More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_15830 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013521  Sked_15830  soluble lytic murein transglycosylase-like protein  100 
 
 
414 aa  800    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.103964  normal  0.0951382 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2063  Lytic transglycosylase catalytic  59.89 
 
 
445 aa  362  7.0000000000000005e-99  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1555  peptidoglycan-binding LysM  47.86 
 
 
399 aa  277  2e-73  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.212463  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1556  Lytic transglycosylase catalytic  48.92 
 
 
440 aa  272  7e-72  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3231  Peptidoglycan-binding LysM  46.91 
 
 
390 aa  268  2e-70  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0309569 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4066  Peptidoglycan-binding LysM  40.05 
 
 
390 aa  207  2e-52  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13740  soluble lytic murein transglycosylase-like protein  33.25 
 
 
390 aa  175  9.999999999999999e-43  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0087  Lytic transglycosylase catalytic  33.68 
 
 
620 aa  96.3  8e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1885  Slt family transglycosylase  33.14 
 
 
495 aa  87.8  3e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000159239  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2008  Peptidase M23  27.84 
 
 
602 aa  81.3  0.00000000000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0977  putative transglycosylase signal peptide protein  36.91 
 
 
285 aa  80.9  0.00000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121304  normal  0.131274 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0538  muramidase (flagellum-specific)  30.81 
 
 
361 aa  80.9  0.00000000000004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000149562  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002769  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  30.22 
 
 
527 aa  80.1  0.00000000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0709625  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0925  peptidoglycan binding domain-containing protein  33.33 
 
 
327 aa  80.1  0.00000000000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2728  Lytic transglycosylase catalytic  29.94 
 
 
547 aa  80.1  0.00000000000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1583  lytic transglycosylase, catalytic  30.48 
 
 
1079 aa  79.7  0.00000000000009  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000168341  normal  0.0166212 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0100  LysM domain-containing protein  31.66 
 
 
324 aa  79.3  0.0000000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.54299  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3580  peptidoglycan-binding LysM  32.2 
 
 
544 aa  79.3  0.0000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21721  LysM domain-containing protein  36.47 
 
 
499 aa  78.6  0.0000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0486774 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2042  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  26.1 
 
 
617 aa  77.8  0.0000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000130746  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0830  Lytic transglycosylase catalytic  36.24 
 
 
296 aa  77.8  0.0000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0921738  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3241  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  30 
 
 
840 aa  77.8  0.0000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0901  Lytic transglycosylase catalytic  36.24 
 
 
296 aa  77.8  0.0000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.408914  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03214  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  28.57 
 
 
528 aa  76.6  0.0000000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2357  lytic transglycosylase, catalytic  34.62 
 
 
260 aa  76.6  0.0000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.500098  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1829  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  29.67 
 
 
532 aa  76.6  0.0000000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0498  Lytic transglycosylase catalytic  33.91 
 
 
527 aa  75.9  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.112584  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1888  Lytic transglycosylase catalytic  33.56 
 
 
195 aa  75.5  0.000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1112  lytic transglycosylase, catalytic  32.08 
 
 
1021 aa  75.1  0.000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0269179  normal  0.029477 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1273  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  31.96 
 
 
1001 aa  74.3  0.000000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000430428  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1200  lytic transglycosylase, catalytic  32.37 
 
 
279 aa  74.7  0.000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3164  lytic transglycosylase, catalytic  33.33 
 
 
284 aa  74.3  0.000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.611179  normal  0.205276 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3724  cell wall hydrolase/autolysin  41.09 
 
 
557 aa  74.7  0.000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0816524  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2154  lytic transglycosylase, catalytic  36.73 
 
 
201 aa  73.6  0.000000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0579447  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1354  Lytic transglycosylase catalytic  36.26 
 
 
661 aa  73.6  0.000000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.828484  normal  0.0280405 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0215  Lytic transglycosylase catalytic  38.37 
 
 
733 aa  73.6  0.000000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2022  lytic transglycosylase, catalytic  30.05 
 
 
518 aa  73.6  0.000000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000299101  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2611  lytic transglycosylase catalytic  37.12 
 
 
251 aa  73.6  0.000000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.59616 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3922  cell wall hydrolase/autolysin  39.26 
 
 
542 aa  73.6  0.000000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.00766484  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01980  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  30 
 
 
554 aa  72.8  0.00000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.531039  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2520  lytic transglycosylase, catalytic  36.62 
 
 
280 aa  72.8  0.00000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22403  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2402  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  28.57 
 
 
517 aa  72.8  0.00000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06410  cell wall hydrolase SleB  31.03 
 
 
546 aa  72.4  0.00000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2920  lytic transglycosylase, catalytic  28.51 
 
 
587 aa  72  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.654046 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1297  LysM/M23/M37 peptidase  34.55 
 
 
301 aa  71.2  0.00000000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00000265037  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2097  NLP/P60 protein  32.24 
 
 
341 aa  71.2  0.00000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0496  peptidoglycan-binding LysM  29.29 
 
 
337 aa  71.6  0.00000000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.0756826 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1448  Peptidase M23  22.27 
 
 
509 aa  71.2  0.00000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000360423  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2239  MltD domain-containing protein  29.19 
 
 
515 aa  71.2  0.00000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000290674  normal  0.325041 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1995  lytic transglycosylase, catalytic  31.22 
 
