151 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_2788 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008322  Shewmr7_2788  outer membrane porin  100 
 
 		 413 aa  852    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.149615 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3385  outer membrane porin  72.88 
 
 		 412 aa  641    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.228993  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1155  outer membrane porin  74.58 
 
 		 413 aa  636    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.864338  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3175  outer membrane porin  66.75 
 
 		 420 aa  587  1e-166  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.442937  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3692  outer membrane porin  50 
 
 		 417 aa  414  1e-114  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.844156  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1456  hypothetical protein  26.88 
 
 		 450 aa  122  9.999999999999999e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1540  outer membrane porin  23.29 
 
 		 456 aa  86.7  6e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000339272  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0734  outer membrane porin  25.4 
 
 		 384 aa  81.6  0.00000000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.536638  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4147  outer membrane porin  24.17 
 
 		 407 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.17719 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3076  putative porin  24.53 
 
 		 416 aa  77.4  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0309641  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1660  outer membrane porin  24.43 
 
 		 428 aa  77.4  0.0000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.133249  normal  0.448938 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1991  hypothetical protein  24.43 
 
 		 428 aa  77.4  0.0000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0954759  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2681  outer membrane porin  23.33 
 
 		 416 aa  76.3  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.340362  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0469  outer membrane porin  24.1 
 
 		 432 aa  75.5  0.000000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000534788  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37260  putative porin  28.05 
 
 		 409 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.618786  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2701  outer membrane porin  24.67 
 
 		 416 aa  75.5  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.584042  normal  0.985666 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3168  benzoate-specific porin  23.18 
 
 		 416 aa  74.3  0.000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.143323  normal  0.69398 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36090  putative porin  24.83 
 
 		 416 aa  74.3  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000105785 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3198  putative porin  27.87 
 
 		 409 aa  74.7  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2547  outer membrane porin  23.18 
 
 		 416 aa  73.9  0.000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.789024  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3939  porin, putative  24.83 
 
 		 430 aa  73.2  0.000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.38519  normal  0.0206091 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1463  hypothetical protein  26.16 
 
 		 435 aa  73.2  0.000000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.62928 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2145  outer membrane porin  25.85 
 
 		 431 aa  73.2  0.000000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.832891  normal  0.088551 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0366  outer membrane porin  25.23 
 
 		 403 aa  72.4  0.00000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000502534  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3574  outer membrane porin  24.83 
 
 		 430 aa  70.1  0.00000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.135647  normal  0.538607 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1898  outer membrane porin  24.16 
 
 		 430 aa  69.7  0.00000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000146891  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08660  benzoate-specific outer membrane porin  23.78 
 
 		 423 aa  69.3  0.0000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0137  hypothetical protein  32.14 
 
 		 447 aa  68.2  0.0000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0760948  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0307  hypothetical protein  32.14 
 
 		 280 aa  68.6  0.0000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.0000284732  decreased coverage  0.00000657786 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0019  outer membrane porin  25.28 
 
 		 402 aa  67.8  0.0000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00360128  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1173  porin, putative  24.58 
 
 		 412 aa  67  0.0000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.121205  normal  0.068345 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1168  outer membrane porin  26.75 
 
 		 442 aa  65.9  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.012931  normal  0.278101 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0265  hypothetical protein  24.24 
 
 		 493 aa  65.5  0.000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  unclonable  0.000000000273485  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2167  outer membrane porin  24.04 
 
 		 417 aa  65.5  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.049218  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4293  outer membrane porin  23.87 
 
 		 398 aa  64.7  0.000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0195017  normal  0.981008 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0715  outer membrane porin  25.43 
 
 		 451 aa  64.3  0.000000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0142723  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1206  outer membrane porin  24.25 
 
 		 412 aa  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64720  putative porin  24.69 
 
 		 417 aa  63.5  0.000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.916486  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5621  putative porin  25.2 
 
 		 417 aa  63.5  0.000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4239  outer membrane porin  25.97 
 
 		 412 aa  63.2  0.000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17320  outer membrane porin  24.45 
 
 		 402 aa  62.8  0.00000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0255  outer membrane porin  23.1 
 
 		 406 aa  62.4  0.00000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1339  outer membrane porin  24.75 
 
 		 422 aa  61.6  0.00000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.868317  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00920  OprD family outer membrane porin  26.2 
 
 		 423 aa  60.8  0.00000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.696381  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22450  OprD family outer membrane porin  25.88 
 
 		 422 aa  60.8  0.00000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48920  outer membrane porin  26.89 
 
 		 422 aa  60.5  0.00000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05170  OprE-like outer membrane porin  27.67 
 
 		 439 aa  59.7  0.00000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0885067  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1054  outer membrane porin, OprD family  24.08 
 
 		 422 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49300  OprD family outer membrane porin  22.12 
 
 		 428 aa  58.5  0.0000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.32887  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4332  outer membrane porin  23.91 
 
