184 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_1259 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013730  Slin_1259  L-fucose transporter  100 
 
 
417 aa  828    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5644  L-fucose transporter  78.9 
 
 
417 aa  667    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.183274  normal  0.735779 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1994  L-fucose transporter  56.86 
 
 
432 aa  457  1e-127  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.486095 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4021  L-fucose transporter  54.5 
 
 
417 aa  434  1e-120  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4128  L-fucose transporter  51.84 
 
 
431 aa  406  1.0000000000000001e-112  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2750  L-fucose transporter  51.94 
 
 
431 aa  397  1e-109  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1551  L-fucose transporter  49.29 
 
 
434 aa  365  1e-100  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02756  L-fucose:H+ symporter permease  50.62 
 
 
411 aa  363  4e-99  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2428  L-fucose permease  50.25 
 
 
433 aa  355  1e-96  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0644  L-fucose transporter  44.03 
 
 
409 aa  337  2.9999999999999997e-91  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.510185  normal  0.606188 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4044  L-fucose transporter  40.19 
 
 
420 aa  320  3e-86  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5388  glucose/galactose transporter  42.93 
 
 
424 aa  318  7.999999999999999e-86  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2942  L-fucose transporter  41.94 
 
 
438 aa  306  4.0000000000000004e-82  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.643765  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0887  L-fucose transporter  41.71 
 
 
438 aa  304  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0911  L-fucose transporter  41.71 
 
 
438 aa  304  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2945  L-fucose transporter  41.71 
 
 
438 aa  304  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.824406  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3106  L-fucose transporter  41.71 
 
 
438 aa  304  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.101933  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3300  L-fucose transporter  41.27 
 
 
438 aa  302  7.000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3137  L-fucose transporter  41.27 
 
 
438 aa  302  7.000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.436667 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3200  L-fucose transporter  41.27 
 
 
438 aa  302  7.000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3185  L-fucose transporter  41.27 
 
 
438 aa  302  7.000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.780035  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4065  L-fucose transporter  42.23 
 
 
438 aa  301  1e-80  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3120  L-fucose transporter  41.27 
 
 
438 aa  301  1e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.38497  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1241  glucose/galactose transporter  41 
 
 
426 aa  298  2e-79  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.184837  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3671  glucose/galactose transporter  40.49 
 
 
435 aa  296  3e-79  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6949  L-fucose transporter  40.1 
 
 
457 aa  296  5e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2389  glucose/galactose transporter family protein  39.42 
 
 
436 aa  296  6e-79  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.706169  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6905  L-fucose permease  40.39 
 
 
457 aa  296  6e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.499924 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1776  glucose/galactose transporter  40.65 
 
 
437 aa  294  2e-78  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.223071  normal  0.453321 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5715  L-fucose transporter  39.08 
 
 
417 aa  294  2e-78  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.988636  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1540  L-fucose permease  40.24 
 
 
457 aa  293  3e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.284647  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6289  L-fucose transporter  40.24 
 
 
457 aa  293  3e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.642767 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1273  glucose/galactose transporter  41.43 
 
 
426 aa  293  4e-78  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1017  glucose/galactose transporter  39.16 
 
 
428 aa  291  2e-77  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2298  glucose/galactose transporter  39.22 
 
 
423 aa  291  2e-77  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00747197  normal 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4572  hypothetical protein  39.22 
 
 
423 aa  291  2e-77  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2286  glucose/galactose transporter  39.22 
 
 
423 aa  291  2e-77  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2087  glucose/galactose transporter  39.22 
 
 
423 aa  291  2e-77  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2040  glucose/galactose transporter  39.22 
 
 
423 aa  290  4e-77  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.441952  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2211  glucose/galactose transporter  38.8 
 
 
424 aa  290  5.0000000000000004e-77  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.17788  hitchhiker  0.00147708 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01229  glucose-galactose transporter  39.85 
 
 
427 aa  288  1e-76  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0194609  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3437  L-fucose transporter  38.72 
 
 
412 aa  288  1e-76  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.697396  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4488  L-fucose permease  36.92 
 
 
443 aa  286  5e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.530054  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2132  glucose/galactose transporter  39.32 
 
 
423 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2208  glucose/galactose transporter  39.32 
 
 
423 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1890  glucose/galactose transporter  39.95 
 
 
421 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.621908  normal  0.769175 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08721  glucose/galactose transporter  36.7 
 
 
440 aa  283  3.0000000000000004e-75  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.066118  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3761  glucose/galactose transporter  39.36 
 
 
410 aa  283  4.0000000000000003e-75  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.807951 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2649  glucose/galactose transporter family protein  40.54 
 
 
428 aa  281  1e-74  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000985214  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2310  glucose/galactose transporter  39.32 
 
 
423 aa  281  1e-74  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.788662  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1403  glucose/galactose transporter  38.77 
 
 
415 aa  281  2e-74  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000325262  normal  0.0455356 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2027  glucose/galactose transporter  38.7 
 
