More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_3896 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013730  Slin_3896  two component transcriptional regulator, LytTR family  100 
 
 
245 aa  497  1e-140  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.356034 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3427  two component transcriptional regulator, LytTR family  36 
 
 
256 aa  157  1e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.239231  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4820  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.33 
 
 
244 aa  154  1e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.334432  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6068  response regulator receiver protein  32.92 
 
 
248 aa  138  8.999999999999999e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2337  signal transduction histidine kinase  51.64 
 
 
352 aa  131  1.0000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08681  transcriptional regulator  30.64 
 
 
240 aa  125  6e-28  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.803849  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3008  multi-sensor hybrid histidine kinase  50.86 
 
 
953 aa  123  3e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4302  signal transduction histidine kinase  47.15 
 
 
343 aa  120  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.219335  normal  0.321802 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0455  response regulator receiver domain-containing protein  46.34 
 
 
238 aa  120  3e-26  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.21261 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0066  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  45.83 
 
 
377 aa  119  3.9999999999999996e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.359193  normal  0.0132857 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2117  putative PAS/PAC sensor protein  48.76 
 
 
257 aa  119  4.9999999999999996e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2709  two component signal transduction response regulator  47.5 
 
 
429 aa  118  7.999999999999999e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0428  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.33 
 
 
455 aa  117  9.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1730  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.98 
 
 
591 aa  117  9.999999999999999e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.319599  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2285  response regulator receiver  44.8 
 
 
130 aa  115  3.9999999999999997e-25  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000158247  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0866  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  48.78 
 
 
701 aa  115  6.9999999999999995e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.711392  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1497  putative PAS/PAC sensor protein  41.18 
 
 
380 aa  114  1.0000000000000001e-24  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.506851  normal  0.137069 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3448  putative transcriptional regulator  49.15 
 
 
143 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.132297  normal  0.0606491 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1631  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.3 
 
 
561 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.608678  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0439  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.67 
 
 
455 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.444664 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3039  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  46.61 
 
 
355 aa  113  3e-24  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.610599  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0841  response regulator receiver  45.8 
 
 
135 aa  113  3e-24  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1724  response regulator receiver domain-containing protein  41.43 
 
 
352 aa  112  4.0000000000000004e-24  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5058  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.02 
 
 
247 aa  112  4.0000000000000004e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000256301  normal  0.0140106 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1235  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.9 
 
 
989 aa  112  5e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.172784  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3511  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  42.98 
 
 
384 aa  112  5e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.253652 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1912  response regulator receiver protein  45.45 
 
 
263 aa  112  5e-24  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.181503  normal  0.732361 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1813  response regulator receiver protein  47.46 
 
 
316 aa  112  6e-24  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.445517  normal  0.445863 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1114  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  50.85 
 
 
373 aa  112  6e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1557  response regulator receiver  46.15 
 
 
131 aa  112  7.000000000000001e-24  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000000412225  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1528  response regulator receiver protein  43.75 
 
 
450 aa  111  1.0000000000000001e-23  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  hitchhiker  0.00374994  normal  0.77554 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0048  putative PAS/PAC sensor protein  43.94 
 
 
255 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3003  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.61 
 
 
498 aa  110  2.0000000000000002e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4529  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.9 
 
 
989 aa  110  3e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1725  multi-sensor signal transduction histidine kinase  48.31 
 
 
499 aa  110  3e-23  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1488  response regulator receiver protein  39.26 
 
 
450 aa  110  3e-23  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.379239 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0895  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.76 
 
 
701 aa  108  7.000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2212  response regulator receiver protein  47.83 
 
 
122 aa  108  7.000000000000001e-23  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.092497  normal  0.290386 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0900  response regulator receiver protein  46.55 
 
 
126 aa  108  9.000000000000001e-23  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  hitchhiker  0.000110071 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2637  putative PAS/PAC sensor protein  44.92 
 
 
461 aa  107  1e-22  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4564  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  46.61 
 
 
376 aa  108  1e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.531352 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1007  putative GAF sensor protein  48.39 
 
 
311 aa  108  1e-22  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.164021  normal  0.860345 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1311  putative PAS/PAC sensor protein  39.6 
 
 
340 aa  107  2e-22  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.187179 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1808  putative PAS/PAC sensor protein  47.06 
 
 
603 aa  105  6e-22  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.268482 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0985  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.92 
 
 
704 aa  105  9e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.000494124  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2677  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  41.32 
 
 
636 aa  105  9e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.068934 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2686  putative PAS/PAC sensor protein  40.8 
 
 
337 aa  104  1e-21  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.209027 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1773  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  43.22 
 
 
386 aa  104  1e-21  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1807  putative PAS/PAC sensor protein  41.18 
 
