More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_12670 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013521  Sked_12670  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  100 
 
 
250 aa  496  1e-139  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0560  AraC family transcriptional regulator  32.53 
 
 
281 aa  116  3e-25  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000376127 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4119  transcriptional regulator, AraC family  34.4 
 
 
262 aa  110  2.0000000000000002e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.840918  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0872  AraC family transcriptional regulator  34.85 
 
 
292 aa  109  4.0000000000000004e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2090  AraC family transcriptional regulator  35.52 
 
 
261 aa  108  7.000000000000001e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00753492 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6995  AraC/XylS family transcriptional regulator  33.03 
 
 
255 aa  108  8.000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00467693 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6385  transcriptional regulator, AraC family  37.57 
 
 
256 aa  105  1e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00774423 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2693  helix-turn-helix domain-containing protein  33.05 
 
 
261 aa  104  1e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.129803  normal  0.168058 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6374  transcriptional regulator, AraC family  34.72 
 
 
255 aa  101  9e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.169212 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0874  AraC family transcriptional regulator  29.95 
 
 
296 aa  95.9  6e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4104  transcriptional regulator, AraC family  35.47 
 
 
250 aa  95.5  8e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2180  helix-turn-helix domain-containing protein  35.33 
 
 
281 aa  90.5  2e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.971115  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6355  transcriptional regulator, AraC family  29.15 
 
 
265 aa  90.1  3e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0247335 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3628  transcriptional regulator, AraC family  45.35 
 
 
156 aa  87.8  1e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0600  helix-turn-helix domain-containing protein  38.38 
 
 
297 aa  82.8  0.000000000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0315  transcriptional regulator, AraC family  38.83 
 
 
168 aa  82  0.000000000000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2463  transcriptional regulator, AraC family  38.71 
 
 
162 aa  81.3  0.00000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.400735  normal  0.926275 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0610  helix-turn-helix domain-containing protein  38.61 
 
 
305 aa  81.6  0.00000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2070  transcriptional regulator, AraC family  37.93 
 
 
151 aa  80.9  0.00000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0359313 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5964  transcriptional regulator, AraC family  38.61 
 
 
134 aa  80.9  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.194078  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1399  transcriptional regulator, AraC family  37.14 
 
 
158 aa  80.1  0.00000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2175  AraC family transcriptional regulator  42.45 
 
 
281 aa  80.5  0.00000000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0644092  normal  0.0265794 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2345  AraC family transcriptional regulator  37.84 
 
 
148 aa  80.5  0.00000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.215475  normal  0.707211 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2057  helix-turn-helix domain-containing protein  38.39 
 
 
291 aa  79.3  0.00000000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0009  transcriptional regulator, AraC family  37.27 
 
 
139 aa  79  0.00000000000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2020  transcriptional regulator, AraC family  36.36 
 
 
143 aa  78.6  0.00000000000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.206011  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3335  AraC family transcriptional regulator  36.29 
 
 
150 aa  78.2  0.0000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.602589  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3397  AraC family transcriptional regulator  36.29 
 
 
150 aa  78.2  0.0000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.287817 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3612  helix-turn-helix domain-containing protein  34.65 
 
 
144 aa  78.6  0.0000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.812981  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3346  AraC family transcriptional regulator  36.29 
 
 
150 aa  78.2  0.0000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.143712  normal  0.196941 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0584  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  41.12 
 
 
164 aa  77.8  0.0000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2986  transcriptional regulator, AraC family  40.86 
 
 
148 aa  77.4  0.0000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2677  AraC family transcriptional regulator  37.27 
 
 
147 aa  76.6  0.0000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.968923  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2645  AraC family transcriptional regulator  38.46 
 
 
156 aa  76.3  0.0000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3008  helix-turn-helix domain-containing protein  34.55 
 
 
149 aa  76.3  0.0000000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.501023  normal  0.487473 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2425  transcriptional regulator, AraC family  37.27 
 
 
147 aa  76.3  0.0000000000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0298532  hitchhiker  0.00178687 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4587  AraC family transcriptional regulator  39.13 
 
 
291 aa  75.9  0.0000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213128  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3172  transcriptional regulator, AraC family  36.36 
 
 
147 aa  75.9  0.0000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000984429 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2899  helix-turn-helix domain-containing protein  36.04 
 
 
140 aa  75.9  0.0000000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.555623  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2902  transcriptional regulator, AraC family  36.7 
 
 
148 aa  75.1  0.000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000233249  hitchhiker  0.0000148724 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1284  transcriptional regulator, AraC family  35.4 
 
 
150 aa  75.1  0.000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00113344 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1692  transcriptional regulator, AraC family  36.36 
 
 
144 aa  74.3  0.000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.623268  normal  0.377935 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1736  AraC family transcriptional regulator  40.7 
 
 
146 aa  74.7  0.000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.228742  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1783  AraC family transcriptional regulator  40.7 
 
 
146 aa  74.7  0.000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.244044  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1715  AraC family transcriptional regulator  40.7 
 
 
146 aa  74.7  0.000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2499  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  36.13 
 
 
156 aa  75.1  0.000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.401459  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4605  AraC family transcriptional regulator  38.71 
 
 
291 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4464  helix-turn-helix domain-containing protein  38.71 
 
 
291 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5842  AraC family transcriptional regulator  37 
 
