More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_12460 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_12460  hypothetical protein  100 
 
 		 211 aa  417  1e-116  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0070  transcriptional regulator, TetR family  39.29 
 
 		 202 aa  125  5e-28  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00707412 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3202  transcriptional regulator, TetR family  36.32 
 
 		 193 aa  103  2e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3213  transcriptional regulator, TetR family  33.85 
 
 		 195 aa  92.4  4e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.000469892  normal  0.140374 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0669  transcriptional regulator, TetR family  34.02 
 
 		 240 aa  89.4  4e-17  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.922821  hitchhiker  0.000725922 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1897  transcriptional regulator, TetR family  34.97 
 
 		 200 aa  85.5  5e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0417503  decreased coverage  0.000000883258 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2098  TetR family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 199 aa  82.8  0.000000000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0785695  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2823  transcriptional regulator, TetR family  33.66 
 
 		 208 aa  74.7  0.0000000000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  hitchhiker  0.00548665  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6786  TetR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 199 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2004  regulatory protein TetR  33.7 
 
 		 216 aa  72  0.000000000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.84069  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2956  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 207 aa  69.7  0.00000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1283  regulatory protein TetR  28.95 
 
 		 205 aa  65.5  0.0000000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31770  hypothetical protein  31.34 
 
 		 198 aa  63.5  0.000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.590627  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6787  TetR family transcriptional regulator  50.79 
 
 		 209 aa  62.4  0.000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0074  TetR/AcrR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 196 aa  62  0.000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4264  transcriptional regulator, TetR family  39.23 
 
 		 189 aa  58.9  0.00000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2894  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 		 218 aa  58.5  0.00000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2710  TetR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 231 aa  57  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.324102  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0483  transcriptional regulator, TetR family  29.07 
 
 		 226 aa  57  0.0000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0410  TetR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 245 aa  56.2  0.0000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.560758  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2260  transcriptional regulator, TetR family  30.46 
 
 		 201 aa  55.8  0.0000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0104994  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1794  transcriptional regulator  36.19 
 
 		 222 aa  55.1  0.0000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1397  TetR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 224 aa  55.1  0.0000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.515474  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1415  TetR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 224 aa  55.1  0.0000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1061  TetR family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 234 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.464557  normal  0.383043 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00759  transcriptional regulator, TetR family protein  27.41 
 
 		 224 aa  54.3  0.000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3929  TetR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 210 aa  53.5  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.459326  normal  0.170288 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47610  putative transcriptional regulator  41.94 
 
 		 186 aa  53.5  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1061  transcriptional regulator, TetR family  32.98 
 
 		 196 aa  53.5  0.000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0250707  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4107  transcriptional regulator  41.94 
 
 		 187 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.198218  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4015  TetR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 239 aa  53.5  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.345828  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0870  transcriptional regulator, TetR family  38.61 
 
 		 186 aa  53.1  0.000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.65823  normal  0.649746 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2034  TetR family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 216 aa  52.8  0.000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.480509  normal  0.0875613 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0351  TetR family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 230 aa  52.8  0.000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39380  TetR family regulatory protein  38.55 
 
 		 237 aa  52.4  0.000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.127312  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3524  TetR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 223 aa  52.4  0.000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0849134 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3212  TetR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 213 aa  52.4  0.000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.402928  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6580  transcriptional regulator, TetR family  26.82 
 
 		 242 aa  52.4  0.000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.603144 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1451  TetR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 224 aa  52.4  0.000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0452  transcriptional regulator, TetR family  30.63 
 
 		 207 aa  52.4  0.000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2779  transcriptional regulator, TetR family  46.67 
 
 		 185 aa  52.4  0.000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.441306  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1935  transcriptional regulator, TetR family  35.88 
 
 		 188 aa  52  0.000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.551285  hitchhiker  0.00334969 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0281  transcriptional regulator, TetR family  42.47 
 
 		 218 aa  52  0.000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.645912  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2257  TetR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 202 aa  51.6  0.000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.92818  normal  0.36633 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1502  transcriptional regulator, TetR family  30.41 
 
 		 241 aa  51.6  0.000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2806  TetR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 193 aa  50.8  0.00001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00749048  normal  1 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0067  TetR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 212 aa  51.2  0.00001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000000826521  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0024  TetR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 212 aa  51.2  0.00001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0724  transcriptional regulator, TetR family  28.49 
 
