More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_34320 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013521  Sked_34320  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  100 
 
 
316 aa  614  1e-175  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0646934 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0296  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.33 
 
 
315 aa  345  6e-94  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0940  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.01 
 
 
338 aa  345  7e-94  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0444198 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4828  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.02 
 
 
328 aa  304  1.0000000000000001e-81  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00770957  normal  0.0433123 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3222  ABC transporter, permease protein  50.96 
 
 
316 aa  293  2e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2660  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.03 
 
 
319 aa  293  3e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3754  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.95 
 
 
319 aa  284  1.0000000000000001e-75  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2959  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  46.2 
 
 
316 aa  275  6e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3089  nickel ABC transporter, permease protein  46.52 
 
 
316 aa  273  3e-72  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.175953  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18680  ABC transporter, inner membrane permease component  46.95 
 
 
318 aa  269  4e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.158207  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4457  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.25 
 
 
314 aa  265  5.999999999999999e-70  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4175  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.06 
 
 
314 aa  265  7e-70  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4853  putative ABC transporter (permease protein)  47.74 
 
 
314 aa  262  6e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.370011 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0470  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.17 
 
 
321 aa  254  1.0000000000000001e-66  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.166437  normal  0.409342 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3156  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.62 
 
 
314 aa  253  3e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0030  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.13 
 
 
311 aa  234  1.0000000000000001e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0364256  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1056  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.87 
 
 
315 aa  234  1.0000000000000001e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.586464 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05560  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  45.28 
 
 
337 aa  223  2e-57  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0332044  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2748  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.3 
 
 
318 aa  223  3e-57  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.589805  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3478  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.39 
 
 
316 aa  220  1.9999999999999999e-56  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.112233  normal  0.156031 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7174  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  41.77 
 
 
314 aa  219  3.9999999999999997e-56  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.281542  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0506  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.29 
 
 
319 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.49 
 
 
329 aa  214  9.999999999999999e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0558965  normal  0.0907281 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3480  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.75 
 
 
321 aa  204  2e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4233  oligopeptide transport, system permease  37.54 
 
 
306 aa  203  3e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4245  oligopeptide ABC transporter, permease  37.54 
 
 
306 aa  203  3e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7203  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  40.06 
 
 
348 aa  203  3e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0566155  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4610  oligopeptide ABC transporter, permease protein  37.54 
 
 
306 aa  202  7e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0427  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.76 
 
 
319 aa  201  9e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.923467  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0350  nickel ABC transporter, permease subunit NikB  37.94 
 
 
310 aa  201  9e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4392  oligopeptide ABC transporter permease  37.54 
 
 
306 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4732  oligopeptide ABC transporter permease protein  37.54 
 
 
306 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4833  putative ABC transporter (permease protein)  38.64 
 
 
333 aa  200  1.9999999999999998e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.428785 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.39 
 
 
306 aa  199  5e-50  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0959  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.04 
 
 
311 aa  199  7.999999999999999e-50  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0386  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.14 
 
 
312 aa  198  9e-50  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3604  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.04 
 
 
321 aa  198  1.0000000000000001e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.48 
 
 
332 aa  196  3e-49  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.191743 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1136  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.3 
 
 
309 aa  196  4.0000000000000005e-49  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000195869  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2531  ABC transporter permease  38.03 
 
 
330 aa  196  5.000000000000001e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.839312 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.54 
 
 
306 aa  196  6e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.333133  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.13 
 
 
313 aa  194  1e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1267  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.29 
 
 
336 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6564  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.29 
 
 
336 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6170  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.29 
 
 
336 aa  193  3e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.353707  normal  0.0409254 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2209  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.2 
 
 
313 aa  193  4e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.459958  normal  0.0393248 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1381  transmembrane ABC transporter protein  35.71 
 
 
307 aa  191  1e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.796345  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3728  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.03 
 
