More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_28660 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_28660  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  100 
 
 		 303 aa  600  1.0000000000000001e-171  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.727795 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0639  pseudouridine synthase  53.56 
 
 		 362 aa  344  1e-93  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.898355 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0554  pseudouridine synthase  61 
 
 		 299 aa  327  1.0000000000000001e-88  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0672  pseudouridine synthase  56.86 
 
 		 309 aa  306  3e-82  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.526087  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5332  pseudouridine synthase  54.21 
 
 		 302 aa  297  1e-79  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.776192  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0617  pseudouridine synthase  46.43 
 
 		 314 aa  266  2.9999999999999995e-70  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0745  pseudouridine synthase  46.33 
 
 		 326 aa  265  5e-70  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1621  pseudouridine synthase  51.53 
 
 		 285 aa  264  1e-69  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0153149 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13329  hypothetical protein  54.61 
 
 		 305 aa  261  1e-68  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1278  pseudouridine synthase  53.87 
 
 		 287 aa  256  3e-67  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.175088 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4820  pseudouridine synthase  49.15 
 
 		 286 aa  252  7e-66  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0140866 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1251  pseudouridine synthase  53.2 
 
 		 287 aa  250  2e-65  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.375028  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1268  pseudouridine synthase  53.2 
 
 		 287 aa  250  2e-65  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2605  pseudouridine synthase  47.18 
 
 		 314 aa  249  3e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.602447 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1895  pseudouridine synthase  45.45 
 
 		 302 aa  243  3.9999999999999997e-63  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4011  pseudouridine synthase  48.31 
 
 		 305 aa  243  3.9999999999999997e-63  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2937  pseudouridine synthase  46.67 
 
 		 302 aa  241  1e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.519419  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4251  pseudouridine synthase  45.61 
 
 		 305 aa  240  2e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00270285  normal  0.0267319 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1777  pseudouridine synthase  46.28 
 
 		 304 aa  240  2e-62  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2906  pseudouridine synthase  46.1 
 
 		 303 aa  238  1e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.932753  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4309  pseudouridine synthase  46.67 
 
 		 310 aa  233  3e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0431  pseudouridine synthase  46.6 
 
 		 317 aa  229  6e-59  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.344664  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4738  pseudouridine synthase  45.12 
 
 		 303 aa  227  1e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20160  RNA pseudouridine synthase family protein  46.62 
 
 		 301 aa  226  5.0000000000000005e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2674  pseudouridine synthase  44.37 
 
 		 307 aa  225  7e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0930515 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0932  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  49 
 
 		 254 aa  223  3e-57  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3559  pseudouridine synthase  47.65 
 
 		 304 aa  223  4e-57  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1623  pseudouridine synthase  45.17 
 
 		 292 aa  222  8e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.449518  normal  0.260522 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1453  pseudouridine synthase  43.29 
 
 		 293 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38090  putative pseudouridylate synthase  45.96 
 
 		 300 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0112741 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03250  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  43.5 
 
 		 348 aa  216  2.9999999999999998e-55  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.243016  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0572  pseudouridine synthase  44.01 
 
 		 306 aa  215  8e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3244  RNA pseudouridine synthase family protein  44.89 
 
 		 275 aa  211  1e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0418  pseudouridine synthase  42.81 
 
 		 308 aa  211  1e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3712  pseudouridine synthase  43.32 
 
 		 305 aa  210  2e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1531  pseudouridine synthase  39.86 
 
 		 303 aa  207  1e-52  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.585813  normal  0.216028 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2349  RNA pseudouridine synthase family protein  43.11 
 
 		 296 aa  207  2e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.189292  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0257  pseudouridine synthase  39.21 
 
 		 293 aa  206  4e-52  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0319588  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3557  pseudouridine synthase  39.66 
 
 		 326 aa  204  1e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.656396  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2133  pseudouridine synthase  43.11 
 
 		 313 aa  204  2e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.112549  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0519  pseudouridine synthase  41.28 
 
 		 305 aa  203  3e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0506  pseudouridine synthase  39.52 
 
 		 309 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.95991 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3537  pseudouridine synthase  41.37 
 
 		 308 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.966501  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0459  pseudouridine synthase  41.16 
 
 		 305 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1629  pseudouridine synthase  42.38 
 
 		 294 aa  196  6e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.876181  normal  0.456368 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0433  pseudouridine synthase  40.79 
 
 		 305 aa  195  8.000000000000001e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0445  pseudouridine synthase  41.16 
 
 		 303 aa  195  8.000000000000001e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0549  pseudouridine synthase  41.01 
 
 		 312 aa  195  9e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0482  pseudouridine synthase  39.51 
 
 		 312 aa  194  1e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3881  pseudouridine synthase  40.79 
 
 		 305 aa  195  1e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.792189  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3964  pseudouridine synthase  41.46 
 
 		 297 aa  191  9e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2953  pseudouridine synthase  40.14 
 
