More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_34330 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_34330  transcriptional regulator  100 
 
 		 308 aa  591  1e-168  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.109015 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0540  transcriptional regulator, LysR family  39.65 
 
 		 291 aa  159  4e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.15621  normal  0.23196 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2134  transcriptional regulator, LysR family  42.01 
 
 		 287 aa  157  1e-37  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.272007  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2097  LysR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 306 aa  149  6e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.732708  normal  0.0491263 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0569  transcriptional regulator, LysR family  36.1 
 
 		 324 aa  145  1e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.104836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1625  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 298 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6024  transcriptional regulator, LysR family  34.77 
 
 		 298 aa  132  7.999999999999999e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.73094  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4433  transcriptional regulator, LysR family  36.18 
 
 		 316 aa  132  9e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22480  transcriptional regulator  35.12 
 
 		 308 aa  130  2.0000000000000002e-29  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.542371 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6247  transcriptional regulator, LysR family  36.62 
 
 		 328 aa  129  6e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.967227  normal  0.0964504 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0815  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 288 aa  129  8.000000000000001e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1104  transcriptional regulator, LysR family  36.15 
 
 		 298 aa  128  1.0000000000000001e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4424  LysR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 292 aa  125  9e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00999637 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0029  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 305 aa  123  3e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4546  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 300 aa  122  7e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3497  transcriptional regulator, LysR family  37.89 
 
 		 307 aa  122  8e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00137062 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7065  transcriptional regulator, LysR family  37.16 
 
 		 294 aa  121  9.999999999999999e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2031  transcriptional regulator, LysR family  31.65 
 
 		 333 aa  121  9.999999999999999e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0205829  hitchhiker  0.00632018 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5125  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 296 aa  121  9.999999999999999e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0932924  normal  0.723753 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1422  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 308 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00195938  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1988  transcriptional regulator, LysR family  32.42 
 
 		 301 aa  120  1.9999999999999998e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.994481 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2648  transcriptional regulator, LysR family  38.72 
 
 		 306 aa  119  7.999999999999999e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.276708  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1423  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 339 aa  118  9.999999999999999e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.174338  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4632  transcriptional regulator, LysR family  36.95 
 
 		 295 aa  118  9.999999999999999e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3118  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 309 aa  118  1.9999999999999998e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.181053  normal  0.0120636 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6522  transcriptional regulator, LysR family  36.27 
 
 		 300 aa  117  3e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2545  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 		 309 aa  115  6.9999999999999995e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.57327  normal  0.794961 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4368  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 300 aa  115  1.0000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000508648  normal  0.184507 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0267  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 300 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.334674  normal  0.614052 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2508  LysR substrate-binding protein  34.49 
 
 		 316 aa  114  2.0000000000000002e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5689  transcriptional regulator, LysR family  32.08 
 
 		 314 aa  114  2.0000000000000002e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.363546  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0595  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 315 aa  113  4.0000000000000004e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.553167 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0656  transcriptional regulator, MarR family  30.29 
 
 		 312 aa  113  5e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4076  transcriptional regulator, LysR family  34.87 
 
 		 331 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2098  LysR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 312 aa  110  3e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0305237  normal  0.157419 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17270  transcriptional regulator  33.09 
 
 		 327 aa  110  3e-23  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00802596  hitchhiker  0.00407131 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0303  LysR family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 307 aa  110  3e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0582  transcriptional regulator, LysR family  35.22 
 
 		 312 aa  110  4.0000000000000004e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0716  transcriptional regulator, LysR family  35.11 
 
 		 308 aa  110  4.0000000000000004e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.711839  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3489  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 323 aa  110  4.0000000000000004e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.256692  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3552  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 323 aa  110  4.0000000000000004e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.191532  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5881  transcriptional regulator, LysR family  34.11 
 
 		 304 aa  110  4.0000000000000004e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3502  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 323 aa  110  4.0000000000000004e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0505657  normal  0.786831 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0914  transcriptional regulator, LysR family  31.79 
 
 		 301 aa  109  6e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19590  transcriptional regulator  31.25 
 
 		 311 aa  109  7.000000000000001e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.221792  normal  0.0758544 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  33.57 
 
 		 301 aa  108  8.000000000000001e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6871  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 283 aa  108  1e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2386  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 		 309 aa  108  2e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00159604  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1507  transcriptional regulator, LysR family  32.54 
 
 		 288 aa  107  2e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.74974  normal  0.352143 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0838  LysR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 304 aa  105  9e-22  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00258172  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1345  transcriptional regulator, LysR family  29.17 
 
 		 300 aa  105  1e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0839604  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3675  transcriptional regulator, LysR family  32.26 
 
