More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_31740 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013521  Sked_31740  rRNA methylase, putative, group 3  100 
 
 
339 aa  665    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.29916  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0672  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  73.08 
 
 
333 aa  448  1e-125  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.927716  hitchhiker  0.000812989 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2952  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  68.15 
 
 
327 aa  431  1e-119  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.844398  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2067  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  61.06 
 
 
326 aa  390  1e-107  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0781  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  65.48 
 
 
324 aa  378  1e-103  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.208015  normal  0.241731 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0912  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  61.19 
 
 
321 aa  372  1e-102  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0472746 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0731  RNA methyltransferase  56.4 
 
 
328 aa  369  1e-101  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.883902  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0856  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  56.23 
 
 
329 aa  368  1e-101  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03770  rRNA methylase, putative, group 3  56.97 
 
 
323 aa  366  1e-100  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.1456 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4020  RNA methyltransferase  55.82 
 
 
314 aa  347  2e-94  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.980605  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12700  rRNA methylase, putative, group 3  55.22 
 
 
320 aa  339  4e-92  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0974  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  55.22 
 
 
316 aa  338  9e-92  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0793749  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0359  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  55.16 
 
 
321 aa  333  3e-90  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4924  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  55.62 
 
 
326 aa  329  4e-89  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1447  RNA methyltransferase  52.24 
 
 
314 aa  327  2.0000000000000001e-88  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.812422 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5337  RNA methyltransferase  52.54 
 
 
314 aa  323  2e-87  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0971  rRNA methylase-like protein  53.73 
 
 
322 aa  322  7e-87  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13612  tRNA/rRNA methyltransferase  53.45 
 
 
322 aa  320  1.9999999999999998e-86  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.288349 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0606  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  54.73 
 
 
324 aa  317  2e-85  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.158472  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4313  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  53.82 
 
 
320 aa  317  2e-85  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4221  RNA methyltransferase  51.85 
 
 
373 aa  317  3e-85  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.601015 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4658  RNA methyltransferase  52.13 
 
 
372 aa  317  3e-85  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.277573  normal  0.477344 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35140  rRNA methylase, putative, group 3  52.02 
 
 
312 aa  315  6e-85  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.939533 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1346  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  51.34 
 
 
331 aa  315  7e-85  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00762958 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03800  rRNA methylase, putative, group 3  54.6 
 
 
329 aa  313  2.9999999999999996e-84  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.395862  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1473  rRNA methylase  51.95 
 
 
330 aa  310  2e-83  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8152  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  54.98 
 
 
339 aa  309  4e-83  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0507  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  52.63 
 
 
322 aa  304  1.0000000000000001e-81  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.533536  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4246  RNA methyltransferase TrmH, group 3  51 
 
 
363 aa  299  4e-80  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4736  RNA methyltransferase TrmH, group 3  52.24 
 
 
314 aa  296  4e-79  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.281401  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4822  RNA methyltransferase  52.24 
 
 
314 aa  296  4e-79  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.945978  normal  0.837173 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5122  RNA methyltransferase  52.24 
 
 
314 aa  296  5e-79  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.696919  normal  0.220958 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0655  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  51.84 
 
 
319 aa  294  1e-78  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.229838  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0712  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  54.34 
 
 
306 aa  294  1e-78  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0372  RNA methyltransferase  49.86 
 
 
386 aa  289  4e-77  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.176167  hitchhiker  0.00238073 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0353  RNA methyltransferase TrmH family, group 3  52.12 
 
 
339 aa  288  8e-77  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0213  RNA methyltransferase TrmH, group 3  49.54 
 
 
324 aa  281  2e-74  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0083  RNA methyltransferase  48.13 
 
 
250 aa  215  9.999999999999999e-55  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2285  TrmA family RNA methyltransferase  41.48 
 
 
323 aa  199  3.9999999999999996e-50  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.240402  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4413  RNA methyltransferase TrmH, group 3  42.06 
 
 
327 aa  199  6e-50  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1155  RNA methyltransferase TrmH, group 3  45.19 
 
 
542 aa  196  4.0000000000000005e-49  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.623752  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3320  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  36.7 
 
 
315 aa  193  3e-48  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000334493  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2629  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  39.47 
 
 
387 aa  189  7e-47  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.821515 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2060  RNA methyltransferase  37.99 
 
 
277 aa  187  2e-46  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_06961  RNA methyltransferase TrmH, group 3  41 
 
 
413 aa  187  2e-46  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.1089  normal  0.124675 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0264  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  41.87 
 
 
292 aa  186  5e-46  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0265  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  41.87 
 
 
292 aa  186  5e-46  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0401  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  44.9 
 
 
246 aa  185  9e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000436094  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1304  RNA methyltransferase TrmH, group 3  42.5 
 
 
652 aa  185  1.0000000000000001e-45  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2119  RNA methyltransferase TrmH, group 3  46.09 
 
 
519 aa  185  1.0000000000000001e-45  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.383182 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0112  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  41.39 
 
 
247 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0011476  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1336  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  43.32 
 
