More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_R0041 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_t022  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna073  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  4.72118e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna069  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  3.97196e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna067  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  4.91703e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0040  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  2.51493e-05  hitchhiker  0.0001025 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna063  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  4.57869e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2750  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  3.88112e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0077  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0020  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3184  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0019  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna116  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  4.57869e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0041  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000296842  normal  0.054295 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0039  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00627079  hitchhiker  3.21051e-05 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna065  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  5.22671e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2747  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  1.77551e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03399  tRNA-Met  100 
 
 
74 bp  147  4e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00108  tRNA-Met  100 
 
 
74 bp  147  4e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00104  tRNA-Met  100 
 
 
74 bp  147  4e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4214  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.426963  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0112  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  2.90991e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0097  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000407558  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0171  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  7.61498e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4213  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.355481  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3661  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.677335  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4212  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.353774  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0117  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.214909  hitchhiker  3.6975e-06 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0081  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0120643  normal  0.12492 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3183  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3152  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.469971  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3584  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3201  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.145985  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0036  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.119632  normal  0.136959 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3547  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.226089  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3216  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3215  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00051  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3185  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3202  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.148125  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0104  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  1.23497e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0091  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  1.36537e-05  hitchhiker  0.00304334 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3153  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.311913  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4276  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.19762e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0021  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0020  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0081  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0699076  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0019  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0013  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  decreased coverage  8.5866e-05 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0082  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0688432  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0145  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  5.66193e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0080  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0693639  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0052  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00733518  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0121  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  9.52956e-07  decreased coverage  8.66797e-05 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3226  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0172509  normal  0.439997 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3227  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0186102  normal  0.434912 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2955  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.14009  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2956  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.211186  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0088  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0282515  hitchhiker  3.88022e-07 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4693  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.83874  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4696  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4700  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00322718  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5064  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.133339  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5065  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.133786  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5066  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.126908  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5071  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.102189  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3467  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.139541  normal  0.865403 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2957  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.220059  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0125  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  1.66673e-06  hitchhiker  0.000558782 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0026  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.116452  normal  0.378312 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3990  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  4.48395e-08  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0017  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.687744  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0069  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.043282  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0018  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.701161  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0070  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0467546  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4079  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0890507  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0027  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.992262  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0070  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0792206  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0069  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0763001  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0068  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.141165  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0062  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4080  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0909328  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4081  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0905537  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0029  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.992262  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4492  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0019  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.69794  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3646  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.981191  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3316  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.863126  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3315  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.583787  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3479  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.344656  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3135  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.369915  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0063  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0070  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.628409  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3136  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.364243  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3478  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0034  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0865179  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00052  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00053  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00057  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0067  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0021  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.790963 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>