153 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_2536 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008577  Shewana3_2628  porin  96.77 
 
 
402 aa  765  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  1.06502e-07  hitchhiker  8.92589e-06 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1251  outer membrane porin, putative  76.37 
 
 
402 aa  655  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  4.29036e-08  hitchhiker  0.000137517 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3603  porin  76.87 
 
 
402 aa  662  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  9.08733e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2536  porin  100 
 
 
402 aa  818  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000566311  unclonable  3.00208e-05 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1631  porin  82.88 
 
 
403 aa  709  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  1.33613e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2468  porin  99.75 
 
 
402 aa  816  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  2.93387e-08  hitchhiker  0.000118178 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1620  porin  83.87 
 
 
403 aa  711  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  2.07941e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1515  porin  89.05 
 
 
402 aa  738  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  3.37456e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2723  porin Gram-negative type  82.63 
 
 
403 aa  707  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  8.66519e-09  hitchhiker  8.18773e-06 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1654  porin  84.12 
 
 
403 aa  713  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  7.30706e-07  normal  0.12603 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1821  outer membrane porin, putative  79.35 
 
 
398 aa  626  1e-178  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3084  porin  73.76 
 
 
402 aa  624  1e-177  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  6.11786e-07  decreased coverage  2.68212e-06 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2557  porin  72.52 
 
 
402 aa  606  1e-172  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.40328  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2481  porin  69.53 
 
 
403 aa  577  1e-164  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  2.11873e-07  hitchhiker  5.58993e-05 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2654  porin  62.53 
 
 
403 aa  509  1e-143  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.157647  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1568  porin  58.21 
 
 
403 aa  466  1e-130  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  4.03403e-07  hitchhiker  1.52354e-06 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0680  porin  54.46 
 
 
388 aa  442  1e-123  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.424836  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2229  porin  48.26 
 
 
382 aa  360  3e-98  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.218103  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4173  porin  38.11 
 
 
384 aa  257  2e-67  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4086  porin  37.62 
 
 
384 aa  253  3e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3977  porin Gram-negative type  37.62 
 
 
384 aa  253  3e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4055  porin  37.62 
 
 
384 aa  253  5e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3681  porin  36.17 
 
 
384 aa  253  6e-66  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3873  porin  36.41 
 
 
384 aa  251  2e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0642035 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0276  porin  36.41 
 
 
384 aa  251  2e-65  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3669  porin  36.17 
 
 
384 aa  249  6e-65  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0312  outer membrane porin, putative  35.37 
 
 
384 aa  246  5e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1487  porin  35.89 
 
 
389 aa  239  5e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.911374 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3060  outer membrane porin, putative  34.93 
 
 
389 aa  235  1e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2434  porin  35.65 
 
 
389 aa  233  4e-60  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.775403  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2283  porin  35.19 
 
 
385 aa  233  4e-60  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3366  porin  34.78 
 
 
385 aa  230  4e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3336  outer membrane porin, putative  37.22 
 
 
384 aa  219  8e-56  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04813  hypothetical protein  28.19 
 
 
365 aa  117  5e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0666  porin  35.39 
 
 
324 aa  93.2  6e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00111405  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0427  putative outer membrane pore protein  27.74 
 
 
340 aa  92.4  1e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001437  non-specific porin  26.76 
 
 
352 aa  89  2e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.524484  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06284  hypothetical protein  35.03 
 
 
352 aa  83.2  7e-15  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1444  outer membrane porin protein C  26.48 
 
 
371 aa  81.3  3e-14  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000996913  normal  0.640308 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2761  outer membrane porin protein C  26.48 
 
 
371 aa  81.3  3e-14  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.9147e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2839  outer membrane porin protein C  26.48 
 
 
371 aa  81.3  3e-14  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1641  outer membrane protein N  24.82 
 
 
383 aa  70.9  4e-11  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.150346  normal  0.976453 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2197  outer membrane protein  25.72 
 
 
357 aa  70.1  7e-11  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000111535  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3264  outer membrane porin protein C  24.76 
 
 
370 aa  69.7  9e-11  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00668257  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3353  outer membrane porin protein C  23.79 
 
 
367 aa  69.7  9e-11  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.128498  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2493  outer membrane porin protein C  24.42 
 
 
378 aa  68.9  1e-10  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2354  outer membrane porin protein C  22.95 
 
 
368 aa  68.6  2e-10  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00268594  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1679  porin  25.18 
 
 
357 aa  67.4  4e-10  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.512961  normal  0.118098 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2403  outer membrane porin protein C  24.53 
 
 
378 aa  67.4  5e-10  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00624536  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2649  porin  26.18 
 
 
360 aa  66.2  8e-10  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  4.0387e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2610  outer membrane porin protein C  24.3 
 
 
378 aa  66.6  8e-10  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.440954 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2451  outer membrane porin protein C  24.3 
 
 
378 aa  66.6  8e-10  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0487875 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2507  outer membrane porin protein C  24.3 
 
