More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_3558 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_03689  DNA-dependent ATPase I and helicase II  71.25 
 
 
720 aa  1075    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4166  DNA helicase II  71.15 
 
 
720 aa  1076    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4038  DNA-dependent helicase II  71.01 
 
 
720 aa  1075    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0043  DNA-dependent helicase II  54.77 
 
 
723 aa  791    Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.779926  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5352  DNA-dependent helicase II  60.53 
 
 
728 aa  900    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.138491 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1916  ATP-dependent DNA helicase UvrD  44.06 
 
 
818 aa  639    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.28639  hitchhiker  0.00561083 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2797  UvrD/REP helicase  45.45 
 
 
783 aa  669    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.265943  normal  0.311866 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1037  DNA-dependent helicase II  58.84 
 
 
726 aa  876    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1461  DNA helicase II  45.59 
 
 
787 aa  665    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.564541  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2235  DNA helicase II protein  45.39 
 
 
829 aa  640    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0186  DNA-dependent helicase II  70 
 
 
723 aa  1057    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0080  DNA-dependent helicase II  65.28 
 
 
724 aa  986    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4498  DNA-dependent helicase II  84.88 
 
 
721 aa  1287    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0025295  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1715  UvrD/REP helicase  45.27 
 
 
787 aa  649    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0467  DNA-dependent helicase II  98.89 
 
 
722 aa  1485    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5516  DNA helicase II  59.78 
 
 
727 aa  893    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2149  DNA-dependent helicase II  56.23 
 
 
723 aa  833    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0743865  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0209  DNA-dependent helicase II  70.69 
 
 
720 aa  1037    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0467  DNA-dependent helicase II  85.32 
 
 
721 aa  1290    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0928  DNA helicase II  45.59 
 
 
787 aa  665    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1806  DNA-dependent helicase II  55.89 
 
 
721 aa  828    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1807  DNA-dependent helicase II  55.89 
 
 
721 aa  828    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5065  DNA-dependent helicase II  60.11 
 
 
727 aa  884    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0546  ATP-dependent DNA helicase UvrD  51.04 
 
 
713 aa  712    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3947  DNA-dependent helicase II  58.71 
 
 
730 aa  847    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0864  ATP-dependent DNA helicase UvrD  45.28 
 
 
786 aa  644    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0421  DNA helicase II  45.59 
 
 
787 aa  665    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2449  ATP-dependent DNA helicase UvrD  49.18 
 
 
726 aa  671    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.170877  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4179  DNA-dependent helicase II  71.25 
 
 
720 aa  1075    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.654606  normal  0.0232596 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2699  UvrD/REP helicase  50.56 
 
 
709 aa  705    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.506078  hitchhiker  0.00000113903 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1847  DNA helicase II  45.59 
 
 
787 aa  664    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.478149  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0599  DNA-dependent helicase II  57.22 
 
 
717 aa  840    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5644  DNA-dependent helicase II  60.67 
 
 
727 aa  894    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4338  DNA-dependent helicase II  70.69 
 
 
720 aa  1071    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4279  DNA-dependent helicase II  70.69 
 
 
720 aa  1071    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4586  ATP-dependent DNA helicase UvrD  44.96 
 
 
787 aa  657    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.721141 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1590  UvrD/REP helicase  45.47 
 
 
790 aa  662    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0029  DNA-dependent helicase II  56.37 
 
 
720 aa  833    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0222  DNA-dependent helicase II  65.21 
 
 
734 aa  1006    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.211627  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0128  DNA-dependent helicase II  55.18 
 
 
741 aa  837    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000143952  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00351  DNA-dependent helicase II  67.91 
 
 
724 aa  1028    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0563  UvrD/REP helicase  49.06 
 
 
743 aa  677    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0641932  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3892  DNA-dependent helicase II  95.15 
 
 
722 aa  1439    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4273  DNA-dependent helicase II  71.11 
 
 
720 aa  1074    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2632  DNA helicase II  46.02 
 
 
787 aa  666    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2424  UvrD/REP helicase  54.61 
 
 
725 aa  790    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0742  DNA helicase II  45.59 
 
 
787 aa  665    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4231  DNA-dependent helicase II  70.69 
 
 
720 aa  1071    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5130  DNA-dependent helicase II  61.29 
 
 
729 aa  912    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.228367 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1670  DNA helicase II  45.59 
 
 
787 aa  665    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4513  DNA-dependent helicase II  60.41 
 
