28 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_3876 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013730  Slin_3876  NHL repeat containing protein  100 
 
 
379 aa  774    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0470  hypothetical protein  38.08 
 
 
371 aa  232  1e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.043698 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0790  NHL repeat-containing protein  39.08 
 
 
395 aa  228  1e-58  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.395295  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3754  NHL repeat containing protein  37.21 
 
 
398 aa  223  4.9999999999999996e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1812  NHL repeat containing protein  36.49 
 
 
397 aa  219  7e-56  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0109  NHL repeat containing protein  38.26 
 
 
397 aa  212  7.999999999999999e-54  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.894409 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0113  NHL repeat containing protein  38.26 
 
 
397 aa  211  1e-53  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3229  NHL repeat containing protein  37.39 
 
 
380 aa  209  6e-53  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.657691  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4601  NHL repeat-containing protein  35.26 
 
 
390 aa  208  1e-52  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1073  NHL repeat-containing protein  37.61 
 
 
362 aa  207  3e-52  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0871328  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0711  NHL repeat protein  37.89 
 
 
398 aa  202  9.999999999999999e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0859  NHL repeat containing protein  37.89 
 
 
398 aa  202  9.999999999999999e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3874  NHL repeat containing protein  35.18 
 
 
388 aa  198  1.0000000000000001e-49  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2370  NHL repeat-containing protein  35.47 
 
 
397 aa  196  4.0000000000000005e-49  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0112642 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3206  NHL repeat-containing protein  34.96 
 
 
419 aa  194  1e-48  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3798  NHL repeat-containing protein  36.21 
 
 
367 aa  187  2e-46  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.88272 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0477  NHL repeat containing protein  32.95 
 
 
368 aa  159  7e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.517472  normal  0.232991 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2063  NHL repeat containing protein  26.19 
 
 
652 aa  60.1  0.00000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2272  glycoside hydrolase family 26  25.13 
 
 
711 aa  54.3  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.738347  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1378  hypothetical protein  25 
 
 
1030 aa  53.5  0.000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.872311  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2158  NHL repeat-containing protein  27.88 
 
 
1750 aa  50.4  0.00005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0027  Fibronectin type III domain protein  27.05 
 
 
460 aa  48.5  0.0002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2917  NHL repeat containing protein  29.26 
 
 
623 aa  47.4  0.0004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.304592  normal  0.453442 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4088  serine/threonine protein kinase  27.51 
 
 
850 aa  45.1  0.002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.527089  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3670  NHL repeat-containing protein  23.55 
 
 
503 aa  45.1  0.002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1280  NHL repeat-containing protein  32.08 
 
 
504 aa  44.7  0.003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.164299  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4723  NHL repeat containing protein  27.75 
 
 
1079 aa  44.3  0.003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.645184  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4124  NHL repeat-containing protein  26.75 
 
 
359 aa  43.1  0.008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.640446 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>