More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_0034 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013730  Slin_0034  Lytic transglycosylase catalytic  100 
 
 
355 aa  733    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.312775  normal  0.0969684 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1814  Lytic transglycosylase catalytic  45.85 
 
 
276 aa  225  1e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.322189 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0033  Lytic transglycosylase catalytic  42.28 
 
 
365 aa  212  9e-54  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.356034 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3070  Lytic transglycosylase catalytic  46.89 
 
 
259 aa  199  6e-50  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.32809  normal  0.422558 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0499  Lytic transglycosylase catalytic  45.23 
 
 
279 aa  182  7e-45  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.809571  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0032  Lytic transglycosylase catalytic  43.59 
 
 
413 aa  180  4e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.367331 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1361  Lytic transglycosylase catalytic  42.06 
 
 
324 aa  170  3e-41  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2304  Lytic transglycosylase catalytic  42.93 
 
 
358 aa  154  2e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12858  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  43.48 
 
 
311 aa  145  1e-33  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0747324  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0750  peptidoglycan-binding LysM  37.23 
 
 
377 aa  132  7.999999999999999e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000075939  normal  0.966774 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0486  lytic transglycosylase, catalytic  34.74 
 
 
419 aa  126  6e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.232763  normal  0.0521482 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0157  lytic murein transglycosylase  35.33 
 
 
312 aa  125  1e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.417814 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0077  Lytic transglycosylase catalytic  40.79 
 
 
322 aa  122  9.999999999999999e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4500  Lytic transglycosylase catalytic  36.42 
 
 
523 aa  110  3e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1334  Lytic transglycosylase catalytic  32.66 
 
 
451 aa  110  5e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0139  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  36.18 
 
 
451 aa  103  6e-21  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.518176 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2024  low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase  34.59 
 
 
543 aa  102  8e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000444434  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0215  Lytic transglycosylase catalytic  36.46 
 
 
733 aa  102  1e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3139  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  33.33 
 
 
457 aa  101  2e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.336186  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1140  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  31.3 
 
 
457 aa  100  4e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0411  Lytic transglycosylase catalytic  31.45 
 
 
447 aa  99.8  7e-20  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000674118  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1124  Lytic transglycosylase catalytic  35.71 
 
 
596 aa  99  1e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.331825  normal  0.414792 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4463  Lytic transglycosylase catalytic  32.67 
 
 
498 aa  99  1e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.689594  normal  0.530069 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0026  peptidoglycan-binding lytic transglycosylase  31.45 
 
 
495 aa  99  1e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.250795  normal  0.876942 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3834  Lytic transglycosylase catalytic  31.76 
 
 
405 aa  99  1e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1273  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  34.55 
 
 
1001 aa  97.4  3e-19  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000430428  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1666  peptidoglycan-binding protein LysM  36.18 
 
 
501 aa  97.4  3e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1082  lytic transglycosylase, catalytic  42.86 
 
 
379 aa  97.4  3e-19  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1112  lytic transglycosylase, catalytic  34.55 
 
 
1021 aa  97.4  3e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0269179  normal  0.029477 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0965  Lytic transglycosylase catalytic  35.14 
 
 
570 aa  97.1  4e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1354  Lytic transglycosylase catalytic  33.56 
 
 
661 aa  96.7  5e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.828484  normal  0.0280405 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2728  Lytic transglycosylase catalytic  31.75 
 
 
547 aa  95.1  2e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0305  Lytic transglycosylase catalytic  36.81 
 
 
440 aa  94.7  2e-18  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1006  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  31.75 
 
 
465 aa  94  3e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1043  lytic transglycosylase, catalytic  33.97 
 
 
281 aa  94  3e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0755702  hitchhiker  0.000682757 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03310  Peptidoglycan-binding LysM  39.55 
 
 
523 aa  93.6  4e-18  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1087  lytic transglycosylase, catalytic  30.36 
 
 
650 aa  94  4e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.106498  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0908  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  31.22 
 
 
475 aa  93.2  5e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1973  lytic transglycosylase catalytic  30.99 
 
 
578 aa  93.2  6e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.203467 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2686  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  31.75 
 
 
395 aa  93.2  7e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.83719  normal  0.0402839 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1105  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  31.75 
 
 
472 aa  92  1e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4430  lytic transglycosylase like protein  30.91 
 
 
524 aa  92  1e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000408016  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1174  peptidoglycan-binding LysM  33.33 
 
 
522 aa  92.4  1e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.106358 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1379  peptidoglycan-binding LysM  31.06 
 
 
556 aa  92.4  1e-17  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000744  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  33.33 
 
 
248 aa  92  1e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1051  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  31.75 
 
 
459 aa  92.4  1e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.550893  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1482  lytic transglycosylase, catalytic  29.94 
 
 
518 aa  91.3  2e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00124104  normal  0.157348 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0549  lytic transglycosylase, catalytic  33.99 
 
 
638 aa  90.9  3e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.357331  normal  0.13799 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3580  peptidoglycan-binding LysM  30 
 
