212 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_3089 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013730  Slin_3089  restriction modification system DNA specificity domain protein  100 
 
 		 520 aa  1065    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.497517  normal  0.376247 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.77 
 
 		 477 aa  231  3e-59  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1414  restriction modification system DNA specificity domain  34 
 
 		 447 aa  200  3.9999999999999996e-50  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00014984  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2086  restriction modification system DNA specificity domain protein  51.89 
 
 		 417 aa  179  1e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000683293 
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5276  restriction modification system DNA specificity subunit  37.01 
 
 		 418 aa  150  4e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1027  restriction modification system DNA specificity subunit  45.75 
 
 		 420 aa  147  6e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20210  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.78 
 
 		 565 aa  139  1e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.266778  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1060  restriction modification system DNA specificity subunit  45.95 
 
 		 397 aa  138  2e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.588803  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1237  restriction modification system DNA specificity subunit  29.75 
 
 		 633 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3525  restriction modification system DNA specificity subunit  45.83 
 
 		 420 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0777  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  34.29 
 
 		 422 aa  135  3e-30  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00318537  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  42.86 
 
 		 457 aa  132  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3719  restriction modification system DNA specificity subunit  26.44 
 
 		 585 aa  131  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3653  type I restriction enzyme StySPI specificity protein  33.03 
 
 		 460 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234587  normal  0.701676 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2862  restriction modification system DNA specificity subunit  26.64 
 
 		 589 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5859  putative type I restriction-modification system, S subunit  23.64 
 
 		 584 aa  125  2e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0842  type I restriction-modification enzyme, S subunit, putative  25.15 
 
 		 476 aa  124  4e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0822  restriction modification system DNA specificity subunit  26.89 
 
 		 577 aa  124  4e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0149  restriction modification system DNA specificity subunit  33.48 
 
 		 400 aa  122  9.999999999999999e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  26.61 
 
 		 611 aa  122  1.9999999999999998e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00184495 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1170  restriction modification system DNA specificity subunit  36.09 
 
 		 402 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.249165  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0308  restriction modification system DNA specificity domain  40 
 
 		 456 aa  122  1.9999999999999998e-26  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0501  restriction modification system DNA specificity subunit  26.71 
 
 		 612 aa  121  3e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.435558 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1015  restriction modification system DNA specificity subunit  24.56 
 
 		 575 aa  119  9.999999999999999e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0448  restriction modification system DNA specificity domain  39.61 
 
 		 435 aa  119  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000159098 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1492  restriction modification system DNA specificity subunit  23.91 
 
 		 479 aa  116  1.0000000000000001e-24  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1132  restriction modification system DNA specificity subunit  23.55 
 
 		 556 aa  115  1.0000000000000001e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.817215  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2093  restriction modification system DNA specificity subunit  26.5 
 
 		 477 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3267  restriction modification system DNA specificity subunit  25.65 
 
 		 557 aa  112  2.0000000000000002e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0920403  decreased coverage  0.00535253 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4611  restriction modification system DNA specificity subunit  25.23 
 
 		 561 aa  111  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.483614  hitchhiker  0.0000795371 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1954  restriction modification system DNA specificity subunit  38.41 
 
 		 406 aa  109  1e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1307  restriction modification system DNA specificity subunit  40 
 
 		 285 aa  108  2e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.186237 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3132  restriction modification system DNA specificity domain protein  37.8 
 
 		 424 aa  107  5e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.474681 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3272  type I restriction-modification system specificity subunit  24.5 
 
 		 492 aa  106  8e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.425878  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1398  restriction modification system DNA specificity subunit  27.34 
 
 		 557 aa  105  1e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  34.15 
 
 		 438 aa  105  2e-21  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003235  type I restriction-modification system specificity subunit S  28 
 
 		 437 aa  100  6e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1978  restriction modification system DNA specificity subunit  30.9 
 
 		 616 aa  100  7e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0835  restriction modification system DNA specificity domain  24.93 
 
 		 563 aa  100  7e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.835919  normal  0.945638 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0686  type I restriction-modification system, S subunit, putative  24.93 
 
 		 561 aa  100  7e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.840975  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1204  restriction modification system DNA specificity subunit  23.7 
 
 		 547 aa  95.9  1e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.340549  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2744  type I restriction-modification system, S subunit  28.75 
 
 		 532 aa  95.5  2e-18  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0181132  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4252  restriction modification system DNA specificity domain protein  33.77 
 
 		 462 aa  95.5  2e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.132013  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3180  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.69 
 
 		 390 aa  94.7  3e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2097  restriction modification system DNA specificity subunit  29.31 
 
 		 393 aa  94.7  3e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4742  type I restriction-modification system, S subunit  24.84 
 
 		 576 aa  94.7  4e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.266617  hitchhiker  0.00441093 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0508  restriction modification system DNA specificity subunit  24.95 
 
 		 511 aa  94.4  4e-18  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1195  type II restriction-modification enzyme  34.36 
 
 		 1343 aa  93.2  1e-17  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4880  putative type I restriction-modification system S subunit  28.82 
 
 		 571 aa  92.4  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.960431 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0128  N-6 DNA methylase  35.17 
 
