More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_00140 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_00140  uncharacterized membrane protein  100 
 
 		 286 aa  570  1e-161  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.322641  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0165  Rhomboid family protein  54.04 
 
 		 292 aa  316  3e-85  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.335904 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0012  Rhomboid family protein  59.7 
 
 		 282 aa  302  4.0000000000000003e-81  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0020  Rhomboid family protein  57.2 
 
 		 315 aa  282  3.0000000000000004e-75  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0014  Rhomboid family protein  51.87 
 
 		 292 aa  258  1e-67  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000779401 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0013  rhomboid family protein  51.72 
 
 		 293 aa  252  5.000000000000001e-66  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.000112499  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0019  Rhomboid family protein  64.19 
 
 		 238 aa  245  6.999999999999999e-64  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0058  rhomboid family protein  49.8 
 
 		 286 aa  236  5.0000000000000005e-61  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5148  rhomboid-like protein  48.4 
 
 		 289 aa  231  1e-59  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5529  rhomboid family protein  48.4 
 
 		 289 aa  231  1e-59  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.360648 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5237  rhomboid family protein  48.4 
 
 		 289 aa  231  1e-59  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  hitchhiker  0.00959103  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_02120  uncharacterized membrane protein  50.19 
 
 		 305 aa  231  1e-59  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.457704  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00150  uncharacterized membrane protein  47.65 
 
 		 306 aa  228  6e-59  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.143019  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10111  integral membrane protein  47.58 
 
 		 284 aa  225  8e-58  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000358908  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5753  rhomboid family protein  48.78 
 
 		 290 aa  221  9.999999999999999e-57  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0172846 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1071  rhomboid family protein  45.7 
 
 		 279 aa  213  2.9999999999999995e-54  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.254711 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0106  rhomboid-like protein  43.64 
 
 		 291 aa  209  4e-53  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.314738  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0058  Rhomboid family protein  47.31 
 
 		 302 aa  209  6e-53  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0013  rhomboid family protein  43.7 
 
 		 287 aa  197  1.0000000000000001e-49  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4443  rhomboid-like protein  41.7 
 
 		 275 aa  196  3e-49  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.6785  normal  0.502259 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4995  rhomboid family protein  41.43 
 
 		 303 aa  193  3e-48  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.295556  decreased coverage  0.00000450745 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0023  Rhomboid family protein  46.03 
 
 		 278 aa  191  2e-47  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.816086  normal  0.0542249 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4481  rhomboid family protein  41.22 
 
 		 303 aa  188  7e-47  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.46562  normal  0.0126709 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00720  uncharacterized membrane protein  41.82 
 
 		 313 aa  176  3e-43  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0018  rhomboid family protein  41.07 
 
 		 306 aa  175  6e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.417524  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0621  Rhomboid family protein  40.65 
 
 		 359 aa  175  9e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.273052 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0069  Rhomboid family protein  38.81 
 
 		 292 aa  173  2.9999999999999996e-42  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5244  Rhomboid family protein  44.4 
 
 		 306 aa  172  5e-42  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.159225  hitchhiker  0.00568338 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3068  rhomboid family protein  40.6 
 
 		 298 aa  165  9e-40  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.000231601  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0125  rhomboid family protein  36.39 
 
 		 381 aa  164  2.0000000000000002e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0021  Rhomboid family protein  39.54 
 
 		 303 aa  162  5.0000000000000005e-39  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0295  Rhomboid family protein  41.24 
 
 		 317 aa  158  8e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.691779  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0014  Rhomboid family protein  41.54 
 
 		 298 aa  158  1e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0044  Rhomboid family protein  34.75 
 
 		 356 aa  147  2.0000000000000003e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1764  Rhomboid family protein  37.55 
 
 		 274 aa  144  2e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.949335  normal  0.141718 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00270  uncharacterized membrane protein  35.74 
 
 		 336 aa  140  3e-32  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.361521  normal  0.0722571 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0025  peptidase, S54 (rhomboid) family protein  40.82 
 
 		 234 aa  118  9e-26  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.777845 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1388  hypothetical protein  38.37 
 
 		 201 aa  115  6.9999999999999995e-25  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0160544  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2772  Rhomboid family protein  29.84 
 
 		 327 aa  97.8  2e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0134259  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1890  rhomboid-like protein  34.15 
 
 		 348 aa  87.8  2e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.56685  normal  0.043367 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1655  rhomboid family protein  32.93 
 
 		 376 aa  87  3e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.51113  normal  0.445143 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2850  Rhomboid family protein  40.4 
 
 		 271 aa  86.7  4e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1881  rhomboid-like protein  29.25 
 
 		 365 aa  86.3  5e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.210554  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2381  Rhomboid family protein  31.93 
 
 		 389 aa  85.5  0.000000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0674  membrane-associated serine protease  33.53 
 
 		 227 aa  85.1  0.000000000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.263581  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1860  Rhomboid family protein  27.92 
 
 		 519 aa  85.1  0.000000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000892671  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0056  Rhomboid family protein  32.39 
 
 		 225 aa  84.7  0.000000000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2462  rhomboid-like protein  34.25 
 
 		 371 aa  84  0.000000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1438  rhomboid family protein  26.44 
 
