More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_3717 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_0307  AraC family transcriptional regulator  98.81 
 
 
335 aa  677    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3717  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 
335 aa  687    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0218506 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0302  AraC family transcriptional regulator  90.15 
 
 
335 aa  619  1e-176  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00847294 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000628  putative transcription regulator  59.52 
 
 
333 aa  390  1e-107  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0267  HTH-type transcriptional regulator, AraC family  38.07 
 
 
335 aa  214  9.999999999999999e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.128312  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5052  AraC family transcriptional regulator  27.13 
 
 
333 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13768  AraC family transcriptional regulator  28.49 
 
 
353 aa  135  9.999999999999999e-31  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1715  AraC family transcriptional regulator  27.13 
 
 
375 aa  135  9.999999999999999e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.278486  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3846  AraC family transcriptional regulator  27.24 
 
 
338 aa  133  3e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1666  AraC family transcriptional regulator  26.99 
 
 
337 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1732  AraC family transcriptional regulator  25.52 
 
 
340 aa  129  5.0000000000000004e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0570541  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2671  helix-turn-helix domain-containing protein  27.52 
 
 
343 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1606  AraC family transcriptional regulator  28.31 
 
 
358 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2814  AraC family transcriptional regulator  27.36 
 
 
335 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.323358  normal  0.871008 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2005  AraC family transcriptional regulator  27.83 
 
 
335 aa  125  7e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3901  helix-turn-helix, AraC type  25.67 
 
 
366 aa  125  8.000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0421  AraC family transcriptional regulator  25.84 
 
 
350 aa  125  1e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2149  AraC family transcriptional regulator  25.91 
 
 
365 aa  124  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4629  AraC family transcriptional regulator  27.25 
 
 
363 aa  124  3e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5295  AraC family transcriptional regulator  27.52 
 
 
347 aa  124  3e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0712927 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4632  AraC family transcriptional regulator  26.91 
 
 
335 aa  123  4e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0442658  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3849  helix-turn-helix, Fis-type  25.84 
 
 
352 aa  123  5e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2010  AraC family transcriptional regulator  27.88 
 
 
360 aa  122  9.999999999999999e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3952  transcriptional regulator, AraC family  25.81 
 
 
358 aa  120  3e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.142509 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3839  transcriptional regulator, AraC family  25.81 
 
 
358 aa  120  3e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.565712  normal  0.744721 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2761  AraC family transcriptional regulator  26.52 
 
 
350 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2142  AraC family transcriptional regulator  23.4 
 
 
339 aa  114  3e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.179718  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1578  AraC family transcriptional regulator  25.44 
 
 
376 aa  112  8.000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.321807 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1825  AraC family transcriptional regulator  29.25 
 
 
337 aa  108  2e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.86634  normal  0.723243 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4110  transcriptional regulator, AraC family  23.71 
 
 
365 aa  106  5e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4713  AraC family transcriptional regulator  23.78 
 
 
345 aa  105  8e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0488626  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13099  virulence-regulating transcriptional regulator VirS  25.38 
 
 
340 aa  103  3e-21  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5049  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 
351 aa  102  1e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4868  transcriptional regulator, AraC family  24.16 
 
 
365 aa  102  1e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.608166  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1286  transcriptional regulator, AraC family  25.8 
 
 
360 aa  100  2e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0306  transcriptional regulator, AraC family  24.85 
 
 
347 aa  101  2e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.728671  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1284  helix-turn-helix domain-containing protein  27.06 
 
 
337 aa  101  2e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4447  AraC family transcriptional regulator  29.13 
 
 
342 aa  99.4  8e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2760  AraC family transcriptional regulator  24.78 
 
 
332 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0043  helix-turn-helix domain-containing protein  25.48 
 
 
360 aa  99  1e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010373  M446_6972  hypothetical protein  26.36 
 
 
372 aa  97.8  2e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0206  AraC family transcriptional regulator  25.48 
 
 
334 aa  93.6  5e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2989  AraC family transcriptional regulator  28.17 
 
 
348 aa  93.2  5e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2269  transcriptional regulator, AraC family  25.23 
 
 
362 aa  93.6  5e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1911  putative transcriptional regulator  28.62 
 
 
337 aa  93.2  5e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0382  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 
347 aa  92.8  7e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.565461  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1198  AraC family transcriptional regulator  24.11 
 
 
348 aa  92.8  8e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.462338  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1868  transcriptional regulator, AraC family  29.58 
 
 
362 aa  92.8  8e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3048  AraC family transcriptional regulator  25.53 
 
 
342 aa  92.4  9e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.428431  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16370  Transcriptional regulator, AraC family  27.02 
 
 
338 aa  92.4  1e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1792  AraC family transcriptional regulator  25.85 
 
 
359 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1288  transcriptional regulator, AraC family  22.87 
 
 
373 aa  91.7  2e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0045  helix-turn-helix domain-containing protein  22.87 
 
