215 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_0060 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013730  Slin_0060  Pyridoxal-dependent decarboxylase  100 
 
 
465 aa  964    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.474391 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1514  pyridoxal-dependent decarboxylase  58.58 
 
 
467 aa  561  1.0000000000000001e-159  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1181  Pyridoxal-dependent decarboxylase  54.41 
 
 
464 aa  494  9.999999999999999e-139  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.823264 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2925  Pyridoxal-dependent decarboxylase  51.54 
 
 
470 aa  468  9.999999999999999e-131  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1241  pyridoxal-dependent decarboxylase  47.73 
 
 
466 aa  423  1e-117  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7120  pyridoxal-dependent decarboxylase  46.17 
 
 
466 aa  392  1e-107  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00363554  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2413  Pyridoxal-dependent decarboxylase  46.07 
 
 
459 aa  384  1e-105  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.190091 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3049  pyridoxal-dependent decarboxylase  45.12 
 
 
471 aa  385  1e-105  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2531  Pyridoxal-dependent decarboxylase  46.19 
 
 
460 aa  371  1e-101  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00114613  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2266  Pyridoxal-dependent decarboxylase  38.46 
 
 
517 aa  272  8.000000000000001e-72  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.981708  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1440  pyridoxal-dependent decarboxylase  38.03 
 
 
474 aa  271  2e-71  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.108677 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4871  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.21 
 
 
486 aa  199  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.16102  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2732  pyridoxal-dependent decarboxylase  34.02 
 
 
463 aa  197  3e-49  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.238333 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2702  pyridoxal-dependent decarboxylase  33.64 
 
 
463 aa  195  2e-48  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.146813  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2746  pyridoxal-dependent decarboxylase  33.64 
 
 
463 aa  195  2e-48  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1102  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.6 
 
 
492 aa  192  1e-47  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.967255  normal  0.206901 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1334  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.74 
 
 
497 aa  187  2e-46  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2555  decarboxylase, pyridoxal-dependent  29.5 
 
 
484 aa  186  6e-46  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000100435 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2916  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  31.21 
 
 
510 aa  184  2.0000000000000003e-45  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.122607 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02091  tyrosine decarboxylase, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G04980)  32.46 
 
 
508 aa  184  3e-45  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5531  putative pyridoxal-dependent decarboxylase  30 
 
 
502 aa  183  5.0000000000000004e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.245703 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4283  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.79 
 
 
486 aa  182  1e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2539  decarboxylase, pyridoxal-dependent  29.07 
 
 
484 aa  180  4e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2724  decarboxylase, pyridoxal-dependent  29.07 
 
 
484 aa  180  4e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4944  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.63 
 
 
486 aa  180  4.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.326969  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2734  decarboxylase, pyridoxal-dependent  29.07 
 
 
484 aa  180  4.999999999999999e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.08514e-18 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0178  Pyridoxal-dependent decarboxylase  32.16 
 
 
462 aa  179  8e-44  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3871  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.73 
 
 
480 aa  179  1e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0411  Pyridoxal-dependent decarboxylase  32.15 
 
 
450 aa  178  2e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.2389  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5923  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.1 
 
 
483 aa  178  2e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.520992  normal  0.358507 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4423  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.17 
 
 
473 aa  178  2e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.904496 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2558  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.62 
 
 
467 aa  176  6e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0354  Pyridoxal-dependent decarboxylase  32.54 
 
 
450 aa  176  7e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.164346  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2249  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.48 
 
 
471 aa  176  8e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.198283  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1124  aromatic amino acid decarboxylase, putative  28.31 
 
 
491 aa  172  7.999999999999999e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5130  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.52 
 
 
450 aa  172  1e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.768223 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3740  Pyridoxal-dependent decarboxylase  32.59 
 
 
455 aa  171  2e-41  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0339785 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1168  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.96 
 
 
482 aa  171  3e-41  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1409  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.07 
 
 
474 aa  170  5e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3271  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.37 
 
 
450 aa  170  5e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4339  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.3 
 
 
517 aa  169  9e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.843861  normal  0.490736 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0114  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.47 
 
 
480 aa  167  2.9999999999999998e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.15522  normal  0.0242531 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0934  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.67 
 
 
466 aa  166  5.9999999999999996e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.000000218274  decreased coverage  0.000132275 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2115  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  28.31 
 
 
489 aa  166  8e-40  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4177  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.77 
 
