More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_3738 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008322  Shewmr7_3738  pseudouridine synthase Rlu family protein  100 
 
 		 228 aa  473  1e-132  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.605712  normal  0.0272703 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0283  pseudouridine synthase Rlu family protein  98.25 
 
 		 228 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000123479 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0284  pseudouridine synthase Rlu family protein  88.6 
 
 		 229 aa  422  1e-117  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000244017  hitchhiker  0.0000000309962 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0399  pseudouridine synthase Rlu family protein  80.7 
 
 		 229 aa  386  1e-106  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0325553  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0288  pseudouridine synthase Rlu family protein  80.7 
 
 		 230 aa  383  1e-105  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0295  pseudouridine synthase Rlu family protein  80.26 
 
 		 230 aa  379  1e-104  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.859464  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0296  pseudouridine synthase Rlu family protein  80.7 
 
 		 230 aa  380  1e-104  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0300  pseudouridine synthase Rlu family protein, TIGR01621  79.39 
 
 		 230 aa  376  1e-103  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4390  pseudouridine synthase Rlu family protein  69.3 
 
 		 224 aa  328  5.0000000000000004e-89  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000480203 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0099  pseudouridine synthase Rlu family protein  71.05 
 
 		 224 aa  325  3e-88  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000500513  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0111  pseudouridine synthase RluA-like protein  68.83 
 
 		 226 aa  321  7e-87  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4781  pseudouridine synthase Rlu family protein  66.67 
 
 		 224 aa  320  9.999999999999999e-87  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0134814  unclonable  0.0000000101532 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4108  pseudouridine synthase Rlu family protein  69.16 
 
 		 229 aa  317  1e-85  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0092  pseudouridine synthase Rlu family protein  63.76 
 
 		 225 aa  316  2e-85  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.752208  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3536  pseudouridine synthase RluA-like protein  66.38 
 
 		 224 aa  278  5e-74  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1142  RNA psedouridine synthase  51.32 
 
 		 228 aa  236  3e-61  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1290  pseudouridine synthase Rlu family protein, TIGR01621  50.88 
 
 		 237 aa  223  2e-57  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.392817 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4080  pseudouridine synthase Rlu family protein  49.79 
 
 		 230 aa  218  5e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1318  pseudouridine synthase Rlu family protein  46.75 
 
 		 242 aa  216  2e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1273  pseudouridine synthase Rlu family protein  45.61 
 
 		 235 aa  204  7e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003802  pseudouridylate synthase LSU rRNA-specific  45.18 
 
 		 230 aa  199  3e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02690  hypothetical protein  44.3 
 
 		 230 aa  192  5e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1328  pseudouridine synthase RluA-like  44.98 
 
 		 238 aa  189  4e-47  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.182697  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3245  pseudouridine synthase  46.49 
 
 		 232 aa  188  7e-47  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1363  pseudouridine synthase Rlu family protein  45.13 
 
 		 238 aa  182  3e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0824413  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02767  tRNA pseudouridine synthase A  47.5 
 
 		 279 aa  171  1e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1914  copper-resistance protein CopA  46.6 
 
 		 209 aa  171  1e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.290092  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1929  pseudouridine synthase Rlu family protein  42.74 
 
 		 223 aa  165  5e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.975546 
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_10480  predicted protein  44.44 
 
 		 178 aa  156  2e-37  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  hitchhiker  0.00789821 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  35.05 
 
 		 305 aa  104  1e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.34 
 
 		 300 aa  96.7  3e-19  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1840  RluA family pseudouridine synthase  31.55 
 
 		 304 aa  94.4  1e-18  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1100  pseudouridine synthase, RluA family  39.29 
 
 		 297 aa  94  2e-18  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2968  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  34.25 
 
 		 224 aa  93.6  2e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.577134 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0565  RluA family pseudouridine synthase  35.63 
 
 		 306 aa  93.6  2e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.789528  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.03 
 
 		 300 aa  93.6  3e-18  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 314 aa  92.8  4e-18  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3178  pseudouridine synthase, RluA family  40.54 
 
 		 295 aa  92.8  4e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0035  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  38.38 
 
 		 221 aa  92.4  5e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1802  RluA family pseudouridine synthase  32.22 
 
 		 304 aa  91.3  1e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  31.06 
 
 		 302 aa  90.5  2e-17  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08290  pseudouridine synthase, RluA family  32.65 
 
 		 310 aa  90.1  2e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  33.82 
 
 		 310 aa  89.7  3e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1374  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.56 
 
 		 543 aa  90.1  3e-17  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.302563 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3492  pseudouridine synthase  34.21 
 
 		 560 aa  89.7  3e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0347  pseudouridine synthase, RluA family  29.26 
 
 		 303 aa  89.7  4e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2659  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.85 
 
 		 330 aa  89  5e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1592  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  33.17 
 
 		 212 aa  89  6e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1162  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.96 
 
