More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_3988 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013730  Slin_3988  major facilitator superfamily MFS_1  100 
 
 
442 aa  888    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.74321  normal  0.0290381 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1990  D-galactonate transporter  56.41 
 
 
436 aa  508  1e-143  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0023647  normal  0.0470104 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4122  D-galactonate transporter  58.47 
 
 
436 aa  508  1e-143  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0101407  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2180  MFS transporter, phthalate permease family  56.88 
 
 
478 aa  498  1e-139  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.256774  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51310  D-galactonate transporter  56.16 
 
 
434 aa  493  9.999999999999999e-139  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2645  major facilitator transporter  54.04 
 
 
466 aa  489  1e-137  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2776  major facilitator transporter  56.06 
 
 
461 aa  479  1e-134  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5174  major facilitator transporter  56.06 
 
 
469 aa  478  1e-134  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3336  major facilitator transporter  55.82 
 
 
464 aa  474  1e-132  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4121  major facilitator transporter  55.74 
 
 
463 aa  472  1e-132  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.503182 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5194  major facilitator transporter  55.11 
 
 
479 aa  473  1e-132  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4772  major facilitator transporter  55.74 
 
 
463 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3395  major facilitator transporter  55.74 
 
 
463 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0027  d-galactonate transporter  52.61 
 
 
429 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.104375  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0012  d-galactonate transporter  51.72 
 
 
430 aa  442  1e-123  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1094  d-galactonate transporter  51.72 
 
 
430 aa  444  1e-123  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4111  d-galactonate transporter  51.16 
 
 
432 aa  441  1e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.748063  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4055  d-galactonate transporter  51.72 
 
 
430 aa  442  1e-123  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4218  d-galactonate transporter  51.16 
 
 
432 aa  441  1e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3903  d-galactonate transporter  51.72 
 
 
445 aa  442  1e-123  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4199  d-galactonate transporter  51.72 
 
 
445 aa  442  1e-123  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03574  D-galactonate transporter  51.49 
 
 
430 aa  439  9.999999999999999e-123  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0045  d-galactonate transporter  51.63 
 
 
430 aa  438  9.999999999999999e-123  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.249209 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03518  hypothetical protein  51.49 
 
 
430 aa  439  9.999999999999999e-123  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0012  d-galactonate transporter  51.49 
 
 
430 aa  439  9.999999999999999e-123  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4160  d-galactonate transporter  51.16 
 
 
432 aa  441  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0010  d-galactonate transporter  52.09 
 
 
430 aa  432  1e-120  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.661181  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5191  major facilitator transporter  47.13 
 
 
449 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.83769 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2056  major facilitator superfamily transporter phthalate permease  48.46 
 
 
448 aa  414  1e-114  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4966  major facilitator transporter  46.88 
 
 
447 aa  414  1e-114  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.051147 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3065  major facilitator transporter  46.88 
 
 
447 aa  412  1e-114  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.347514  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4663  major facilitator transporter  46.49 
 
 
455 aa  414  1e-114  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.858594  normal  0.41723 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5302  major facilitator transporter  46.88 
 
 
447 aa  412  1e-114  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0397633 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4010  major facilitator transporter  48.1 
 
 
446 aa  408  1e-113  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.835742  normal  0.379616 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1710  major facilitator superfamily transporter phthalate permease  48.1 
 
 
446 aa  408  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0437115 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2236  general substrate transporter  47.55 
 
 
449 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0346  major facilitator transporter  46.1 
 
 
450 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.258915  normal  0.801106 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0885  major facilitator superfamily transporter metabolite/H(+) symporter  45.96 
 
 
456 aa  408  1.0000000000000001e-112  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3421  major facilitator transporter  47.24 
 
 
444 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.229013  normal  0.137893 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4570  major facilitator superfamily MFS_1  45.98 
 
 
458 aa  395  1e-109  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05240  D-galactonate transporter  45.08 
 
 
463 aa  392  1e-108  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0851  putative D-galactonate transporter  48.2 
 
 
448 aa  394  1e-108  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.997536  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1898  major facilitator superfamily transporter phthalate permease  48.2 
 
 
448 aa  394  1e-108  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0829  D-galactonate transporter  45.06 
 
 
468 aa  394  1e-108  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.017326  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1755  anion:cation symporter (ACS) family protein  48.2 
 
 
448 aa  394  1e-108  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0350233  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2209  anion:cation symporter (ACS) family protein  48.2 
 
 
448 aa  394  1e-108  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0581  glucarate transporter  48.2 
 
 
448 aa  394  1e-108  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0484  anion:cation symporter (ACS) family protein  48.2 
 
 
448 aa  394  1e-108  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0894  anion:cation symporter (ACS) family protein  48.2 
 
 
448 aa  394  1e-108  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0815494  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3600  d-galactonate transporter  44.68 
 
 
454 aa  390  1e-107  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.442053  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2316  d-galactonate transporter  44.44 
 
