More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_28480 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_28480  transcriptional regulator  100 
 
 		 326 aa  634    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.552525 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2996  TetR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 237 aa  79  0.0000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1632  transcriptional regulator, TetR family  39.08 
 
 		 239 aa  79  0.0000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2461  TetR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 234 aa  73.2  0.000000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.460998  normal  0.536684 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1969  TetR family transcriptional regulator  58.21 
 
 		 205 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0320964 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2291  transcriptional regulator, TetR family  58.21 
 
 		 205 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.857741  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1751  TetR family transcriptional regulator  58.21 
 
 		 206 aa  69.3  0.00000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6341  TetR family transcriptional regulator  58.21 
 
 		 206 aa  69.3  0.00000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0497044  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1738  TetR family transcriptional regulator  58.21 
 
 		 206 aa  69.3  0.00000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1264  TetR family transcriptional regulator  49.37 
 
 		 206 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.599329  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1225  TetR family transcriptional regulator  48.61 
 
 		 208 aa  67.4  0.0000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.657492  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3354  transcriptional regulator, TetR family  33.58 
 
 		 210 aa  67  0.0000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.216649  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2460  TetR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 201 aa  66.6  0.0000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.315446  normal  0.37249 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2294  TetR family regulatory protein  34.01 
 
 		 206 aa  66.6  0.0000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2102  TetR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 206 aa  66.6  0.0000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.526616  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2161  TetR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 206 aa  66.6  0.0000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.720901  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5987  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 		 204 aa  66.6  0.0000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0955  TetR family transcriptional regulator  53.73 
 
 		 212 aa  66.2  0.0000000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3722  TetR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 202 aa  66.2  0.0000000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.869277  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3795  TetR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 202 aa  66.2  0.0000000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.796114  normal  0.124585 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4193  TetR family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 200 aa  66.2  0.0000000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3734  TetR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 202 aa  66.2  0.0000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0165853  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2373  TetR family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 205 aa  65.5  0.000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3938  transcriptional regulator, TetR family  44.12 
 
 		 231 aa  63.5  0.000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00284915  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3148  transcriptional regulator, TetR family  28.28 
 
 		 310 aa  63.5  0.000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5034  TetR family transcriptional regulator  51.9 
 
 		 206 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.553825 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4194  TetR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 201 aa  63.5  0.000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1659  TetR family transcriptional regulator  61.4 
 
 		 206 aa  63.5  0.000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1098  TetR family transcriptional regulator  45.57 
 
 		 209 aa  63.2  0.000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0976848 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3524  TetR family transcriptional regulator  52.63 
 
 		 187 aa  63.2  0.000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0580  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  37.8 
 
 		 217 aa  62.4  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0809226  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4364  TetR family transcriptional regulator  53.12 
 
 		 206 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0537  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  37.8 
 
 		 217 aa  62.4  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.355505  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0521  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  37.8 
 
 		 217 aa  62  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0327711  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0527  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  37.8 
 
 		 217 aa  62.4  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0518  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  37.8 
 
 		 217 aa  62.4  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.35266  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0698  putative transcription regulator protein  46.97 
 
 		 264 aa  61.6  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00682473  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1659  TetR family transcriptional regulator  60.71 
 
 		 206 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0648  transcriptional regulator, TetR family  44.44 
 
 		 247 aa  61.6  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0672593 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5280  TetR family transcriptional regulator  47.14 
 
 		 175 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2708  TetR family transcriptional regulator  48.48 
 
 		 266 aa  61.2  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0607  transcriptional regulator, TetR family  47.76 
 
 		 255 aa  61.2  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.118397  normal  0.590685 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2815  TetR family transcriptional regulator  46.97 
 
 		 242 aa  61.6  0.00000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.106176  normal  0.623336 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3004  transcriptional regulator, TetR family  44.62 
 
 		 186 aa  60.8  0.00000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.519568  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1521  TetR family transcriptional regulator  60.71 
 
 		 206 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.375612 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5045  TetR family transcriptional regulator  50.85 
 
 		 206 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.906168  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5815  TetR family transcriptional regulator  50.85 
 
 		 206 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2290  TetR family transcriptional regulator  58.93 
 
 		 206 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.721121  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3703  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  49.15 
 
 		 215 aa  60.1  0.00000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.83778 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0737  transcriptional regulator, TetR family  47.69 
 
 		 209 aa  60.1  0.00000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1129  TetR family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 231 aa  60.1  0.00000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3550  putative transcriptional regulator, TetR family  39.73 
 