 
727 aa  871    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3764  DNA-dependent helicase II  57.16 
 
 
724 aa  862    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0363  ATP-dependent DNA helicase UvrD  49.04 
 
 
731 aa  691    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0670143 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5252  DNA-dependent helicase II  71.25 
 
 
720 aa  1075    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1337  ATP-dependent DNA helicase UvrD  45.71 
 
 
783 aa  671    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0484  DNA-dependent helicase II  84.74 
 
 
722 aa  1294    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2440  UvrD/REP helicase  45.71 
 
 
786 aa  646    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.605331  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3271  ATP-dependent DNA helicase UvrD  58.44 
 
 
739 aa  863    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2571  DNA-dependent helicase II  66.71 
 
 
723 aa  1010    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2629  ATP-dependent DNA helicase UvrD  45.73 
 
 
787 aa  655    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0417333  normal  0.559326 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0127  DNA helicase II  56.47 
 
 
646 aa  740    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.889231  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3642  DNA-dependent helicase II  58.26 
 
 
726 aa  867    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5260  DNA-dependent helicase II  60.67 
 
 
728 aa  902    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.658271 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4444  UvrD/REP helicase  57.47 
 
 
737 aa  880    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.805765  normal  0.0453578 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0960  UvrD/REP helicase  45.34 
 
 
846 aa  662    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4180  DNA-dependent helicase II  70.6 
 
 
720 aa  1072    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.328302  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4015  DNA-dependent helicase II  95.15 
 
 
722 aa  1440    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4079  DNA helicase II  66.11 
 
 
724 aa  1014    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0468  DNA-dependent helicase II  85.44 
 
 
721 aa  1305    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000657213  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4332  DNA-dependent helicase II  71.01 
 
 
720 aa  1074    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1873  UvrD/REP helicase  45.64 
 
 
786 aa  668    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.340872  normal  0.0203553 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5401  DNA-dependent helicase II  60.96 
 
 
728 aa  907    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0541595 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0497  DNA-dependent helicase II  58.73 
 
 
726 aa  880    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.615928  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00200  DNA helicase II  65.79 
 
 
723 aa  990    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.105669  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0473  DNA-dependent helicase II  99.58 
 
 
722 aa  1493    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3558  DNA-dependent helicase II  100 
 
 
722 aa  1498    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.231339  normal  0.569551 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2863  ATP-dependent DNA helicase UvrD  56.11 
 
 
725 aa  828    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3397  DNA-dependent helicase II  84.3 
 
 
727 aa  1287    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1420  UvrD/REP helicase  44.96 
 
 
787 aa  657    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0732039  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03230  DNA-dependent helicase II  57.26 
 
 
728 aa  828    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1322  UvrD/REP helicase  45.97 
 
 
840 aa  671    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71870  DNA-dependent helicase II  61.8 
 
 
728 aa  908    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.186903  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1433  UvrD/REP helicase  44.71 
 
 
788 aa  645    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.189419 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1363  UvrD/REP helicase  45.97 
 
 
787 aa  669    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.485952 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4007  DNA-dependent helicase II  70.69 
 
 
720 aa  1038    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.984144  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0035  DNA-dependent helicase II  54.36 
 
 
723 aa  785    Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.193678  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6233  DNA-dependent helicase II  62.08 
 
 
728 aa  909    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.80471  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4161  DNA-dependent helicase II  70.69 
 
 
720 aa  1071    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1442  UvrD/REP helicase  45.47 
 
 
787 aa  661    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3979  DNA-dependent helicase II  70.56 
 
 
720 aa  1065    Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0053327  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0469  DNA-dependent helicase II  99.72 
 
 
722 aa  1494    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.154526  normal  0.949387 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4194  DNA-dependent helicase II  71.01 
 
 
720 aa  1075    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.452287  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3385  DNA-dependent helicase II  87.98 
 
 
726 aa  1336    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0441  DNA-dependent helicase II  95.28 
 
 
722 aa  1441    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.419194  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3373  DNA-dependent helicase II  97.64 
 
 
722 aa  1465    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0545  DNA-dependent helicase II  70.69 
 
 
720 aa  1036    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0419  DNA-dependent helicase II  84.19 
 
 
721 aa  1276    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.590239  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1142  ATP-dependent DNA helicase UvrD  45.01 
 
 
788 aa  647    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.140222 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0008  UvrD/REP helicase  58.76 
 
 
723 aa  864    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.680024  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1692  DNA helicase II  45.59 
 
 
787 aa  664    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>