 
484 aa  165  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.51833  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1282  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.88 
 
 
477 aa  164  3e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4172  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.9 
 
 
450 aa  162  2e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4823  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.9 
 
 
450 aa  162  2e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.493898  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3343  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.9 
 
 
450 aa  162  2e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.748078  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4065  Pyridoxal-dependent decarboxylase  26.03 
 
 
529 aa  159  1e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.125159  normal  0.183613 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04970  decarboxylase, pyridoxal-dependent  27.01 
 
 
479 aa  159  1e-37  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.421495  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1738  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.35 
 
 
474 aa  158  2e-37  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2955  putative pyridoxal-dependent decarboxylase  30.68 
 
 
450 aa  155  2e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1038  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  31.1 
 
 
483 aa  154  2e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6911  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.84 
 
 
451 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.414893 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2377  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.41 
 
 
518 aa  154  4e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.873986 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2911  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.66 
 
 
450 aa  152  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1421  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.02 
 
 
463 aa  150  4e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000571165 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0071  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  27.09 
 
 
474 aa  147  4.0000000000000006e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.621553  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0076  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.26 
 
 
458 aa  145  2e-33  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2867  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.35 
 
 
529 aa  144  4e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.121962  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2160  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  26.32 
 
 
479 aa  142  9.999999999999999e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.222222  normal  0.771411 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3163  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  26.85 
 
 
478 aa  140  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.491116  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1409  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  25.64 
 
 
478 aa  139  1e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.557357  hitchhiker  0.0000101933 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2552  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  26.62 
 
 
470 aa  138  2e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00803752 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1832  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.21 
 
 
475 aa  138  2e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.536749  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2157  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.14 
 
 
479 aa  138  3.0000000000000003e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3209  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.08 
 
 
579 aa  137  4e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3364  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  27.01 
 
 
470 aa  137  4e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.792573  normal  0.561482 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2310  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  27.09 
 
 
489 aa  136  9e-31  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.506086  normal  0.726788 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2788  aromatic amino acid decarboxylase  27.41 
 
 
471 aa  135  9.999999999999999e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0909  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  24.24 
 
 
486 aa  135  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2867  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  27.41 
 
 
471 aa  134  1.9999999999999998e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0883  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  25.05 
 
 
486 aa  134  3.9999999999999996e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1334  aromatic amino acid decarboxylase  27.16 
 
 
471 aa  132  1.0000000000000001e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2223  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  27.21 
 
 
470 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0898505  normal  0.960692 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3466  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  25.12 
 
 
470 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.811665  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2835  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.74 
 
 
507 aa  130  3e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.579316  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0959  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.57 
 
 
538 aa  130  4.0000000000000003e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03010  PLP-dependent enzyme, glutamate decarboxylase  29.22 
 
 
442 aa  129  1.0000000000000001e-28  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1126  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  26.75 
 
 
471 aa  129  1.0000000000000001e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0279279 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3338  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  27.48 
 
 
492 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.133892  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2647  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.38 
 
 
478 aa  127  3e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.88616  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1305  Pyridoxal-dependent decarboxylase  24.6 
 
 
480 aa  127  5e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2983  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  26.29 
 
 
496 aa  127  6e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1238  Pyridoxal-dependent decarboxylase  26.67 
 
 
486 aa  125  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1428  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  26.04 
 
 
476 aa  124  3e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1074  Pyridoxal-dependent decarboxylase  26.57 
 
 
551 aa  123  7e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0179371  normal  0.433316 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2780  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.03 
 
 
550 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.300778 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2714  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.76 
 
 
488 aa  122  9.999999999999999e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000216735  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0927  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  26.97 
 
 
511 aa  122  1.9999999999999998e-26  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4221  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.12 
 
 
488 aa  122  1.9999999999999998e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.488782 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2715  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.45 
 
 
548 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.288765  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0285  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.28 
 
 
529 aa  121  3e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3330  Pyridoxal-dependent decarboxylase  24.65 
 
 
503 aa  119  7.999999999999999e-26  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.405304  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3501  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.13 
 
 
464 aa  117  3.9999999999999997e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00371632 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1055  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.27 
 
 
530 aa  117  5e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3135  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.15 
 
 
551 aa  117  5e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0142161 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2288  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.79 
 
 
494 aa  116  6.9999999999999995e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.715836  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1644  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.88 
 
 
550 aa  116  7.999999999999999e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>