 
415 aa  280  3e-74  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1663  glucose/galactose transporter  38.42 
 
 
415 aa  278  9e-74  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.24323  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0119  glucose/galactose transporter  38.54 
 
 
425 aa  277  2e-73  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1317  glucose/galactose transporter  39.95 
 
 
435 aa  276  4e-73  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3705  glucose/galactose transporter family protein  39.95 
 
 
407 aa  276  5e-73  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3368  L-fucose transporter  38.39 
 
 
413 aa  276  6e-73  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1494  L-fucose transporter  38.59 
 
 
414 aa  276  7e-73  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.289824  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1789  glucose/galactose transporter  39.02 
 
 
421 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0540025  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03795  glucose/galactose transporter family protein  37.2 
 
 
420 aa  275  1.0000000000000001e-72  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.268682  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0292  glucose/galactose transporter  38.13 
 
 
389 aa  274  2.0000000000000002e-72  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1066  L-fucose:H+ symporter permease  38.98 
 
 
399 aa  269  5e-71  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0827702  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17660  fucose permease  38.63 
 
 
425 aa  269  5.9999999999999995e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.634966  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1266  L-fucose-proton symporter  40.48 
 
 
403 aa  268  1e-70  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1612  L-fucose transporter  37.75 
 
 
434 aa  267  2e-70  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0487027  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0364  L-fucose permease  39.12 
 
 
448 aa  265  8.999999999999999e-70  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1148  glucose/galactose transporter  38.42 
 
 
428 aa  264  2e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0931456  normal  0.671302 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2606  glucose/galactose transporter  38.15 
 
 
435 aa  260  3e-68  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.246448  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1217  glucose/galactose transporter  37.47 
 
 
431 aa  258  1e-67  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00556902  normal  0.207324 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3173  glucose/galactose transporter  37.22 
 
 
431 aa  257  2e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000854879  normal  0.83373 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1448  L-fucose permease  38.07 
 
 
418 aa  257  3e-67  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1132  glucose/galactose transporter  36.97 
 
 
431 aa  256  5e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.165253  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0536  L-fucose permease  38.07 
 
 
418 aa  256  6e-67  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.186143  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01616  putative fucose permease  39.02 
 
 
381 aa  253  5.000000000000001e-66  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000108257  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3386  glucose/galactose transporter  39.16 
 
 
412 aa  247  2e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.134569 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0562  glucose/galactose transporter  39.34 
 
 
413 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.336996 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2986  glucose/galactose transporter  35.66 
 
 
412 aa  243  5e-63  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3930  glucose/galactose transporter  37.13 
 
 
436 aa  237  3e-61  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.121013  normal  0.215751 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3292  glucose/galactose transporter  37.79 
 
 
428 aa  236  4e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3397  glucose/galactose transporter  33.73 
 
 
419 aa  235  9e-61  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2311  glucose/galactose transporter  33.12 
 
 
471 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0619981  normal  0.0518008 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1052  L-fucose permease  32.48 
 
 
444 aa  233  6e-60  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.682471  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04150  glucose/galactose transporter protein  35.99 
 
 
429 aa  230  3e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.311164  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2125  glucose/galactose transporter  36.13 
 
 
468 aa  229  7e-59  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.957571 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1447  L-fucose permease  34.05 
 
 
430 aa  229  9e-59  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0300963  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1324  glucose/galactose transporter  35.96 
 
 
413 aa  225  1e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.927631  normal  0.568114 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0875  glucose/galactose transporter  35.51 
 
 
429 aa  224  3e-57  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.742352  hitchhiker  0.000720356 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0801  L-fucose transporter  33.63 
 
 
474 aa  222  9.999999999999999e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0750  fucose permease  34.59 
 
 
424 aa  220  3.9999999999999997e-56  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000880356  n/a   
 
 
-
 
NC_006691  CNF01060  conserved hypothetical protein  35.63 
 
 
468 aa  219  7.999999999999999e-56  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03600  L-fucose: permease  35.21 
 
 
442 aa  219  1e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1002  glucose/galactose transporter  34.57 
 
 
406 aa  214  1.9999999999999998e-54  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00935633  normal  0.690968 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4488  glucose/galactose transporter  32.79 
 
 
440 aa  214  1.9999999999999998e-54  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.797276  normal  0.125839 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6211  glucose/galactose transporter  33.89 
 
 
431 aa  211  2e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1486  glucose/galactose transporter  32.03 
 
 
439 aa  208  1e-52  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1614  fucose permease  32.33 
 
 
448 aa  207  4e-52  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.139111  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1696  glucose/galactose transporter  32.87 
 
 
444 aa  205  1e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0309117  normal  0.239808 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4073  L-fucose:H+ symporter permease  33.5 
 
 
438 aa  204  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4002  L-fucose:H+ symporter permease  33.5 
 
 
438 aa  204  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.225731  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4181  L-fucose:H+ symporter permease  33.5 
 
 
438 aa  204  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>