215 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_00550 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_00550  predicted transcriptional regulator  100 
 
 		 271 aa  524  1e-148  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.100515 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4102  transcriptional regulator, PadR-like family  62.24 
 
 		 277 aa  166  5e-40  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.615501 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4033  transcriptional regulator, PadR-like family  50.34 
 
 		 255 aa  141  9e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.878781  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1748  transcriptional regulator, PadR-like family  48.32 
 
 		 217 aa  130  3e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00000246986  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6747  transcriptional regulator protein-like protein  44.83 
 
 		 250 aa  126  4.0000000000000003e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.222506 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2053  transcriptional regulator, PadR-like family  47.62 
 
 		 180 aa  125  5e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000846941 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2278  PadR-like family transcriptional regulator  44.9 
 
 		 203 aa  125  6e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0846058  normal  0.116293 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6014  PadR-like family transcriptional regulator  45.93 
 
 		 325 aa  122  9e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0871441  normal  0.166118 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5903  transcriptional regulator, PadR-like family  43.33 
 
 		 316 aa  117  1.9999999999999998e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.33122  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5885  transcriptional regulator, PadR-like family  42.38 
 
 		 334 aa  117  3e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0619  PadR family transcriptional regulator  45.7 
 
 		 305 aa  117  3e-25  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.224139  normal  0.712803 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1330  PadR-like family transcriptional regulator  47.86 
 
 		 240 aa  117  3e-25  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.855689  normal  0.544163 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1309  PadR-like family transcriptional regulator  46.1 
 
 		 189 aa  114  1.0000000000000001e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.123604 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2108  transcriptional regulator, PadR-like family  40.25 
 
 		 251 aa  113  4.0000000000000004e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.48804 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3199  transcriptional regulator, PadR-like family  42.58 
 
 		 277 aa  112  7.000000000000001e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.637642  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4871  PadR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 220 aa  112  8.000000000000001e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4960  PadR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 220 aa  112  8.000000000000001e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5239  PadR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 213 aa  112  9e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3476  transcriptional regulator, PadR-like family  43.8 
 
 		 205 aa  111  1.0000000000000001e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.133107  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2305  transcriptional regulator, PadR-like family  41.82 
 
 		 250 aa  108  9.000000000000001e-23  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5462  PadR-like family transcriptional regulator  43.36 
 
 		 249 aa  106  5e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.802601 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4612  PadR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 234 aa  105  7e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.415527  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0796  transcriptional regulator, PadR-like family  41.38 
 
 		 195 aa  105  8e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1462  transcriptional regulator, PadR-like family  39.47 
 
 		 238 aa  102  6e-21  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3835  transcriptional regulator, PadR-like family  40.29 
 
 		 263 aa  102  1e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0380451  normal  0.116098 
 
 
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NC_014151  Cfla_3465  transcriptional regulator, PadR-like family  43.57 
 
 		 230 aa  101  1e-20  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.236404 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3245  transcriptional regulator, PadR-like family  40.82 
 
 		 206 aa  97.1  3e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1033  transcriptional regulator, PadR-like family  43.75 
 
 		 219 aa  97.1  3e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.333889 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1237  transcriptional regulator, PadR-like family  33.97 
 
 		 226 aa  92.4  7e-18  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0180596 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1147  PadR family transcriptional regulator  37.57 
 
 		 240 aa  91.7  1e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3441  PadR family transcriptional regulator  43.18 
 
 		 204 aa  85.9  6e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.690369  n/a   
 
 
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NC_011369  Rleg2_2852  transcriptional regulator, PadR-like family  40.74 
 
 		 191 aa  85.5  7e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.118488  normal  1 
 
 
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NC_012850  Rleg_3121  transcriptional regulator, PadR-like family  39.81 
 
 		 191 aa  85.5  8e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1695  transcriptional regulator, PadR-like family  33.76 
 
 		 195 aa  84.7  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000619842 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1365  transcriptional regulator, PadR-like family  40 
 
 		 183 aa  84  0.000000000000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1577  PadR-like family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 210 aa  81.3  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.63756 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0525  PadR family transcriptional regulator  40.52 
 
 		 176 aa  81.3  0.00000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00520723  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3031  transcriptional regulator, PadR-like family  38.46 
 
 		 150 aa  80.9  0.00000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4874  PadR-like family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 189 aa  78.6  0.00000000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2503  PadR-like family transcriptional regulator  40.29 
 
 		 152 aa  78.6  0.0000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1415  PadR-like family transcriptional regulator  51.47 
 
 		 209 aa  74.7  0.000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3162  PadR family transcriptional regulator  36.29 
 
 		 236 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0529  PadR-like family transcriptional regulator  36.94 
 
 		 215 aa  73.9  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.85519  normal  0.0848378 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5141  PadR-like family transcriptional regulator  36.29 
 
 		 237 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.244499  n/a   
 
 
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NC_008543  Bcen2424_5718  PadR-like family transcriptional regulator  36.29 
 
