134 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_2652 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013730  Slin_2652  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 
283 aa  587  1e-166  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  unclonable  0.000000000202898  normal  0.140843 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1429  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  75.38 
 
 
284 aa  437  9.999999999999999e-123  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  unclonable  0.000000000000502947  normal  0.0400752 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2705  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  59.34 
 
 
287 aa  332  4e-90  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.917825  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3491  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  55.83 
 
 
281 aa  329  3e-89  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.642855  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3337  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  56.94 
 
 
287 aa  322  4e-87  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.562048  normal  0.679518 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6351  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  43.42 
 
 
279 aa  240  2e-62  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3285  xylose isomerase domain-containing protein  39.54 
 
 
287 aa  199  5e-50  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.515332 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1735  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.95 
 
 
286 aa  147  3e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.340783  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5021  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.04 
 
 
297 aa  143  3e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.672095  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1628  xylose isomerase domain-containing protein  36.44 
 
 
319 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2188  xylose isomerase domain-containing protein  32.52 
 
 
290 aa  136  4e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.686752  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1695  sugar phosphate isomerases/epimerases  30.93 
 
 
285 aa  134  9.999999999999999e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0560599 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00428  Twin-arginine translocation pathway signal  30.2 
 
 
334 aa  135  9.999999999999999e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0395  xylose isomerase domain-containing protein  31.2 
 
 
252 aa  133  3e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0482433 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0136  xylose isomerase domain-containing protein  30.4 
 
 
250 aa  131  1.0000000000000001e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.937365  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1938  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.4 
 
 
256 aa  129  7.000000000000001e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  decreased coverage  0.00000239688  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1075  xylose isomerase domain-containing protein  33.04 
 
 
249 aa  124  1e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3167  twin-arginine translocation pathway signal  30.04 
 
 
326 aa  124  2e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4611  xylose isomerase domain-containing protein  31.91 
 
 
325 aa  124  2e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.805097  normal  0.241232 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2692  twin-arginine translocation pathway signal  29.54 
 
 
300 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1892  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.92 
 
 
296 aa  119  3.9999999999999996e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.866168 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5169  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.08 
 
 
294 aa  119  7e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.193202  normal  0.0119355 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2156  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31 
 
 
241 aa  112  7.000000000000001e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1893  xylose isomerase domain-containing protein  28.57 
 
 
304 aa  109  4.0000000000000004e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0559869  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1892  xylose isomerase domain-containing protein  36.46 
 
 
304 aa  108  1e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0241791  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3435  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.43 
 
 
289 aa  107  2e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3653  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.56 
 
 
292 aa  107  2e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.142923  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2333  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.27 
 
 
255 aa  105  1e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0527  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.55 
 
 
289 aa  103  5e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000000820487  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1543  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.59 
 
 
245 aa  99  7e-20  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.482416  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11160  sugar phosphate isomerase/epimerase  25.65 
 
 
275 aa  97.4  3e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.0839384 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4110  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.12 
 
 
324 aa  95.9  6e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.719196  hitchhiker  0.00235403 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4324  xylose isomerase domain-containing protein  29.62 
 
 
309 aa  95.1  1e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0784  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.92 
 
 
278 aa  94  2e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.838141 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0334  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.68 
 
 
318 aa  94.4  2e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.212034  normal  0.78899 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0365  xylose isomerase domain-containing protein  28.74 
 
 
284 aa  90.9  2e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0252  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.73 
 
 
248 aa  90.9  2e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1272  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.81 
 
 
287 aa  91.3  2e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1158  xylose isomerase-like TIM barrel  27.73 
 
 
253 aa  89.4  7e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3062  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.73 
 
 
287 aa  89  8e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0088  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.96 
 
 
341 aa  89  9e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0574  xylose isomerase domain-containing protein  30.49 
 
 
254 aa  84.7  0.000000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0425  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.01 
 
 
243 aa  85.1  0.000000000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1198  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.36 
 
 
255 aa  82.4  0.000000000000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1723  xylose isomerase domain-containing protein  27.78 
 
 
253 aa  79  0.00000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.186177  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3722  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.8 
 
 
246 aa  78.2  0.0000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0190729 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4327  xylose isomerase domain-containing protein  27.32 
 
 
249 aa  77.4  0.0000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.543415 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3458  xylose isomerase domain-containing protein  25.29 
 
 
248 aa  75.9  0.0000000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.463794  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1046  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.64 
 
 
287 aa  75.5  0.0000000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20260  sugar phosphate isomerase/epimerase  26.67 
 
 
293 aa  75.1  0.000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.239255  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5339  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.74 
 