 		 846 aa  91.3  4e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0355  restriction modification system DNA specificity subunit  24.65 
 
 		 590 aa  90.9  5e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0504  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.65 
 
 		 408 aa  89  2e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0854  restriction modification system DNA specificity subunit  24.52 
 
 		 595 aa  89.4  2e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.221182  normal  0.0643125 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2960  restriction modification system DNA specificity subunit  25.78 
 
 		 587 aa  88.2  3e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1220  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.21 
 
 		 620 aa  87.4  5e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.21 
 
 		 422 aa  87  7e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0845  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.87 
 
 		 495 aa  86.7  9e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.31571e-19 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0959  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.73 
 
 		 442 aa  85.5  0.000000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0016  restriction modification system DNA specificity subunit  31.03 
 
 		 432 aa  84.7  0.000000000000004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0597513  hitchhiker  0.0012471 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1311  restriction modification system DNA specificity subunit  26.1 
 
 		 578 aa  83.2  0.00000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4042  restriction modification system DNA specificity subunit  20.68 
 
 		 428 aa  82.8  0.00000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1991  restriction modification system DNA specificity domain  27.31 
 
 		 490 aa  82.4  0.00000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.120232  normal  0.112136 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02063  type I restriction-modification system, S subunit  22.71 
 
 		 501 aa  82  0.00000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0086  restriction modification system DNA specificity protein  24.52 
 
 		 538 aa  82  0.00000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0390  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.63 
 
 		 642 aa  82.4  0.00000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000219621 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0900  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.62 
 
 		 471 aa  82  0.00000000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.963501 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3515  restriction modification system DNA specificity domain  25.81 
 
 		 514 aa  82.4  0.00000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4264  type I restriction-modification system, S subunit  23.87 
 
 		 495 aa  81.6  0.00000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6044  type I restriction-modification system subunit S  26.99 
 
 		 547 aa  81.6  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.061065  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2496  subunit S of type I restriction-modification system  26.89 
 
 		 565 aa  80.1  0.00000000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00268922  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0864  restriction modification system DNA specificity domain protein  37.38 
 
 		 413 aa  79.7  0.0000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0689213  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3599  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.49 
 
 		 532 aa  78.6  0.0000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.743632  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3550  restriction modification system DNA specificity subunit  27.33 
 
 		 417 aa  77  0.0000000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.257959  normal  0.256697 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1219  restriction modification system DNA specificity domain  28.57 
 
 		 412 aa  75.5  0.000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  24.39 
 
 		 435 aa  75.9  0.000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.534213  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1858  restriction modification system DNA specificity subunit  26.37 
 
 		 456 aa  75.1  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2423  restriction modification system DNA specificity subunit  30 
 
 		 426 aa  73.9  0.000000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.57431  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  28.27 
 
 		 425 aa  73.2  0.00000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1496  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.19 
 
 		 427 aa  72.4  0.00000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.136919  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3030  restriction modification system DNA specificity subunit  28.62 
 
 		 564 aa  72  0.00000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4821  type I restriction-modification system, endonuclease S subunit  28.65 
 
 		 382 aa  72  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04178  hypothetical protein  29.95 
 
 		 236 aa  72.4  0.00000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.695524  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3227  restriction modification system DNA specificity subunit  22.77 
 
 		 575 aa  72  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1061  putative type I restriction-modification system, S subunit  22.45 
 
 		 528 aa  72  0.00000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2397  restriction modification system DNA specificity domain  28.21 
 
 		 417 aa  72.4  0.00000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000238697  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3540  restriction modification system DNA specificity subunit  24.68 
 
 		 387 aa  72  0.00000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0227  restriction modification system DNA specificity domain  25.11 
 
 		 395 aa  72  0.00000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1064  type I restriction-modification  31.1 
 
 		 453 aa  71.2  0.00000000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00000898872  normal  0.027841 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0132  restriction modification system DNA specificity subunit  28.93 
 
 		 427 aa  70.5  0.00000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.47299 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2893  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.76 
 
 		 237 aa  70.5  0.00000000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1201  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.45 
 
 		 572 aa  70.1  0.00000000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3425  restriction endonuclease S subunits-like  22.41 
 
 		 390 aa  68.9  0.0000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.835151  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1122  restriction endonuclease S subunits-like  28.75 
 
 		 428 aa  68.2  0.0000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.878738  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4241  restriction modification system DNA specificity subunit  28.99 
 
 		 411 aa  68.2  0.0000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.491612  hitchhiker  0.00127278 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1393  restriction and modification enzyme CjeI  27.72 
 
 		 1285 aa  68.2  0.0000000003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1672  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.25 
 
 		 493 aa  68.6  0.0000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2346  restriction modification system DNA specificity subunit  27.1 
 
 		 392 aa  67.8  0.0000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104931  normal  0.0105772 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0735  restriction modification system DNA specificity subunit  25.37 
 
 		 392 aa  67.8  0.0000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5008  Restriction endonuclease S subunits-like protein  30.11 
 
 		 465 aa  67.8  0.0000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.441656 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0416  type I restriction-modification system S subunit  26.07 
 
 		 457 aa  66.6  0.000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0531711 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>