More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_1350 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_0444  MiaB-like tRNA modifying enzyme  76.96 
 
 
442 aa  703  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0474351  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1350  MiaB-like tRNA modifying enzyme  100 
 
 
449 aa  927  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.306215  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1737  2-methylthioadenine synthetase  65.98 
 
 
438 aa  608  1e-173  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.131145 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2937  MiaB-like tRNA modifying enzyme  67.05 
 
 
439 aa  604  1e-171  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.673839  normal  0.173134 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0223  hypothetical protein  62.41 
 
 
441 aa  562  1e-159  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.180201 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6578  MiaB-like tRNA modifying enzyme  62.17 
 
 
425 aa  542  1e-153  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.745679  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1770  MiaB-like tRNA modifying enzyme  60.28 
 
 
435 aa  538  1e-152  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  2.07484e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5039  MiaB-like tRNA modifying enzyme  60.47 
 
 
444 aa  537  1e-151  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09066  putative Fe-S oxidoreductase  59.28 
 
 
458 aa  533  1e-150  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.276137  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1997  MiaB-like tRNA modifying enzyme  54.32 
 
 
441 aa  455  1e-127  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2221  MiaB-like tRNA modifying enzyme  52.17 
 
 
444 aa  401  1e-110  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000670309 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1996  MiaB-like tRNA modifying enzyme  43.41 
 
 
451 aa  330  4e-89  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.320678  normal  0.0920131 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1728  MiaB-like tRNA modifying enzyme  42.12 
 
 
438 aa  322  1e-86  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.479022  decreased coverage  0.00502843 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1490  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.57 
 
 
444 aa  321  1e-86  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1997  MiaB-like tRNA modifying enzyme  39.55 
 
 
434 aa  319  6e-86  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1643  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.68 
 
 
429 aa  319  7e-86  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.119605  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1333  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.96 
 
 
449 aa  316  4e-85  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2282  MiaB-like tRNA modifying enzyme  39.26 
 
 
434 aa  316  6e-85  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2433  RNA modification enzyme, MiaB family  39.67 
 
 
451 aa  313  5e-84  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  7.47616e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0807  RNA modification enzyme, MiaB family  39.67 
 
 
450 aa  311  2e-83  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0137858  decreased coverage  2.64257e-22 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4429  hypothetical protein  39.67 
 
 
450 aa  311  2e-83  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.111241  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2570  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.47 
 
 
429 aa  310  3e-83  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.005255 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3036  RNA modification protein  39.2 
 
 
450 aa  310  3e-83  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0366508  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4443  RNA modification enzyme, MiaB family  39.44 
 
 
450 aa  310  3e-83  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000190996  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4391  hypothetical protein  39.44 
 
 
450 aa  310  3e-83  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.115711  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4161  RNA modification protein  39.44 
 
 
450 aa  309  7e-83  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.556145  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1017  RNA modification enzyme, MiaB family  38.92 
 
 
449 aa  307  2e-82  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4047  hypothetical protein  39.2 
 
 
450 aa  308  2e-82  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4057  hypothetical protein  39.2 
 
 
450 aa  308  2e-82  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4535  hypothetical protein  39.29 
 
 
450 aa  307  3e-82  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2053  MiaB-like tRNA modifying enzyme  39.1 
 
 
450 aa  307  3e-82  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4209  hypothetical protein  39.29 
 
 
450 aa  307  3e-82  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4332  RNA modification enzyme, MiaB family  38.97 
 
 
450 aa  306  5e-82  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.16472e-48 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2241  RNA modification enzyme, MiaB family  36.6 
 
 
454 aa  306  5e-82  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00150078  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0422  RNA modification protein  40.69 
 
 
446 aa  304  2e-81  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0536856  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1668  RNA modification protein  38.94 
 
 
448 aa  304  2e-81  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1634  RNA modification protein  38.94 
 
 
448 aa  304  2e-81  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.654078  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0352  RNA modification enzyme, MiaB family  40.41 
 
 
458 aa  300  3e-80  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.135679  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1790  RNA modification enzyme, MiaB family  40.47 
 
 
452 aa  300  5e-80  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0115132  normal  0.0236064 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2492  RNA modification protein  37.96 
 
 
436 aa  299  7e-80  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00131013  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0874  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.61 
 
 
431 aa  298  1e-79  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00249518 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0150  RNA modification protein  36.17 
 
 
434 aa  298  2e-79  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.839753  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0459  MiaB-like tRNA modifying enzyme  41.84 
 
 
453 aa  296  7e-79  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.240377  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1164  RNA modification enzyme, MiaB family  36.12 
 
 
431 aa  295  8e-79  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2568  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.95 
 
 
434 aa  293  3e-78  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1144  hypothetical protein  38.82 
 
 
448 aa  291  2e-77  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0566  hypothetical protein  40.7 
 
 
470 aa  290  3e-77  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.59061  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3217  RNA modification enzyme, MiaB family  38.29 
 
