73 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_00570 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_00570  sugar phosphate isomerase/epimerase  100 
 
 		 294 aa  601  1.0000000000000001e-171  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.170304 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3200  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  61.35 
 
 		 287 aa  347  2e-94  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.278083  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0185  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  55.2 
 
 		 284 aa  315  5e-85  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0473  xylose isomerase-like  56.47 
 
 		 308 aa  299  3e-80  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.715311 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0476  xylose isomerase domain-containing protein  54.55 
 
 		 262 aa  287  1e-76  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6143  xylose isomerase domain-containing protein  53.82 
 
 		 288 aa  287  2e-76  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.536999  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4464  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  53.73 
 
 		 294 aa  285  7e-76  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0340  xylose isomerase domain-containing protein  53.12 
 
 		 302 aa  284  1.0000000000000001e-75  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3410  xylose isomerase domain-containing protein  55.08 
 
 		 272 aa  282  5.000000000000001e-75  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.498178  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0407  xylose isomerase domain-containing protein  52.34 
 
 		 295 aa  277  1e-73  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00296839 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9139  Sugar phosphate isomerase/epimerase-like protein  53.12 
 
 		 270 aa  275  7e-73  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8356  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  49.13 
 
 		 305 aa  275  8e-73  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2709  hypothetical protein  51.16 
 
 		 305 aa  273  3e-72  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.320407  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4928  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  51.54 
 
 		 268 aa  269  4e-71  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3351  xylose isomerase domain-containing protein  52.53 
 
 		 278 aa  268  5.9999999999999995e-71  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0853412  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18060  sugar phosphate isomerase/epimerase  52.34 
 
 		 295 aa  266  2e-70  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5758  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  52.36 
 
 		 263 aa  266  4e-70  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.625631  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10507  hypothetical protein  51.46 
 
 		 280 aa  265  7e-70  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0480257  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0077  xylose isomerase domain-containing protein  49.45 
 
 		 281 aa  265  8e-70  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0666  xylose isomerase-like TIM barrel  49.82 
 
 		 281 aa  264  1e-69  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0679  xylose isomerase domain-containing protein  49.82 
 
 		 281 aa  264  1e-69  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.419765 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0659  xylose isomerase domain-containing protein  49.82 
 
 		 281 aa  264  1e-69  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.748247 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5002  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  49.22 
 
 		 312 aa  264  2e-69  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0821356  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0835  xylose isomerase domain-containing protein  48.73 
 
 		 281 aa  259  3e-68  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.279878  normal  0.572466 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0658  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  48.18 
 
 		 280 aa  257  2e-67  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02720  sugar phosphate isomerase/epimerase  49.43 
 
 		 266 aa  256  3e-67  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6746  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  50.57 
 
 		 272 aa  254  1.0000000000000001e-66  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.249045  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17470  sugar phosphate isomerase/epimerase  49.64 
 
 		 325 aa  254  2.0000000000000002e-66  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.105049  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0249  xylose isomerase domain-containing protein  51.75 
 
 		 265 aa  253  2.0000000000000002e-66  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.273491  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24530  sugar phosphate isomerase/epimerase  50.78 
 
 		 261 aa  253  3e-66  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.482145  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1001  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  47.02 
 
 		 295 aa  248  8e-65  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2906  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.28 
 
 		 291 aa  89.7  5e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2704  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.92 
 
 		 263 aa  83.2  0.000000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000134824 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1512  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.92 
 
 		 263 aa  83.2  0.000000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0975  xylose isomerase domain-containing protein  26.56 
 
 		 269 aa  78.2  0.0000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000320481  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3029  xylose isomerase-like TIM barrel  23.77 
 
 		 265 aa  74.7  0.000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.599496  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0516  hypothetical protein  25 
 
 		 263 aa  74.7  0.000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0218037  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3750  fructoselysine 3-epimerase  25.87 
 
 		 276 aa  67.4  0.0000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.238004  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03175  hypothetical protein  25.87 
 
 		 276 aa  67.4  0.0000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0340  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.87 
 
 		 276 aa  67.4  0.0000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03223  predicted isomerase  25.87 
 
 		 276 aa  67.4  0.0000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3568  fructoselysine 3-epimerase  25.87 
 
 		 276 aa  67.4  0.0000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4684  fructoselysine 3-epimerase  25.87 
 
 		 275 aa  66.6  0.0000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3842  fructoselysine 3-epimerase  25.87 
 
 		 276 aa  66.6  0.0000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0340  fructoselysine 3-epimerase  25.87 
 
 		 276 aa  66.2  0.0000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.452792 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1640  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.18 
 
 		 270 aa  55.1  0.000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.264646  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1978  xylose isomerase domain-containing protein  24.1 
 
 		 274 aa  54.3  0.000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3944  AP endonuclease  26.81 
 
 		 285 aa  55.1  0.000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0718494  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0740  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.32 
 
 		 243 aa  53.1  0.000006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.103383  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0530  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.61 
 
 		 273 aa  52  0.00001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.297775  normal  0.967129 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0361  xylose isomerase domain-containing protein  26.32 
 
 		 253 aa  51.2  0.00002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.934654  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0511  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.04 
 
 		 258 aa  51.6  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.717082  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0531  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.09 
 
 		 258 aa  50.4  0.00003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2522  xylose isomerase domain-containing protein  25.88 
 
 		 281 aa  50.1  0.00004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4163  xylose isomerase domain-containing protein  27.27 
 
 		 257 aa  49.7  0.00006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2151  xylose isomerase-like TIM barrel  25.1 
 
 		 257 aa  49.3  0.00008  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00601378  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0973  hypothetical protein  27.88 
 
 		 257 aa  48.5  0.0001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0391  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.75 
 
 		 338 aa  47.8  0.0002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.639101  normal  0.0346444 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3648  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.18 
 
 		 286 aa  48.1  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0394614 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2461  xylose isomerase-like TIM barrel  31.46 
 
 		 305 aa  46.6  0.0005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2157  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.69 
 
 		 280 aa  46.6  0.0005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1649  AP endonuclease  20.38 
 
 		 262 aa  46.2  0.0007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00681404  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0122  xylose isomerase domain-containing protein  20.44 
 
 		 254 aa  45.4  0.001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.668761  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3876  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.81 
 
 		 256 aa  45.4  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.883338 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3793  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.28 
 
 		 256 aa  45.1  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0582  xylose isomerase domain-containing protein  25.43 
 
 		 305 aa  44.3  0.002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0101642  normal  0.477879 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1458  xylose isomerase domain-containing protein  29.31 
 
 		 255 aa  45.1  0.002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.931629 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1980  xylose isomerase domain-containing protein  23.4 
 
 		 274 aa  43.9  0.003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1807  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.65 
 
 		 277 aa  43.9  0.003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4027  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.33 
 
 		 275 aa  43.9  0.003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.383869  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0323  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.68 
 
 		 536 aa  43.9  0.004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5319  AP endonuclease, family 2  25.33 
 
 		 326 aa  43.5  0.005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.44383 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4979  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.47 
 
 		 283 aa  42.7  0.008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.426661  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>