More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_4079 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013730  Slin_4079  queuine tRNA-ribosyltransferase  100 
 
 
376 aa  785    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.137728 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3359  queuine tRNA-ribosyltransferase  76.39 
 
 
377 aa  610  1e-173  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.142206  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1430  queuine tRNA-ribosyltransferase  72.07 
 
 
376 aa  577  1.0000000000000001e-163  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.143529  normal  0.876583 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0045  queuine tRNA-ribosyltransferase  70.74 
 
 
376 aa  565  1e-160  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.642849  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1197  queuine tRNA-ribosyltransferase (tRNA-guanine transglycosylase)  69.41 
 
 
376 aa  565  1e-160  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.196997  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00865  queuine tRNA-ribosyltransferase  70.74 
 
 
376 aa  560  1e-158  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1985  queuine tRNA-ribosyltransferase  67.55 
 
 
376 aa  541  1e-153  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6918  queuine tRNA-ribosyltransferase  68.09 
 
 
376 aa  544  1e-153  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.625358  normal  0.464203 
 
 
-
 
NC_002950  PG0500  queuine tRNA-ribosyltransferase  66.76 
 
 
376 aa  526  1e-148  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.260336 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0026  queuine tRNA-ribosyltransferase  65.69 
 
 
374 aa  516  1.0000000000000001e-145  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0710  queuine tRNA-ribosyltransferase  60.37 
 
 
376 aa  483  1e-135  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0964  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.57 
 
 
377 aa  417  9.999999999999999e-116  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1759  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.23 
 
 
377 aa  415  9.999999999999999e-116  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1756  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.69 
 
 
377 aa  408  1e-113  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.185271  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1404  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.42 
 
 
376 aa  410  1e-113  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.2387 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0382  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.06 
 
 
357 aa  409  1e-113  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0712  queuine tRNA-ribosyltransferase  51.08 
 
 
377 aa  401  1e-111  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1512  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.39 
 
 
379 aa  404  1e-111  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0521  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.55 
 
 
371 aa  400  9.999999999999999e-111  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0530  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.29 
 
 
373 aa  399  9.999999999999999e-111  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00176978  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1591  queuine tRNA-ribosyltransferase  50.68 
 
 
379 aa  396  1e-109  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.00100827  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0632  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.02 
 
 
392 aa  392  1e-108  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0931  queuine tRNA-ribosyltransferase  51.23 
 
 
394 aa  394  1e-108  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2435  queuine tRNA-ribosyltransferase  51.06 
 
 
372 aa  390  1e-107  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1457  queuine tRNA-ribosyltransferase  50 
 
 
375 aa  389  1e-107  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000844701  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1782  queuine tRNA-ribosyltransferase  51.63 
 
 
372 aa  389  1e-107  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00114635 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1259  queuine tRNA-ribosyltransferase  51.98 
 
 
379 aa  391  1e-107  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.527316  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2619  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.35 
 
 
373 aa  385  1e-106  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2844  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.49 
 
 
377 aa  388  1e-106  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2757  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.7 
 
 
386 aa  386  1e-106  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.717518 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12290  queuine tRNA-ribosyltransferase  49.07 
 
 
373 aa  387  1e-106  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000356741  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1428  queuine tRNA-ribosyltransferase  50.82 
 
 
369 aa  384  1e-105  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00175971  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0958  queuine tRNA-ribosyltransferase  51.38 
 
 
374 aa  382  1e-105  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0452051  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0852  queuine tRNA-ribosyltransferase  51.96 
 
 
370 aa  378  1e-104  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1716  queuine tRNA-ribosyltransferase  50.4 
 
 
371 aa  379  1e-104  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.2965  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0276  queuine tRNA-ribosyltransferase  51.88 
 
 
377 aa  379  1e-104  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.000356589  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1927  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.81 
 
 
383 aa  376  1e-103  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000713351  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0579  queuine tRNA-ribosyltransferase  51.25 
 
 
370 aa  372  1e-102  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.350695  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1666  queuine tRNA-ribosyltransferase  49.58 
 
 
370 aa  374  1e-102  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.098612  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1791  queuine tRNA-ribosyltransferase  48.91 
 
 
370 aa  374  1e-102  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000378979  hitchhiker  0.00274251 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2243  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.31 
 
 
375 aa  374  1e-102  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.982522 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3622  queuine tRNA-ribosyltransferase  50.27 
 
 
372 aa  374  1e-102  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00110996  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1194  queuine tRNA-ribosyltransferase  49.05 
 
 
367 aa  371  1e-102  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0084  queuine tRNA-ribosyltransferase  51.01 
 
 
384 aa  369  1e-101  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000052368  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1120  queuine tRNA-ribosyltransferase  48.24 
 
 
369 aa  368  1e-101  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0231453  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1703  queuine tRNA-ribosyltransferase  50.28 
 
 
383 aa  369  1e-101  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.108277  normal  0.62465 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1330  queuine tRNA-ribosyltransferase  50.56 
 
 
365 aa  369  1e-101  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.442991  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0565  queuine tRNA-ribosyltransferase  50.41 
 
 
373 aa  369  1e-101  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.005662  normal  0.744875 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1524  queuine tRNA-ribosyltransferase  50 
 
 
383 aa  365  1e-100  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000558338  normal  0.0203734 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2026  queuine tRNA-ribosyltransferase  51.1 
 
 
407 aa  366  1e-100  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1606  queuine tRNA-ribosyltransferase  45.72 
 
 
388 aa  365  1e-100  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.894963  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2011  queuine tRNA-ribosyltransferase  49.73 
 
 
380 aa  367  1e-100  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.638578  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1800  queuine tRNA-ribosyltransferase  49.05 
 