 
435 aa  288  1e-76  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  2.21997e-06  hitchhiker  7.85503e-07 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1211  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.01 
 
 
495 aa  288  1e-76  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.496163 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1282  RNA modification enzyme, MiaB family  32.93 
 
 
434 aa  284  3e-75  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0174  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.73 
 
 
430 aa  283  6e-75  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1857  putative MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.91 
 
 
432 aa  281  1e-74  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.14049e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1574  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.08 
 
 
456 aa  279  7e-74  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  4.54579e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12760  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.86 
 
 
438 aa  276  7e-73  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00265105  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1992  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.96 
 
 
471 aa  271  2e-71  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.130467  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1050  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.65 
 
 
438 aa  268  1e-70  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2224  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.17 
 
 
442 aa  268  1e-70  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.490633  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2299  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.59 
 
 
466 aa  267  3e-70  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.198843  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2316  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.89 
 
 
427 aa  259  8e-68  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000240078  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0611  RNA modification enzyme, MiaB family  40.58 
 
 
437 aa  257  3e-67  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.920211  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1711  hypothetical protein  35.6 
 
 
436 aa  250  4e-65  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0588  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.26 
 
 
450 aa  249  7e-65  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0962192  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0166  RNA modification protein  33.65 
 
 
440 aa  248  1e-64  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.684419  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1187  RNA modification enzyme, MiaB family  34.91 
 
 
446 aa  244  3e-63  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0386779 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1560  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.21 
 
 
411 aa  243  5e-63  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0976  MiaB-like tRNA modifying enzyme  30.94 
 
 
467 aa  241  1e-62  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0149677  normal  0.0700259 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0674  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.08 
 
 
429 aa  240  4e-62  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4295  RNA modification enzyme, MiaB family  36.48 
 
 
439 aa  239  6e-62  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00281289  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2352  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.19 
 
 
443 aa  237  3e-61  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1807  RNA modification enzyme, MiaB family  34.83 
 
 
451 aa  237  4e-61  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  2.10311e-07  decreased coverage  0.000315868 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1331  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.98 
 
 
417 aa  233  8e-60  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  5.62047e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0853  MiaB-like tRNA modifying enzyme  32.25 
 
 
416 aa  232  8e-60  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.230835  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0522  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.42 
 
 
420 aa  231  2e-59  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1749  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.56 
 
 
451 aa  228  1e-58  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  3.49639e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_835  tRNA modification enzyme, MiaB family  31.79 
 
 
416 aa  228  1e-58  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.258618  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0503  MiaB-like tRNA modifying enzyme  32.23 
 
 
408 aa  228  2e-58  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2207  RNA modification enzyme, MiaB family  34.28 
 
 
440 aa  224  2e-57  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1019  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  34.24 
 
 
437 aa  223  5e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00413042  normal  0.658978 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0097  MiaB-like tRNA modifying enzyme  32.27 
 
 
434 aa  223  7e-57  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.81672  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2350  RNA modification protein  33.17 
 
 
450 aa  223  8e-57  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.787285  normal  0.113226 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0969  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.18 
 
 
421 aa  222  1e-56  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0789  tRNA 2-methylthioadenosine synthase  32.06 
 
 
411 aa  221  2e-56  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.594901  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0962  MiaB family tRNA modification protein  31.4 
 
 
413 aa  221  2e-56  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1414  MiaB-like tRNA modifying enzyme  32.48 
 
 
420 aa  221  2e-56  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2722  hypothetical protein  36.29 
 
 
435 aa  220  4e-56  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1294  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.57 
 
 
409 aa  220  5e-56  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1182  MiaB-like tRNA modifying enzyme  32.04 
 
 
441 aa  219  8e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0484271  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0785  MiaB family tRNA modification protein  32.92 
 
 
429 aa  219  1e-55  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0097  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.41 
 
 
434 aa  218  2e-55  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.698002  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07660  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.19 
 
 
409 aa  217  3e-55  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.738464 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0298  RNA modification enzyme, MiaB family  30.98 
 
 
431 aa  216  7e-55  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6072  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.43 
 
 
449 aa  216  9e-55  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0928741  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0689  RNA modification enzyme, MiaB family  37.05 
 
 
440 aa  215  1e-54  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0673  RNA modification enzyme, MiaB family  34.01 
 
 
496 aa  215  1e-54  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.518988  normal  0.323598 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1402  RNA modification enzyme, MiaB family  33.68 
 
 
462 aa  214  3e-54  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0570  RNA modification enzyme, MiaB family  29.63 
 
 
447 aa  213  8e-54  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0217  MiaB family tRNA modification protein  31.04 
 
 
412 aa  211  2e-53  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4866  MiaB-like tRNA modifying enzyme  31.03 
 
 
449 aa  211  2e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2898  RNA modification enzyme, MiaB family  33.41 
 
 
429 aa  211  3e-53  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0935  MiaB-like radical SAM protein  31.91 
 
 
425 aa  210  4e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>