More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_2929 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_1349  GTP-binding protein Era  99.12 
 
 
339 aa  694  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1279  GTP-binding protein Era  93.51 
 
 
338 aa  660  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.446406  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1160  GTP-binding protein Era  94.99 
 
 
338 aa  667  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.15184  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1202  GTP-binding protein Era  93.51 
 
 
338 aa  660  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0677572  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1246  GTP-binding protein Era  93.51 
 
 
338 aa  659  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00162731  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3111  GTP-binding protein Era  93.22 
 
 
338 aa  657  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00956624  hitchhiker  0.00355255 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3025  GTP-binding protein Era  100 
 
 
339 aa  698  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.118015  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2929  GTP-binding protein Era  100 
 
 
339 aa  698  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.275755  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2847  GTP-binding protein Era  100 
 
 
339 aa  698  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.410629  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2928  GTP-binding protein Era  86.39 
 
 
334 aa  604  1e-172  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2765  GTP-binding protein Era  84.96 
 
 
334 aa  595  1e-169  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00576917  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0881  GTP-binding protein Era  86.07 
 
 
332 aa  580  1e-164  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.427391  normal  0.11596 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1244  GTP-binding protein Era  82.87 
 
 
329 aa  572  1e-162  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  1.78109e-06  unclonable  1.43866e-08 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1149  GTP-binding protein Era  81.12 
 
 
335 aa  571  1e-162  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.28675  normal  0.946741 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1055  GTP-binding protein Era  80.47 
 
 
331 aa  568  1e-161  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.305359  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1038  GTP-binding protein Era  79.94 
 
 
330 aa  567  1e-160  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00137835  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0641  GTP-binding protein Era  70.51 
 
 
300 aa  442  1e-123  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.354328  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1239  GTP-binding protein Era  68.69 
 
 
300 aa  437  1e-121  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.680465  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2784  GTP-binding protein Era  68.56 
 
 
301 aa  431  1e-120  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.731152  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3148  GTP-binding protein Era  66.89 
 
 
300 aa  434  1e-120  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0159525  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1137  GTP-binding protein Era  68.35 
 
 
303 aa  430  1e-119  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0472293  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02997  GTP-binding protein Era  68.01 
 
 
314 aa  429  1e-119  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.249422  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1190  GTP-binding protein Era  68.35 
 
 
303 aa  430  1e-119  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.442285  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3612  GTP-binding protein Era  68.35 
 
 
303 aa  430  1e-119  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.387158  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1069  GTP-binding protein Era  68.01 
 
 
301 aa  429  1e-119  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3070  GTP-binding protein Era  66.67 
 
 
301 aa  424  1e-118  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.129104  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1205  GTP-binding protein Era  66.67 
 
 
301 aa  424  1e-117  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.745594  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4121  GTP-binding protein Era  65.79 
 
 
305 aa  422  1e-117  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.383616  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3668  GTP-binding protein Era  67.23 
 
 
302 aa  420  1e-116  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3053  GTP-binding protein Era  65.99 
 
 
301 aa  416  1e-115  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.23462  normal  0.0104922 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2958  GTP-binding protein Era  66.56 
 
 
301 aa  417  1e-115  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.435183  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2783  GTP-binding protein Era  66.56 
 
 
301 aa  416  1e-115  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2742  GTP-binding protein Era  66.56 
 
 
301 aa  417  1e-115  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0288239  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2846  GTP-binding protein Era  66.56 
 
 
301 aa  416  1e-115  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.127784  normal  0.818064 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2823  GTP-binding protein Era  66.56 
 
 
301 aa  417  1e-115  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1111  GTP-binding protein Era  65.89 
 
 
301 aa  414  1e-114  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1102  GTP-binding protein Era  65.89 
 
 
301 aa  414  1e-114  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0130588  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2719  GTP-binding protein Era  65.89 
 
 
301 aa  413  1e-114  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0551516  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02424  hypothetical protein  65.89 
 
 
301 aa  414  1e-114  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3802  GTP-binding protein Era  65.89 
 
 
301 aa  414  1e-114  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2852  GTP-binding protein Era  65.89 
 
 
301 aa  413  1e-114  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0251331  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2721  GTP-binding protein Era  65.89 
 
 
301 aa  414  1e-114  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02460  GTP-binding protein Era  65.89 
 
 
301 aa  414  1e-114  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2931  GTP-binding protein Era  65.89 
 
 
301 aa  413  1e-114  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.163008  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2524  GTP-binding protein Era  63.78 
 
 
321 aa  407  1e-112  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00258575  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03535  GTP-binding protein Era  60.43 
 
 
320 aa  402  1e-111  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002498  GTP-binding protein Era  60.74 
 
 
320 aa  402  1e-111  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2038  GTP-binding protein Era  64.98 
 
 
324 aa  398  1e-110  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.655908  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1632  GTP-binding protein Era  56.52 
 
 
299 aa  356  3e-97  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.392106  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0735  GTP-binding protein Era  56.57 
 
