000000000000001e-34  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2074  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.51 
 
 
257 aa  147  1.0000000000000001e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00108701 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0934  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  35.63 
 
 
247 aa  147  1.0000000000000001e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00491532  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.55 
 
 
256 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.872247 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4528  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38 
 
 
258 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.831809  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0264  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.08 
 
 
257 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0494  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.39 
 
 
252 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0154  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.26 
 
 
255 aa  147  2.0000000000000003e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.649375  normal  0.270956 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2361  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.11 
 
 
258 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.11166  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.4 
 
 
260 aa  147  2.0000000000000003e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0407787  normal  0.415093 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0777  gluconate 5-dehydrogenase  34.39 
 
 
251 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.618291  hitchhiker  0.00200145 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2377  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.06 
 
 
252 aa  146  3e-34  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0864  short chain dehydrogenase  32.94 
 
 
253 aa  146  3e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0287  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.94 
 
 
253 aa  146  3e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.129193  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2333  gluconate 5-dehydrogenase  34.38 
 
 
259 aa  146  3e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.885017  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2006  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.51 
 
 
265 aa  146  3e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.243411  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4366  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.1 
 
 
259 aa  145  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.534322  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5134  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.14 
 
 
240 aa  145  4.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.819971  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11020  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.75 
 
 
253 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5725  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.14 
 
 
240 aa  145  4.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39 
 
 
262 aa  145  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1136  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.29 
 
 
249 aa  145  5e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.399133  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0433  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.6 
 
 
244 aa  145  5e-34  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00087459  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1373  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34 
 
 
248 aa  145  7.0000000000000006e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.124306  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3692  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
263 aa  145  7.0000000000000006e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2921  dehydrogenase  37.84 
 
 
261 aa  145  7.0000000000000006e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.932836 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>