More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_0227 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013730  Slin_0227  diaminopimelate decarboxylase  100 
 
 		 424 aa  876    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.690316  normal  0.715181 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2967  diaminopimelate decarboxylase  61.35 
 
 		 409 aa  517  1.0000000000000001e-145  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3289  diaminopimelate decarboxylase  56.39 
 
 		 410 aa  516  1.0000000000000001e-145  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.721852 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2136  diaminopimelate decarboxylase  55.89 
 
 		 398 aa  458  9.999999999999999e-129  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.509779  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2159  diaminopimelate decarboxylase  54.32 
 
 		 407 aa  457  1e-127  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08531  diaminopimelate decarboxylase  52.62 
 
 		 406 aa  444  1e-123  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1409  diaminopimelate decarboxylase  51.88 
 
 		 406 aa  437  1e-121  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1595  diaminopimelate decarboxylase  39.16 
 
 		 425 aa  278  2e-73  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000335873  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2664  diaminopimelate decarboxylase  37.37 
 
 		 434 aa  275  1.0000000000000001e-72  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.287942  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2534  diaminopimelate decarboxylase  36.2 
 
 		 416 aa  270  2e-71  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.73799  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0681  diaminopimelate decarboxylase  36.62 
 
 		 421 aa  255  1.0000000000000001e-66  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.238588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1916  diaminopimelate decarboxylase  38.29 
 
 		 430 aa  248  1e-64  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1010  diaminopimelate decarboxylase  37.09 
 
 		 421 aa  248  2e-64  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.905477 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2942  diaminopimelate decarboxylase  36.49 
 
 		 430 aa  241  2e-62  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.000269013  normal  0.385916 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0038  diaminopimelate decarboxylase  36.49 
 
 		 429 aa  238  2e-61  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0733  diaminopimelate decarboxylase  34.76 
 
 		 420 aa  237  3e-61  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3725  diaminopimelate decarboxylase  36.23 
 
 		 412 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.176436 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3836  diaminopimelate decarboxylase  35.7 
 
 		 420 aa  234  2.0000000000000002e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0336  diaminopimelate decarboxylase  34.48 
 
 		 402 aa  230  4e-59  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0353  diaminopimelate decarboxylase  34.37 
 
 		 422 aa  229  5e-59  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.336132  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1024  diaminopimelate decarboxylase  34.99 
 
 		 420 aa  229  6e-59  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4218  diaminopimelate decarboxylase  34.61 
 
 		 427 aa  229  9e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.15741  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4070  diaminopimelate decarboxylase  35.85 
 
 		 427 aa  229  9e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4193  diaminopimelate decarboxylase  34.61 
 
 		 427 aa  229  9e-59  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0214  diaminopimelate decarboxylase  36.82 
 
 		 401 aa  228  1e-58  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0973  diaminopimelate decarboxylase  34.59 
 
 		 420 aa  229  1e-58  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3248  diaminopimelate decarboxylase  34.59 
 
 		 420 aa  229  1e-58  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000168986 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0359  diaminopimelate decarboxylase  34.48 
 
 		 402 aa  228  2e-58  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.604138  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3284  diaminopimelate decarboxylase  35.45 
 
 		 420 aa  227  3e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1651  diaminopimelate decarboxylase  34.48 
 
 		 402 aa  227  3e-58  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.0000231454  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1665  diaminopimelate decarboxylase  35.47 
 
 		 399 aa  227  3e-58  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3625  diaminopimelate decarboxylase  33.89 
 
 		 420 aa  226  6e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3486  diaminopimelate decarboxylase  34.13 
 
 		 420 aa  226  8e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.54113  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1301  diaminopimelate decarboxylase  34.15 
 
 		 412 aa  226  9e-58  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0634  diaminopimelate decarboxylase  35.59 
 
 		 433 aa  225  1e-57  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0523  diaminopimelate decarboxylase  35.82 
 
 		 402 aa  224  2e-57  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1588  diaminopimelate decarboxylase  34.71 
 
 		 407 aa  224  3e-57  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0468  diaminopimelate decarboxylase  36.95 
 
 		 403 aa  224  3e-57  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3257  diaminopimelate decarboxylase  34.3 
 
 		 423 aa  224  3e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.314031  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0745  diaminopimelate decarboxylase  35.88 
 
 		 440 aa  224  3e-57  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.300133  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3588  diaminopimelate decarboxylase  35 
 
 		 417 aa  222  8e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.776676  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0522  diaminopimelate decarboxylase  34.3 
 
 		 420 aa  222  9.999999999999999e-57  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000495897  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0834  diaminopimelate decarboxylase  35.65 
 
 		 418 aa  221  9.999999999999999e-57  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2910  diaminopimelate decarboxylase  33.82 
 
 		 423 aa  222  9.999999999999999e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00334908 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0554  diaminopimelate decarboxylase  35.22 
 
 		 419 aa  221  1.9999999999999999e-56  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5403  diaminopimelate decarboxylase  34.24 
 
 		 412 aa  220  3e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2979  diaminopimelate decarboxylase protein  33.49 
 
 		 451 aa  219  6e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.492096  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3483  diaminopimelate decarboxylase  34 
 
 		 412 aa  219  7e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4883  diaminopimelate decarboxylase  34 
 
 		 412 aa  219  7e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6020  diaminopimelate decarboxylase  34.38 
 