 
314 aa  347  2e-94  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.222854  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4748  GTP-binding protein Era  57.57 
 
 
302 aa  345  7e-94  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0521069  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2244  GTP-binding protein Era  57.77 
 
 
305 aa  345  9e-94  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54320  GTP-binding protein Era  57.57 
 
 
305 aa  344  1e-93  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2242  GTP-binding protein Era  58.11 
 
 
298 aa  339  4e-92  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00709672 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0995  GTP-binding protein Era  56.38 
 
 
300 aa  338  9e-92  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0611001 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4216  GTP-binding protein Era  57.43 
 
 
300 aa  338  1e-91  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.305152  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3950  GTP-binding protein Era  57.43 
 
 
300 aa  337  1e-91  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1247  GTP-binding protein Era  51.51 
 
 
300 aa  337  2e-91  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.734456  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1476  GTP-binding protein Era  56.57 
 
 
299 aa  336  3e-91  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.881887  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1004  GTP-binding protein Era  52.04 
 
 
311 aa  336  4e-91  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4287  GTP-binding protein Era  56.42 
 
 
300 aa  336  4e-91  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1074  GTP-binding protein Era  56.76 
 
 
300 aa  335  6e-91  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1434  GTP-binding protein Era  56.42 
 
 
302 aa  335  7e-91  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.810573  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4373  GTP-binding protein Era  56.42 
 
 
300 aa  335  9e-91  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.212808 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0973  GTP-binding protein Era  51.7 
 
 
311 aa  333  2e-90  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13790  GTP-binding protein Era  56.8 
 
 
300 aa  331  1e-89  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.264209  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0280  GTP-binding protein Era  52.36 
 
 
301 aa  330  2e-89  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1348  GTP-binding protein Era  52.7 
 
 
315 aa  327  1e-88  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.136623  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2457  GTP-binding protein Era  54.08 
 
 
306 aa  327  2e-88  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2311  GTP-binding protein Era  54.79 
 
 
309 aa  322  8e-87  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.254696  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0482  GTP-binding protein Era  53.06 
 
 
295 aa  320  2e-86  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1685  GTP-binding protein Era  52.38 
 
 
295 aa  314  1e-84  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2085  GTPase  51.2 
 
 
297 aa  312  7e-84  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.965881  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2030  GTP-binding protein Era  52.05 
 
 
294 aa  311  8e-84  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0924182  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0651  putative GTP-binding protein  49.52 
 
 
312 aa  310  2e-83  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.181354  normal  0.422678 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3266  GTP-binding protein Era  45.78 
 
 
337 aa  306  4e-82  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0242334 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0597  GTP-binding protein Era  46.18 
 
 
348 aa  306  4e-82  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00117321 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2619  GTP-binding protein Era  45.78 
 
 
337 aa  306  4e-82  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2251  GTP-binding protein Era  50.68 
 
 
311 aa  305  7e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.41102  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1403  GTP-binding protein Era  46.11 
 
 
321 aa  305  7e-82  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2974  GTP-binding protein Era  52.04 
 
 
298 aa  305  1e-81  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0899132  hitchhiker  0.00507105 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2417  GTP-binding protein Era  51.36 
 
 
312 aa  303  2e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.262207 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1135  GTP-binding protein Era  51.37 
 
 
299 aa  303  3e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0655  GTP-binding protein Era  51.37 
 
 
299 aa  303  3e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1197  GTP-binding protein Era  48.31 
 
 
344 aa  302  5e-81  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.194461  normal  0.0122322 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4247  GTP-binding protein Era  50.68 
 
 
299 aa  301  9e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1011  GTP-binding protein Era  50.68 
 
 
299 aa  300  2e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.262432  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1754  GTP-binding protein Era  48.87 
 
 
302 aa  300  3e-80  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.141942  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2898  GTP-binding protein Era  49.66 
 
 
299 aa  299  4e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.22233  normal  0.295103 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1086  GTP-binding protein Era  49.32 
 
 
299 aa  298  9e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1064  GTP-binding protein Era  51.35 
 
 
298 aa  297  2e-79  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0212543  normal  0.0907756 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0994  GTP-binding protein Era  51.01 
 
 
312 aa  296  3e-79  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.307835  normal  0.0847852 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0929  GTP-binding protein Era  51.01 
 
 
312 aa  296  3e-79  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.163867  normal  0.15052 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2169  GTP-binding protein Era  50.34 
 
 
299 aa  296  3e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0368513  normal  0.378234 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0368  GTP-binding protein Era  50.15 
 
 
338 aa  296  4e-79  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0276101 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1093  GTP-binding protein Era  51.03 
 
 
287 aa  296  4e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.324542  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5260  GTP-binding protein Era  46.1 
 
 
344 aa  295  5e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.678388  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0864  GTP-binding protein Era  49.32 
 
 
296 aa  295  6e-79  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0183856 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1008  GTP-binding protein Era  49.32 
 
 
296 aa  295  6e-79  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.028746 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0334  GTP-binding protein Era  53.14 
 
 
330 aa  295  1e-78  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.94828  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>