 		 224 aa  50.8  0.00001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0873  TetR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 178 aa  51.2  0.00001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5991  TetR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 244 aa  51.6  0.00001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0553876 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2499  transcriptional regulator, TetR family  30.71 
 
 		 178 aa  50.4  0.00002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0918  TetR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 178 aa  50.4  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1590  transcriptional regulator, TetR family  36.76 
 
 		 231 aa  50.4  0.00002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.299217  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1312  regulatory protein, TetR  29.66 
 
 		 241 aa  50.1  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00406176 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0999  transcriptional regulator, TetR family  30.71 
 
 		 178 aa  50.4  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.252522 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0908  TetR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 178 aa  50.4  0.00002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0778822  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1824  TetR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 203 aa  50.8  0.00002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0882089  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0196  transcriptional regulator, TetR family  32.81 
 
 		 200 aa  50.1  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1871  TetR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 203 aa  50.8  0.00002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.516108  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2796  TetR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 178 aa  50.4  0.00002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.117516  normal  0.243308 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1805  TetR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 203 aa  50.8  0.00002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.386636  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7862  transcriptional regulator, TetR family  36.36 
 
 		 240 aa  50.4  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0504045  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0042  TetR family transcriptional regulator  44.23 
 
 		 219 aa  50.1  0.00003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.664551  normal  0.814156 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2481  TetR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 231 aa  49.7  0.00003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4672  TetR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 224 aa  49.3  0.00004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.959951  normal  0.170381 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1076  transcriptional regulator, TetR family  37.23 
 
 		 220 aa  49.3  0.00004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.66869  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00813  predicted DNA-binding transcriptional regulator  30.71 
 
 		 178 aa  49.3  0.00005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.270779  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2796  transcriptional regulator, TetR family  30.71 
 
 		 178 aa  49.3  0.00005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.398531  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00830  hypothetical protein  30.71 
 
 		 178 aa  49.3  0.00005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.295036  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1795  TetR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 224 aa  49.3  0.00005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.141886 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3369  TetR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 237 aa  49.3  0.00005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.15346  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1672  transcriptional regulator, TetR family  35.83 
 
 		 184 aa  48.9  0.00006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3888  TetR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 193 aa  48.5  0.00006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0944552  normal  0.0941974 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0051  transcriptional regulator, TetR family  41.27 
 
 		 250 aa  48.5  0.00006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5896  transcriptional regulator  38.24 
 
 		 199 aa  48.9  0.00006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.371414  normal  0.0197091 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1244  TetR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 206 aa  48.9  0.00006  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5734  transcriptional regulator, TetR family  27.69 
 
 		 199 aa  48.9  0.00006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.801726 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0054  transcriptional regulator, TetR family  41.27 
 
 		 250 aa  48.5  0.00007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0052  transcriptional regulator, TetR family  27.83 
 
 		 188 aa  48.5  0.00007  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.612692  normal  0.466149 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5866  TetR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 236 aa  48.5  0.00008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2933  regulatory protein, TetR  29.33 
 
 		 193 aa  48.5  0.00008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.316351  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1087  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 215 aa  48.5  0.00008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.9461  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6105  TetR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 201 aa  48.1  0.00008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.93473  normal  0.666323 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0432  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 237 aa  47.8  0.0001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2461  TetR family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 234 aa  48.1  0.0001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.460998  normal  0.536684 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4225  TetR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 234 aa  47.8  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3546  transcriptional regulator, TetR family  40.3 
 
 		 206 aa  47.8  0.0001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.726096  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2431  TetR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 214 aa  48.1  0.0001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0857946 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3411  transcriptional regulator, TetR family  34.72 
 
 		 206 aa  47.8  0.0001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.945663  normal  0.0722688 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2290  transcriptional regulator, TetR family  45.1 
 
 		 208 aa  48.1  0.0001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0794358  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3021  regulatory protein, TetR  38.46 
 
 		 205 aa  47.8  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.84883  normal  0.636371 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5185  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 212 aa  47.4  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4891  transcriptional regulator, TetR family  38.89 
 
 		 261 aa  47.4  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.164408  normal  0.287477 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0595  TetR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 218 aa  47.8  0.0001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5527  transcriptional regulator, TetR family  36.36 
 
 		 203 aa  47.4  0.0001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5674  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 212 aa  47.4  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.166194  hitchhiker  0.00758562 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3179  TetR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 228 aa  47.8  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.30038  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3457  TetR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 238 aa  47.4  0.0001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4561  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 212 aa  47.4  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.286179  normal  0.0846577 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>