 
319 aa  191  1e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5290  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  34.08 
 
 
307 aa  191  1e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.728282  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0401  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.52 
 
 
313 aa  191  2e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0010  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.16 
 
 
308 aa  190  2e-47  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2404  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.95 
 
 
308 aa  191  2e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000311261  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0369  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.48 
 
 
316 aa  190  2.9999999999999997e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1778  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.58 
 
 
317 aa  189  4e-47  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000398499 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1798  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.26 
 
 
306 aa  189  7e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.340847  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3004  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.41 
 
 
306 aa  188  1e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1320  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.37 
 
 
307 aa  188  1e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.525141  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.11 
 
 
318 aa  188  1e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.823001  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.05 
 
 
306 aa  188  1e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.740963 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0627  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.44 
 
 
306 aa  187  2e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.579769  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1254  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.05 
 
 
307 aa  187  2e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.237541  normal  0.589028 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3949  dipeptide transporter permease DppB  33.33 
 
 
339 aa  187  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.788898  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3841  dipeptide transporter permease DppB  33.33 
 
 
339 aa  187  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4009  dipeptide transporter permease DppB  33.33 
 
 
339 aa  187  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.08 
 
 
306 aa  186  3e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.14841  normal  0.0482429 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3827  dipeptide transporter permease DppB  33.33 
 
 
339 aa  187  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.01 
 
 
306 aa  186  4e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3905  dipeptide transporter permease DppB  33.33 
 
 
339 aa  186  5e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.86 
 
 
313 aa  186  7e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000789572  normal  0.0157107 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0511  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.14 
 
 
314 aa  185  7e-46  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0185  dipeptide transporter permease DppB  33.04 
 
 
339 aa  185  8e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.446355  normal  0.432086 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.74 
 
 
306 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.428379  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2116  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.93 
 
 
340 aa  185  1.0000000000000001e-45  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.112325  normal  0.169867 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2997  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
334 aa  184  1.0000000000000001e-45  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.143224 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3120  IM pore protein  36.73 
 
 
327 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0682288  normal  0.0671441 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03394  dipeptide transporter  33.04 
 
 
339 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0169  Alkaline phosphatase  33.04 
 
 
339 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3862  dipeptide transporter permease DppB  33.04 
 
 
339 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.41 
 
 
306 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4911  dipeptide transporter permease DppB  33.04 
 
 
381 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3988  dipeptide transporter permease DppB  33.04 
 
 
339 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0172  dipeptide transporter permease DppB  33.04 
 
 
339 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03345  hypothetical protein  33.04 
 
 
339 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3742  dipeptide transporter permease DppB  33.04 
 
 
339 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4035  dipeptide transporter permease DppB  33.04 
 
 
339 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13220  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  33.65 
 
 
308 aa  183  3e-45  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.444748  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1530  dipeptide ABC transporter, permease protein  35.85 
 
 
335 aa  182  4.0000000000000006e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.755182  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1585  dipeptide ABC transporter, permease protein  36.16 
 
 
335 aa  182  6e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.280526  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1224  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.44 
 
 
313 aa  182  6e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.44 
 
 
313 aa  182  6e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0709141  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0837  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  33.76 
 
 
306 aa  182  7e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.039737  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0242  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.7 
 
 
316 aa  182  7e-45  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.544656  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0664  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.73 
 
 
327 aa  182  7e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.395027  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5088  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  35.13 
 
 
313 aa  182  7e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1223  Nickel-transporting ATPase  33.14 
 
 
339 aa  182  8.000000000000001e-45  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0308435 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4367  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.68 
 
 
313 aa  182  9.000000000000001e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.380096  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1925  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.37 
 
 
306 aa  181  1e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.730701  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0984  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.61 
 
 
313 aa  181  1e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.422815  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5762  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.54 
 
 
313 aa  181  1e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.0000799384  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2717  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
307 aa  181  1e-44  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00227736  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>