 		 374 aa  59.7  0.00000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0101342  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0754  TetR family transcriptional regulator  44.93 
 
 		 273 aa  59.7  0.00000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9154  putative transcriptional regulator, TetR family  35.4 
 
 		 226 aa  59.7  0.00000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.231214  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0046  transcriptional regulator, TetR family  43.01 
 
 		 209 aa  59.3  0.00000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2502  transcriptional regulator, TetR family  39.29 
 
 		 291 aa  59.7  0.00000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1778  transcriptional regulator, TetR family  42.19 
 
 		 211 aa  59.3  0.00000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.261512  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3827  transcriptional regulator, TetR family  43.4 
 
 		 190 aa  58.9  0.0000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6828  TetR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 225 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.196798  normal  0.216852 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2441  TetR family transcriptional regulator  53.85 
 
 		 217 aa  58.9  0.0000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.429129  normal  0.59735 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0402  transcriptional regulator, TetR family  49.21 
 
 		 219 aa  58.5  0.0000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.67084  normal  0.0771341 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2327  TetR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 199 aa  59.3  0.0000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.194102 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06720  transcriptional regulator, TetR family  45.31 
 
 		 221 aa  58.2  0.0000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3299  transcriptional regulator, TetR family  45.61 
 
 		 307 aa  58.5  0.0000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4455  transcriptional regulator, TetR family  47.69 
 
 		 215 aa  58.5  0.0000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0390638 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6268  TetR family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 182 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.700387  normal  0.409486 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1218  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 206 aa  58.5  0.0000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03122  DNA-binding transcriptional regulator  29.79 
 
 		 220 aa  57.4  0.0000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.889925  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0442  transcriptional regulator, TetR family  29.79 
 
 		 220 aa  57.4  0.0000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.671353  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03073  hypothetical protein  29.79 
 
 		 220 aa  57.4  0.0000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.807649  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0483  transcriptional regulator, TetR family  34.88 
 
 		 226 aa  57.4  0.0000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4581  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  29.79 
 
 		 220 aa  57.4  0.0000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00305215  normal  0.159786 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3559  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  29.79 
 
 		 220 aa  57.4  0.0000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00735263  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1838  transcriptional regulator, TetR family  43.75 
 
 		 221 aa  57.4  0.0000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.834516  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1116  TetR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 209 aa  57.4  0.0000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.863597  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1128  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  39.02 
 
 		 227 aa  57.8  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000181094 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3749  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  29.79 
 
 		 220 aa  57.4  0.0000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000431628  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2134  transcriptional regulator, TetR family  46.15 
 
 		 219 aa  57.4  0.0000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00399747  normal  0.0273951 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0442  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  29.79 
 
 		 220 aa  57.4  0.0000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.114804  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5693  transcriptional regulator, TetR family  45.45 
 
 		 211 aa  57.4  0.0000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0563608  normal  0.866587 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3457  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  29.79 
 
 		 220 aa  57.4  0.0000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000315342  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3376  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 197 aa  57.8  0.0000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.423093  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2029  TetR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 220 aa  57.4  0.0000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.107784  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3647  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  29.79 
 
 		 220 aa  57.4  0.0000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0126984  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1835  TetR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 206 aa  57.8  0.0000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.214675  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00415  DNA-binding transcriptional repressor  35.11 
 
 		 215 aa  57  0.0000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3146  transcriptional regulator, TetR family  35.11 
 
 		 215 aa  57  0.0000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0376592  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0074  TetR/AcrR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 196 aa  57  0.0000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0554  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  35.11 
 
 		 215 aa  57  0.0000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.627816  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3152  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  35.11 
 
 		 215 aa  57.4  0.0000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0507  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  35.11 
 
 		 215 aa  57  0.0000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.480121  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0540  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  35.11 
 
 		 215 aa  57  0.0000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0396  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  35.11 
 
 		 215 aa  57  0.0000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0498  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  35.11 
 
 		 215 aa  57  0.0000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00420  hypothetical protein  35.11 
 
 		 215 aa  57  0.0000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1560  transcriptional regulator, TetR family  51.06 
 
 		 221 aa  57  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0710  transcriptional regulator, TetR family  46.77 
 
 		 248 aa  56.6  0.0000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3096  TetR family transcriptional regulator  45.1 
 
 		 202 aa  56.6  0.0000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0203472  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3724  TetR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 200 aa  56.6  0.0000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.29601  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3736  TetR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 200 aa  56.6  0.0000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.042499  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>