147 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_24820 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_24820  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.173239 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11730  tRNA-Arg  96 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.827241  normal  0.87857 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0029  tRNA-Arg  94.52 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0033  tRNA-Arg  93.42 
 
 		 77 bp  103  6e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.434346  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0017  tRNA-Arg  93.15 
 
 		 74 bp  97.6  4e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14028  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  4.989e-27  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0022  tRNA-Arg  89.71 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000193997 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0033  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.561657  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19600  tRNA-Arg  88 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0108959  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0029  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.403719 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0052  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0022  tRNA-Arg  90.74 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.00550976  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0012  tRNA-Arg  91.38 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.255284 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0028  tRNA-Arg  89.23 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00106807  normal  0.150294 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0042  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.802869 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0041  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0315154 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0048  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  decreased coverage  0.00910953  normal  0.118857 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0024  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0007  tRNA-Arg  87.88 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.173702  normal  0.696884 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0041  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00651741  normal  0.289964 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0025  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0046  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.837705  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0016  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.228908 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0057  tRNA-Arg  88.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0017  tRNA-Arg  85.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0035  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.262035  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0044  tRNA-Arg  85.29 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.959306  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0015  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000291538  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0032  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.133841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0036  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.398617  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0032  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.51737  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0020  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0817304 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0027  tRNA-Arg  87.3 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000775321  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0049  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t41  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0465377  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0001  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0055  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000183529  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0770  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.595906  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0022  tRNA-Arg  89.13 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.189189 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1960  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.775984  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0008  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.894814  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0015  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00000253898  normal  0.0315467 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0037  tRNA-Arg  84.62 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0045  tRNA-Arg  87.76 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00898673  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0043  tRNA-Lys  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00102089  hitchhiker  0.00032415 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0042  tRNA-Arg  86.79 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.15622 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0033  tRNA-Arg  84.62 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000397698  normal  0.298215 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0043  tRNA-Arg  84.62 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0685094  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0071  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0216295  normal  0.909849 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0010  tRNA-Arg  85.51 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0065  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000631385  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0058  tRNA-Lys  88.64 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0026  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0427282  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0022  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00454117  normal  0.0684867 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0040  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0032  tRNA-Arg  83.33 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.151331  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0052  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.280732  normal  0.142339 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0771  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0044  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23950  tRNA-Arg  93.55 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0625654  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0034  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.193658  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0060  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0000474185  normal  0.472948 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0030  tRNA-Arg  85.45 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.685684 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0034  tRNA-Pro  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.00000000221471  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0015  tRNA-Arg  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4261  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000175716  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06030  tRNA-Arg  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.936172  hitchhiker  0.000000000387483 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0042  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.155325  normal  0.0810865 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0016  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0007  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0009  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0065  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0055  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0040  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1282  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000513688  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0061  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.204064  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0036  tRNA-Arg  87.27 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  1.49468e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0022  tRNA-Arg  87.27 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0055  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0057  tRNA-Arg  85.45 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000324557  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0586  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.177308  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0014  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000764457 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t45  tRNA-Arg  84.85 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0584269  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t39  tRNA-Arg  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000107973  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0026  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0027  tRNA-OTHER  96.15 
 
 		 71 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0003  tRNA-Arg  84.85 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00889349  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0032  tRNA-Arg  100 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41340  tRNA-Arg  84.85 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.383585 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0048  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.223448  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAProVIMSS1309169  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0011  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.721893  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0039  tRNA-Arg  84.85 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.247045  normal  0.262143 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0012  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 72 bp  44.1  0.005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.792463  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0059  tRNA-Arg  84.85 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000413322 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0030  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_R0028  tRNA-Asn  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>