 		 276 aa  88.6  6e-17  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0658766  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1658  RluA family pseudouridine synthase  41.98 
 
 		 329 aa  88.6  8e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.615207  normal  0.0770781 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3557  pseudouridine synthase, RluA family  33.67 
 
 		 297 aa  88.6  8e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4154  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  41.89 
 
 		 218 aa  87.4  1e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229307  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0774  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.63 
 
 		 307 aa  87.8  1e-16  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0916  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  31.6 
 
 		 311 aa  88.2  1e-16  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3623  pseudouridine synthase, RluA family  33.16 
 
 		 297 aa  87.4  2e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2148  pseudouridine synthase  32.63 
 
 		 222 aa  87.4  2e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00375326  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4400  pseudouridine synthase  29.59 
 
 		 248 aa  87.4  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0395  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  32.66 
 
 		 322 aa  87.4  2e-16  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.134097  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0574  RluA family pseudouridine synthase  32.63 
 
 		 301 aa  87  2e-16  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000115636  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2989  pseudouridine synthase  36.13 
 
 		 548 aa  87.4  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3776  pseudouridine synthase  27.78 
 
 		 243 aa  86.7  2e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0023  putative ribosomal pseudouridine synthase  31.92 
 
 		 300 aa  86.7  2e-16  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.835317  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09301  putative pseudouridylate synthase  34.97 
 
 		 207 aa  86.3  3e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.47365 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1383  pseudouridine synthase, RluA family  31.75 
 
 		 299 aa  86.3  3e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1622  pseudouridine synthase, RluD  33.52 
 
 		 363 aa  86.7  3e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0213  pseudouridine synthase  33.53 
 
 		 240 aa  86.7  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0138576 
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  37.41 
 
 		 307 aa  85.9  4e-16  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1376  pseudouridine synthase  34.59 
 
 		 250 aa  86.3  4e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0453774 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1441  pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 258 aa  85.9  5e-16  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0301733  normal  0.808281 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0303  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.28 
 
 		 308 aa  85.5  6e-16  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.00443703  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1348  RluA family pseudouridine synthase  30 
 
 		 303 aa  85.5  6e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.628416  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.92 
 
 		 308 aa  85.5  6e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND02470  conserved hypothetical protein  35.47 
 
 		 520 aa  85.1  8e-16  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0281406  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  30.66 
 
 		 311 aa  85.1  8e-16  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1044  pseudouridine synthase, RluA family  33.33 
 
 		 346 aa  85.1  8e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1043  pseudouridine synthase  33.87 
 
 		 227 aa  85.1  8e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.36 
 
 		 316 aa  85.1  9e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0522  pseudouridine synthase, RluA family  33.33 
 
 		 304 aa  85.1  9e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0310  RluA family pseudouridine synthase  30.1 
 
 		 303 aa  85.1  9e-16  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011687  PHATRDRAFT_48756  predicted protein  34.36 
 
 		 383 aa  84.7  0.000000000000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0290752  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0596  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34 
 
 		 308 aa  84.7  0.000000000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000579613  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0878  pseudouridine synthase  30.33 
 
 		 277 aa  84.7  0.000000000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0175  RluA family pseudouridine synthase  30.05 
 
 		 296 aa  84.7  0.000000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.408906  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0878  pseudouridine synthase RluA family  36.65 
 
 		 327 aa  84.3  0.000000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.936233  normal  0.697349 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1955  tRNA pseudouridine synthase C  32.61 
 
 		 246 aa  84.3  0.000000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0419985 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2574  pseudouridine synthase, RluA family  30.4 
 
 		 315 aa  84.7  0.000000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0131416  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1184  ribosomal large subunit pseudouridylate synthase D  29.53 
 
 		 307 aa  83.6  0.000000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1620  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.16 
 
 		 321 aa  84  0.000000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.27015  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3518  pseudouridine synthase, RluA family  36 
 
 		 299 aa  83.6  0.000000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2844  pseudouridine synthase  35.88 
 
 		 249 aa  84  0.000000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.340445  normal  0.556308 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  32.18 
 
 		 306 aa  84  0.000000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2869  pseudouridine synthase, RluA family  33.56 
 
 		 308 aa  83.6  0.000000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00082597  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.33 
 
 		 350 aa  84.3  0.000000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.784854  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0658  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  36.65 
 
 		 211 aa  83.2  0.000000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2710  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.67 
 
 		 368 aa  83.2  0.000000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0447  pseudouridylate synthase  38.46 
 
 		 222 aa  83.2  0.000000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.129188  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1589  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.5 
 
 		 308 aa  83.2  0.000000000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0462053  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  31.61 
 
 		 306 aa  83.2  0.000000000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2089  pseudouridylate synthase family protein, yabo  30.89 
 
 		 298 aa  83.2  0.000000000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3345  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.84 
 
 		 333 aa  82.8  0.000000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>