More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_2789 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008322  Shewmr7_2789  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 241 aa  494  1e-139  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.061235 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3384  regulatory protein GntR, HTH  68.8 
 
 		 239 aa  339  2e-92  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.177964  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1154  regulatory protein GntR HTH  68.38 
 
 		 241 aa  336  1.9999999999999998e-91  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.161045  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3176  regulatory protein GntR, HTH  58.05 
 
 		 242 aa  287  8e-77  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.730979  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3695  regulatory protein GntR, HTH  56.6 
 
 		 241 aa  281  5.000000000000001e-75  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4146  GntR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 238 aa  141  8e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.994574  normal  0.105944 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3396  GntR family transcriptional regulator  33.48 
 
 		 238 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2500  GntR transcriptional regulators family  31.58 
 
 		 243 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2734  GntR domain protein  31.91 
 
 		 254 aa  105  5e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.341989  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3282  GntR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 261 aa  103  3e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1580  GntR domain protein  34.62 
 
 		 261 aa  102  6e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1996  GntR domain protein  34.5 
 
 		 250 aa  100  1e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.482445  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2188  GntR domain-containing protein  30.49 
 
 		 240 aa  100  3e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.030411  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0020  GntR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 256 aa  99.4  5e-20  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.321852  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1310  GntR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 249 aa  98.6  7e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.168144  normal  0.307204 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4063  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 242 aa  98.6  7e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5532  putative GntR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 267 aa  98.2  9e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2067  GntR domain protein  34.03 
 
 		 252 aa  98.2  1e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000610321  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0693  GntR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 218 aa  98.2  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.362471  normal  0.707531 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0527  GntR domain-containing protein  32.35 
 
 		 258 aa  97.4  2e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.914747  normal  0.270736 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0156  GntR domain protein  34.53 
 
 		 230 aa  95.1  9e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.108623 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4413  GntR domain protein  33.33 
 
 		 241 aa  94.7  1e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2688  GntR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 279 aa  94.7  1e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.292579  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0554  GntR family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 252 aa  94.4  1e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00161353  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1244  GntR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 231 aa  94  2e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2703  uxu operon transcriptional regulator  31.33 
 
 		 247 aa  94  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1506  uxu operon transcriptional regulator  31.33 
 
 		 247 aa  94  2e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2780  GntR domain-containing protein  31.33 
 
 		 247 aa  94  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5612  GntR domain protein  32.46 
 
 		 271 aa  92.8  4e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.100575  normal  0.179295 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3404  GntR domain protein  29.2 
 
 		 245 aa  92  8e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000285286  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01758  hypothetical protein  27.93 
 
 		 266 aa  92  8e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1975  GntR domain protein  31.34 
 
 		 233 aa  91.7  9e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.64094  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2283  GntR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 255 aa  90.1  3e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.666323  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3725  transcriptional regulator NanR  31.11 
 
 		 237 aa  90.1  3e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.235628  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4519  GntR domain protein  37.58 
 
 		 240 aa  89.4  5e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0561  GntR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 225 aa  89  6e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3533  transcriptional regulator NanR  32.16 
 
 		 242 aa  89  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.606366  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3603  transcriptional regulator NanR  32.16 
 
 		 260 aa  89  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.445383  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3700  transcriptional regulator NanR  32.16 
 
 		 260 aa  89  7e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3638  transcriptional regulator NanR  32.16 
 
 		 260 aa  89  7e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.492438  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3531  transcriptional regulator NanR  32.16 
 
 		 260 aa  89  7e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0974768  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4175  GntR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 261 aa  88.6  8e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.723796 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1852  GntR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 238 aa  88.6  8e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2102  transcription regulator protein  32.33 
 
 		 254 aa  87.8  1e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0158  GntR domain-containing protein  29.6 
 
 		 239 aa  87.8  1e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3405  GntR domain protein  33.33 
 
 		 239 aa  87.4  2e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.69353e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1626  GntR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 241 aa  87.8  2e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000858772  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0095  transcriptional regulator NanR  31.98 
 
 		 237 aa  87  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5880  GntR domain protein  33.94 
 
 		 223 aa  87.4  2e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1597  GntR family transcriptional regulator  36.69 
 
 		 252 aa  87.4  2e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00340794  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3324  GntR domain protein  28.95 
 
 		 244 aa  87  2e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7371  transcriptional regulator NanR  29.6 
 