 
544 aa  90.5  4e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2032  lytic transglycosylase catalytic  30.91 
 
 
528 aa  90.5  4e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00000000277955  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0087  Lytic transglycosylase catalytic  33.33 
 
 
620 aa  90.5  4e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2218  Lytic transglycosylase catalytic  31.37 
 
 
618 aa  90.1  5e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.70593 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0976  lytic transglycosylase, catalytic  34.88 
 
 
610 aa  90.1  5e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.773866  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1137  Lytic transglycosylase catalytic  36.57 
 
 
304 aa  90.1  6e-17  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000172741  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1021  lytic transglycosylase, catalytic  30.16 
 
 
477 aa  90.1  6e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.847474  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0748  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  28.41 
 
 
372 aa  89.7  7e-17  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2842  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  31.22 
 
 
464 aa  89.4  8e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1165  lytic transglycosylase, catalytic  29.94 
 
 
529 aa  89.4  9e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00000346061  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1988  lytic transglycosylase, catalytic  28.57 
 
 
519 aa  89.4  9e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.010206  hitchhiker  0.00147511 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0283  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  29.63 
 
 
406 aa  89  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.632709  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0298  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  29.63 
 
 
406 aa  89  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.349591  normal  0.759355 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2870  Lytic transglycosylase catalytic  31.52 
 
 
564 aa  89  1e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00000269929  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2787  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  30.3 
 
 
531 aa  88.6  1e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000000442386  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0673  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  28.41 
 
 
372 aa  89.4  1e-16  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1254  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  31.52 
 
 
564 aa  88.6  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000724921  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0285  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  29.63 
 
 
406 aa  89  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0807  lytic transglycosylase, catalytic  30.3 
 
 
525 aa  89  1e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0000000488034  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2920  lytic transglycosylase, catalytic  30.77 
 
 
587 aa  89.4  1e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.654046 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0290  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  29.63 
 
 
406 aa  89  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.720037 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1522  Lytic transglycosylase catalytic  38.53 
 
 
561 aa  89  1e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00867161  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1259  lytic transglycosylase catalytic  30.3 
 
 
525 aa  89  1e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000373485  normal  0.0984249 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1288  lytic transglycosylase, catalytic  30.3 
 
 
525 aa  89  1e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  unclonable  0.000000000451956  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0304  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  29.63 
 
 
455 aa  88.6  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1499  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  29.7 
 
 
530 aa  88.6  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.261564  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0766  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  29.7 
 
 
530 aa  88.6  2e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1603  putative exported transglycosylase protein  29.7 
 
 
552 aa  88.6  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002769  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  30.67 
 
 
527 aa  88.2  2e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0709625  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1177  lytic transglycosylase catalytic  30.3 
 
 
529 aa  88.6  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  unclonable  0.00000000111267  normal  0.0154135 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0592  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  29.7 
 
 
553 aa  88.6  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1276  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  29.7 
 
 
530 aa  88.6  2e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.633105  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2744  Lytic transglycosylase catalytic  26.09 
 
 
448 aa  87.8  2e-16  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  6.42143e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1354  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  27.18 
 
 
372 aa  87.8  2e-16  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.401236  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0559  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  29.7 
 
 
530 aa  88.6  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0225  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  27.51 
 
 
406 aa  87.8  3e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.459174  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0223  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  27.51 
 
 
406 aa  87.8  3e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2205  lytic transglycosylase, catalytic  29.7 
 
 
570 aa  87.8  3e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.803173  normal  0.257061 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1583  lytic transglycosylase, catalytic  30.25 
 
 
1079 aa  87.4  3e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000168341  normal  0.0166212 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1976  Lytic transglycosylase catalytic  30.91 
 
 
504 aa  87.8  3e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00204  predicted membrane-bound lytic murein transglycosylase D  27.51 
 
 
452 aa  87  4e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.133928  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0207  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  27.51 
 
 
452 aa  87  4e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00209  hypothetical protein  27.51 
 
 
452 aa  87  4e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.133083  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3454  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  27.51 
 
 
452 aa  87  4e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0216  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  27.51 
 
 
452 aa  87  4e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.806422  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0215  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  27.51 
 
 
452 aa  87  4e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00533886  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1469  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  29.7 
 
 
530 aa  87  4e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.554784  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0654  peptidoglycan-binding LysM:Lytic transglycosylase, catalytic (SLT family)  30.92 
 
 
383 aa  86.7  5e-16  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0645436  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1677  lytic transglycosylase, catalytic  29.88 
 
 
524 aa  87  5e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.728963 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0871  lytic transglycosylase catalytic  30.91 
 
 
561 aa  86.3  8e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.000448288  normal  0.420997 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1742  lytic transglycosylase, catalytic  30.3 
 
 
504 aa  86.3  8e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.785643  normal  0.0879149 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2278  lytic transglycosylase, catalytic  29.88 
 
 
467 aa  85.9  9e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>