 
539 aa  71.2  0.00000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0964783  normal  0.42715 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0953  lytic transglycosylase, catalytic  31.88 
 
 
556 aa  71.2  0.00000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0223  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  30 
 
 
470 aa  71.2  0.00000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1211  NLP/P60 protein  27.08 
 
 
338 aa  70.9  0.00000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000171376  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0532  cell wall hydrolase/autolysin  37.06 
 
 
563 aa  70.9  0.00000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00749255  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2612  lytic transglycosylase catalytic  29.51 
 
 
517 aa  70.9  0.00000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00320162  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2798  cell wall hydrolase, SleB  36.3 
 
 
277 aa  70.5  0.00000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2791  lytic transglycosylase catalytic  38.89 
 
 
197 aa  70.5  0.00000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.504732  normal 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2827  Lytic transglycosylase catalytic  34.38 
 
 
263 aa  70.5  0.00000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2115  lytic transglycosylase, catalytic  28.18 
 
 
511 aa  70.1  0.00000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000101549  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2780  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  30.56 
 
 
579 aa  70.1  0.00000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.395604  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2370  MltD domain-containing protein  28.11 
 
 
515 aa  69.7  0.00000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000191622  normal  0.0274164 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1363  Peptidase M23  30.95 
 
 
402 aa  69.7  0.00000000009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.498283  normal  0.685593 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1853  mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase  30.29 
 
 
568 aa  69.7  0.0000000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.000000000056221  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0583  Lytic transglycosylase catalytic  29.95 
 
 
612 aa  69.3  0.0000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1096  cell wall hydrolase, SleB  32.37 
 
 
304 aa  69.3  0.0000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.345588  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0694  lytic transglycosylase catalytic  32.95 
 
 
595 aa  69.7  0.0000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000324493  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2162  MltD domain-containing protein  28.65 
 
 
515 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000015187  normal  0.0463947 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2337  Lytic transglycosylase catalytic  31.29 
 
 
204 aa  69.7  0.0000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0421  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  29.95 
 
 
612 aa  69.3  0.0000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1873  lytic transglycosylase catalytic protein  31.9 
 
 
204 aa  68.2  0.0000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.249488  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1632  Lytic transglycosylase catalytic  34.59 
 
 
222 aa  68.6  0.0000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0239259  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0096  lytic transglycosylase, catalytic  29.55 
 
 
249 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22030  Peptidoglycan-binding LysM  26.37 
 
 
409 aa  68.6  0.0000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3830  lytic transglycosylase, catalytic  31.58 
 
 
239 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.582426 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1998  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  24.87 
 
 
552 aa  68.2  0.0000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0499  CHAP domain-containing protein  34.86 
 
 
334 aa  67.8  0.0000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000123555  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0486  CHAP domain-containing protein  34.86 
 
 
334 aa  67.8  0.0000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0271604  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3923  lytic transglycosylase, catalytic  31.58 
 
 
239 aa  67.8  0.0000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2379  peptidoglycan-binding LysM  26.12 
 
 
698 aa  67.8  0.0000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.829657  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4039  lytic transglycosylase, catalytic  31.58 
 
 
239 aa  68.2  0.0000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3484  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  30.11 
 
 
515 aa  68.2  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0499239  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3262  lytic transglycosylase, catalytic  35.94 
 
 
198 aa  67.4  0.0000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.205126  hitchhiker  0.000000000286118 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1015  lytic transglycosylase, catalytic  36.36 
 
 
292 aa  67  0.0000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0929  Lytic transglycosylase catalytic  36.36 
 
 
300 aa  67.4  0.0000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.316405  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1605  lytic murein transglycosylase  36.75 
 
 
202 aa  67.4  0.0000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.914455  normal  0.613396 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41090  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  29.79 
 
 
534 aa  67  0.0000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5084  lytic transglycosylase catalytic  35.04 
 
 
290 aa  67  0.0000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0436378  normal  0.0244706 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2755  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  28.25 
 
 
581 aa  66.2  0.0000000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00949544  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4660  transglycosylase SLT domain-containing protein  37.01 
 
 
239 aa  66.2  0.000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0965  Lytic transglycosylase catalytic  30.81 
 
 
570 aa  65.9  0.000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0380  Lytic transglycosylase catalytic  29.96 
 
 
555 aa  65.9  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2988  lytic transglycosylase  32.39 
 
 
503 aa  66.2  0.000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.351153  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0925  lytic transglycosylase, catalytic  24 
 
 
546 aa  66.2  0.000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1271  peptidoglycan-binding LysM  33.87 
 
 
307 aa  66.2  0.000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000333433 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1199  LysM repeat-containing muramidase  35.14 
 
 
390 aa  66.2  0.000000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00727449  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2073  Lytic transglycosylase catalytic  33.58 
 
 
195 aa  66.2  0.000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000112057  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3427  Lytic transglycosylase catalytic  32.84 
 
 
295 aa  65.5  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.381916  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1694  peptidoglycan-binding LysM  36.59 
 
 
444 aa  65.5  0.000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.17683  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0050  lytic transglycosylase, catalytic  33.6 
 
 
211 aa  65.1  0.000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1537  lytic transglycosylase, catalytic  29.79 
 
 
580 aa  65.5  0.000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.324928  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>