 		 439 aa  58.9  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.994922 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11340  outer membrane porin  21.64 
 
 		 428 aa  58.5  0.0000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.703793  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1023  outer membrane porin  25.81 
 
 		 417 aa  58.9  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0827168 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1190  outer membrane porin  24.68 
 
 		 412 aa  58.9  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.569611  normal  0.287254 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26920  OprD family outer membrane porin  25.56 
 
 		 424 aa  58.2  0.0000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.291151  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2127  outer membrane porin  24.08 
 
 		 418 aa  57.8  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.265599  normal  0.364595 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1277  outer membrane porin  24.08 
 
 		 419 aa  57.8  0.0000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00224038  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2024  outer membrane porin  22.62 
 
 		 417 aa  57.8  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.68601  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1215  outer membrane porin  29.48 
 
 		 442 aa  57.8  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00000387662  hitchhiker  0.0000000148872 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1497  hypothetical protein  29.48 
 
 		 442 aa  57.8  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.291485  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2343  outer membrane porin, OprD family  23.83 
 
 		 418 aa  57.8  0.0000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09850  putative porin  22.37 
 
 		 431 aa  57.4  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.881809  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2087  outer membrane porin  21.76 
 
 		 452 aa  57.4  0.0000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0324  putative porin  24.9 
 
 		 416 aa  57  0.0000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.414425  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0903  outer membrane porin  24.41 
 
 		 422 aa  56.6  0.0000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3077  outer membrane porin  23.45 
 
 		 416 aa  56.6  0.0000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0293927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4306  outer membrane porin  23.56 
 
 		 437 aa  56.2  0.0000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1383  BenF-like porin  25.4 
 
 		 418 aa  56.2  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.435313 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31180  OprE-like outer membrane porin  26.32 
 
 		 439 aa  55.8  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4340  outer membrane porin  25.4 
 
 		 418 aa  55.8  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00498222  normal  0.156563 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01240  OprE-like outer membrane porin  26.1 
 
 		 440 aa  56.2  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.464345  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4430  outer membrane porin  25 
 
 		 418 aa  55.8  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0138033 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49580  OprE-like outer membrane porin  26.32 
 
 		 441 aa  55.1  0.000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.607029  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2563  outer membrane porin  23.05 
 
 		 427 aa  55.1  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0910723  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38130  OprD family outer membrane porin  23.72 
 
 		 426 aa  55.5  0.000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.764823  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0474  outer membrane porin  27.49 
 
 		 407 aa  55.1  0.000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000458474  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3390  porin, putative  23.14 
 
 		 426 aa  54.3  0.000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.808043  normal  0.355784 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31300  OprD family outer membrane porin  23.72 
 
 		 429 aa  54.3  0.000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3451  outer membrane porin  23.08 
 
 		 395 aa  53.9  0.000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.243467 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1363  outer membrane porin  24.5 
 
 		 408 aa  53.9  0.000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.475695  normal  0.0504292 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2999  outer membrane porin  23.83 
 
 		 449 aa  53.9  0.000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.489331  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0914  putative porin  21.79 
 
 		 431 aa  53.9  0.000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43830  OprD family outer membrane porin  25.85 
 
 		 444 aa  53.5  0.000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3121  outer membrane porin  23.24 
 
 		 424 aa  53.1  0.000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1059  outer membrane porin  21.53 
 
 		 429 aa  53.5  0.000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2754  porin, putative  23.11 
 
 		 479 aa  52.4  0.00001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4527  outer membrane porin  28.05 
 
 		 424 aa  52.4  0.00001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.321558  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40060  OprD family outer membrane porin  25.64 
 
 		 454 aa  52.8  0.00001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25950  OprE-like outer membrane porin  24.77 
 
 		 443 aa  51.6  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.249173  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1739  outer membrane porin  23.57 
 
 		 415 aa  51.6  0.00003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2103  outer membrane porin  24.92 
 
 		 447 aa  50.8  0.00004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.262229  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2139  outer membrane porin  20 
 
 		 433 aa  50.8  0.00004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0667606  hitchhiker  0.0000330448 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3630  porin, putative  24.61 
 
 		 447 aa  50.4  0.00006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.563573  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1400  outer membrane porin  24.02 
 
 		 447 aa  50.4  0.00006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.248292  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1456  outer membrane porin  24.83 
 
 		 408 aa  50.4  0.00006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.126802  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1171  outer membrane porin  23.43 
 
 		 446 aa  49.7  0.00008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00378662  normal  0.540471 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2730  outer membrane porin  23.28 
 
 		 440 aa  49.3  0.0001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.530004 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02980  putative porin  22.77 
 
 		 421 aa  49.7  0.0001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00100388 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4356  outer membrane porin  23.71 
 
 		 421 aa  49.3  0.0001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3682  outer membrane porin  25.34 
 
 		 417 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21290  OprE-like outer membrane porin  25.86 
 
 		 457 aa  48.5  0.0002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>