 
454 aa  389  1e-107  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.601207  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6485  major facilitator superfamily D-glucarate permease  43.95 
 
 
445 aa  389  1e-107  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.848435  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3099  d-galactonate transporter  44.68 
 
 
454 aa  390  1e-107  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4548  MFS transporter, phthalate permease family  44.77 
 
 
461 aa  385  1e-106  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0771862  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4226  D-galactonate transporter  44.55 
 
 
461 aa  386  1e-106  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.912687 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02992  predicted (D)-galactarate transporter  43.15 
 
 
444 aa  383  1e-105  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0578  d-galactonate transporter  43.15 
 
 
444 aa  383  1e-105  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0573  d-galactonate transporter  43.15 
 
 
444 aa  383  1e-105  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3422  galactarate permease GarP  43.15 
 
 
444 aa  382  1e-105  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0828  putative glucarate transporter (D-glucarate permease) transmembrane protein  42.76 
 
 
450 aa  382  1e-105  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.667348  normal  0.455207 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2815  d-galactonate transporter  44.44 
 
 
453 aa  383  1e-105  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.362765  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02943  hypothetical protein  43.15 
 
 
444 aa  383  1e-105  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6033  major facilitator transporter  44.88 
 
 
467 aa  382  1e-105  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.296948 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3605  galactarate permease GarP  43.15 
 
 
444 aa  383  1e-105  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4439  galactarate permease GarP  43.15 
 
 
444 aa  383  1e-105  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.333242 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3316  galactarate permease GarP  43.15 
 
 
444 aa  383  1e-105  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3569  d-galactonate transporter  42.92 
 
 
444 aa  381  1e-104  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.576776 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2475  d-galactonate transporter  44.34 
 
 
438 aa  380  1e-104  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.812559  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3689  D-galactonate transporter  41.91 
 
 
458 aa  377  1e-103  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0225  d-galactonate transporter  44.01 
 
 
446 aa  377  1e-103  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000305819 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0187  major facilitator superfamily transporter phthalate permease  43.12 
 
 
451 aa  377  1e-103  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0217  d-galactonate transporter  44.24 
 
 
446 aa  377  1e-103  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4735  galactarate transporter  43.68 
 
 
453 aa  373  1e-102  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.388057  normal  0.513803 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4450  d-galactonate transporter  43.45 
 
 
450 aa  374  1e-102  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.821723 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4584  d-galactonate transporter  43.45 
 
 
450 aa  374  1e-102  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.960578  normal  0.440179 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5765  d-galactonate transporter  41.45 
 
 
454 aa  372  1e-102  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3397  D-galactonate transporter  42.52 
 
 
446 aa  369  1e-101  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4863  d-galactonate transporter  41.67 
 
 
450 aa  370  1e-101  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0267254 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1803  major facilitator superfamily D-galactonate transporter  42.59 
 
 
450 aa  369  1e-101  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0303385  hitchhiker  0.00231881 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3829  D-galactonate transporter  41.22 
 
 
454 aa  370  1e-101  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4539  d-galactonate transporter  41.22 
 
 
454 aa  370  1e-101  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.327531  normal  0.0349681 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3557  d-galactonate transporter  42.69 
 
 
450 aa  368  1e-100  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3397  d-galactonate transporter  42.23 
 
 
450 aa  367  1e-100  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0807  d-galactonate transporter  42.27 
 
 
450 aa  367  1e-100  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0666  d-galactonate transporter  42.49 
 
 
447 aa  365  1e-100  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0432694 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3242  d-galactonate transporter  41.53 
 
 
451 aa  364  2e-99  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.141261 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6596  d-galactonate transporter  42.32 
 
 
457 aa  363  3e-99  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.143418  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3283  glucarate permease  41.53 
 
 
452 aa  362  8e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.129198  normal  0.747059 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3103  glucarate permease  41.53 
 
 
452 aa  362  1e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3168  glucarate permease  41.53 
 
 
452 aa  362  1e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.101605 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3121  glucarate permease  41.53 
 
 
452 aa  362  1e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.830611 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3184  glucarate permease  41.53 
 
 
452 aa  362  1e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.513823 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1306  major facilitator transporter  40.52 
 
 
454 aa  361  2e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.599836 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3916  probable glucarate transporter  43.66 
 
 
436 aa  361  2e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4023  glucarate transporter  43.66 
 
 
436 aa  361  2e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.957782  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3978  putative glucarate transporter  43.66 
 
 
436 aa  361  2e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.776069 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0202  d-galactonate transporter  41.59 
 
 
446 aa  360  3e-98  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.317635  unclonable  0.00000000000905697 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5207  d-galactonate transporter  41.16 
 
 
485 aa  360  3e-98  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.045527 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2927  glucarate permease  41.3 
 
 
450 aa  360  4e-98  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3093  glucarate permease  41.3 
 
 
450 aa  360  4e-98  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.110237  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>