More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_01120 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_01120  Rhs family protein  100 
 
 		 1053 aa  2127    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4142  YD repeat protein  29.28 
 
 		 1046 aa  293  1e-77  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0468  YD repeat-containing protein  30.47 
 
 		 1090 aa  265  4e-69  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0467  YD repeat-containing protein  29.72 
 
 		 1081 aa  257  7e-67  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0084  YD repeat-containing protein  27.37 
 
 		 1352 aa  193  1e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1472  YD repeat-containing protein  26.82 
 
 		 1600 aa  192  4e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.059879  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3399  hypothetical protein  27.13 
 
 		 2096 aa  171  9e-41  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.664853  normal  0.744074 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3488  YD repeat-containing protein  26.7 
 
 		 1023 aa  160  9e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0275829 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0346  YD repeat-containing protein  24.53 
 
 		 2035 aa  148  4.0000000000000006e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2902  YD repeat protein  26.62 
 
 		 1271 aa  146  2e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.729617  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3576  YD repeat protein  28.52 
 
 		 2149 aa  144  7e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.971607  hitchhiker  0.00854554 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1373  YD repeat-containing protein  24.27 
 
 		 1917 aa  134  1.0000000000000001e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1475  YD repeat-containing protein  25.63 
 
 		 2294 aa  131  8.000000000000001e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.705972 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0009  YD repeat-containing protein  24.09 
 
 		 1840 aa  127  2e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.886586  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0004  YD repeat-containing protein  24.12 
 
 		 1942 aa  125  3e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3550  Rhs family protein  24.42 
 
 		 1560 aa  124  9.999999999999999e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.955949 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18610  YD repeat protein  24.19 
 
 		 2277 aa  124  9.999999999999999e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0460  YD repeat-containing protein  24.03 
 
 		 1551 aa  123  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.61036  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0012  YD repeat protein  23.83 
 
 		 3027 aa  121  7.999999999999999e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0435  YD repeat-containing protein  24.03 
 
 		 1527 aa  120  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00763231 
 
 
-
 
NC_011727  PCC8801_4560  YD repeat protein  25.85 
 
 		 1485 aa  120  9.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0941  YD repeat protein  25.22 
 
 		 1467 aa  117  1.0000000000000001e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.125138  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0384  YD repeat-containing protein  22.69 
 
 		 1550 aa  116  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.223676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3459  YD repeat-containing protein  22.94 
 
 		 3193 aa  115  3e-24  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7071  YD repeat protein  26.96 
 
 		 1160 aa  115  4.0000000000000004e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0368  YD repeat-containing protein  22.7 
 
 		 1520 aa  115  4.0000000000000004e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268176  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2934  YD repeat protein  26.26 
 
 		 1953 aa  114  7.000000000000001e-24  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.601825 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1371  YD repeat-containing protein  22.21 
 
 		 1959 aa  114  1.0000000000000001e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0353  YD repeat-containing protein  22.67 
 
 		 1547 aa  114  1.0000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1283  YD repeat-containing protein  23.96 
 
 		 1531 aa  114  1.0000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.950777 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3232  YD repeat-containing protein  22.82 
 
 		 1669 aa  112  3e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7436  Rhs family protein-like protein  26.79 
 
 		 2076 aa  109  2e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0874  YD repeat protein  26.54 
 
 		 1732 aa  109  3e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.409966  normal  0.012689 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1676  Rhs family protein  23.62 
 
 		 1586 aa  107  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.143254 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2042  Rhs family protein  24.79 
 
 		 1576 aa  105  3e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.901099  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1751  Rhs family protein  25.07 
 
 		 1595 aa  105  4e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1899  YD repeat-containing protein  29.95 
 
 		 423 aa  104  1e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.126482  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2167  YD repeat-containing protein  24.58 
 
 		 2003 aa  103  1e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.154621 
 
 
-
 
NC_007615  Nmul_B2808  peptidase C39, bacteriocin processing  25.33 
 
 		 1599 aa  103  2e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08820  Rhs family protein  24.03 
 
 		 1485 aa  103  2e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0271193  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2563  YD repeat-containing protein  24.93 
 
 		 1611 aa  102  4e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32860  Rhs family protein  24.88 
 
 		 1259 aa  101  7e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.390343  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4514  YD repeat-containing protein  26.59 
 
 		 3689 aa  100  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.40016 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5681  RHS protein  23.48 
 
 		 1609 aa  99.8  2e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5438  Rhs family protein  24.61 
 
 		 1572 aa  99.4  3e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.196818  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1938  YD repeat protein  26.82 
 
 		 678 aa  99.4  3e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1472  NHL/RHS/YD repeat-containing protein  27.08 
 
 		 1834 aa  99  5e-19  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1452  YD repeat protein  25.53 
 
 		 1464 aa  98.6  5e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20520  hypothetical protein  25.43 
 
 		 903 aa  98.2  7e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000061545  normal  0.488224 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5510  YD repeat-containing protein  24.77 
 
 		 1390 aa  97.8  1e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.162905  normal  0.931179 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2434  RHS protein  23.57 
 
