More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_1390 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013730  Slin_1390  pseudouridine synthase, RluA family  100 
 
 
348 aa  723    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.568078 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3480  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  64.6 
 
 
348 aa  484  1e-135  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0583016 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2578  pseudouridine synthase, RluA family  64.43 
 
 
343 aa  479  1e-134  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.728308  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1219  pseudouridine synthase, RluA family  63.33 
 
 
342 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0665  hypothetical protein  59.26 
 
 
341 aa  412  1e-114  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2620  RluA family pseudouridine synthase  58.46 
 
 
347 aa  409  1e-113  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0553  pseudouridine synthase, RluA family  57.53 
 
 
352 aa  407  1.0000000000000001e-112  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0557173  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  57.88 
 
 
356 aa  399  9.999999999999999e-111  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1911  pseudouridine synthase, RluA family  51.85 
 
 
356 aa  366  1e-100  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.743404  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1495  pseudouridine synthase, RluA family  47.49 
 
 
354 aa  314  9.999999999999999e-85  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.24 
 
 
350 aa  313  1.9999999999999998e-84  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.784854  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1044  pseudouridine synthase, RluA family  49.23 
 
 
346 aa  309  4e-83  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1798  pseudouridine synthase, RluA family  48.12 
 
 
349 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1622  pseudouridine synthase, RluD  49.21 
 
 
363 aa  300  2e-80  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1440  pseudouridine synthase, RluA family  46.71 
 
 
347 aa  299  4e-80  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.738263  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0783  pseudouridine synthase, RluD  47.81 
 
 
354 aa  290  2e-77  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1621  pseudouridine synthase, RluA family  44.91 
 
 
355 aa  263  3e-69  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  41.69 
 
 
305 aa  251  1e-65  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  45.08 
 
 
302 aa  249  7e-65  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  44.76 
 
 
302 aa  248  1e-64  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0473  pseudouridine synthase, RluA family  45.91 
 
 
322 aa  248  1e-64  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000500273 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  45.72 
 
 
302 aa  248  1e-64  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  43.61 
 
 
310 aa  248  1e-64  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.44 
 
 
302 aa  247  2e-64  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  44.44 
 
 
302 aa  247  2e-64  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  44.44 
 
 
302 aa  247  2e-64  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.69 
 
 
303 aa  247  2e-64  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.44 
 
 
302 aa  246  3e-64  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  44.44 
 
 
302 aa  246  3e-64  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  43.81 
 
 
302 aa  246  6e-64  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  45.39 
 
 
304 aa  244  9.999999999999999e-64  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.79 
 
 
347 aa  244  9.999999999999999e-64  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.79 
 
 
334 aa  244  9.999999999999999e-64  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  45.39 
 
 
302 aa  244  9.999999999999999e-64  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  44.13 
 
 
302 aa  244  9.999999999999999e-64  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  43.17 
 
 
306 aa  244  9.999999999999999e-64  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2164  RluA family pseudouridine synthase  41.93 
 
 
482 aa  244  1.9999999999999999e-63  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.317837  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.51 
 
 
305 aa  243  3.9999999999999997e-63  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.99 
 
 
343 aa  243  3.9999999999999997e-63  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0288  RluA family pseudouridine synthase  41.43 
 
 
336 aa  241  1e-62  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  43.65 
 
 
306 aa  241  2e-62  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  40.48 
 
 
334 aa  240  2e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  43.32 
 
 
306 aa  240  2e-62  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.88 
 
 
343 aa  240  2.9999999999999997e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19664  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1281  RluA family pseudouridine synthase  42.64 
 
 
305 aa  239  4e-62  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.71357  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.91 
 
 
321 aa  239  4e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1256  RluA family pseudouridine synthase  42.64 
 
 
305 aa  239  4e-62  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  43.69 
 
 
305 aa  239  5e-62  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  41.08 
 
 
305 aa  239  5.999999999999999e-62  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  44.44 
 