 		 303 aa  104  2e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1796  transcriptional regulator, LysR family  33.86 
 
 		 308 aa  104  2e-21  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  hitchhiker  0.000282354  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4400  transcriptional regulator, LysR family  32 
 
 		 301 aa  103  5e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.103907  hitchhiker  0.00279425 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3713  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 334 aa  102  6e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0563526  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4100  transcriptional regulator, LysR family  35.23 
 
 		 319 aa  102  9e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.554738  normal  0.0246683 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0655  transcriptional regulator, LysR family  31.58 
 
 		 311 aa  101  2e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2872  transcriptional regulator, LysR family  32.09 
 
 		 302 aa  100  3e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.175198  normal  0.844619 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4824  transcriptional regulator, LysR family  35.22 
 
 		 308 aa  100  3e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00015803  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2582  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 313 aa  100  3e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.359309 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  27.87 
 
 		 302 aa  99.8  5e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2254  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 314 aa  98.2  1e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3886  LysR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 311 aa  98.2  1e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2018  LysR family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 304 aa  97.8  2e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0853412  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17190  transcriptional regulator  32.87 
 
 		 308 aa  97.4  3e-19  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  decreased coverage  0.00132066  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2446  transcriptional regulator, LysR family  32.01 
 
 		 308 aa  97.4  3e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.415246  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4403  LysR substrate-binding protein  30.41 
 
 		 303 aa  95.5  9e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.900242  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3940  transcriptional regulator, LysR family  29.87 
 
 		 310 aa  95.1  1e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0176714  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2544  transcriptional regulator, LysR family  34.98 
 
 		 300 aa  95.1  1e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0984343  normal  0.803064 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9290  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 311 aa  95.1  1e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.422414 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2782  transcriptional regulator, LysR family  34.4 
 
 		 294 aa  94.4  2e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0129  transcriptional regulator, LysR family  33.69 
 
 		 315 aa  94.4  2e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00685914  normal  0.32072 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1355  LysR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 296 aa  93.6  3e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0208  transcriptional regulator, LysR family  32.08 
 
 		 301 aa  93.6  4e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2567  LysR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 338 aa  93.2  5e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.259086  normal  0.599662 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_02220  transcriptional regulator  32.38 
 
 		 304 aa  92.8  6e-18  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3338  transcriptional regulator, LysR family  28.34 
 
 		 312 aa  92.4  8e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6763  transcriptional regulator, LysR family  31.89 
 
 		 303 aa  92.4  8e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2340  transcriptional regulator, LysR family  29.92 
 
 		 302 aa  92  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.421742  normal  0.887111 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1321  transcriptional regulator, LysR family  32.85 
 
 		 308 aa  92  1e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.105252  normal  0.107974 
 
 
-
 
NC_003296  RS04822  transcription regulator protein  32.76 
 
 		 306 aa  90.9  2e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05669  transcription regulator protein  32.76 
 
 		 306 aa  90.9  2e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2822  transcriptional regulator, LysR family  30.42 
 
 		 310 aa  90.9  2e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.438739  normal  0.714096 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2848  LysR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 310 aa  90.5  3e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.93078  normal  0.0328698 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2282  LysR family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 302 aa  90.5  3e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0266423 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1602  fhu operon transcriptional regulator  28.67 
 
 		 310 aa  90.5  3e-17  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4270  transcriptional regulator, LysR family  33.08 
 
 		 321 aa  90.5  4e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0190021  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0043  transcriptional regulator, LysR family  31.44 
 
 		 302 aa  90.1  4e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 317 aa  89.7  5e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1740  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 301 aa  89.7  6e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0545937  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6619  transcriptional regulator, LysR family  31.76 
 
 		 300 aa  88.6  1e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00330  transcriptional regulator  31.2 
 
 		 304 aa  88.6  1e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.531846 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5552  putative transcriptional regulator protein, LysR family  29.84 
 
 		 303 aa  89  1e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.409042 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2187  LysR substrate-binding protein  32.45 
 
 		 309 aa  88.2  2e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.152577  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4254  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  24.57 
 
 		 284 aa  87.8  2e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3114  transcriptional regulator, LysR family  27.78 
 
 		 304 aa  87.8  2e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3856  transcriptional regulator, LysR family  35.84 
 
 		 313 aa  87.4  3e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00162069  normal  0.0542249 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4305  LysR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 294 aa  87  3e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.201551 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2292  transcriptional regulator, LysR family  32.06 
 
 		 315 aa  87  3e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.863525  normal  0.0374167 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7143  transcriptional regulator, LysR family  29.64 
 
 		 295 aa  87.4  3e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297032  normal  0.653171 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>