 		 237 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.86173  normal  0.252047 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4521  PadR-like family transcriptional regulator  36.29 
 
 		 237 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.424973  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3227  PadR-like family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 195 aa  73.6  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.381918  normal  1 
 
 
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NC_008391  Bamb_4987  PadR-like family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 237 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0164  PadR-like family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 200 aa  73.6  0.000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.924623  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1207  transcriptional regulator, PadR-like family  38.2 
 
 		 196 aa  73.2  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010552  BamMC406_3130  PadR-like family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 237 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2218  PadR-like family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 201 aa  71.6  0.00000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0332855  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3507  transcriptional regulator, PadR family  35.42 
 
 		 207 aa  70.5  0.00000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3486  PadR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 155 aa  69.7  0.00000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.179924 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4205  transcriptional regulator PadR-like  43.04 
 
 		 197 aa  70.1  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1127  transcriptional regulator, PadR-like family  46.27 
 
 		 209 aa  69.7  0.00000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.378753  normal  0.272807 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0311  PadR-like family transcriptional regulator  39.77 
 
 		 159 aa  69.3  0.00000000006  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1033  transcriptional regulator, PadR-like family  40.19 
 
 		 131 aa  68.9  0.00000000008  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.735179  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0022  PadR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 235 aa  68.9  0.00000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1530  PadR-like family regulatory protein  35.71 
 
 		 234 aa  68.9  0.00000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0030  PadR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 234 aa  68.9  0.00000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000428656  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0028  PadR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 234 aa  68.9  0.00000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1409  transcriptional regulator protein  37.93 
 
 		 204 aa  68.9  0.00000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02940  predicted transcriptional regulator  35.11 
 
 		 207 aa  68.6  0.0000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0630  transcriptional regulator, PadR-like family  35.11 
 
 		 207 aa  68.6  0.0000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.870897  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4384  transcriptional regulator, PadR family  35.11 
 
 		 207 aa  68.6  0.0000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.19199  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3585  transcriptional regulator, PadR-like family  40 
 
 		 203 aa  68.2  0.0000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.785047  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3365  PadR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 207 aa  68.6  0.0000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.230818  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4307  PadR-like family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 194 aa  68.6  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.362143 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4198  PadR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 247 aa  68.2  0.0000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0629  PadR-like family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 207 aa  68.6  0.0000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1174  PadR family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 207 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1454  PadR family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 207 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0027  PadR family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 207 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3525  PadR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 181 aa  68.6  0.0000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.328828  normal  0.432086 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02890  hypothetical protein  35.11 
 
 		 207 aa  68.6  0.0000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3252  PadR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 207 aa  68.6  0.0000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3537  PadR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 207 aa  68.6  0.0000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.113716  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0024  PadR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 235 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.589564  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1092  PadR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 281 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0148193 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2736  PadR family transcriptional regulator  47.14 
 
 		 236 aa  67.8  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.504798 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3684  transcriptional regulator, PadR-like family  39.56 
 
 		 371 aa  67.8  0.0000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5629  transcriptional regulator, PadR-like family  33.86 
 
 		 287 aa  67  0.0000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.710483  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0961  PadR-like family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 226 aa  67  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3876  PadR family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 226 aa  67  0.0000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.483976  normal  0.0238497 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0905  PadR family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 226 aa  67  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.760063  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0792  PadR family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 157 aa  66.6  0.0000000004  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5137  PadR-like family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 254 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.389503  normal  0.327359 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4067  transcriptional regulator, PadR-like family  39.56 
 
 		 219 aa  66.2  0.0000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.690798 
 
 
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NC_010678  Rpic_3954  transcriptional regulator, PadR-like family  39.56 
 
 		 219 aa  66.2  0.0000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.564811  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03708  hypothetical protein  39.53 
 
 		 218 aa  66.2  0.0000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.473027  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0982  PadR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 182 aa  66.2  0.0000000006  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3401  transcriptional regulator, PadR family  37.8 
 
 		 214 aa  64.7  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.827661  n/a   
 
 
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NC_007406  Nwi_3009  transcriptional regulator, PadR-like  37.78 
 
 		 141 aa  64.7  0.000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011094  SeSA_A3405  transcriptional regulator, PadR family  37.8 
 
 		 214 aa  64.7  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009511  Swit_0881  PadR family transcriptional regulator  40.23 
 
 		 208 aa  65.1  0.000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.656788  normal  0.721066 
 
 
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NC_011080  SNSL254_A3475  PadR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 214 aa  64.7  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.108637  normal  1 
 
 
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NC_011083  SeHA_C3509  PadR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 214 aa  64.7  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000686547 
 
 
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NC_011205  SeD_A3571  PadR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 214 aa  64.7  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.333448 
 
 
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NC_008541  Arth_2649  PadR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 207 aa  63.5  0.000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00573866  n/a   
 
 
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