 
250 aa  75.1  0.000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00377604  normal  0.870166 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4661  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.08 
 
 
243 aa  74.7  0.000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22460  sugar phosphate isomerase/epimerase  25 
 
 
282 aa  73.9  0.000000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2406  hypothetical protein  27.27 
 
 
253 aa  73.9  0.000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0720427  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0432  xylose isomerase domain-containing protein  26.34 
 
 
258 aa  73.2  0.000000000005  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1595  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.54 
 
 
284 aa  72.4  0.000000000008  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2332  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.2 
 
 
253 aa  72  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43019  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0747  xylose isomerase domain-containing protein  26.61 
 
 
250 aa  69.7  0.00000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.123525  normal  0.466968 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27510  sugar phosphate isomerase/epimerase  26.1 
 
 
274 aa  69.7  0.00000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2093  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.91 
 
 
253 aa  69.7  0.00000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.446343  normal  0.467472 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1192  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.56 
 
 
284 aa  69.7  0.00000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.78026  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2932  xylose isomerase domain-containing protein  28.02 
 
 
308 aa  68.2  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.688703 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4404  xylose isomerase domain-containing protein  26.69 
 
 
250 aa  65.9  0.0000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.658574  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3701  hypothetical protein  25.76 
 
 
259 aa  65.9  0.0000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2336  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.27 
 
 
245 aa  65.9  0.0000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.791708  normal  0.26673 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1894  xylose isomerase domain-containing protein  28.79 
 
 
309 aa  65.9  0.0000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.21993 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0939  xylose isomerase-like TIM barrel  29.48 
 
 
309 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00907131  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1421  xylose isomerase domain-containing protein  29.48 
 
 
309 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1346  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.33 
 
 
301 aa  65.1  0.000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3316  xylose isomerase domain-containing protein  29.07 
 
 
309 aa  63.5  0.000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1301  xylose isomerase domain-containing protein  29.62 
 
 
309 aa  62.8  0.000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0886  xylose isomerase domain-containing protein  26.84 
 
 
254 aa  62.8  0.000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.490019 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3498  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  26.11 
 
 
248 aa  62.4  0.000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.503466  hitchhiker  0.000525778 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4565  xylose isomerase-like TIM barrel  29.1 
 
 
309 aa  62.4  0.000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0833957  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1340  xylose isomerase domain-containing protein  29.23 
 
 
309 aa  62  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1620  hypothetical protein  27.27 
 
 
298 aa  61.2  0.00000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1399  xylose isomerase domain-containing protein  28.4 
 
 
309 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1615  hypothetical protein  27.11 
 
 
298 aa  60.5  0.00000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2541  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.88 
 
 
252 aa  60.8  0.00000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0439  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.41 
 
 
308 aa  60.1  0.00000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00988774  normal  0.647818 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1981  Myo-inosose-2 dehydratase  25.17 
 
 
301 aa  60.1  0.00000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.162742  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0303  myo-inositol catabolism protein  37.74 
 
 
298 aa  59.3  0.00000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0273  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.87 
 
 
278 aa  58.9  0.00000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0730  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.25 
 
 
295 aa  58.9  0.00000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.200556  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2336  hypothetical protein  37.37 
 
 
237 aa  58.5  0.0000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2299  myo-inositol catabolism protein  37.37 
 
 
298 aa  58.9  0.0000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1912  xylose isomerase domain-containing protein  25 
 
 
271 aa  58.9  0.0000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.193983  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2531  putative IolE protein  37.74 
 
 
298 aa  58.2  0.0000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.32551e-17 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0067  xylose isomerase domain-containing protein  29.33 
 
 
318 aa  57.4  0.0000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0290166  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4055  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.12 
 
 
297 aa  56.2  0.0000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2746  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.23 
 
 
330 aa  56.2  0.0000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.717662  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2972  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.33 
 
 
245 aa  55.5  0.0000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1238  putative myo-inositol catabolism protein  31.25 
 
 
309 aa  55.1  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2255  myo-inositol catabolism protein  36 
 
 
298 aa  55.1  0.000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4013  Myo-inosose-2 dehydratase  27.8 
 
 
297 aa  54.7  0.000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03870  xylose isomerase-like enzyme  33.91 
 
 
244 aa  53.9  0.000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4567  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.8 
 
 
317 aa  52.8  0.000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.181708  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1739  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25 
 
 
271 aa  52.8  0.000006  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.125041  normal  0.800521 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3346  xylose isomerase-like TIM barrel  28.91 
 
 
297 aa  51.6  0.00001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0217845  normal  0.180586 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5694  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.27 
 
 
300 aa  52  0.00001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.986609  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>