More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_00020 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_00020  DNA polymerase III, beta subunit  100 
 
 		 376 aa  747    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0002  DNA polymerase III, beta subunit  84.57 
 
 		 377 aa  639    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0002  DNA polymerase III, beta subunit  84.84 
 
 		 376 aa  658    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000000849521  normal  0.168185 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0002  DNA polymerase III, beta subunit  82.98 
 
 		 376 aa  633  1e-180  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0002  DNA polymerase III, beta subunit  69.58 
 
 		 378 aa  527  1e-148  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0002  DNA polymerase III, beta subunit  67.47 
 
 		 383 aa  487  1e-136  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00435185 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0002  DNA polymerase III, beta subunit  62.83 
 
 		 374 aa  476  1e-133  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  61.5 
 
 		 374 aa  465  9.999999999999999e-131  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000000000025514 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00020  DNA polymerase III, beta subunit  62.3 
 
 		 374 aa  466  9.999999999999999e-131  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.218776  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00020  DNA polymerase III, beta subunit  58.4 
 
 		 378 aa  429  1e-119  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0002  DNA-directed DNA polymerase  56.46 
 
 		 379 aa  427  1e-118  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000640008  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0002  DNA polymerase III, beta subunit  57.82 
 
 		 375 aa  426  1e-118  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000684448  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0002  DNA polymerase III subunit beta  54.76 
 
 		 396 aa  427  1e-118  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0135269  normal  0.401999 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0002  DNA polymerase III, beta subunit  60.21 
 
 		 379 aa  423  1e-117  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.000269969  hitchhiker  0.00612818 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00020  DNA polymerase III, beta subunit  57.87 
 
 		 374 aa  422  1e-117  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0002  DNA polymerase III subunit beta  57.07 
 
 		 408 aa  423  1e-117  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0002  DNA polymerase III subunit beta  57.14 
 
 		 378 aa  416  9.999999999999999e-116  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0259305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0002  DNA polymerase III subunit beta  54.59 
 
 		 380 aa  401  9.999999999999999e-111  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.000000143991  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0086  DNA polymerase III subunit beta  52.49 
 
 		 379 aa  376  1e-103  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0003  DNA polymerase III, beta subunit  50.75 
 
 		 402 aa  367  1e-100  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.0000138278  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0003  DNA polymerase III, beta subunit  54.23 
 
 		 377 aa  364  1e-99  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.000000000316606  hitchhiker  0.00386911 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0002  DNA polymerase III, beta subunit  54.5 
 
 		 377 aa  360  3e-98  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  hitchhiker  0.00244113  unclonable  0.0000000186271 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5295  DNA polymerase III, beta subunit  50.65 
 
 		 384 aa  357  1.9999999999999998e-97  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0003  DNA polymerase III, beta subunit  51.95 
 
 		 386 aa  356  5e-97  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.301808 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1435  DNA polymerase III subunit beta  47.34 
 
 		 374 aa  354  1e-96  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.674698  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9328  DNA-directed DNA polymerase  50.53 
 
 		 365 aa  354  1e-96  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.608924  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0002  DNA polymerase III, beta subunit  50.9 
 
 		 387 aa  354  2e-96  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0002  DNA polymerase III, beta subunit  50.13 
 
 		 386 aa  353  2.9999999999999997e-96  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  47.42 
 
 		 388 aa  352  7e-96  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0003  DNA polymerase III, beta subunit  47.15 
 
 		 396 aa  348  7e-95  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0044  DNA polymerase III, beta subunit  45.74 
 
 		 374 aa  345  8.999999999999999e-94  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  48.42 
 
 		 408 aa  343  4e-93  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0002  DNA polymerase III subunit beta  46.63 
 
 		 398 aa  342  9e-93  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.298765  normal  0.252015 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0002  DNA polymerase III subunit beta  46.23 
 
 		 398 aa  339  5.9999999999999996e-92  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.042032 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0002  DNA polymerase III subunit beta  46.23 
 
 		 398 aa  338  7e-92  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0010  DNA polymerase III subunit beta  46.23 
 
 		 398 aa  338  7e-92  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.716793  normal  0.123554 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00020  DNA polymerase III subunit beta  50.13 
 
 		 379 aa  335  5.999999999999999e-91  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.00000000251098  normal  0.535088 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0826  DNA polymerase III subunit beta  46.11 
 
 		 398 aa  333  2e-90  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0002  DNA polymerase III subunit beta  48.15 
 
 		 378 aa  334  2e-90  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.065739  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10002  DNA polymerase III subunit beta  46.02 
 
 		 402 aa  333  4e-90  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0002  DNA polymerase III subunit beta  48.95 
 
 		 380 aa  333  4e-90  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.000348637  normal  0.134322 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3544  DNA polymerase III subunit beta  45.04 
 
 		 364 aa  298  9e-80  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.908435  normal  0.835762 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5871  DNA polymerase III, beta subunit  42.61 
 
 		 404 aa  251  1e-65  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.24159  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0738  DNA polymerase III beta subunit family protein  38.14 
 
 		 433 aa  238  2e-61  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.911699 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  33.51 
 
 		 375 aa  182  1e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000000418991  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.11 
 