 
321 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.770334  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6209  AraC family transcriptional regulator  37 
 
 
321 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00677646 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0774  AraC family transcriptional regulator  37.38 
 
 
278 aa  72.8  0.000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000960474 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2221  transcriptional regulator  36 
 
 
330 aa  72.8  0.000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1284  AraC family transcriptional regulator  36.05 
 
 
168 aa  72.8  0.000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2707  transcriptional regulator, AraC family  36.45 
 
 
150 aa  72.4  0.000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.766259  normal  0.0137536 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0859  AraC family transcriptional regulator  38.04 
 
 
291 aa  72.8  0.000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775109  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4744  transcriptional regulator, AraC family  39.33 
 
 
157 aa  72  0.000000000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.235772  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5330  AraC family transcriptional regulator  35.64 
 
 
325 aa  72  0.000000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0697804 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6685  AraC family transcriptional regulator  36 
 
 
321 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.745893  normal  0.261527 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4177  AraC family transcriptional regulator  34.55 
 
 
147 aa  71.6  0.00000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.0005743  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2347  AraC family transcriptional regulator  33.93 
 
 
153 aa  71.6  0.00000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.745211  normal  0.339255 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3042  putative transcriptional regulator, AraC family, isolated domain protein  36.15 
 
 
141 aa  71.6  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.319564  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0110  transcriptional regulator, AraC family  34.55 
 
 
148 aa  70.9  0.00000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0853  transcriptional regulator, AraC family  32.03 
 
 
284 aa  71.2  0.00000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3869  AraC family transcriptional regulator  34.38 
 
 
304 aa  70.5  0.00000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2229  helix-turn-helix domain-containing protein  34.55 
 
 
160 aa  70.1  0.00000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1041  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  36.96 
 
 
291 aa  69.7  0.00000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0693  transposon Tn10 TetD protein  31.37 
 
 
113 aa  69.7  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.808673  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5748  AraC family transcriptional regulator  34.65 
 
 
321 aa  69.7  0.00000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.389978  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0634  transposon Tn10 TetD protein  31.37 
 
 
113 aa  69.7  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5952  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 
142 aa  69.7  0.00000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.149338 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  30.39 
 
 
513 aa  68.9  0.00000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1440  helix-turn-helix, AraC type  27.82 
 
 
209 aa  69.3  0.00000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0971  AraC family transcriptional regulator  27.35 
 
 
136 aa  69.3  0.00000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000205729  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6338  transcriptional regulator, AraC family  35.45 
 
 
145 aa  69.3  0.00000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 
1201 aa  68.9  0.00000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0623  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  35.92 
 
 
150 aa  68.9  0.00000000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.464134  normal  0.0376434 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2765  transcriptional regulator, AraC family  36.73 
 
 
270 aa  68.9  0.00000000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0588178  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1732  transcriptional regulator, AraC family  38.71 
 
 
288 aa  68.9  0.00000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0803469 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1459  Ada regulatory protein/6-O-methylguanine-DNA methyltransferase  34.41 
 
 
198 aa  68.9  0.00000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000164097 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1762  transcriptional regulator, AraC family  38.1 
 
 
155 aa  68.9  0.00000000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  hitchhiker  0.00442451  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  35.42 
 
 
331 aa  68.6  0.00000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0134  AraC family transcriptional regulator  36.56 
 
 
322 aa  68.6  0.00000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3497  AraC family transcriptional regulator  34.34 
 
 
198 aa  68.6  0.0000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.27794  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0489  transcriptional regulator, AraC family  32.73 
 
 
147 aa  68.2  0.0000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.239723 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5992  AraC family transcriptional regulator  33.66 
 
 
348 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728993  normal  0.755382 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2413  transcriptional regulator, AraC family  39.53 
 
 
322 aa  68.2  0.0000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1477  transcriptional regulator, AraC family  34.34 
 
 
278 aa  67.4  0.0000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000537918  unclonable  0.00000296813 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0620  transposon Tn10 TetD protein  30.39 
 
 
113 aa  67.4  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2066  AraC family transcriptional regulator  34.29 
 
 
338 aa  67.8  0.0000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.623235  normal  0.45327 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2369  transcriptional regulator  36.47 
 
 
368 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2914  AraC family transcriptional regulator  32 
 
 
318 aa  67.4  0.0000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1022  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 
145 aa  67.4  0.0000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532062  normal  0.274495 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3799  transcriptional regulator Ada / DNA-O6-methylguanine--protein-cysteine S-methyltransferase  31.48 
 
 
282 aa  67.8  0.0000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.198911 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4893  AraC family transcriptional regulator  32.32 
 
 
340 aa  67.8  0.0000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2326  transcriptional regulator, AraC family  36.17 
 
 
295 aa  67.4  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0937352 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1219  transcriptional regulator, AraC family  28.31 
 
 
492 aa  67.4  0.0000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.627471  normal  0.0317838 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2932  transcriptional regulator, AraC family  40.7 
 
 
293 aa  67.4  0.0000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0677  transposon Tn10 TetD protein  30.39 
 
 
113 aa  67.4  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.198694  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3840  Ada regulatory protein/6-O-methylguanine-DNA methyltransferase  34.41 
 
 
198 aa  67.8  0.0000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2858  transcriptional regulator, AraC family  36.08 
 
 
270 aa  67  0.0000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.141433  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>