More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_2820 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008322  Shewmr7_2820  RND efflux system outer membrane lipoprotein  100 
 
 
517 aa  1046  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2742  RND efflux system outer membrane lipoprotein  99.61 
 
 
517 aa  1044  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1740  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  46.76 
 
 
517 aa  439  1e-122  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44210  multidrug efflux pump outer membrane lipoprotein  49.8 
 
 
506 aa  437  1e-121  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.489954  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1710  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  48.47 
 
 
519 aa  423  1e-117  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.733437  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2139  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  48.2 
 
 
517 aa  422  1e-117  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.971447 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6455  RND efflux system outer membrane lipoprotein  49.7 
 
 
516 aa  417  1e-115  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.220531 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0749  RND efflux system outer membrane lipoprotein  46.29 
 
 
504 aa  409  1e-113  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3923  outer membrane efflux protein  43.23 
 
 
569 aa  411  1e-113  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.19723 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0753  RND efflux system outer membrane lipoprotein  46.86 
 
 
504 aa  406  1e-112  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.13209  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0715  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  45.89 
 
 
504 aa  406  1e-112  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.871689  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4468  RND efflux system outer membrane lipoprotein  45.06 
 
 
503 aa  390  1e-107  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.151382  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1914  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  42.15 
 
 
531 aa  382  1e-105  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000272629  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0284  outer membrane efflux family protein  41.07 
 
 
518 aa  366  1e-100  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.552621  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1666  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  38.59 
 
 
546 aa  359  6e-98  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.13133 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1362  outer membrane efflux family protein  39.93 
 
 
558 aa  353  6e-96  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3093  outer membrane protein  38.46 
 
 
503 aa  301  1e-80  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0783  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  40 
 
 
493 aa  298  2e-79  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.436637  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0034  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.17 
 
 
538 aa  297  3e-79  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.677331 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0143  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.42 
 
 
541 aa  296  6e-79  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.302016 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001145  putative outer membrane protein  34.72 
 
 
547 aa  290  4e-77  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0630  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.73 
 
 
569 aa  284  3e-75  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00465168 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1085  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.92 
 
 
486 aa  275  2e-72  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.377293  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2340  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.76 
 
 
502 aa  271  2e-71  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0814  outer membrane protein  36.4 
 
 
479 aa  270  4e-71  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2582  hypothetical protein  31.02 
 
 
520 aa  270  4e-71  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2436  hypothetical protein  30.44 
 
 
520 aa  268  2e-70  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0447  Fis family transcriptional regulator  35.55 
 
 
512 aa  265  2e-69  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.818927 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0400  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.55 
 
 
494 aa  256  8e-67  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2809  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.84 
 
 
497 aa  254  4e-66  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1086  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.91 
 
 
482 aa  251  2e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.981132  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0868  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.8 
 
 
526 aa  251  3e-65  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1872  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.26 
 
 
509 aa  244  2e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5852  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.93 
 
 
523 aa  243  6e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.741914 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1415  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  34.73 
 
 
520 aa  240  6e-62  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1695  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.6 
 
 
512 aa  240  6e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2193  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.38 
 
 
495 aa  239  1e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0126086  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2127  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.47 
 
 
513 aa  239  1e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2305  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.64 
 
 
517 aa  235  2e-60  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0155955 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0851  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.29 
 
 
504 aa  234  2e-60  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4998  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.13 
 
 
515 aa  234  4e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.599541  normal  0.824643 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2616  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.7 
 
 
501 aa  232  1e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3793  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.11 
 
 
495 aa  232  2e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.351966 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1101  outer membrane protein  36.07 
 
 
470 aa  231  2e-59  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6200  multidrug efflux system outer membrane subunit  33.7 
 
 
504 aa  231  3e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.584656  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2318  outer membrane protein  33.68 
 
 
479 aa  229  6e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510391  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0144  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.63 
 
 
483 aa  229  7e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.16245  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3274  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.62 
 
 
495 aa  228  2e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4467  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.9 
 
 
495 aa  228  2e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.419427  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3899  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.9 
 
 
495 aa  228  2e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.624231 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3628  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.9 
 
 
495 aa  228  2e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.399788  normal  0.615306 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27410  putative outer membrane protein precursor  33.2 
 
 
479 aa  228  3e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.721932  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4575  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.37 
 
 
483 aa  227  4e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.55 
 
 
489 aa  227  5e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1702  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.06 
 
 
521 aa  226  6e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0874  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.57 
 
 
483 aa  226  8e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.57 
 
 
482 aa  224  3e-57  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.328582  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1595  multidrug efflux system outer membrane subunit  31.28 
 
 
520 aa  224  3e-57  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1273  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.62 
 
 
484 aa  223  5e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0681573  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3581  outer membrane protein OprN precursor  33.68 
 
 
499 aa  223  9e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1397  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.89 
 
 
483 aa  221  2e-56  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0470639  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3360  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.49 
 
 
494 aa  221  2e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.414328  hitchhiker  1.21747e-09 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46400  Outer membrane protein  32.78 
 
 
479 aa  220  5e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2969  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.63 
 
 
465 aa  219  7e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.678758  normal  0.17281 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1871  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.19 
 
 
485 aa  219  1e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.97882  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1231  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.99 
 
 
486 aa  219  1e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0812696  normal  0.324306 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4452  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.19 
 
 
484 aa  219  1e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0511722  normal  0.669116 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3547  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.76 
 
 
477 aa  218  2e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.138729  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3560  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.95 
 
 
493 aa  218  2e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3427  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.08 
 
 
471 aa  218  2e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0491334  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3061  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.65 
 
 
482 aa  218  2e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0327532  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2240  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.6 
 
 
518 aa  218  2e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2509  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.64 
 
 
471 aa  218  3e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.293505  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2899  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.3 
 
 
504 aa  217  4e-55  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1393  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.42 
 
 
461 aa  217  4e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2335  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.49 
 
 
471 aa  217  5e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2670  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.27 
 
 
532 aa  216  1e-54  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0133401  normal  0.268883 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3101  outer membrane efflux protein  33.19 
 
 
465 aa  215  2e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00986507  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1481  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.88 
 
 
491 aa  215  2e-54  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.290116  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4060  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.95 
 
 
492 aa  214  4e-54  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2435  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.09 
 
 
500 aa  212  1e-53  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164231 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2179  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.56 
 
 
462 aa  212  2e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.159854  normal  0.0708517 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1557  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.26 
 
 
495 aa  211  3e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.275301  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2446  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.71 
 
 
471 aa  211  3e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.177234  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2159  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.35 
 
 
529 aa  211  4e-53  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2657  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.46 
 
 
473 aa  209  9e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0121184  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4486  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.98 
 
 
512 aa  209  1e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3184  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.92 
 
 
475 aa  207  3e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3604  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34 
 
 
483 aa  207  5e-52  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2502  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.68 
 
 
533 aa  206  1e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.568762  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2924  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.46 
 
 
511 aa  206  1e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2663  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.01 
 
 
496 aa  205  2e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3932  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.55 
 
 
491 aa  204  3e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1570  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.07 
 
 
473 aa  204  4e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5505  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.44 
 
 
496 aa  204  5e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130053  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.44 
 
 
496 aa  204  5e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.814679  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5539  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.11 
 
 
503 aa  202  8e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.541532  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2024  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.55 
 
 
525 aa  202  9e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0689129  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4744  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.57 
 
 
503 aa  202  1e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.918566  hitchhiker  0.00837312 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5656  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.43 
 
 
501 aa  202  1e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.162521  normal  0.0223313 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>