 		 293 aa  191  9e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1652  pseudouridine synthase  42.19 
 
 		 294 aa  191  2e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.192086  normal  0.562298 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3629  pseudouridine synthase  42.28 
 
 		 301 aa  189  5e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1330  pseudouridine synthase  39.78 
 
 		 293 aa  187  2e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0166738  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3348  pseudouridine synthase  40.29 
 
 		 313 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0242654 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1212  pseudouridine synthase  38.59 
 
 		 299 aa  181  1e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.415796  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08660  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  40.67 
 
 		 305 aa  181  1e-44  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4073  pseudouridine synthase  38.99 
 
 		 312 aa  181  2e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08910  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  38.99 
 
 		 316 aa  172  5.999999999999999e-42  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.267328  normal  0.027473 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02575  pseudouridylate synthase  43.54 
 
 		 206 aa  148  1.0000000000000001e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2488  pseudouridylate synthase  33.33 
 
 		 223 aa  98.2  1e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.177305  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3150  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  35.84 
 
 		 239 aa  98.6  1e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0942685  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2197  pseudouridylate synthase  35.24 
 
 		 224 aa  97.4  3e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.111417 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4321  RluA family pseudouridine synthase  33.03 
 
 		 350 aa  94.7  2e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.412069 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0783  pseudouridylate synthase  32.27 
 
 		 225 aa  94.7  2e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.202814  hitchhiker  0.00996609 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2896  pseudouridine synthase  34.51 
 
 		 218 aa  94  3e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.76004  hitchhiker  0.00773647 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0315  pseudouridine synthase  37.37 
 
 		 264 aa  92  1e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0606  pseudouridylate synthase  34.43 
 
 		 225 aa  92  1e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.134681 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4308  pseudouridine synthase, RluA family  33.18 
 
 		 323 aa  90.9  2e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4177  pseudouridine synthase, RluD  31.28 
 
 		 318 aa  90.1  4e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.463318  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1430  pseudouridine synthase  32.9 
 
 		 223 aa  90.1  4e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0738  pseudouridine synthase  31.42 
 
 		 225 aa  89.7  5e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0390511  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0213  pseudouridine synthase  38.92 
 
 		 240 aa  88.2  1e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0138576 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1377  pseudouridylate synthase  32.9 
 
 		 223 aa  88.6  1e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000802724 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1374  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.79 
 
 		 543 aa  87.8  2e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.302563 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2886  pseudouridine synthase  32.03 
 
 		 223 aa  88.2  2e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.315212  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1566  pseudouridine synthase  32.03 
 
 		 223 aa  87.8  2e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.232461  hitchhiker  0.00000912019 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2811  pseudouridine synthase  31.6 
 
 		 223 aa  87.8  2e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0225697  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1751  pseudouridine synthase  33.48 
 
 		 219 aa  87.4  3e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0485075  normal  0.0112767 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1467  pseudouridine synthase  30.36 
 
 		 217 aa  87  3e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2791  pseudouridine synthase  31.6 
 
 		 223 aa  87  3e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1442  pseudouridylate synthase  32.47 
 
 		 223 aa  87.4  3e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.81175  normal  0.0720615 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1883  pseudouridine synthase  36.6 
 
 		 264 aa  87  3e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.135329  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5191  pseudouridine synthase, RluA family  27.73 
 
 		 308 aa  87.4  3e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000721787 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2882  RluA family pseudouridine synthase  30.11 
 
 		 300 aa  86.3  5e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.51797 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0567  pseudouridine synthase  32.31 
 
 		 222 aa  86.3  6e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4330  pseudouridine synthase, RluA family  31.46 
 
 		 323 aa  85.9  7e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3978  pseudouridine synthase, RluA family  26.3 
 
 		 306 aa  85.9  8e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3242  pseudouridine synthase, RluA family  26.57 
 
 		 303 aa  85.9  8e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.341693  normal  0.607359 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2426  pseudouridine synthase  29.84 
 
 		 315 aa  85.5  9e-16  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.181942  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4020  pseudouridine synthase, RluA family  26.3 
 
 		 306 aa  85.5  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0791  pseudouridine synthase  35.16 
 
 		 204 aa  85.1  0.000000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00896147  normal  0.0723816 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0072  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  36.16 
 
 		 217 aa  85.5  0.000000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1328  pseudouridine synthase RluA-like  30.51 
 
 		 238 aa  84.3  0.000000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.182697  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0105  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  30.13 
 
 		 219 aa  84.7  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000472444  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0107  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  30.13 
 
 		 219 aa  84.7  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000191196  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0102  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  30.13 
 
 		 219 aa  84.7  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.108549  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0100  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  30.13 
 
 		 219 aa  84  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0729931  normal  0.810633 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0604  pseudouridine synthase, RluD  30.09 
 
 		 341 aa  84.3  0.000000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.206987 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>