 
304 aa  239  8e-62  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  41.59 
 
 
313 aa  239  8e-62  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02691  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  43.23 
 
 
326 aa  238  1e-61  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.88343  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0947  pseudouridine synthase, RluA family  42.81 
 
 
345 aa  238  1e-61  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.48756 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2406  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.34 
 
 
335 aa  238  1e-61  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0234677  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  40.06 
 
 
304 aa  238  1e-61  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.81 
 
 
333 aa  236  3e-61  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  44.09 
 
 
320 aa  236  4e-61  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2409  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.69 
 
 
349 aa  236  6e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1005  RluA family pseudouridine synthase  42.64 
 
 
343 aa  235  8e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.81 
 
 
296 aa  235  8e-61  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0968  pseudouridine synthase, RluA family  42.64 
 
 
343 aa  235  9e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.431214 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  43.65 
 
 
334 aa  234  1.0000000000000001e-60  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1072  RluA family pseudouridine synthase  44.69 
 
 
349 aa  235  1.0000000000000001e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0863187  normal  0.714428 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  42.95 
 
 
315 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1560  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  43.75 
 
 
326 aa  234  2.0000000000000002e-60  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  40.31 
 
 
309 aa  233  3e-60  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3536  ribosomal large subunit pseudouridine synthase RluD subfamily  40.81 
 
 
342 aa  233  3e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.618363  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2719  RluA family pseudouridine synthase  43.83 
 
 
332 aa  233  4.0000000000000004e-60  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.344852  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7584  pseudouridine synthase, RluA family  42.86 
 
 
337 aa  232  7.000000000000001e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0816319  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3046  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  52.54 
 
 
332 aa  231  1e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  40.12 
 
 
331 aa  230  2e-59  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3401  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.01 
 
 
310 aa  231  2e-59  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.06 
 
 
303 aa  230  2e-59  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  41.75 
 
 
303 aa  230  3e-59  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3343  pseudouridine synthase, RluA family  40.89 
 
 
341 aa  230  3e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0105982 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3086  pseudouridine synthase, RluA family  41.21 
 
 
341 aa  229  4e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.226558 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0348  RluA family pseudouridine synthase  41.64 
 
 
346 aa  229  6e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.26 
 
 
301 aa  229  6e-59  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  44.12 
 
 
326 aa  228  1e-58  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2141  pseudouridine synthase, RluD  41.94 
 
 
339 aa  228  1e-58  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  41.61 
 
 
305 aa  228  1e-58  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5641  RluA family pseudouridine synthase  42.64 
 
 
334 aa  227  2e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0784245  normal  0.0662389 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1573  RluA family pseudouridine synthase  49.81 
 
 
349 aa  227  2e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0105453  normal  0.522178 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2132  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.17 
 
 
332 aa  227  2e-58  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.864009 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0345  RluA family pseudouridine synthase  42.9 
 
 
351 aa  226  3e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.65 
 
 
313 aa  226  5.0000000000000005e-58  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.7 
 
 
322 aa  226  6e-58  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  42.81 
 
 
327 aa  226  6e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.37 
 
 
296 aa  225  8e-58  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1481  RluA family pseudouridine synthase  41.97 
 
 
400 aa  224  2e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00249005  normal  0.0889319 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  41.16 
 
 
319 aa  224  2e-57  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2613  RluA family pseudouridine synthase  40 
 
 
343 aa  224  2e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28001  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  41.29 
 
 
324 aa  224  2e-57  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02131  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  40.65 
 
 
319 aa  223  3e-57  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.79 
 
 
308 aa  223  4e-57  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.75 
 
 
304 aa  223  4e-57  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1591  pseudouridine synthase, RluA family  42.61 
 
 
370 aa  223  4.9999999999999996e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.150486  decreased coverage  0.00904495 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0540  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.77 
 
 
323 aa  223  4.9999999999999996e-57  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.373783  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2346  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.88 
 
 
438 aa  222  6e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0455755 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6848  RluA family pseudouridine synthase  42.22 
 
 
336 aa  222  6e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>