 		 369 aa  169  7e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00020  DNA polymerase III, beta subunit  30.16 
 
 		 365 aa  159  6e-38  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000592113  decreased coverage  0.0000599685 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.8 
 
 		 378 aa  157  2e-37  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.000189832  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00020  DNA polymerase III, beta subunit  27.18 
 
 		 365 aa  154  2.9999999999999998e-36  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.443906  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.56 
 
 		 366 aa  153  4e-36  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.279408  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.56 
 
 		 366 aa  153  4e-36  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.316057  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.66 
 
 		 365 aa  151  2e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.610199  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0003  DNA polymerase III, beta subunit  28.46 
 
 		 366 aa  151  2e-35  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00000553224  hitchhiker  0.000000389013 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0002  DNA polymerase III subunit beta  27.27 
 
 		 379 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0872061  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.27 
 
 		 379 aa  147  3e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00656712  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.27 
 
 		 379 aa  147  3e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.478099 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.67 
 
 		 381 aa  147  3e-34  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000678483  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0002  DNA polymerase III subunit beta  27.27 
 
 		 379 aa  147  4.0000000000000006e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00000820509  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.27 
 
 		 379 aa  146  5e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0173994  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0002  DNA polymerase III subunit beta  27.27 
 
 		 379 aa  145  8.000000000000001e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.341639  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.27 
 
 		 379 aa  145  8.000000000000001e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0132884  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.67 
 
 		 381 aa  145  9e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.57 
 
 		 378 aa  144  2e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.76 
 
 		 376 aa  144  2e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0199  DNA polymerase III subunit beta  28.53 
 
 		 374 aa  142  9e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.0000579402  normal  0.0770055 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1769  DNA polymerase III, beta subunit  33.51 
 
 		 391 aa  142  9e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.371708  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5318  DNA polymerase III subunit beta  27.12 
 
 		 381 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.00172021  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0002  DNA polymerase III subunit beta  27.12 
 
 		 381 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000341772  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.2 
 
 		 378 aa  140  3e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000167002  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0003  DNA polymerase III, beta subunit  27.18 
 
 		 366 aa  139  4.999999999999999e-32  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0340  DNA polymerase III subunit beta  28.07 
 
 		 394 aa  138  1e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0002  DNA polymerase sliding clamp subunit  26.68 
 
 		 376 aa  137  3.0000000000000003e-31  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000188302  unclonable  1.4129e-28 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00020  DNA polymerase III, beta subunit  25.13 
 
 		 367 aa  136  5e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2082  DNA polymerase IF1 subunit beta  28.53 
 
 		 382 aa  136  7.000000000000001e-31  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0161872  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2552  DNA polymerase III subunit beta  27.51 
 
 		 377 aa  135  9.999999999999999e-31  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0587336  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3032  DNA polymerase III, beta subunit  29.66 
 
 		 366 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0251  DNA polymerase III, beta subunit  31.25 
 
 		 365 aa  134  1.9999999999999998e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0953  DNA polymerase III, beta subunit  27.84 
 
 		 374 aa  134  3e-30  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0003  DNA polymerase III, beta subunit  29.86 
 
 		 360 aa  134  3e-30  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  unclonable  0.0000000103313  normal  1 
 
 
 
NC_009012  Cthe_2372  DNA polymerase III subunit beta  25.2 
 
 		 366 aa  133  5e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0993  DNA polymerase III, beta subunit  27.93 
 
 		 376 aa  133  6e-30  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.15 
 
 		 372 aa  133  6e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000259068  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0001  DNA polymerase III subunit beta  27.98 
 
 		 390 aa  132  9e-30  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.174171  normal  0.105878 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.88 
 
 		 367 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.870835  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0001  DNA polymerase III subunit beta  29.95 
 
 		 385 aa  132  1.0000000000000001e-29  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.25 
 
 		 377 aa  132  1.0000000000000001e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.00213885  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.25 
 
 		 377 aa  132  1.0000000000000001e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0177596  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0001  DNA polymerase III subunit beta  29.59 
 
 		 385 aa  131  2.0000000000000002e-29  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.392011  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03584  DNA polymerase III subunit beta  27.78 
 
 		 366 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.120571  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.78 
 
 		 366 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000276402  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.78 
 
 		 366 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0647653  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4224  DNA polymerase III subunit beta  27.78 
 
 		 366 aa  129  7.000000000000001e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000133889  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4211  DNA polymerase III subunit beta  27.78 
 
 		 366 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000853421  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3914  DNA polymerase III subunit beta  27.78 
 
 		 366 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000199842  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4066  DNA polymerase III subunit beta  27.78 
 
 		 366 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0145467  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5129  DNA polymerase III subunit beta  27.78 
 
 		 366 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000402669  normal  0.135624 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03528  hypothetical protein  27.78 
 
 		 366 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0779462  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0815  DNA polymerase III, beta subunit  25.4 
 
 		 375 aa  129  9.000000000000001e-29  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  unclonable  0.000000015774  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.98 
 
 		 367 aa  129  1.0000000000000001e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.00000348538  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4171  DNA polymerase III subunit beta  27.7 
 
 		 366 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.264257  normal  0.345578 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>