 
374 aa  367  1e-100  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0930  queuine tRNA-ribosyltransferase  49.03 
 
 
380 aa  364  1e-99  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2187  queuine tRNA-ribosyltransferase  50.81 
 
 
375 aa  365  1e-99  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0175  queuine tRNA-ribosyltransferase  48.51 
 
 
381 aa  363  2e-99  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2068  Queuine tRNA-ribosyltransferase  50 
 
 
371 aa  361  1e-98  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1696  queuine tRNA-ribosyltransferase  49.72 
 
 
379 aa  361  1e-98  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1729  queuine tRNA-ribosyltransferase  49.72 
 
 
379 aa  361  1e-98  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.37523  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0444  queuine tRNA-ribosyltransferase  48.79 
 
 
375 aa  360  2e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0464  queuine tRNA-ribosyltransferase  48.79 
 
 
375 aa  360  2e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.992026  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0451  queuine tRNA-ribosyltransferase  48.79 
 
 
375 aa  360  2e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0945287  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2518  queuine tRNA-ribosyltransferase  49.44 
 
 
380 aa  360  2e-98  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00624233  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0505  queuine tRNA-ribosyltransferase  48.79 
 
 
375 aa  360  2e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0445  queuine tRNA-ribosyltransferase  48.79 
 
 
375 aa  360  3e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1894  queuine tRNA-ribosyltransferase  50.99 
 
 
355 aa  359  4e-98  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.3829100000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0320  queuine tRNA-ribosyltransferase  50.14 
 
 
387 aa  359  5e-98  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0464887 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3555  queuine tRNA-ribosyltransferase  49.32 
 
 
378 aa  358  6e-98  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3361  queuine tRNA-ribosyltransferase  50 
 
 
472 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0872044  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4345  queuine tRNA-ribosyltransferase  50.82 
 
 
377 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000330572 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0218  queuine tRNA-ribosyltransferase  49.04 
 
 
376 aa  357  1.9999999999999998e-97  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.989201  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0144  queuine tRNA-ribosyltransferase  47.96 
 
 
384 aa  357  1.9999999999999998e-97  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0518824  decreased coverage  0.000581764 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3054  queuine tRNA-ribosyltransferase  49.72 
 
 
379 aa  357  1.9999999999999998e-97  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0377683  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3328  queuine tRNA-ribosyltransferase  50.42 
 
 
397 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.162119  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0875  queuine tRNA-ribosyltransferase  48.52 
 
 
375 aa  357  2.9999999999999997e-97  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.68635  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2387  queuine tRNA-ribosyltransferase  50.42 
 
 
397 aa  356  2.9999999999999997e-97  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3371  queuine tRNA-ribosyltransferase  50.42 
 
 
397 aa  356  2.9999999999999997e-97  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0303  queuine tRNA-ribosyltransferase  50.42 
 
 
397 aa  356  2.9999999999999997e-97  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2573  queuine tRNA-ribosyltransferase  50.42 
 
 
397 aa  356  2.9999999999999997e-97  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1165  queuine tRNA-ribosyltransferase  50.42 
 
 
397 aa  356  2.9999999999999997e-97  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.179436  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0699  queuine tRNA-ribosyltransferase  50.14 
 
 
404 aa  356  2.9999999999999997e-97  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00354  queuine tRNA-ribosyltransferase  47.71 
 
 
375 aa  356  3.9999999999999996e-97  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.520405  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3203  queuine tRNA-ribosyltransferase  47.71 
 
 
375 aa  356  3.9999999999999996e-97  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.372376  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0476  queuine tRNA-ribosyltransferase  47.71 
 
 
375 aa  356  3.9999999999999996e-97  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0486  queuine tRNA-ribosyltransferase  47.71 
 
 
375 aa  356  3.9999999999999996e-97  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0436  queuine tRNA-ribosyltransferase  47.71 
 
 
375 aa  356  3.9999999999999996e-97  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0907  queuine tRNA-ribosyltransferase  48.1 
 
 
372 aa  356  3.9999999999999996e-97  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3227  queuine tRNA-ribosyltransferase  47.71 
 
 
375 aa  356  3.9999999999999996e-97  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000187089 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00358  hypothetical protein  47.71 
 
 
375 aa  356  3.9999999999999996e-97  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.575633  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0438  queuine tRNA-ribosyltransferase  47.71 
 
 
375 aa  356  3.9999999999999996e-97  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1315  queuine tRNA-ribosyltransferase  48.14 
 
 
376 aa  356  3.9999999999999996e-97  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1114  queuine tRNA-ribosyltransferase  51.09 
 
 
373 aa  356  3.9999999999999996e-97  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.34463  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0325  queuine tRNA-ribosyltransferase  47.71 
 
 
375 aa  356  3.9999999999999996e-97  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2647  queuine tRNA-ribosyltransferase  47.44 
 
 
381 aa  355  5e-97  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000956702  hitchhiker  0.00180241 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2193  queuine tRNA-ribosyltransferase  50.43 
 
 
374 aa  355  5e-97  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0616046  normal  0.0257357 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3990  queuine tRNA-ribosyltransferase  50 
 
 
396 aa  355  5e-97  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.259551 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1866  queuine tRNA-ribosyltransferase  49.46 
 
 
380 aa  355  5e-97  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.000457262  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1447  queuine tRNA-ribosyltransferase  49.3 
 
 
374 aa  355  5.999999999999999e-97  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000328041  normal  0.0357414 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1215  queuine tRNA-ribosyltransferase  50.97 
 
 
385 aa  355  5.999999999999999e-97  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.557932 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1435  queuine tRNA-ribosyltransferase  49.3 
 
 
374 aa  355  5.999999999999999e-97  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000652098  hitchhiker  0.000858372 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>