 		 1348 aa  94.4  9e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2081  YD repeat protein  24.83 
 
 		 1528 aa  94.7  9e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.359432  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1050  YD repeat protein  27.49 
 
 		 2731 aa  94.4  1e-17  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43100  putative Rhs family protein  23.6 
 
 		 1614 aa  94.4  1e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0535223  normal  0.616257 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0173  Rhs family protein  24.39 
 
 		 1381 aa  93.2  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0572  YD repeat protein  26.55 
 
 		 1509 aa  93.2  2e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.442069  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0129  Rhs family protein  25.77 
 
 		 1427 aa  93.6  2e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4544  YD repeat protein  27.16 
 
 		 1488 aa  93.2  2e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0377133  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0188  YD repeat-containing protein  23.15 
 
 		 1147 aa  93.6  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.336651  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1422  YD repeat-containing protein  25.45 
 
 		 1197 aa  91.3  9e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.645858  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8640  YD repeat protein  25.33 
 
 		 1518 aa  90.9  1e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.357358  normal  0.924086 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2437  YD repeat-containing protein  24.79 
 
 		 690 aa  90.9  1e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8635  YD repeat protein  25.25 
 
 		 1489 aa  90.9  1e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.128218  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS04760  putative RHS-related protein  27.36 
 
 		 788 aa  90.1  2e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05695  putative RHS-related protein  27.36 
 
 		 788 aa  90.1  2e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1130  wall-associated protein  25.21 
 
 		 2225 aa  90.1  2e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.490053  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4986  YD repeat-containing protein  23.28 
 
 		 1409 aa  89.7  2e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2251  YD repeat protein  25.34 
 
 		 1577 aa  90.5  2e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.37026  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0303  YD repeat-containing protein  24.97 
 
 		 3273 aa  89  4e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4797  rhs-related transmembrane protein, YD repeat protein  25 
 
 		 1626 aa  89  4e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3788  YD repeat-containing protein  26.09 
 
 		 1554 aa  88.2  7e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0253716  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0317  Rhs family protein  25.23 
 
 		 924 aa  88.2  8e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.325486  normal  0.374096 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1201  wall associated protein, putative  23.1 
 
 		 2246 aa  86.7  0.000000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.491377  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1253  wall-associated protein  24.61 
 
 		 765 aa  87  0.000000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2443  YD repeat-containing protein  23.56 
 
 		 927 aa  87  0.000000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0017  YD repeat protein  26.42 
 
 		 738 aa  85.9  0.000000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.215545  hitchhiker  0.000002636 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0160  YD repeat protein  26.08 
 
 		 2658 aa  86.3  0.000000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1046  YD repeat protein  27.87 
 
 		 902 aa  85.1  0.000000000000007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.101993  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3480  YD repeat-containing protein  25.1 
 
 		 1620 aa  84.7  0.000000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.219558 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1022  wall-associated protein  23.12 
 
 		 2224 aa  84.7  0.000000000000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33070  Rhs family protein  26.17 
 
 		 1140 aa  84.7  0.000000000000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1094  wall-associated protein  23.12 
 
 		 2224 aa  84.7  0.000000000000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2036  YD repeat-containing protein  27.01 
 
 		 3073 aa  84.3  0.00000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1275  wall-associated protein, putative  24.21 
 
 		 2221 aa  84.3  0.00000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3052  YD repeat-containing protein  23.87 
 
 		 2942 aa  84.3  0.00000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8624  YD repeat protein  22.93 
 
 		 1528 aa  84  0.00000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.165231  normal  0.776649 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5261  YD repeat-containing protein  25.57 
 
 		 1487 aa  84.3  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.792751 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06218  Rhs family protein  24.6 
 
 		 1008 aa  83.6  0.00000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.374255  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1178  putative wall-associated protein  22.95 
 
 		 2224 aa  83.2  0.00000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.811104 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00948  Rhs family protein  24.6 
 
 		 1008 aa  83.6  0.00000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00234387  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3481  YD repeat-containing protein  25.45 
 
 		 1586 aa  84  0.00000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.130925  normal  0.269624 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0148  YD repeat protein  25.76 
 
 		 765 aa  83.6  0.00000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0648  Rhs family protein  24.57 
 
 		 1446 aa  82.8  0.00000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000723582  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0331  Rhs family protein  24.16 
 
 		 1568 aa  82.4  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1946  YD repeat-containing protein  25.25 
 
 		 1433 aa  82  0.00000000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.465933  normal  0.94223 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06221  RHS Repeat family  24.8 
 
 		 1345 aa  81.6  0.00000000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0388129  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6210  RHS protein  24.37 
 
 		 1421 aa  81.6  0.00000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0158165  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05631  RHS Repeat family  24.8 
 
 		 1345 aa  81.6  0.00000000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.000440631  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3898  YD repeat-containing protein  25.55 
 
 		 2283 aa  81.3  0.00000000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1124  YD repeat-containing protein  24.65 
 
 		 2401 aa  81.3  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>