 
249 aa  184  3e-45  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000822091 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5214  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  41.32 
 
 
247 aa  182  5.0000000000000004e-45  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000196945  unclonable  9.19298e-26 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0091  RNA methyltransferase  40.98 
 
 
247 aa  182  5.0000000000000004e-45  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00797863  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0091  RNA methyltransferase  40.98 
 
 
247 aa  182  5.0000000000000004e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.678867  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0088  tRNA/rRNA methyltransferase SpoU  40.98 
 
 
247 aa  182  5.0000000000000004e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000158072  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0087  TrmH family tRNA methyltransferase  40.98 
 
 
247 aa  182  5.0000000000000004e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.528227  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0091  RNA methyltransferase  40.98 
 
 
247 aa  182  5.0000000000000004e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000227809  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0092  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  40.5 
 
 
245 aa  182  5.0000000000000004e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000607271  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0102  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  40.98 
 
 
247 aa  182  5.0000000000000004e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.238e-61 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0122  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  40.98 
 
 
247 aa  182  5.0000000000000004e-45  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000258465  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4146  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  36.3 
 
 
310 aa  182  7e-45  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_15801  rRNA methylase  41.06 
 
 
536 aa  181  1e-44  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0086  RNA methyltransferase  41.74 
 
 
247 aa  182  1e-44  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0239075  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1677  RNA methyltransferase  40.91 
 
 
251 aa  181  1e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.756814  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0086  RNA methyltransferase  40.5 
 
 
247 aa  180  2.9999999999999997e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000284808  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2420  RNA methyltransferase  36.63 
 
 
289 aa  179  4.999999999999999e-44  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00228978  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2734  RNA methyltransferase  36.63 
 
 
289 aa  179  5.999999999999999e-44  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0196  RNA methyltransferase  42.34 
 
 
243 aa  179  7e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000588208  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_09311  RNA methyltransferase TrmH, group 3  38.31 
 
 
442 aa  177  3e-43  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.0566162 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0262  RNA methyltransferase TrmH, group 3  38.31 
 
 
416 aa  177  3e-43  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0851  RNA methyltransferase TrmH, group 3  33.45 
 
 
336 aa  176  4e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.367945  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2889  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  42.04 
 
 
248 aa  176  5e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09121  RNA methyltransferase TrmH, group 3  37.34 
 
 
335 aa  176  5e-43  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10311  RNA methyltransferase TrmH, group 3  36.93 
 
 
349 aa  174  9.999999999999999e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.988579  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1474  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  37.92 
 
 
239 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0162513  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09101  RNA methyltransferase TrmH, group 3  38.49 
 
 
334 aa  174  2.9999999999999996e-42  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2313  RNA methyltransferase  37.5 
 
 
288 aa  174  2.9999999999999996e-42  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0718596 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1356  RNA methyltransferase TrmH, group 3  40.82 
 
 
250 aa  171  1e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000394989  hitchhiker  8.416419999999999e-20 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0088  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  41.56 
 
 
246 aa  171  1e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2481  RNA methyltransferase TrmH, group 3  44.49 
 
 
246 aa  171  2e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000314444  hitchhiker  0.00338936 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1625  RNA methyltransferase TrmH, group 3  41.39 
 
 
251 aa  171  2e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.117052  hitchhiker  0.00235214 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0848  RNA methyltransferase  36.03 
 
 
247 aa  171  2e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000264025  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0352  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  40.94 
 
 
268 aa  170  3e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.426039  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2796  RNA methyltransferase  40.74 
 
 
242 aa  170  4e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.125421  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3322  RNA methyltransferase  44.4 
 
 
248 aa  170  4e-41  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.752431  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0305  RNA methyltransferase  38.24 
 
 
249 aa  169  6e-41  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000127836  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0416  RNA methyltransferase  40.91 
 
 
246 aa  166  5e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.896719  normal  0.93402 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0116  RNA methyltransferase TrmH family, group 3  39.83 
 
 
238 aa  166  6.9999999999999995e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.328344  normal  0.298059 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1462  RNA methyltransferase  40.41 
 
 
245 aa  165  1.0000000000000001e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0405731  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0174  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  35.39 
 
 
247 aa  164  1.0000000000000001e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000034032  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1061  23S rRNA Gm2251 methyltransferase  38.95 
 
 
270 aa  165  1.0000000000000001e-39  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1583  RNA methyltransferase TrmH, group 3  43.9 
 
 
256 aa  164  1.0000000000000001e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.780301  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0953  RNA methyltransferase  42.59 
 
 
270 aa  164  1.0000000000000001e-39  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4711  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  41.63 
 
 
243 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2230  RNA methyltransferase  44.93 
 
 
245 aa  164  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.329348  normal  0.0204347 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2730  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  41.77 
 
 
255 aa  163  3e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.751116  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3813  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  41.63 
 
 
243 aa  163  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3833  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  41.63 
 
 
243 aa  163  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000869352 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4740  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  41.63 
 
 
243 aa  163  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.504113  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>