More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_04300 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_04300  transcriptional regulator, LacI family  100 
 
 		 352 aa  694    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0100  transcriptional regulator, LacI family  67.92 
 
 		 348 aa  482  1e-135  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0658146  normal  0.053402 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0916  transcriptional regulator, LacI family  62.5 
 
 		 345 aa  379  1e-104  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.684035  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06590  transcriptional regulator, LacI family  49.72 
 
 		 359 aa  309  5.9999999999999995e-83  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2577  transcriptional regulator, LacI family  52.42 
 
 		 346 aa  298  7e-80  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.215831  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4084  HTH-type transcriptional repressor PurR  49.1 
 
 		 346 aa  273  2.0000000000000002e-72  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.932111  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6224  HTH-type transcriptional repressor PurR  46.41 
 
 		 348 aa  263  4.999999999999999e-69  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.348111 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4680  LacI family transcription regulator  48.36 
 
 		 336 aa  261  1e-68  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0406203  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4716  transcriptional regulator, LacI family  48.33 
 
 		 346 aa  252  6e-66  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0241  transcriptional regulator, LacI family  45.45 
 
 		 348 aa  243  3.9999999999999997e-63  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.268594  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0748  transcriptional regulator, LacI family  46.73 
 
 		 346 aa  243  3.9999999999999997e-63  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0494571  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2892  transcriptional regulator, LacI family  44.22 
 
 		 340 aa  242  6e-63  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.207309  normal  0.956989 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4997  transcriptional regulator, LacI family  44.57 
 
 		 372 aa  240  2e-62  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.385337 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1860  transcriptional regulator, LacI family  46.97 
 
 		 338 aa  239  5.999999999999999e-62  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3275  transcriptional regulator, LacI family  45.7 
 
 		 333 aa  238  1e-61  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.183529  hitchhiker  0.00604574 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11590  transcriptional regulator  43.73 
 
 		 362 aa  234  2.0000000000000002e-60  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.042152 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4705  transcriptional regulator, LacI family  45.07 
 
 		 359 aa  232  9e-60  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.102612  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0870  LacI family transcription regulator  43.69 
 
 		 328 aa  231  2e-59  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0371  transcriptional regulator, LacI family  41.95 
 
 		 339 aa  230  2e-59  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.802173 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0219  LacI family transcription regulator  44.18 
 
 		 351 aa  229  4e-59  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0930  LacI family response repressor  40.74 
 
 		 328 aa  229  7e-59  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.562853  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2947  regulatory protein LacI  45.05 
 
 		 359 aa  226  7e-58  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.407921  normal  0.301474 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06900  transcriptional regulator, LacI family  43.03 
 
 		 339 aa  217  2e-55  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0495  transcriptional regulator, LacI family  42.04 
 
 		 335 aa  217  2.9999999999999998e-55  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.448967  normal  0.778992 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0379  LacI family transcription regulator  43.66 
 
 		 342 aa  216  5.9999999999999996e-55  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.676966  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3042  transcriptional regulator, LacI family  42.39 
 
 		 359 aa  204  2e-51  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1925  LacI family transcription regulator  41.52 
 
 		 358 aa  202  5e-51  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.149363  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0276  transcriptional regulator, LacI family  40.06 
 
 		 342 aa  200  3.9999999999999996e-50  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.32606 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2911  transcriptional regulator, LacI family  41.96 
 
 		 342 aa  197  2.0000000000000003e-49  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29490  transcriptional regulator  41.12 
 
 		 340 aa  192  6e-48  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2732  lac repressor  37.8 
 
 		 357 aa  192  9e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.02392  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1363  lac repressor  37.99 
 
 		 358 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.269161  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0400  transcriptional regulator, LacI family  44.22 
 
 		 346 aa  180  2.9999999999999997e-44  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0768  LacI family transcription regulator  38.25 
 
 		 332 aa  180  2.9999999999999997e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0915061  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0376  lac repressor  38.02 
 
 		 360 aa  179  4.999999999999999e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000396722  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1918  LacI family transcription regulator  35.88 
 
 		 368 aa  177  3e-43  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.04786  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0418  lac repressor  37.43 
 
 		 360 aa  176  4e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000822114  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.84 
 
 		 339 aa  177  4e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01060  transcriptional regulator  37.58 
 
 		 340 aa  175  9.999999999999999e-43  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0887305  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0369  lac repressor  37.13 
 
 		 363 aa  175  9.999999999999999e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000375664  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00299  lac repressor  37.61 
 
 		 360 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000126874  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_10002  Lactose operon repressor  37.61 
 
 		 360 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000792391  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3261  transcriptional regulator, LacI family  37.61 
 
 		 363 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000862656  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3272  LacI family transcription regulator  36.8 
 