 
258 aa  103  2e-21  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.254511 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4326  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.15 
 
 
571 aa  103  2e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4365  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.59 
 
 
471 aa  103  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.231326 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.07 
 
 
426 aa  104  2e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0893  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  42.86 
 
 
359 aa  102  4e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1441  LytTR family two component transcriptional regulator  26.48 
 
 
248 aa  103  4e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1358  putative PAS/PAC sensor protein  43.22 
 
 
404 aa  102  6e-21  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.873442  normal  0.0258422 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2639  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.24 
 
 
817 aa  102  6e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1360  putative PAS/PAC sensor protein  38.79 
 
 
429 aa  101  1e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00110028  hitchhiker  0.000665614 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1242  multi-sensor signal transduction histidine kinase  43.22 
 
 
472 aa  99.8  3e-20  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.41521  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3002  putative PAS/PAC sensor protein  42.4 
 
 
469 aa  98.6  8e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.345319  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2510  transcriptional regulator  40.65 
 
 
157 aa  98.6  9e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000843612  normal  0.354799 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2407  response regulator receiver protein  38.52 
 
 
182 aa  96.3  4e-19  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2282  histidine kinase  41.88 
 
 
667 aa  96.3  4e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1517  response regulator receiver protein  42.06 
 
 
127 aa  95.9  5e-19  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.394491  normal  0.160821 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2294  response regulator receiver  42.59 
 
 
134 aa  95.9  5e-19  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.371138  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3510  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.24 
 
 
521 aa  95.5  7e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.269968 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5028  LytTR family two component transcriptional regulator  30.29 
 
 
237 aa  95.5  7e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.967214  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4330  response regulator receiver protein  38.26 
 
 
127 aa  95.1  1e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0573  response regulator receiver protein  43.1 
 
 
261 aa  93.6  2e-18  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.666159  normal  0.332219 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0190  LytR/AlgR family transcriptional regulator  27.48 
 
 
244 aa  93.6  3e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.625509  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0115  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.68 
 
 
481 aa  93.6  3e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4195  response regulator receiver protein  38.84 
 
 
154 aa  92.4  6e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.81513  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2060  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.15 
 
 
240 aa  92  7e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2576  response regulator receiver domain-containing protein  39.66 
 
 
122 aa  91.7  9e-18  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1460  putative PAS/PAC sensor protein  40.17 
 
 
474 aa  91.3  1e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.81808 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3671  Sigma 54 interacting domain protein  38.79 
 
 
657 aa  91.3  1e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1348  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.74 
 
 
461 aa  90.5  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0577  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.71 
 
 
231 aa  90.9  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0834  response regulator receiver  36.67 
 
 
134 aa  90.1  3e-17  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000017528  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4010  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.1 
 
 
231 aa  89.7  3e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0569074  decreased coverage  0.00157623 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2085  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.87 
 
 
457 aa  90.1  3e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4165  hypothetical protein  37.82 
 
 
153 aa  88.6  7e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5460  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  41.74 
 
 
650 aa  88.6  9e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.665291  normal  0.225769 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1609  response regulator receiver protein  42.15 
 
 
463 aa  88.6  9e-17  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.672475  normal  0.374216 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2645  putative PAS/PAC sensor protein  36.8 
 
 
336 aa  87.8  1e-16  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0268  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.94 
 
 
651 aa  87.8  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0118  putative PAS/PAC sensor protein  40.83 
 
 
265 aa  86.7  3e-16  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4307  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  40.98 
 
 
635 aa  87  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.056389 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5278  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.82 
 
 
281 aa  86.3  4e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.415246  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4495  LytTR family two component transcriptional regulator  27.68 
 
 
245 aa  85.9  5e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0883  response regulator receiver  39.52 
 
 
273 aa  86.3  5e-16  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0191  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.31 
 
 
234 aa  85.9  5e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.20678  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4853  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  36.67 
 
 
457 aa  85.5  6e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.231814  hitchhiker  0.00735887 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1630  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.49 
 
 
243 aa  85.5  7e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.192215 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0616  two component transcriptional regulator  36.75 
 
 
249 aa  85.1  0.000000000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0434  putative PAS/PAC sensor protein  37.39 
 
 
458 aa  84.3  0.000000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5458  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.26 
 
 
582 aa  84  0.000000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.336827 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2933  response regulator receiver and ANTAR domain protein  36.97 
 
 
194 aa  84.3  0.000000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0803562  normal  0.225953 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01100  sensory box/GGDEF family protein  36.22 
 
 
798 aa  83.6  0.000000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2400  response regulator receiver protein  31.15 
 
 
236 aa  83.2  0.000000000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.14107  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0031  response regulator receiver protein  31.4 
 
 
243 aa  83.2  0.000000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>