 
373 aa  91.7  2e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1582  AraC family transcriptional regulator  24.46 
 
 
367 aa  90.9  3e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.116449 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1593  helix-turn-helix domain-containing protein  25.82 
 
 
335 aa  90.5  4e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1128  transcriptional regulator, AraC family  27.47 
 
 
344 aa  90.1  5e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5438  transcriptional regulator, AraC family  25.25 
 
 
333 aa  87.4  3e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2587  helix-turn-helix domain-containing protein  27.3 
 
 
337 aa  87  4e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22640  AraC family transcriptional regulator  27.91 
 
 
337 aa  86.7  5e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000896441 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24920  putative transcriptional regulator  24.92 
 
 
343 aa  86.3  6e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1478  AraC family transcriptional regulator  24.26 
 
 
353 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.010592  normal  0.128482 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0034  helix-turn-helix domain-containing protein  26.05 
 
 
366 aa  85.9  0.000000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.131953  normal 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5495  AraC/XylS family transcriptional regulator  25.65 
 
 
309 aa  85.1  0.000000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.143439  normal  0.457572 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3669  AraC family transcriptional regulator  22.83 
 
 
338 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.697151 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2543  AraC family transcriptional regulator  24.78 
 
 
336 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.354483  hitchhiker  0.0000426703 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4253  helix-turn-helix domain-containing protein  22.65 
 
 
362 aa  84.7  0.000000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.249278  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1277  transcriptional regulator, AraC family  26.05 
 
 
366 aa  85.1  0.000000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0523  helix-turn-helix domain-containing protein  23.93 
 
 
390 aa  84  0.000000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.261458  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1557  AraC family transcriptional regulator  26.46 
 
 
344 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0820783 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0070  transcriptional regulator, AraC family  23.49 
 
 
352 aa  83.6  0.000000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4369  AraC family transcriptional regulator  24.38 
 
 
337 aa  83.6  0.000000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0701  helix-turn-helix-domain-containing protein  25.08 
 
 
345 aa  83.6  0.000000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.311411 
 
 
-
 
NC_003296  RS03889  transcription regulator protein  31.43 
 
 
339 aa  82.4  0.00000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.627641 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2934  transcriptional regulator, AraC family  25.15 
 
 
358 aa  81.6  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.140341  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0853  transcriptional regulator, AraC family  41 
 
 
198 aa  80.9  0.00000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1176  AraC family transcriptional regulator  22.89 
 
 
345 aa  80.5  0.00000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.214328 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2321  AraC family transcriptional regulator  22.13 
 
 
347 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.197837  normal  0.0103816 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2261  AraC family transcriptional regulator  27.11 
 
 
327 aa  79  0.0000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2131  AraC family transcriptional regulator  25.09 
 
 
343 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0593  putative transcriptional regulator  26.6 
 
 
348 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0273832 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0108  helix-turn-helix domain-containing protein  24.78 
 
 
347 aa  78.2  0.0000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2307  Helix-turn-helix, AraC domain protein  23.37 
 
 
345 aa  77.4  0.0000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.394496  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3748  transcriptional regulator, AraC family  40.96 
 
 
350 aa  77.4  0.0000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.668173  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0042  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 
344 aa  77.8  0.0000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0030  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 
341 aa  77  0.0000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0645159  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1451  transcriptional regulator, AraC family  43.62 
 
 
338 aa  77  0.0000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.508698  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0519  helix-turn-helix domain-containing protein  23.28 
 
 
345 aa  76.6  0.0000000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0326701  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1565  AraC family transcriptional regulator  24.85 
 
 
361 aa  76.3  0.0000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.899085  normal  0.143942 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3303  AraC family transcriptional regulator  28.04 
 
 
338 aa  75.9  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0702064  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7337  AraC family transcriptional regulator  28.17 
 
 
336 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.82009  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1029  AraC family transcriptional regulator  23.87 
 
 
351 aa  75.1  0.000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.221048  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2076  helix-turn-helix domain-containing protein  25.19 
 
 
343 aa  75.5  0.000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000022651  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3431  AraC family transcriptional regulator  22.22 
 
 
341 aa  74.7  0.000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.147255  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3797  AraC family transcriptional regulator  24.43 
 
 
353 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000195547 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4268  AraC family transcriptional regulator  25.31 
 
 
367 aa  74.3  0.000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0725  AraC family transcriptional regulator  26.13 
 
 
342 aa  74.3  0.000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2342  helix-turn-helix domain-containing protein  26.5 
 
 
335 aa  73.9  0.000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1196  AraC family transcriptional regulator  26.36 
 
 
336 aa  74.3  0.000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4290  AraC family transcriptional regulator  28.85 
 
 
336 aa  73.6  0.000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.431185 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1134  AraC family transcriptional regulator  24.7 
 
 
369 aa  73.2  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.955983  normal  0.648616 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>