 
378 aa  66.6  8e-10  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0209108 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0724  outer membrane porin protein C  22.76 
 
 
376 aa  65.5  1e-09  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.140015  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0824  outer membrane porin protein LC  24.4 
 
 
360 aa  63.9  4e-09  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.166078  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1435  outer membrane porin protein C  22.63 
 
 
376 aa  63.9  4e-09  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.974185  normal  0.210914 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1097  outer membrane protein F  24.22 
 
 
363 aa  63.9  5e-09  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.918744 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2514  outer membrane porin protein C  23.17 
 
 
363 aa  63.9  5e-09  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  1.92905e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1006  outer membrane protein F  24.22 
 
 
363 aa  63.2  8e-09  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00715949  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1032  outer membrane protein F  24.22 
 
 
363 aa  63.2  8e-09  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.847393  normal  0.0115184 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1114  outer membrane protein F  24.22 
 
 
363 aa  63.2  8e-09  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0339552  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1064  outer membrane protein F  24.22 
 
 
363 aa  63.2  8e-09  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000219898 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1968  porin  23.54 
 
 
378 aa  62.4  1e-08  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1443  porin Gram-negative type  22.73 
 
 
367 aa  62.8  1e-08  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00990421  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1979  outer membrane protein F  25.47 
 
 
360 aa  62  2e-08  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  2.61923e-05  normal  0.629044 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1458  porin  23.58 
 
 
365 aa  61.6  2e-08  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1582  outer membrane protein N  24.94 
 
 
383 aa  62  2e-08  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.640646  normal  0.720278 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06741  hypothetical protein  24.38 
 
 
330 aa  62.4  2e-08  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2795  outer membrane porin protein C  23.46 
 
 
372 aa  60.5  5e-08  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00922509  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2559  outer membrane protein F  25.65 
 
 
360 aa  59.7  8e-08  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  3.7634e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1124  outer membrane protein N  23.9 
 
 
403 aa  59.7  9e-08  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0181987  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1701  outer membrane protein N  23.89 
 
 
388 aa  58.9  1e-07  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.265921  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1870  outer membrane protein N  24.7 
 
 
383 aa  59.7  1e-07  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.098119  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2224  porin  24.38 
 
 
360 aa  58.9  2e-07  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0575083  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2514  outer membrane protein N  24.38 
 
 
360 aa  58.9  2e-07  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.127891 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2115  outer membrane protein N  24.38 
 
 
360 aa  58.9  2e-07  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.829511  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2155  outer membrane protein F  23.13 
 
 
400 aa  58.2  3e-07  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.977291  normal  0.673078 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0295  outer membrane phosphoporin protein E  24.1 
 
 
351 aa  58.2  3e-07  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00372368 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000832  outer membrane protein C precursor  30.92 
 
 
331 aa  58.2  3e-07  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0331596  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0286  outer membrane phosphoporin protein E  23.86 
 
 
351 aa  57.4  5e-07  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.172379  normal  0.530203 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0238  outer membrane phosphoporin protein E  24.1 
 
 
351 aa  57.4  5e-07  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1776  outer membrane protein N  24.06 
 
 
372 aa  57  5e-07  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.728933  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0273  outer membrane phosphoporin protein E  23.86 
 
 
351 aa  57.4  5e-07  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.664027  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0268  outer membrane phosphoporin protein E  24.1 
 
 
351 aa  57  6e-07  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2191  outer membrane protein F  25 
 
 
357 aa  56.6  7e-07  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.145959  normal  0.466733 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3366  porin Gram-negative type  23.86 
 
 
351 aa  56.6  7e-07  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4283  porin  32.62 
 
 
380 aa  56.6  8e-07  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0748908  normal  0.344647 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1221  porin family protein  22.93 
 
 
387 aa  56.6  8e-07  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.263748  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2857  porin  21.93 
 
 
371 aa  56.2  9e-07  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.454817  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1322  outer membrane protein C2  21.93 
 
 
371 aa  56.2  1e-06  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2778  outer membrane protein N  21.93 
 
 
371 aa  55.8  1e-06  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.704962  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3340  outer membrane phosphoporin protein E  23.61 
 
 
351 aa  55.1  2e-06  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0767  outer membrane phosphoporin protein E  22.25 
 
 
350 aa  54.7  3e-06  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0774266 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2364  outer membrane porin protein C  23.49 
 
 
364 aa  54.7  3e-06  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0333811  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2083  gram-negative porin family protein  22.99 
 
 
366 aa  54.3  4e-06  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1730  porin  24.05 
 
 
369 aa  53.9  5e-06  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00293132  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00238  outer membrane phosphoporin protein E  25.22 
 
 
345 aa  53.9  5e-06  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.86907  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00241  hypothetical protein  25.22 
 
 
345 aa  53.9  5e-06  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.693331  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2159  outer membrane protein N  22.77 
 
 
398 aa  53.5  6e-06  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.142593 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2212  outer membrane protein N  22.77 
 
 
398 aa  53.1  8e-06  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.466216  normal  0.580794 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>