 		 352 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3280  lac repressor  37.61 
 
 		 363 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000820962  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00303  hypothetical protein  37.61 
 
 		 360 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000170376  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00703  hypothetical protein  37.61 
 
 		 360 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000122917  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0409  lac repressor  37.31 
 
 		 363 aa  174  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  3.9973e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18230  transcriptional regulator, LacI family  35.35 
 
 		 386 aa  171  1e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1769  lac repressor  35.06 
 
 		 358 aa  171  2e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.044739  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1561  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.61 
 
 		 348 aa  171  2e-41  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.63047 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  39.43 
 
 		 333 aa  170  3e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  35.71 
 
 		 332 aa  170  3e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3623  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.97 
 
 		 335 aa  170  4e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.487296  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2904  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.84 
 
 		 339 aa  169  6e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2680  alanine racemase  37.57 
 
 		 338 aa  168  1e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.769144  normal  0.967228 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0282  LacI family transcriptional regulator  39.16 
 
 		 342 aa  167  2e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.727359 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  34.94 
 
 		 353 aa  167  2e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  31.21 
 
 		 335 aa  168  2e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2691  LacI family transcription regulator  33.23 
 
 		 335 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22540  transcriptional regulator, LacI family  33.12 
 
 		 332 aa  167  2.9999999999999998e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1262  lac repressor  35.98 
 
 		 357 aa  167  4e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000349798  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  37.43 
 
 		 353 aa  166  5e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0927  lac repressor  37.88 
 
 		 355 aa  166  5e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0196781  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00429  transcriptional repressor, LacI family protein  34.53 
 
 		 334 aa  166  6.9999999999999995e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4613  LacI family transcription regulator  38.58 
 
 		 335 aa  166  6.9999999999999995e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.406396 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  33.75 
 
 		 355 aa  166  8e-40  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0415  LacI family transcription regulator  35.24 
 
 		 335 aa  164  1.0000000000000001e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.280412  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.63 
 
 		 336 aa  165  1.0000000000000001e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1243  LacI family transcription regulator  37.54 
 
 		 339 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  34.13 
 
 		 337 aa  163  3e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0817  transcriptional regulator, LacI family  33.13 
 
 		 342 aa  164  3e-39  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.533751  normal  0.134467 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  32.94 
 
 		 342 aa  163  4.0000000000000004e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0512  LacI family transcription regulator  36.94 
 
 		 336 aa  163  4.0000000000000004e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  33.53 
 
 		 347 aa  162  6e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2480  transcriptional regulator, LacI family  40.72 
 
 		 341 aa  162  8.000000000000001e-39  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.725797  normal  0.877473 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  33.03 
 
 		 328 aa  162  1e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  36.7 
 
 		 334 aa  162  1e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  32.93 
 
 		 331 aa  162  1e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0892  LacI family transcription regulator  36.52 
 
 		 391 aa  161  1e-38  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2511  LacI family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 346 aa  161  1e-38  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.743819  normal  0.949472 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2273  LacI family transcription regulator  37.79 
 
 		 333 aa  160  2e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0311079  hitchhiker  0.000018406 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3304  LacI family transcription regulator  37.43 
 
 		 335 aa  161  2e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.547709 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3358  lac repressor  34.43 
 
 		 357 aa  160  3e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0052  LacI family transcription regulator  37.46 
 
 		 364 aa  160  3e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0976  lac repressor  34.43 
 
 		 357 aa  160  3e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1895  LacI family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 339 aa  160  4e-38  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.371942 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3984  LacI family transcription regulator  38.64 
 
 		 339 aa  160  4e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.125023  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2013  lac repressor  34.42 
 
 		 356 aa  159  5e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.735803 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0922  lac repressor  34.43 
 
 		 357 aa  159  5e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0245  LacI family transcription regulator  37.91 
 
 		 339 aa  159  6e-38  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.05929  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2697  LacI family transcription regulator  37.39 
 
 		 339 aa  159  8e-38  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0956022  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1510  LacI family transcription regulator  36.99 
 
 		 348 aa  157  2e-37  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00014462 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0777  transcriptional regulator, LacI family  37.24 
 
 		 339 aa  157  2e-37  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000623929 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4415  transcriptional regulator, LacI family  37.2 
 
 		 342 aa  157  2e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.8 
 
 		 335 aa  157  2e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.73 
 
 		 342 aa  157  3e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3333  transcriptional regulator, LacI family  32.21 
 
 		 329 aa  156  4e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2751  transcriptional regulator, LacI family  39.16 
 
 		 335 aa  156  5.0000000000000005e-37  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.360192  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0262  LacI family transcription regulator  35.82 
 
 		 344 aa  156  6e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>