 		 260 aa  87  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2785  GntR domain-containing protein  31.17 
 
 		 258 aa  87.4  2e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00845086  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2961  GntR domain-containing protein  33.33 
 
 		 259 aa  86.7  3e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0606  GntR domain-containing protein  29.54 
 
 		 245 aa  86.7  3e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0753  GntR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 256 aa  86.3  4e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5531  putative GntR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 303 aa  86.3  4e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4343  GntR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 246 aa  86.3  4e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04155  hypothetical protein  30.34 
 
 		 257 aa  85.9  5e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04193  DNA-binding transcriptional repressor  30.34 
 
 		 257 aa  85.9  5e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3673  regulatory protein GntR HTH  30.34 
 
 		 257 aa  85.9  5e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0560  GntR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 337 aa  85.9  5e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.925079  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4789  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  30.34 
 
 		 257 aa  85.9  5e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4923  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  30.34 
 
 		 257 aa  85.9  5e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5830  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  30.34 
 
 		 257 aa  85.9  5e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4550  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  30.34 
 
 		 257 aa  85.9  5e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3740  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  30.34 
 
 		 257 aa  85.9  5e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.714727  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4851  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  30.77 
 
 		 257 aa  85.5  6e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1321  regulatory protein GntR HTH  37.8 
 
 		 240 aa  85.5  6e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  2.57427e-29 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3662  transcriptional regulator NanR  31.72 
 
 		 260 aa  85.5  6e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.215207  normal  0.0850662 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0823  GntR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 274 aa  85.5  7e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.691508  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0977  GntR domain protein  28.07 
 
 		 244 aa  85.5  7e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.243501  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0749  GntR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 236 aa  85.1  9e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2815  GntR domain-containing protein  32.59 
 
 		 264 aa  84.3  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.336695  normal  0.311573 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1157  GntR domain protein  33.04 
 
 		 255 aa  84.7  0.000000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1994  GntR domain-containing protein  31.65 
 
 		 268 aa  84.7  0.000000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.255259  normal  0.0993193 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2904  GntR domain protein  37.8 
 
 		 240 aa  84.7  0.000000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00111996  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0986  GntR domain protein  28.51 
 
 		 244 aa  84.7  0.000000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.4902  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4074  GntR domain-containing protein  26.84 
 
 		 261 aa  83.6  0.000000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2122  GntR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 255 aa  83.2  0.000000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4590  GntR domain-containing protein  28.03 
 
 		 263 aa  83.2  0.000000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.845166  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0016  GntR domain protein  32.9 
 
 		 254 aa  82.8  0.000000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43060  GntR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 258 aa  82.8  0.000000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.145133  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4745  GntR domain-containing protein  32 
 
 		 249 aa  82.8  0.000000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00100625 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1446  GntR domain-containing protein  33.77 
 
 		 227 aa  82.8  0.000000000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0697  GntR domain-containing protein  30.43 
 
 		 255 aa  82.4  0.000000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.601248  hitchhiker  0.0000378938 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0952  GntR domain-containing protein  31.19 
 
 		 225 aa  82.4  0.000000000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0480  regulatory protein GntR HTH  31.84 
 
 		 263 aa  82  0.000000000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.143431  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0480  transcriptional regulator NanR  31.84 
 
 		 263 aa  82  0.000000000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.426599  normal  0.544762 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3414  transcriptional regulator NanR  31.84 
 
 		 260 aa  82  0.000000000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0111616  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3708  transcriptional regulator NanR  31.84 
 
 		 260 aa  82  0.000000000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.012881  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3550  transcriptional regulator NanR  31.84 
 
 		 260 aa  82  0.000000000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0970448  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3349  regulatory protein GntR, HTH  32.3 
 
 		 251 aa  82  0.000000000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4861  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  29.96 
 
 		 257 aa  82  0.000000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.25238 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4908  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  29.96 
 
 		 257 aa  82  0.000000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.305801  normal  0.0431827 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4761  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  29.96 
 
 		 257 aa  82  0.000000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.553058 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4911  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  29.96 
 
 		 257 aa  82  0.000000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.460485  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4837  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  29.96 
 
 		 257 aa  82  0.000000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0527  GntR family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 252 aa  82  0.000000000000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0000211713  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4443  GntR domain-containing protein  31.2 
 
 		 253 aa  82  0.000000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.552946  hitchhiker  0.00102346 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>