 		 415 aa  219  7.999999999999999e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.422247  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2472  diaminopimelate decarboxylase  31.43 
 
 		 412 aa  219  8.999999999999998e-56  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.255967  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5223  diaminopimelate decarboxylase  35.14 
 
 		 421 aa  218  1e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0720  diaminopimelate decarboxylase  33.33 
 
 		 429 aa  219  1e-55  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00473762  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0696  diaminopimelate decarboxylase  33.95 
 
 		 431 aa  218  2e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0716  diaminopimelate decarboxylase  33.8 
 
 		 431 aa  217  2.9999999999999998e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.670894 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0753  diaminopimelate decarboxylase  33.02 
 
 		 420 aa  217  2.9999999999999998e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0244926  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3024  diaminopimelate decarboxylase  33.58 
 
 		 420 aa  216  5e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4246  diaminopimelate decarboxylase  34.07 
 
 		 412 aa  216  5.9999999999999996e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0343876 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0271  diaminopimelate decarboxylase  34.23 
 
 		 403 aa  216  7e-55  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.760215  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02686  diaminopimelate decarboxylase, PLP-binding  33.58 
 
 		 420 aa  216  8e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0852  diaminopimelate decarboxylase  33.58 
 
 		 420 aa  216  8e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3031  diaminopimelate decarboxylase  33.25 
 
 		 423 aa  216  8e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0877  diaminopimelate decarboxylase  33.58 
 
 		 420 aa  216  8e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02647  hypothetical protein  33.58 
 
 		 420 aa  216  8e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2985  diaminopimelate decarboxylase  33.58 
 
 		 420 aa  216  8e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3163  diaminopimelate decarboxylase  33.74 
 
 		 420 aa  215  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0314  diaminopimelate decarboxylase  33.9 
 
 		 417 aa  215  9.999999999999999e-55  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0666  diaminopimelate decarboxylase  33.25 
 
 		 434 aa  215  9.999999999999999e-55  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3158  diaminopimelate decarboxylase  33.33 
 
 		 420 aa  215  9.999999999999999e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.856232  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3244  diaminopimelate decarboxylase  33.74 
 
 		 420 aa  215  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000310406 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69670  diaminopimelate decarboxylase  33.65 
 
 		 415 aa  215  9.999999999999999e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2986  diaminopimelate decarboxylase  33.58 
 
 		 420 aa  215  9.999999999999999e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0454398 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4771  diaminopimelate decarboxylase  34.63 
 
 		 417 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0837  diaminopimelate decarboxylase  33.5 
 
 		 412 aa  215  1.9999999999999998e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.104013 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3495  diaminopimelate decarboxylase  33.41 
 
 		 421 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.844313 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3345  diaminopimelate decarboxylase  33.5 
 
 		 420 aa  214  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0295344 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0225  diaminopimelate decarboxylase  33.25 
 
 		 415 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.895635  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5498  diaminopimelate decarboxylase  35.41 
 
 		 415 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4107  diaminopimelate decarboxylase  33.08 
 
 		 420 aa  214  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.475873  hitchhiker  0.000027959 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3229  diaminopimelate decarboxylase  33.5 
 
 		 420 aa  214  2.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000136805 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0353  diaminopimelate decarboxylase  35.21 
 
 		 416 aa  213  3.9999999999999995e-54  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00862567 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7089  diaminopimelate decarboxylase  32.76 
 
 		 413 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2097  diaminopimelate decarboxylase  33.41 
 
 		 430 aa  213  4.9999999999999996e-54  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.579458  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2802  diaminopimelate decarboxylase  31.95 
 
 		 420 aa  212  7.999999999999999e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0858  diaminopimelate decarboxylase  32.12 
 
 		 415 aa  212  1e-53  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.168666  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1275  diaminopimelate decarboxylase  34.41 
 
 		 386 aa  211  1e-53  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000162613  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1362  diaminopimelate decarboxylase  33.98 
 
 		 401 aa  212  1e-53  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.884156  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0348  diaminopimelate decarboxylase  32.54 
 
 		 445 aa  212  1e-53  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000869616  hitchhiker  0.0000188674 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0609  diaminopimelate decarboxylase  31.67 
 
 		 437 aa  211  2e-53  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.357283  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47700  diaminopimelate decarboxylase  35.1 
 
 		 415 aa  211  2e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0267  diaminopimelate decarboxylase  34.62 
 
 		 415 aa  211  2e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2756  diaminopimelate decarboxylase  32.69 
 
 		 423 aa  210  3e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.303641  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0182  diaminopimelate decarboxylase  32.78 
 
 		 415 aa  210  3e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1337  diaminopimelate decarboxylase  31.88 
 
 		 418 aa  210  3e-53  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3451  diaminopimelate decarboxylase  32.69 
 
 		 423 aa  210  3e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3197  diaminopimelate decarboxylase  32.69 
 
 		 423 aa  210  3e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3708  diaminopimelate decarboxylase  32.69 
 
 		 423 aa  210  3e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1897  diaminopimelate decarboxylase  32.69 
 
 		 423 aa  210  3e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.705809  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0938  diaminopimelate decarboxylase  34.89 
 
 		 421 aa  210  4e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1775  diaminopimelate decarboxylase  32.05 
 
 		 447 aa  210  4e-53  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>