 		 342 aa  83.2  0.000000000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2486  Rhomboid family protein  37.09 
 
 		 240 aa  82.4  0.000000000000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.19288  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1705  rhomboid family protein  26.44 
 
 		 342 aa  82.4  0.000000000000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.745116  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1384  membrane-associated serine protease  30.8 
 
 		 228 aa  82  0.00000000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000348789  hitchhiker  4.81213e-16 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3784  rhomboid family protein  38 
 
 		 283 aa  81.3  0.00000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0327167 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1842  rhomboid-like protein  30.2 
 
 		 356 aa  79  0.00000000000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000517898  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1114  rhomboid family protein  28.9 
 
 		 486 aa  78.6  0.0000000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0191  Rhomboid family protein  34.97 
 
 		 386 aa  77.4  0.0000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0774  rhomboid family protein  29.86 
 
 		 360 aa  77.4  0.0000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3513  rhomboid family protein  36 
 
 		 286 aa  76.3  0.0000000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2719  Rhomboid family protein  29.08 
 
 		 198 aa  75.9  0.0000000000007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.581136  normal  0.114622 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3394  Rhomboid family protein  28.57 
 
 		 198 aa  75.1  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1088  Rhomboid family protein  33.56 
 
 		 205 aa  73.9  0.000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2492  Rhomboid family protein  29.74 
 
 		 579 aa  73.9  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21960  uncharacterized membrane protein  29.17 
 
 		 267 aa  73.9  0.000000000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00559972  decreased coverage  0.002494 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0207  Rhomboid family protein  31.1 
 
 		 205 aa  73.6  0.000000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0269044  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2750  rhomboid family protein  36.62 
 
 		 369 aa  72.8  0.000000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.717687 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0543  rhomboid family protein  32.07 
 
 		 223 aa  72.4  0.000000000008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2385  rhomboid-like protein  30.39 
 
 		 358 aa  72.4  0.000000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1811  membrane-associated serine protease  32.2 
 
 		 224 aa  72  0.00000000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1683  rhomboid family protein  32.24 
 
 		 248 aa  71.6  0.00000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000993388  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3861  putative intramembrane serine protease  31.32 
 
 		 554 aa  71.2  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0176  membrane-associated serine protease  31.55 
 
 		 230 aa  71.2  0.00000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.0001752  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0919  membrane-associated serine protease  33.33 
 
 		 236 aa  70.1  0.00000000004  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.473127  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1048  rhomboid family protein  28.06 
 
 		 511 aa  70.1  0.00000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2888  Rhomboid family protein  37.42 
 
 		 360 aa  69.7  0.00000000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0497694  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2194  rhomboid family protein  31.49 
 
 		 489 aa  69.3  0.00000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.456574 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1449  Rhomboid family protein  30.52 
 
 		 263 aa  69.3  0.00000000007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.6312  normal  0.568925 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1641  rhomboid family protein  30.86 
 
 		 487 aa  68.2  0.0000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.423795  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1607  rhomboid family protein  30.86 
 
 		 487 aa  68.2  0.0000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0693268  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1097  rhomboid family protein  41.79 
 
 		 281 aa  67.8  0.0000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.562508  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2794  rhomboid-like protein  36.84 
 
 		 360 aa  68.2  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.89322  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0909  rhomboid family protein  34.59 
 
 		 523 aa  67.4  0.0000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.710652  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_31680  predicted protein  35 
 
 		 268 aa  67  0.0000000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0246535  normal  0.737397 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0042  rhomboid family protein  33.77 
 
 		 396 aa  67  0.0000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0740017  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2980  Rhomboid family protein  36.13 
 
 		 360 aa  67  0.0000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0252324  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0993  rhomboid family protein  33.53 
 
 		 541 aa  67  0.0000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0904  rhomboid family protein  35 
 
 		 284 aa  66.6  0.0000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0334  rhomboid family protein  35.58 
 
 		 235 aa  66.2  0.0000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.589878  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0352  rhomboid family protein  35.58 
 
 		 235 aa  66.2  0.0000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0736  hypothetical protein  29.53 
 
 		 362 aa  66.6  0.0000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0980  rhomboid family protein  40 
 
 		 224 aa  65.9  0.0000000007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0209  rhomboid family protein  37.42 
 
 		 226 aa  65.9  0.0000000008  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.292506  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3232  protein tyrosine phosphatase  31.25 
 
 		 225 aa  65.9  0.0000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1145  rhomboid-like protein  41.57 
 
 		 209 aa  65.5  0.0000000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.062247  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0665  rhomboid family protein  33.51 
 
 		 200 aa  65.5  0.000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0711  Rhomboid family protein  35.16 
 
 		 515 aa  64.7  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.535917 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0857  rhomboid-like protein  24.29 
 
 		 279 aa  63.2  0.000000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00124204  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2536  Rhomboid family protein  34.03 
 
 		 273 aa  63.2  0.000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.237379  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3560  Rhomboid family protein  33.33 
 
 		 265 aa  62.8  0.000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.27249 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05680  peptidase, S54 (rhomboid) family, putative  35.03 
 
 		 232 aa  62.8  0.000000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.811656  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2212  Rhomboid family protein  35 
 
 		 234 aa  62.4  0.000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00605445  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>